Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A8 F17 I0 R1
|
115 |
121.7 |
2441348 |
96.4% |
2353459 |
231.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,513,778 |
T→G |
13.8% |
V321G (GTG→GGG) |
ydcT → |
putative ABC transporter ATPase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,513,778 | 0 | T | G | 13.8%
| 204.5
/ 2.6
| 80 | V321G (GTG→GGG) | ydcT | putative ABC transporter ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/42); new base G (11/2); total (36/44) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.58e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCGGAACATATCCGCCTCAACACCCCTGGTGAACTGCAGGCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTATACTTTTGACGA > NC_000913/1513542‑1514012
|
tGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCGGAACATATCCGCCTCAACACCCCTGGTGAACTGCAGGCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGa < 1:681292/239‑1 (MQ=255)
tGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCGGAACATATCCGCCTCAACACCCCTGGTGAACTGCAGGCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTcc < 1:61927/239‑1 (MQ=255)
cAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCGGAACATATCCGCCTCAACACCCCTGGTGAACTGCAGGCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTg < 1:789453/238‑1 (MQ=255)
agagAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCGGAACATATCCGCCTCAACACCCCTGGTGAACTGCAGGCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACCGGTTGTGAGTCAGGGCAATAAAACAGGCGGAGAACTAGCCGTCAAGCCCACGCCCGGCCAAACGGCGAGGGTTTCCTg > 2:515059/1‑237 (MQ=255)
agaAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCGGAACATATCCGCCTCAACACCCCTGGTGAACTGCAGGCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGGGAAAAACTGGTTGTGAGGCAGGCCAATATGAAAGGCGAAGAACTGCCCGCCACGGTCACGCCCGGAACACAGGTGGTGGGTTTCTGGTcg > 1:286126/1‑239 (MQ=255)
aaCTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCGGAACATATCCGCCTCAACACCCCTGGTGAACTGCAGGCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTcgcg < 1:730019/238‑1 (MQ=255)
tgtgGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCGGACCATATCCGCCTCAACACCCCTGGTGAACTGCAGGCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCgtgatgt < 1:780810/239‑1 (MQ=255)
tgGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCGGAACATATCCGCCTCAACACCCCTGGTGAACTGCAGGCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGGGGCAGGGCAATATGACAGGCGGAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGGGGTGGTTTTCTGGTTGCggggtgtga > 1:659623/1‑239 (MQ=255)
cGGGAAGCTTCGACAGAGAACCGGTACATATCGGCCGCAACACCCCTGGTGAACTGCAGGCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCCGTAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGTCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACACCAGGTGATGGTTTCCTGCTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCg < 2:1203665/239‑1 (MQ=255)
agggAAGCTGCGCCCTGCGACCGGAACATATCCGCGTCAACACCCCTGGTGAACTGCAGGCCAATGGCACGATCCAGGCTGTGCAATATCAGGGCGAGGAAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCg < 2:717505/238‑1 (MQ=255)
gcgaccggtgagcGGAATATATCCTGCGCAACCGCCCTGGTGAGCTGGAGGCCAATGGCAAGATCCAGGCGGTGCAAGATCAGGGCGTGGTAACTAGTTTTGAACTGAAATGAAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCTTGACGCGCTCGCGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTgag < 2:1148524/227‑1 (MQ=255)
cGCCCTGCGACCGGAACATATCCGCCTCAACACCCCTGGTGAACTGCAGGCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAAATCGTTTTGAACTGAAATTGGAAGGCGGTGAAAAAATGCCTGTGAGTGAAGGCAATATTAAAGGGGGAGAAATGACCGCCCCGCCCAAGCCCCGACCACAGGGGAGGGGTTCCCGGTAGCGGGCGGGGATGGGG‑CCggcgggggggg > 2:1049208/1‑229 (MQ=255)
