Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A9 F92 I4 R1
|
16 |
228.5 |
4127912 |
90.0% |
3715120 |
290.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,186,542 |
A→T |
K398M (AAG→ATG) |
rpoC → |
RNA polymerase, beta prime subunit |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,186,542 | 0 | A | T | 98.6%
| 685.8
/ NA
| 210 | K398M (AAG→ATG) | rpoC | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/2); new base T (99/106); total (101/109) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 210 total aligned reads displayed.
CAGGAAGCGGTAGACGCCCTGCTGGATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGAAGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCGGCATATAACGCCGACTTCGATGGTGACCAGATGGCTGTTCACGTACCGCTGACGCTGGAAGCCCAGCTGGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCTACCAACAACATCCTGTCCCCGGCGAACGGC > NC_000913/4186247‑4186837
|
gaGGAAGCGGGTGTAGACCTGAGGGGTAACGGGCTGCGGGGTCGTGCGATCACCTGTTCTGACAAGCGGCTCCTGAAATCTTTGGCGGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGaaaa < 1:978748/300‑1 (MQ=255)
aaGCGGTAGCCGCCCTGCTGGATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGt < 2:864131/301‑1 (MQ=255)
aGCGGTAGACGCCCTGCTGGATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCCAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGGTGCGATGAAAATGGtt > 1:647826/1‑301 (MQ=255)
tAGACGCCCTGCTGGATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAgcg > 2:847204/1‑301 (MQ=255)
cctcccTGCTGGATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCga < 2:181204/298‑1 (MQ=255)
cccTGCTGGATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAAGGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTAATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGCGGTCTGGCTACCACCATTAACGCGTCGATGAAAATGGCTGAGCGCga > 1:1861464/1‑298 (MQ=255)
ggagtggtcaCGGCCGGCGCGGTCCTGCGCGACCCTGTCCTATCAGGGGTCCCCATACATCTTGAGCCGACATGATCCAATGTAAAAAGTGTCGTTTCCGTCAGAACCCCCTCGGTAAGCGTGTTGACTAATCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGACGAAGAAAATGGCACTTGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGc < 2:1941862/292‑1 (MQ=255)
tgGATAACGTGCGTCTCGGTCTGTCGAGCACCGGTTCTACCAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTGCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTg < 2:2012252/300‑1 (MQ=255)
ggATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCCTCTACGGTACGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCTAAGAAGCTggc > 1:1494891/1‑299 (MQ=255)
gtcgtcGCGGTCGTGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGa < 2:1960018/301‑1 (MQ=255)
gtcgCGGTCGTGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGGGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCATGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGatat > 2:42085/1‑301 (MQ=255)
tcgCTGTCGTGCGATCTCCGGTTCTAACAATCTTCCTCTGGAAGCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAACCAGGGTCGTTTCCGTCACAACCTGGTCGTTAAGCGTGTTGTCTACTCCGGTCGTTCTGTAATCCCCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGTCACTGGAGCTGTTCAACCCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGata < 1:944251/299‑1 (MQ=255)
gTCGTGCGATCACCGGTTCTAACAATCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGa < 2:1821378/301‑1 (MQ=255)
cGATCACCTGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGt < 2:647999/301‑1 (MQ=255)
cGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAGCAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGacgg > 2:265025/1‑298 (MQ=255)
cACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAACTGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCCTCTACGGCAAGCTGGAGATGCGTGGTCTTGCTCTCAACATTAAAGCTGCGTAGGAATTGTTTGGGGGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGTTATCCTGTACGATGtattc > 2:1094392/1‑297 (MQ=255)
aCCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTGTGCCGACATGATCAAAGGTACACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCTGGTCGTTCTGTAATCAACGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTTCCGATGAAAATGGCACTGGAGCTTTTCAAACCGTTCATCTACGCGAAGGTGGACCGGCGTGGTCTTGCCAGCACCATTAAAGGCGCCATGAAAATGGTTAATCGCGAAGAGCCGTTCGTGTGGGATATACTGgaagaattattcc > 1:1780977/1‑294 (MQ=255)
gggctgcatctGAAAACTGTGTCCGAGATGTGCGAAGGTAGACGGGGTCGTTGCCGTCAGAAACTGCCCGGTACGCGTGGTGACGACTCCGTTCGTTCTGTAGTCACCGGAGGTCCATACCTGCGTCTGCGTCAGGGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCgg < 1:751486/293‑1 (MQ=255)
ctctGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAATCGTTCATCTACTGCAAGCTGGAACTTCGTGGTCTTGCTACCACCATTAACGCTACGATGCAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCGGTCGTTTGCGATATCCTGGACGAAGTAAtgatcggagcagatcacatctg > 2:1043088/1‑280 (MQ=255)
gAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCAGCGAACACCCGGTACTGCTGAAc > 2:1026502/1‑301 (MQ=255)
aaTCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCTGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCg > 2:1048076/1‑301 (MQ=255)
gATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGCTGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTTCCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGGTATCCGCGTACACCGGGTCCCGCGGAACCGGGCACCGACTCTGCAc > 1:534491/1‑301 (MQ=255)
gATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAGGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACAGACTCTGCAc > 2:1390731/1‑301 (MQ=255)
gATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGAGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTCGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTCTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCTAACCCCCGGTCCTGCGGAACCGTGAACCGACTCCGCa > 1:342590/1‑300 (MQ=255)
agtggaaCAGGGTCGTTTCAGTCCGAACCTGTGCTGTAGGCGTGTTGACTACTCCGGTAGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGGGTCTGCATACGTGCGGGCTGCCTAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTGGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTg < 1:1400949/296‑1 (MQ=255)
gTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAATCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTggg < 2:1861991/301‑1 (MQ=255)
