Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
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Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F73 I2 R1
|
76 |
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136.3 |
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N/A
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BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 570 total aligned reads displayed.
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|
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TGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGAATGGTGGCATGAAAAGCTCCGGTCTTTCCGTACGTGGTGACAGGGGCTGAAACTCGGATTACTCCACCGGCGTATACCGTTCGAGCCAGTGGGCGTAAGGGGGGGGCAGTACCCATGCGG < LH00941:114:22FVMWLT1:2:1107:26257:23162/151‑1 (MQ=60)
TGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGAATGGTGGCATGAAAAGCTCCGGTCTTTCCGTACGTGGTGACAGGGGCTGAAACTCGGATTACTCCACCGGCGTATACCGTTCGAGCCAGTGGGCGTAAGGGGGGGGCAGTACCCATGCGG < LH00941:114:22FVMWLT1:2:2120:16504:5884/151‑1 (MQ=60)
GTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGAATGGTGGCATGAAAAGCTCCGGTCTTTCCGTACGTGGTGACAGGGGCTGAAACTCGGATTACTCCACCGGCGTATACCGTTCGAGCCAGTGGGCGTAAGGGGGGGGCAGTACCCATGCGGGG > LH00941:114:22FVMWLT1:2:1145:9607:9183/1‑151 (MQ=60)
GTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGAATGGTGGCATGAAAAGCTCCGGTCTTTCCGTACGTGGTGACAGGGGCTGAAACTCGGATTACTCCACCGGCGTATACCGTTCGAGCCAGTGGGCGTAAGGGGGGGGCAGTACCCATGCGGGG > LH00941:114:22FVMWLT1:2:2270:22827:25868/1‑151 (MQ=60)
GTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGAATGGTGGCATGAAAAGCTCCGGTCTTTCCGTACGTGGTGACAGGGGCTGAAACTCGGATTACTCCACCGGCGTATACCGTTCGAGCCAGTGGGCGTAAGGGGGGGGCAGTACCCATGCGGGG > LH00941:114:22FVMWLT1:2:1121:40116:14082/1‑151 (MQ=60)
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GTGGCATGGTGGCATGGTGGAATGGTGGCATGAAAAGCTCCGGTCTTTCCGTACGTGGTGACAGGGGCTGAAACTCGGATTACTCCACCGGCGTATACCGTTCGAGCCAGTGGGCGTAAGGGGGGGGCAGTACCCATGCGGGGCGCTCGAC > LH00941:114:22FVMWLT1:2:1163:5271:13778/1‑151 (MQ=60)
GTGGCATGGTGGCATGGTGGAATGGTGGCATGAAAAGCTCCGGTCTTTCCGTACGTGGTGACAGGGGCTGAAACTCGGATTACTCCACCGGCGTATACCGTTCGAGCCAGTGGGCGTAAGGGGGGGGCAGTACCCATGCGGGGCGCTCGAC > LH00941:114:22FVMWLT1:2:2213:51302:10624/1‑151 (MQ=60)
GCATGGTGGCATGGTGGAATGGTGGCATGAAAAGCTCCGGTCTTTCCGTACGTGGTGACAGGGGCTGAAACTCGGATTACTCCACCGGCGTATACCGTTCGAGCCAGTGGGCGTAAGGGGGGGGCAGTACCCATGCGGGGCGCTCGACGCC > LH00941:114:22FVMWLT1:2:1233:48196:6877/1‑151 (MQ=60)
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GTCTTGAGCAATTCCCCGTTATAGGGGTTGATAGTGGCGTAAGCCATGTGATTCTCCTACTCGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCAT‑‑GGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGAATGGTGGCATGAAAAGCTCCGGTCTTTCCGTACGTGGTGACAGGGGCTGAAACTCGGATTACTCCACCGGCGTATACCGTTCGAGCCAGTGGGCGTAAGGGGGGGGCAGTACCCATGCGGGGCGCTCGACGCC > AE015451_phaM1/2837002‑2837305
|
| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
