Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F9 I0 R1
|
260 |
102.5 |
2178490 |
93.2% |
2030352 |
226.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,011,446 |
T→G |
17.4% |
G124G (GGT→GGG) |
yigM → |
putative inner membrane EamA‑like transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,011,446 | 0 | T | G | 17.4%
| 232.5
/ 3.5
| 115 | G124G (GGT→GGG) | yigM | putative inner membrane EamA‑like transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/66); new base G (23/4); total (45/70) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.76e-08 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
TTTCTGCGTACCCGTGGCAATAGCCTGAAAACGGTCGGCCTGTATATGCTGGTGGGCGCGATGCAGCTTGGCGTGATGTATATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAG‑GTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCTGC‑TGGTGCAACTCTCC‑AATATCACTTTTGCCATTGGCATGGTG‑GGTTAC‑AAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAAC‑GCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATGCCGCAAACCACGCTGCA > NC_000913/4011210‑4011682
|
tttttgggtgccctgggCAATGGCCTGAAAACGGGTGGCCTGTATATGCTGGGGGGCGCGATGCAGCTTGGCGTGATGTATATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGc < 2:94885/224‑1 (MQ=255)
gcccGTGGCAATGGCCTGAAAACGGTCGGCCTGTATTTGTGGGGGGGCGGGATGCAGCTTGGCGTGATGTATATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTCTTCCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGattat < 2:102832/238‑1 (MQ=255)
gcccGGGGCAATAGCCTGAAAACGGTCGGCCTGTATATGCTGGTGGGCGCGATGCAGCTTGGCGTGATGTATATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGattat < 1:230233/238‑1 (MQ=255)
cttgtcAATTGCCTGAAGACGGTCGGCCTGTATATGCTGGTGGGCGCGATGCAGCTTGGCGTGATGTATATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATGTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCg < 1:818306/234‑1 (MQ=255)
cggggCAATAGCCTGAAAACGGTCGGCCTGTATATGCTGGTGGGCGCGATGCAGCTTGGCGTGATGTATATGCTGAGTGTCCGCGCTTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCg < 1:391510/236‑1 (MQ=255)
tGGCAATAGCCTGAAAACGGTCGGCCTGTATATGCTGGTGGGCGCGATGCAGCTTGGCGTGATGTATATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTTACGCCGCTCTACATCCCGCTGATTTATGCCATCATGATTAACCGCCGTCTGCGCTGGGGCTACGCCTTTATGCCCTTGCTGGCGGTGATTGGGTCCGGGcttatttcct > 1:527638/1‑235 (MQ=255)
gCAATAGCCTGAAAACGGTCGGCCTGTATATGCTGGTGGGCGCGATGCAGCTTGGCGTGATGTACATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGAGTGTGGCCGGGGTTCTTCGCCAt > 1:954598/1‑239 (MQ=255)
tggcgttagagcgtggttccTGTGTATGTTGGGGGGGTCGATGCAGCTTGGCGTGATTTATATGCTGAGTTTCCGCGATTATCCCTACCTGACGGTTTCCGGGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATc < 2:746446/221‑1 (MQ=255)
gAAAGCGGTCGTCCTTTATATGTGGGTGGGCGCGATGCAGCTTGGCGTGATGGATATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCCCGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAG‑GTCa < 2:66805/239‑1 (MQ=255)
cGGTCGGCCTTTATTTGCTTGTGGGCGCGATGCAGCTTGGCGGGATGTATATGCTGAGTTTCCGCTCTTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAG‑GTCACCGAc < 1:339478/239‑1 (MQ=255)