aaagcaggggTCCTTTCCGCGCGAACATGCTCGGTGAGCGTGTTGAGTATTCCGGTCCTTCTGTAATAACCGTAGGTCCAACCCCGCGTTTGCGTCCGGGCGGTCTGCCGCAGAAAATGGCACTGGAGGTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTTGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTggg < 1:279242/294‑1 (MQ=255)
cAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTCAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGttt < 1:1833643/223‑1 (MQ=255)
cGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGCCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACAGACTCTGCACCGTccgagagcggaaaagc > 1:615718/1‑286 (MQ=255)
ttCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGGAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCAttt < 2:534619/300‑1 (MQ=255)
tCCGTCAGAACCTGCTCGTTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTg < 1:1942492/300‑1 (MQ=255)
gTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTCGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCCTTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACTAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGAGCACCGACTATGCACCGTATGGGTATCCAGGCATTTGaatc > 1:317197/1‑299 (MQ=255)
gTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCACGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGACAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCCGCACACTGCCCCCACTCTGCTCCGTCTGGGATTCCCGGACTTTGAccc > 1:462905/1‑301 (MQ=255)
gTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGGGCACCGACTCTGCACCGTCCGGGTATCCCGGCATTTGAAcc > 1:1764162/1‑301 (MQ=255)
gAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGtc > 2:1147605/1‑300 (MQ=255)
gtgaggaaagacgattGCCTACTACGGTCGGTCGGTAATCACCGGAGGTTCATACATGAGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGACACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGCCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATc < 1:692271/287‑1 (MQ=255)
gCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATCGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGGCTTGCGACCACACTTAAAGCTGCGATGAAAATGGTGGAGCGCGAAGAAAGTGTCGTTTGGGTTTTCCTGGCCAAAGTTATCAGCGAACACCTGGTCCTGTTGAACACTGCACCTACTCTGCATGGACCGGTTACCCTGGCATTCCAACCGCTAATGacc > 1:1321855/1‑299 (MQ=255)
gCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCAACATTAAAGCTGCGAGGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGATGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACAACCGGGTCTACTGAACAGTTCACCAACACTGCCCAGTCTTGGTATCCAGTCATTCTAACCGTTAcgtaccgcaagtaat > 1:814622/1‑287 (MQ=255)
ggACTGCTCCGGTCGTTCTGTAATAACCGTAGGTCCATACCGGGGTCTGCATCAGTGCGGTCTTCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATc < 1:1047778/300‑1 (MQ=255)
actactCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGCCTCTGCACCGTCTGGTTCTCCAGGCATTTGAAACGGTACTGATCTAAGGTAAAGCTAGcc > 1:245510/1‑300 (MQ=255)
ctactCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTACAGCTGCGATGAAAATGGATGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGACGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAAACGTGCACCGACTCTGAACCGTCTGGGTATTCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGACGGTAAAGCTAccc > 2:377245/1‑299 (MQ=255)
ggtcggtcGGAAACCACCGACGGGCCATACCTGCGTTTGTATCAGTGCGTTTTGCCGAAGAAAATGGTACTGGGGCTGTTCAAACCGGTCAGCAACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTTTGGATACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTGGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCAcc < 1:1793710/301‑1 (MQ=255)
tCGTTCTGTAATCTCCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCCCTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTg < 2:1360569/295‑1 (MQ=255)
gTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTggg > 1:237285/1‑244 (MQ=255)
gTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTggg < 2:237345/244‑1 (MQ=255)
gTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGGCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAGTGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGt < 2:125436/299‑1 (MQ=255)
aaTCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACGGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTAGACGAAGTTATCCGCGAACACGCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTTGGTAACCAGGTATCTGCACGGGTACCGACCGAGCGTAAAGCTAACCAGCTGCACCCGCAGGATtgg > 1:960739/1‑300 (MQ=255)
cACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCAAGGCATTTGAACCGGTACCGATCGAAGGTAAAGCATTCCAGCGGCACCCGCTGGTTTCTGCg > 1:181280/1‑301 (MQ=255)
aCCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCgg > 2:1633979/1‑301 (MQ=255)
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ccGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCCGTCTTCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCTCCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCGGc < 2:1828274/301‑1 (MQ=255)
aaGGTCCTGACCGGCGTCTGCATAAGTGCTGTCTGCCGATGGAAATGGCACTGGAGCTGTTCCAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATGAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCTCGAAGACGCTGTCGTTGGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCGGCata < 1:1147279/300‑1 (MQ=255)
ggTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCGGCatat > 2:2049716/1‑300 (MQ=255)
gTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCGGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAAcc < 2:499329/244‑1 (MQ=255)
gTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCGGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAAcc > 1:499206/1‑244 (MQ=255)
tCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAAACGTGCACCGACTCTGCACCGTCAGGCTATCCAGGCATTTTAACCCGTACTGAACGAAGGGAAAGCTATCCCGCTGCACCCGCAGCTTTGAGCGACaagaacc > 2:823815/1‑295 (MQ=255)
aTACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCCCTGGAGCTTTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTACAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCGGCATATAACGcc < 1:562091/301‑1 (MQ=255)
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A