gCCCTGCGACCGGAACATATCCGCCTCAACACCCCTGGTGAACTGCAGGCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTgagga < 1:118508/239‑1 (MQ=255)
gCCCTGCGACCGGAACATATCCGCCTCAACACCCCTGGTGAACTGCAGGCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTgagga < 1:564168/239‑1 (MQ=255)
cccTGCGACCGGAACATATCCGCCTCAACACCCCTGGTGAACTGCAGGCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTgaggag < 2:1014104/239‑1 (MQ=255)
cGACCGGAACATATCCGCCTCAACACCCCTGGTGAACTGCAGGCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAAATGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGGAGAACGGCCTGCCCCGCTCAAGCCCGGACAAAAGGTGAGGGGTTCCTGGGCGCGTGCGGTGATGGTGCCCGCTGGtgtggggggggg > 2:885081/1‑228 (MQ=255)
gCCTCAACACCCCTGGTGAACTGCCGGCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAGCGGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTa < 1:584408/239‑1 (MQ=255)
gCCTCAACACCCCTGGTGAACTGCAGGCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTa < 1:107661/239‑1 (MQ=255)
gCCCCAACACCCCGGGTGAGCTGCAGGCCAATGGCACGGGCCAGGCGGTGCAAGATCAGGGCGCGGGAACTCGGTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGGGATGGTTTCCTGGGCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTa < 2:910080/239‑1 (MQ=255)
cccTGGTGAACTGCAGGCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGt < 1:390034/192‑1 (MQ=255)
cTGGTGAACTGCAGGCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACCGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGAAAGGCGAAGAAATGCCCGCCCCGCTCACGCCCGGACAAAAGGGGATGGGTTTCTGGTCGCGGGATGTGGTGGGG‑CCGGCGGCTGAGGAGAGGGGAATGGCGGTGACTGTATTGCAA‑TCaacg > 2:24530/1‑236 (MQ=255)
aCTGCAGGCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCACGTc < 1:1147986/239‑1 (MQ=255)
aGGCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCACGTCCAgg < 2:397207/238‑1 (MQ=255)
ccAATGGCACGATGCAGTGGGTGGAATATCAGTGCGCAGCATGTCGTTTTGAACTGAAATTGAAGGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGGCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCGTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCACGTCCAGGt < 2:538988/236‑1 (MQ=255)
ccAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCACGTCCAGGt < 1:885081/236‑1 (MQ=255)
tGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTa > 1:238397/1‑239 (MQ=255)
cGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCCTGTGAGTCAGGCCAATATGACAAGGGAAGGACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGGGAGGGTTTTCTGGTGGCGTGGTGTGGTGGCG‑CCGCCGGGTGGGGAGAGGGGAATGGCGGAGGATGGATTGCGA‑TCTGCTTCACGGGCAGGGGTGGGGAAgggt > 2:609905/1‑237 (MQ=255)
aTCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGGCAATATGACAGGGGAAGAAATGGCTGCCACGCTCACGCCCGGACAAAAGGGGAAGGTTTCCTGGGCGCGGGAGGGGGTGGTG‑CCGGTGGGTGAGGGGAGGGGGAAGGCGGTGGAAGTATTTCAA‑TCACCTTTCCGGCCAGGGCGGGGGAAgggtg > 2:870819/1‑235 (MQ=255)
aTCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCACGTCCAgg < 1:796295/224‑1 (MQ=255)
tCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACCGCGTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGGGGAGGACTGCCTGCCACCCTCACCCCCGGGCAAAAAGGGACGGTTTTCTGGGCCCGTGATGTGATGGGG‑CCGCCGGGTGAGGAGGGGGGGAAGGCGAGGGATGGATTGGAAGTCACCTCCCGGTCCGGCTCGGGGGAAgtggcc > 2:189177/1‑234 (MQ=255)
cGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGt < 1:567809/236‑1 (MQ=255)
cGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGACCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGt < 1:652412/236‑1 (MQ=255)
tGCCATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAAATGAAATTGAACGGCGGTGAAAAAATGGCTGTGATGCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAAATGCCTGCCACGCTCACGCCCGGCCAACAGGTGATGGGTTTCTGGGCGCGGGAAGTGCTGGGG‑CCGCCGGGTGAGGGGAGGTGGATGGCGGTGGATGTTTTGTCA‑TCACCTTCACGTCCAGGGCTGGGGAAGGGGTCCGGGttct > 2:738475/1‑237 (MQ=255)
tGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCCGGCCAATAAGACAGGCGGAGAACTGCCTGCCCCGCCCACGCCCCGCCCACAGGGGAGGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCCTGTTGTGGAGAGGTGTATGGCGCTGGATGGATTGTCA‑TCACCTTCACGGACCGGGCTGGGGAAGGTGGCCGGtttac > 2:1000741/1‑235 (MQ=255)
tGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGGAGGACTGCCTGCCACGCCCACGCCCGGACAAAAGGTGATGGGTTCCTGGGCGCGGGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGGGGAGAGGGGGAAGGCGATGAGTGTATTGCGA‑TCACCTTCCCGGCCAGGTTCGGGTAAggctgtcgcttatta > 2:796295/1‑225 (MQ=255)
tGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTc > 1:842616/1‑205 (MQ=255)
tGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTc < 2:842616/205‑1 (MQ=255)
tGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGGGATGGTTTCCTGGTCGCGTGGTGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCCCGTCCAGGTCTGGGTAAGGGGTCCGGGttct > 1:288520/1‑237 (MQ=255)
tGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGGGAAAAACTGCCTGGGAGGCAGGCCAATATAACAAGCGGAGAACTGCCCGCCACGCTCACGCCCGGGCCAAAGGGGATGGGTTCCTGGGCGCCTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGGGGATGGCGATGGATGGATTGCAA‑TCCACTTCACGTCCCGGGCTGGGGGAGGGGGCCGGTttcttt > 2:189434/1‑238 (MQ=255)
gCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTttcttc < 1:738475/238‑1 (MQ=255)
atagCAGGGCGCGGCAACTCGGTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGT‑AGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCa < 1:5144/239‑1 (MQ=255)
tatCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCa < 1:401502/239‑1 (MQ=255)
gggCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGACGAATTGCCTGCCACGCTCACGCACGGCCAACTGGCGATGGTTTCCTCGTCGCGTGATGTGCTGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGGGAATGGCGCTGCATGTCTTGCAA‑TCCCCTTCACGTCCCGGTGTGGGGAAAGTGTCCGGTTTCTTCTGGcgttat > 2:321323/1‑233 (MQ=255)
gggCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCACGTCCCGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTATCTTCTGGCATAAt > 1:280730/1‑238 (MQ=255)
gcgGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCgg < 1:870819/238‑1 (MQ=255)
cgGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCggg > 1:930509/1‑238 (MQ=255)
aCTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCggggctggg < 1:136730/239‑1 (MQ=255)
cGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCggggctggggct < 1:321323/239‑1 (MQ=255)
tttGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGGGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGGG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGGGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGtt > 1:1063789/1‑239 (MQ=255)
tGAACTGAAATTGAGCGGCGGTGAAAAAGTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGtttt < 2:827583/239‑1 (MQ=255)
tGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGtttt < 1:24530/239‑1 (MQ=255)
aCGGCGGTGCAAAACTGCTTGTGAGTCCGGCCCATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGCCAACCGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCCGGTTGCGGAGAGGTGACTGGCGCTGAATGTATTGCCA‑TCCCCTTCACGTCCAGGTCTGGGGAAGGCGGCCGGTTTCTTCTGGCCTAATCCCGGGCTGGCGCCGTTTTTACTTCCGCTTgg > 2:1208264/1‑238 (MQ=255)
aCGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTgg < 1:288810/238‑1 (MQ=255)
cggTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGGGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGccc > 1:1217442/1‑237 (MQ=255)
gTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGACTGCCACGCTCAAGCCCGGACAACAGGGGATGGTTTCCTGGTCGCGGGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGGATTGGAA‑TCACCTTCACGTGCAGGGCTGGGGAAGGGGGCCGGTTTCTTCTGGGATAAACCGGGGCGGGGGCGGTTTGTACTGCTGCTTGGGCCggca > 2:1125024/1‑236 (MQ=255)
aaaaCTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCTAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAAtg < 2:768895/238‑1 (MQ=255)
gCTTGTGCGTCAGGCCAATATGACAGTAGTAGAACTGCCTCCAACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTTATGGTG‑CCGCTGACTGAGGAGAGGTGATTGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCTCCTTCATGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGGCCGGTTTCTTCTGGCATAATACGGGGCTGGGGCTGTTTTTATTGCTGCTTGGCTCTCTACTTTGGTTTg > 2:449006/1‑239 (MQ=255)
tgggAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGATCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCa < 1:234010/236‑1 (MQ=255)
gTCAGGCCAATATGACGGGCGAAGAACTGCCGGCCAAGCTCACGCCCGGACAGCAGGTGATGGTTTCCTGGGCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGt < 2:1041442/238‑1 (MQ=255)
tatGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGc > 2:300727/1‑238 (MQ=255)
cAGGCGAAGAACTGCCTTCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGGTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAGTGTATTGCAA‑TCACCTTCTCGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTTCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTCGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGCCGCGCTCACGTGGTTTGGCATTGTCTTTTGTGGCTCgct > 2:33211/1‑238 (MQ=255)
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ggCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTc > 1:665127/1‑233 (MQ=255)
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gaagaaCTGCCGGCCACTCTCACGCCCGGGCAACAGGTTATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGa < 1:1059443/238‑1 (MQ=255)
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aagaaCTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGAG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCa < 2:845568/213‑1 (MQ=255)
cgcGCTCACGCCCGGACAACAGGGGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGTGG‑TCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCAGAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCGCGCTGCTGACGCTGTTATGGCAg < 2:1218354/236‑1 (MQ=255)
cACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAg < 2:930509/238‑1 (MQ=255)
cACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTGCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAg < 1:569069/238‑1 (MQ=255)
cGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAg > 1:363653/1‑236 (MQ=255)
cGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAg < 2:363653/236‑1 (MQ=255)
cTCACGCCCGGACAACATGTGATGGTTTCCTGGGCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTgagga < 2:811259/65‑1 (MQ=255)
ggACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGGTTTTATACttt > 1:267983/1‑239 (MQ=255)
gACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGGTGTGATGGGG‑CCGATGGTTGAGGAGAGGTGAATg > 1:811259/1‑65 (MQ=255)
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caGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGGTTTTATACTTTTTACGa > 1:1188810/1‑239 (MQ=255)
|
TGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCGGAACATATCCGCCTCAACACCCCTGGTGAACTGCAGGCCAATGGCACGATCCAGGCGGTGCAATATCAGGGCGCGGCAACTCGTTTTGAACTGAAATTGAACGGCGGTGAAAAACTGCTTGTGAGTCAGGCCAATATGACAGGCGAAGAACTGCCTGCCACGCTCACGCCCGGACAACAGGTGATGGTTTCCTGGTCGCGTGATGTGATGGTG‑CCGCTGGTTGAGGAGAGGTGAATGGCGATGAATGTATTGCAA‑TCACCTTCACGTCCAGGTCTGGGTAAGGTGTCCGGTTTCTTCTGGCATAATCCGGGGCTGGGGCTGTTTTTACTGCTGCTTGGCCCGCTAATGTGGTTTGGCATTGTCTATTTCGGCTCGCTGCTGACACTGTTATGGCAGGGATTTTATACTTTTGACGA > NC_000913/1513542‑1514012
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
