Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F18 I0 R1
|
274 |
115.5 |
2655328 |
86.7% |
2302169 |
226.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,272,501 |
T→G |
16.1% |
intergenic (+152/‑6) |
chaB → / → chaC |
cation transport regulator/cation transport regulator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,272,501 | 0 | T | G | 16.1%
| 217.8
/ 2.3
| 98 | intergenic (+152/‑6) | chaB/chaC | cation transport regulator/cation transport regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/55); new base G (17/3); total (40/58) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.17e-06 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AAGAAACCGCGCATAAAGTGGCCTGGGCTGCTGTGAAGCATGAATATGCCAAAGGGGATGATGATAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTG‑ATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTC‑T‑‑TATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGA‑CCGGTGTGGATCTTCGGCTATGGATCGTTGATG‑TGGAATCC‑GGCACTGGAGTTTACCGAATCGTGCACCGGTACACTGGTTGGATGGCA > NC_000913/1272264‑1272730
|
aagaaACCGCGCATAAAGTGGCCTGGGCTGCTGTGAAGCATGAATATGCCAAAGGGGATGATGATAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCGTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTTTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGATGTTGCAGGGAAGAATGCAGTGTGGGAAgtg > 2:283187/1‑239 (MQ=255)
agaaACCGCGCATAAAGTGGCCTGGGCTGCTGTGAAGCATGAATATGCCAAAGGGGATGATGATAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAgtg < 1:1218644/238‑1 (MQ=255)
aaaacccggcaataattGGCCTTGGCTTCTGTGAAGCATTAATAGGCAAAAGGGTATGATGATAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGGCGCTTAGTTAAAGCTATTCGCGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTa < 1:1053883/223‑1 (MQ=255)
ggCCTGGGCTGCTGTGTAGCATGAATATGCCAAAGGGGATGATGATAAATGGCATAAAAAGTCGTAAAACCGGTCGGTTAGTTAAAGCTAATCGTGCGGTGGTGCCTTGCAAGTGGTTCGTGGATTGCATATTGTACCGTTAGTGGTTTCAAAATGGGCAGTAAAAATGTTCGGAAGA‑GACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTg < 1:987060/237‑1 (MQ=255)
ggCCTGGGCTGCTGTGAAGCATGAATATGCCAAAGGGGATGATGATAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTg < 2:1072090/237‑1 (MQ=255)
gCCTGGGCTGCTGTGAAGCATGAATATGCCAAAGGGGATGATGATAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTCGTGGTTTCAAAATGGGCAGGAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAGGTATGCAGTGGCGGAAAGGTAAgggaaaaaaaggggagt > 1:203636/1‑224 (MQ=255)
cTGGGGTGCGTTGAAGCATGAATATGCCAAAGGGGATGATGATAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGGTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTG‑ATTTc < 1:1101840/239‑1 (MQ=255)
ctgTGAAGCATGAATATGCCAAAGGGGATGATGATAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCGGTGAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGtctgtctcttattcacttctcaga > 2:1224864/1‑215 (MQ=255)
aGCATTAAATTGCCAAAGGGGATGATTATAAATGGCATAAAAAAGCGTAAAACCGGTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTG‑ATTTCTTGATGAATGCCGa < 1:292966/239‑1 (MQ=255)
aGCATGAATATGCCAAAGGGGATGATGATAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGGCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTG‑ATTTCTTGATGAATGCCGa < 2:1193810/239‑1 (MQ=255)
aGCAAGAAAATGCCAAAGGGGATGAAGATAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGGGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGGCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTG‑ATTTCTTGATGAATGCCGa < 1:1045005/239‑1 (MQ=255)
tGAATATGCCAAAGGGGATGATGATAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCACAAGGAGCAGTAAAAATGTCCGGATGG‑CACCAAAAAGTGTTGGCAGGGCAGTATGAAAGGGGGGAAGGGAAAGGGTAGAAACCGTG‑TATTCTTTATGGAAGCCgggtga > 1:858496/1‑234 (MQ=255)
tGAATATGCCAAAGGGGATGATGATAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGGTAACGCGGG‑ATTTCTTGCTGAATGCCGGtttg > 2:1045005/1‑237 (MQ=255)
tGAATATGCCAAAGGGGATGATGATAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGGG‑ATTTCTTGATGAATGCCGATTGt > 2:711750/1‑239 (MQ=255)
tGAATATGCCAAAGGGGATGATGATAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTAGGCAGTGGCGGAAGGGAAAAGGGGAAAGGCGGG‑ATTTATtggggaaggcggggtgg > 1:1201707/1‑224 (MQ=255)
aaTATGCCAAAGGGGATGATGATAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTG‑ATTTc < 2:1198598/219‑1 (MQ=255)
tatGCCAAAGGGGATGATGATAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTG‑ATTTCTTGATGAATGCCGATTGTaaaa < 2:1209981/239‑1 (MQ=255)
ccAAAGGGGATGATGATAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTG‑ATTTCTTGATGAAGGCCGATTGTAAAACg > 2:486865/1‑237 (MQ=255)
aaGGGGATGATGATAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTG‑ATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCAtt < 2:1201707/239‑1 (MQ=255)
aaGGGGATGATGATAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGGGATAACGCGGG‑ATTTCTTGATGAATGCCGGTTGTAAAACGGCAtt > 2:781284/1‑239 (MQ=255)
ggATGATGATAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCTGTCGGTTAGTTAAAGGTATTCGTGCGGGGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGGGGATGGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAGTGAGGAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTG‑ATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTg < 1:963475/237‑1 (MQ=255)
ggATGATGAGAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTG‑ATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTgg < 2:939802/238‑1 (MQ=255)
atgatgatAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGGG‑ATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTg > 2:1062685/1‑238 (MQ=255)
atgatgatAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGGGGCGGAAGGGAAAGGGGGAAACACGTG‑TTTTCTTTTTGAAAGCCCGTTGTAAAAAGGCATTTgggg > 1:7881/1‑236 (MQ=255)
atgatgatAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGCCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGGGATAACGCGTG‑ATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTgggg > 2:364358/1‑236 (MQ=255)
tgatgatAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAATTGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGGGGAAGGTGATAACGCGTG‑ATTTATTGTTGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTgtggcc > 2:176833/1‑234 (MQ=255)
gtgttAAATGGCATAAAAAATCGTAAACCCGGTCGCTTAGTTAAAGTTTTTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGGCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTG‑ATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCAt < 1:1263946/235‑1 (MQ=255)
tgatAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTG‑ATTTCTTGATGAATGCCGATTGTaaa < 2:219900/221‑1 (MQ=255)
aaagtgctaaaaaaaTCCTAAAAGCGGTTGCTTTTTTGAAGTTTTTCGGTGGGTGTTGCCTTACAAGTTGTCGGTGGATTGCATATTGGCCCGTTAGTGGCTTCAAAATGAGCGGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTG‑ATGTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTgaag < 1:280443/230‑1 (MQ=255)
aaaTGGCATAAAAAATGGTAAAACCGGTCGCTGAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTG‑ATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTgaag < 2:1205153/239‑1 (MQ=255)
tGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGTTGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTG‑ATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAAt < 1:1152162/239‑1 (MQ=255)
tGGAATAAAAAATTGTAAAACCGGGTGCTTAGTTAAATCTGATCGTGCGTAGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATCGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAACGAGCAGTAAAAATGGCCGGAAGA‑CACCAGAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTTGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCCTG‑ATTTCTTGATGAATGCCGATCGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAAt < 1:372917/239‑1 (MQ=255)
gCATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCTTAGTTAAAGCTATGCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTG‑ATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAAt < 2:844974/237‑1 (MQ=255)
cATAAAAATTCGTAAAACCGGTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGTGCAGTAAAAATGTCCGGAATA‑CACCAAAAGGTTTTTGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGGGAAAGGCGGAAAAGCGTG‑ATTTTTTATAGCAAGCCGAGTTAAAAACGGCATTTggcgtgtccttaaaaaaaa > 1:219900/1‑222 (MQ=255)
cATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTTTCGCAGGGAATAATGCAGGGGCGGAAAGGTAAGGGGATAAAGCGTA‑ATTTTTTGTTGAAGGCCGATTGTAAAAGGGCATTTGGTGCCATTgtagaaaaac > 1:969202/1‑235 (MQ=255)
cATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTG‑ATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATc > 2:758101/1‑237 (MQ=255)
tCGTTAAACCGGTCGTTTTGTTAAAGCTTTTCGGGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTG‑ATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTC‑T‑‑TATGGt < 1:1065617/239‑1 (MQ=255)
tCGTAAAACCGGTCGGTTGGTCAAAGCTTTGCGTGCGGTGGTGCCTTGCAAGTGGGCCGTGGATTGCAGTTTGGCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTG‑ATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTC‑T‑‑TATGGt < 1:311734/239‑1 (MQ=255)
tCGTAAAACCGGTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTG‑ATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTC‑T‑‑TATGGt < 2:1304120/239‑1 (MQ=255)
tCGTAAAACCGGTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑AACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTG‑ATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCTCTC‑T‑‑TATGGt < 1:206153/239‑1 (MQ=255)
gTAAAAGCGGTCTCTTGGTTAAAGCTATTCTGGCGGTGTTGGCTTGCAAGTGGGCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTGAGTGGTTTCAAAAGGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTG‑ATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTC‑T‑‑TATGGt < 1:220125/237‑1 (MQ=255)
ccGGTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTG‑ATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTC‑T‑‑TATGGTCAGCAGaa < 2:239913/239‑1 (MQ=255)
gTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGCTTGCATAGTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGGAGCCAGTGTCGGCAGTGCAAGGGCATAACTCGTG‑ATTTTTTCTTGAAGGCCCATTGTCAACCGGAGTTTGGGGCCCTTGAGGAATCAATC‑t‑‑tcgggttggaagaaaaa > 1:830167/1‑223 (MQ=255)
gTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTG‑ATTTCTTGATGAATGCCGATTTTAAAACGGCATTTGGGGCCATTGCAGAATCACTC‑T‑‑TATGGTCAGCAGaaca > 2:580239/1‑238 (MQ=255)
gTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTG‑ATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAGGAATCACCC‑T‑‑TATGTTCAGCAGaaca > 2:356252/1‑238 (MQ=255)
gTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTCCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGCCCGGAAGA‑CACCAAACAGTTTCCGCACGGAAGTCTGCAGAGGGGGAACGGGAGGGGGATAACGAGGG‑ATGTCTGTGTGAACGCCTGATGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGGAATATCACAC‑T‑‑TTTTGTctaagaccaca > 1:213998/1‑229 (MQ=255)
aatCGTGCGGTGGTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGGCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGAATGCAATGGCGGGAGGGTAAGGTGATAACGCGTG‑ATTTCTTGATGAATGCCGGTTGTAAAACGGCATTATGGGCCGTTGTAGAAT‑ACGCTT‑‑TTTGGTGAGGAGAAAAAAGGGGGGCTTTGCTgga > 1:89266/3‑238 (MQ=255)
ttCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTG‑ATTTCTTGATGAATGCCGATTGCAAAACGGCATTTGGTCCCATTGCAGAATCACTC‑T‑‑TATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCCTCCCTggcg > 2:735670/1‑239 (MQ=255)
ttCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGGCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAATTGTCCGGAAGA‑CACCCAAAGGTTGTCGCAGGGAAGTATGCATAGGCGGGAGCGTAAGTAGGTTAATGGGG‑ATTTCTTGCTGAACGCGTAGTGTAAAACGGCGTTTGTAGCCATTGACAAGGCAATC‑T‑‑TAAGGACACACAAACAACGGGGGGCtcctccgggg > 1:1216923/1‑230 (MQ=255)
tCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGGGTAAGGTGATAACGCGTG‑ATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTC‑T‑‑TTTGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTAGCTggcg > 2:154014/1‑238 (MQ=255)
ggTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTG‑ATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGt < 2:126105/178‑1 (MQ=255)
gttttGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTG‑ATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTC‑T‑‑TATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTggcgg < 1:204633/229‑1 (MQ=255)
gtgtTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTG‑ATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTC‑T‑‑TATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTggcgg > 2:204633/1‑232 (MQ=255)
gtgtTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGGGTAAGGTGATAACGCGTG‑ATTTCTTGATGCATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCCTTGAAGAATCACTC‑T‑‑TATGGTCCACAGAACAAAGGGCGGGTTCCCTGGGGGCGaa > 1:145063/1‑235 (MQ=255)
gtgtGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGGTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTG‑ATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTC‑T‑‑TATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTggcgg < 2:1182000/228‑1 (MQ=255)
cAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATACCCCGTG‑AATTCTTGTTGAATTCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCCTTGAAGCACCACTC‑T‑‑TATGGTCAGCAAAACAAAGGGCGGCTTCGCTGGCGGGGACCCAGGcccgtgc > 1:1182000/1‑231 (MQ=255)
cAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTG‑ATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAGGATTCACTC‑T‑‑TATGGTCCGCAGACAAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGGGCCGCTGGTTTTTCGa > 2:493786/1‑238 (MQ=255)
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tttCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTG‑ATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTC‑T‑‑TATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCCCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGG‑CCGGGGGGGGACTTCGGCTTTGGATc > 2:333127/1‑239 (MQ=255)
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gCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CCCCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTG‑ATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTC‑T‑‑TATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGA‑CCGGTGTGGATCTTCGGCTATGGATCGTTGAtg‑tg < 2:1080554/237‑1 (MQ=255)
gTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGGGTAAGGTGATAACGCGGG‑ATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTT‑T‑‑TTTGGTCAGCAGAACAAAGGGGGGCTTTCGTGGCGGCGCCCTTGGGTTGTCGACCGGATGGGGGG‑CCGGGGGGGGCTTTCGGCATTGGATCGTGGATG‑GGGaaac > 1:307450/1‑237 (MQ=255)
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ggtataagagacaggAAGTAGGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTG‑ATTTCTGGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGGGCCATTGAAGAATCACTC‑T‑‑TATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGA‑CCGGTGTGGATCTTCGGCTATGGATCGTTGATG‑TGGAATCC‑GGCACTGGAGTTTACCGAATCg < 2:140830/225‑1 (MQ=255)
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aaGGTGGCGCAGGGAAGTATTCAGGGGCGGAAGGGTAAGGTGATAACGCGTG‑ATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTC‑T‑‑TATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGA‑CCGGTGTGGATCTTCGGCTATGGATCGTTGATG‑TGGAATCC‑GGCACTGGAGTTTACCGAATCGTg < 2:533845/239‑1 (MQ=255)
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aGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTG‑ATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTC‑T‑‑TATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGA‑CCGGTGTGGATCTTCGGCTATGGATCGTTGATG‑TGGAATCC‑GGCACTGGAGTTTACCGAATCGTGCACCGGTACACTgg < 2:203636/238‑1 (MQ=255)
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tGGCGGAAGTGTAAGGTGATAAGGCGAG‑ATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTC‑T‑‑TATGGTCAGCAGAAAAACGGGCGGCTTCGCGGACGGCGACGTGGGCTTGTCGACCTTGTGAGGGA‑CCGGTGGGGATCCTCGGCCATGG‑TAGGTGGTGTTGGAATCCGGGCAC‑GGGGGTTCCCGAAACGTGCAGCgggtgaccggggggagggga > 1:913737/1‑221 (MQ=255)
|
AAGAAACCGCGCATAAAGTGGCCTGGGCTGCTGTGAAGCATGAATATGCCAAAGGGGATGATGATAAATGGCATAAAAAATCGTAAAACCGGTCGCTTAGTTAAAGCTATTCGTGCGGTGTTGCCTTGCAAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGA‑CACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTG‑ATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTC‑T‑‑TATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGA‑CCGGTGTGGATCTTCGGCTATGGATCGTTGATG‑TGGAATCC‑GGCACTGGAGTTTACCGAATCGTGCACCGGTACACTGGTTGGATGGCA > NC_000913/1272264‑1272730
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
