Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A9 F92 I8 R1
|
15 |
104.2 |
2166912 |
75.2% |
1629517 |
300.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,186,542 |
A→T |
K398M (AAG→ATG) |
rpoC → |
RNA polymerase, beta prime subunit |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,186,542 | 0 | A | T | 100.0%
| 385.2
/ NA
| 115 | K398M (AAG→ATG) | rpoC | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (57/58); total (57/58) |
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
AGGAAGCGGTAGACGCCCTGCTGGATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGAAGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCGGCATATAACGCCGACTTCGATGGTGACCAGATGGCTGTTCACGTACCGCTGACGCTGGAAGCCCAGCTGGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCTACCAACAACATCCTGTCCCCGGCGAACGG > NC_000913/4186248‑4186836
|
aGGAAGCGGTAGACGCCCTGCTGGATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAATCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAAt > 1:626049/1‑301 (MQ=255)
ggAAGCGGTAGACGCCCTGCTGGATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATg > 1:578087/1‑301 (MQ=255)
aGCGGTAGACGCCCTGCTGGATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGtt > 1:524163/1‑301 (MQ=255)
aGCGGTAGACGCCCTGCTGGATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGtt > 1:933577/1‑301 (MQ=255)
aGCGGTAGACGCCCTGCTGGATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCCCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTCCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTATCACCATTAAAGCTGCGATGAACATGGtt > 1:8326/1‑301 (MQ=255)
gaccgcgacgaccgttatccagcagggcgccgcgGTCGTGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCCCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGTCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGCTGCAACTGGTTg > 2:590549/31‑301 (MQ=255)
ggTAGACGCCCTGCTGGATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATTAGTGCGGTCCGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGTTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTCCGTGGTCTTGCTACAACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAg > 2:368568/1‑301 (MQ=255)
tgctgGATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGc < 1:320623/301‑1 (MQ=255)
gcggggtAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGc < 2:578078/294‑1 (MQ=255)
ggATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGaagaag > 2:4096/1‑296 (MQ=255)
gATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCg > 2:406721/1‑301 (MQ=255)
cgtcgCGGTCGTGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGat < 2:945629/300‑1 (MQ=255)
cgcgGTCGTGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATc > 1:766537/1‑300 (MQ=255)
gTCGTGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTgg < 1:211174/300‑1 (MQ=255)
cGTGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACg > 2:952020/1‑301 (MQ=255)
tGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTgagatcggaagagcacacgtctga > 1:590277/1‑278 (MQ=255)
cGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGt < 1:175193/301‑1 (MQ=255)
aCCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATcc < 1:1074752/301‑1 (MQ=255)
gTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAACGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCcgcg < 1:590558/300‑1 (MQ=255)
cctacacgaggtagttccgagctgttgggCGGACATGATCAAAGGTAAACGGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGGGTGTTGACTACTCGGGTCGTTCTGTAATCGCCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGaa < 2:881925/274‑1 (MQ=255)
aaCAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAacac > 1:26386/1‑300 (MQ=255)
gCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGtt > 2:920732/1‑300 (MQ=255)
atctCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGt < 1:930790/297‑1 (MQ=255)
cGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGt < 1:565869/299‑1 (MQ=255)
tCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTActg < 1:676927/301‑1 (MQ=255)
ccTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTagat > 2:930776/1‑297 (MQ=255)
ttcagacgtgtgctcttccaatcataaaaGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTActgc < 1:342328/274‑1 (MQ=255)
ctctGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTGCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTACTGTAATCGCCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAGGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACAACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGGCAAAGTTATCCGCGAACACCCGGTActgct < 1:478452/301‑1 (MQ=255)
aaTCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTAAAACCATTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCg < 2:933563/301‑1 (MQ=255)
aaTCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGCGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGACAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCAAACACCCGGTActttttaccc > 2:928720/1‑292 (MQ=255)
tCTTTGGCCTACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTg < 2:150319/301‑1 (MQ=255)
tCTTTGGCCGACATCATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGATCCTGCACGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCGCCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTAGGGTATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTg < 1:988530/301‑1 (MQ=255)
cTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGCCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAACATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGCAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGACAACGGTTGAGCGCGCAGAAGCCGTCGTTTGGGATATCCTGGACGATGTTAGCCGCGaaagatcgcaagagcacacgtctga > 1:881938/1‑278 (MQ=255)
tccgatcttGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCg < 1:220450/293‑1 (MQ=255)
ccGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGAc < 1:952035/301‑1 (MQ=255)
aCATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGAct > 1:56556/1‑299 (MQ=255)
aTGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGc < 1:406726/301‑1 (MQ=255)
tGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCCCCGagatcgga > 2:220448/1‑294 (MQ=255)
tGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGc > 2:883343/1‑300 (MQ=255)
aTCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGATGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCAGCCCTGCAc > 2:733154/1‑300 (MQ=255)
tCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCTGTCAGAATCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAACCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGCTTGGGATATCATGGACGAAGTTATCCGCGAATATCCGGTACTGCAGatcggaatagcgtcgtgtagggg > 2:342323/1‑279 (MQ=255)
cAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCAACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGt > 1:46899/1‑301 (MQ=255)
aaGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGt > 1:414645/1‑299 (MQ=255)
tctAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTgg < 2:352473/299‑1 (MQ=255)
tAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTggg < 1:808700/300‑1 (MQ=255)
ttttCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCAtt < 1:4096/300‑1 (MQ=255)
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tttCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAACGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGGTCGGTCTGCCGAAGAAAAGGGCACTGAAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAATCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCAttt < 2:626040/301‑1 (MQ=255)
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taaaagtggCGATGAAAATGGTTGGGCGCGGAGAAGCTGTCGGTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTGCTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTTGGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCGGCATATAACGCCGACTTCGATGGTGACCAGATGGCTGTTCACGTACCGCTGACGCTGGAAGCCCAGCTGGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCTACCAACAACATCCTGTCCCcggc < 2:26386/293‑1 (MQ=255)
cagCGATGAAAATGGGTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTAAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCGGCATATAACGCCGACTTCGATGGTGACCAGATGGCTGTTCACGTACCGCTGACGCTGGAAGCCCAGCTGGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCTACCAACAACATCCTGTCCCcggcgaacg < 2:697117/298‑1 (MQ=255)
cTGCGATGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTAGGGATATCGTGGACGAAGTTATCCGCGAACACACGGTACTGCTGAACCGTGCACCGGCTCTGCACCGTCTGCGTATCCAGGCATTTGACCCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGATGCACCCGCTGGTTTGTGCGGCATATAACGCCGACTTCGATGGTGACCAGATGGCTGTGCACGTACAGCTGACGATGGAAGCCCAGCTGGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTATACAACCACCATCCTGTACCcggcgatcgg > 1:710845/1‑301 (MQ=255)
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AGGAAGCGGTAGACGCCCTGCTGGATAACGGTCGTCGCGGTCGTGCGATCACCGGTTCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCTGCATCAGTGCGGTCTGCCGAAGAAAATGGCACTGGAGCTGTTCAAACCGTTCATCTACGGCAAGCTGGAACTGCGTGGTCTTGCTACCACCATTAAAGCTGCGAAGAAAATGGTTGAGCGCGAAGAAGCTGTCGTTTGGGATATCCTGGACGAAGTTATCCGCGAACACCCGGTACTGCTGAACCGTGCACCGACTCTGCACCGTCTGGGTATCCAGGCATTTGAACCGGTACTGATCGAAGGTAAAGCTATCCAGCTGCACCCGCTGGTTTGTGCGGCATATAACGCCGACTTCGATGGTGACCAGATGGCTGTTCACGTACCGCTGACGCTGGAAGCCCAGCTGGAAGCGCGTGCGCTGATGATGTCTACCAACAACATCCTGTCCCCGGCGAACGG > NC_000913/4186248‑4186836
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A