Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A10 F11 I3 R1
|
74 |
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136.1 |
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N/A
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BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 556 total aligned reads displayed.
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|
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GCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGAATGGTGGCATGAAAAGCTCCGGTCTTTCCGTACGTGGTGACAGGGGCTGAAACTCGGATTACTCCACCGGCGTATACCGTTCGAGCCAGTGGGCGTAAGGGGGGGGCAGTACCCATGCGGGGCGC > LH00941:114:22FVMWLT1:2:2151:21958:16292/1‑151 (MQ=60)
GGTGGCATGGTGGCATGGTGGAATGGTGGCATGAAAAGCTCCGGTCTTTCCNTACGTGGTGACAGGGGCTGAAACTCGGATTACTCCACCGGCGTATACCGTTCGAGCCAGTGGGCGTAAGGGGGGGGCAGTACCCATGCGGGGCGCTCGA > LH00941:114:22FVMWLT1:2:2260:26424:24603/1‑151 (MQ=60)
GGTGGCATGGTGGCATGGTGGAATGGTGGCATGAAAAGCTCCGGTCTTTCCGTACGTGGTGACAGGGGCTGAAACTAGGATTACTCCACCGGCGTATACCGTTCGAGCCAGTGGGCGTAAGGGGGGGGCAGTACCCATGCGGGGCGCTCGA > LH00941:114:22FVMWLT1:2:2112:25601:12833/1‑151 (MQ=60)
GTGGCATGGTGGCATGGTGGAATGGTGGCATGAAAAGCTCCGGTCTTTCCGTACGTGGTGACAGGGGCTGAAACTCGGATTACTCCACCGGCGTATACCGTTCGAGCCAGTGGGCGTAAGGGGGGGGCAGTACCCATGCGGGGCGCTCGAC > LH00941:114:22FVMWLT1:2:2211:46208:23610/1‑151 (MQ=60)
GTGGCATGGTGGCATGGTGGAATGGTGGCATGAAAAGCTCCGGTCTTTCCGTACGTGGTGACAGGGGCTGAAACTCGGATTACTCCACCGGCGTATACCGTTCGAGCCAGTGGGCGTAAGGGGGGGGCAGTACCCATGCGGGGCGCTCGAC > LH00941:114:22FVMWLT1:2:1212:26757:29311/1‑151 (MQ=60)
GTGGCATGGTGGCATGGTGGAATGGTGGCATGAAAAGCTCCGGTCTTTCCGTACGTGGTGACAGGGGCTGAAACTCGGATTACTCCACCGGCGTATACCGTTCGAGCCAGTGGGCGTAAGGGGGGGGCAGTACCCATGCGGGGCGCTCGAC > LH00941:114:22FVMWLT1:2:2148:14183:22073/1‑151 (MQ=60)
GGCATGGTGGCATGGTGGAATGGTGGCATGAAAAGCTCCGGTCTTTCCGTACGTGGTGACAGGGGCTGAAACTCGGATTACTCCACCGGCGTATACCGTTCGAGCCAGTGGGCGTAAGGGGGGGGCAGTACCCATGCGGGGCGCTCGACGC > LH00941:114:22FVMWLT1:2:1111:11428:17589/1‑151 (MQ=60)
GGCATGGTGGCATGGTGGAATGGTGGCATGAAAAGCTCCGGTCTTTCCGTACGTGGTGACAGGGGCTGAAACTCGGATTACTCCACCGGCGTATACCGTTCGAGCCAGTGGGCGTAAGGGGGGGGCAGTACCCATGCGGGGCGCTCGACGC < LH00941:114:22FVMWLT1:2:1250:23900:5980/151‑1 (MQ=60)
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GAGCAATTCCCCGTTATAGGGGTTGATAGTGGCGTAAGCCATGTGATTCTCCTACTCGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGAATGGTGGCATGAAAAGCTCCGGTCTTTCCGTACGTGGTGACAGGGGCTGAAACTCGGATTACTCCACCGGCGTATACCGTTCGAGCCAGTGGGCGTAAGGGGGGGGCAGTACCCATGCGGGGCGCTCGACGC > AE015451_phaM1/2837007‑2837304
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