cGGTCGGCCTGTATATGCTGGTGGGCGCGATGCAGCTTGGCGTGATGTATATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAG‑GTCACCGAc < 1:815119/239‑1 (MQ=255)
cGGTCCGCCTGTTTTTTGTGGGGGGCCGGATGCAGCTTGGGGTGATGTATATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAG‑GTCACCGAc < 2:302174/239‑1 (MQ=255)
cGGGCGGCCTGTATATGCTGGTGGGCGCGATGCAGCTTGGCGTGATGTATATGCTGAGTCTCCGCGCTTATTTCTACCTGACGGTTTCCGGGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAG‑GTCACCGAc < 1:272639/239‑1 (MQ=255)
tCGGCCTGTATATGCTGGTGGGAGCGATGCAGCTTGGCGTGATGTATATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTCTGACATCATGATTAAGCGCCGGCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTGCCTGGCGGGGATGGTGGCCCGGGTGATTCGTCATGATAAG‑GTGACCGGccct > 2:825769/1‑237 (MQ=255)
ttatGCTGGGGGGCCCGATGCAGCTTGGCGTGATGTATATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAG‑GTCACCGACCATTTCTGGACt < 1:849159/238‑1 (MQ=255)
cTGGTGGGCGCGATTCAGTTTGGCGTGATGTATATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAG‑GTCACCGACCATTTCTGGACTGGCtt < 1:135821/239‑1 (MQ=255)
ggtggGCGCGATGCAGCTTGGCGTGATGTATATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGGTTATTCGCTATGATCAG‑GGCACCGGCCCCTTTTGGGCTGGCtttc > 1:180171/1‑237 (MQ=255)
tggGCGCTATGCAGCTTGGCGTGATGTATATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGTTTTGGGCCGGGGTTATTCGCCTTGATCAG‑GGTCCCCACCATTTTTGGGATGGCtttgtg > 1:1064508/1‑235 (MQ=255)
tggGCGCGATGCAGCTTGGCTTGATGTATATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGAGTTTTTGCCATGGTCAG‑GTCACCCACCATTTCCGGGCTGGGtt > 1:845455/1‑235 (MQ=255)
tggGCGCGATGCAGCTTGGCGTGATGTATATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGCCATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGGGTTTTTTTCCGGGATTATTCGCATTGTTTCG‑GGCACCGCCCACTTCttgtcttgcgtttt > 2:793238/1‑225 (MQ=255)
tggGCGCGATGCAGCTTGGCGTGATGTATATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGCCATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGGGAGTGGGGCCGGGGGTATTCGCTTTGTTCAG‑GTTCCCGCCCATTTTTGGCTTGGCTtgctt > 2:823513/1‑238 (MQ=255)
tggGCGCGATGCAGCTTGGCGTGATGTATATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGGTTGGGGCCGGGGTTATTTGCCTTGGTCAGCGTC‑CCGACCATTTCTGGGCTGGCTtgct > 1:939767/1‑238 (MQ=255)
tggGCGCGATGCAGCTTGGCGTGATGTATATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGGGGTTGGGGGCGGGGGTTTGTGCATTCATCAG‑GGCACCGGCCATTTTTgcgatggtgtgggg > 2:308352/1‑226 (MQ=255)
tggGCGCGATGCAGCTTGGCGTGATGTATATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGGGATTGGGGCCGGGGTTTTTTCCCATTATGAG‑GGCCCCGCCCATTTCTgggcgggggtgggg > 2:590086/1‑227 (MQ=255)
ggCGCGATGCAGCTTGGCGTGATGTATATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGc < 2:458662/185‑1 (MQ=255)
ggCGCGATGCAGCTTGGCGTGATGTATATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGc > 1:458662/1‑185 (MQ=255)
ggCGCGATGCAGCTTGGCGTGATGTATATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGGGCCGGGATTATTCGCTATCATCCA‑GTCACCGACCCTTTCTGGAATGGCGtggt > 1:203075/1‑234 (MQ=255)
cgcgATGCAGCTTGGCGTGATGTATATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTTGGGCCGGGGTTATTTGCCATGATCAG‑GGCCCCGACCCTTTCTGGAGCGGGTTGCTGC‑Tgg > 1:981923/1‑239 (MQ=255)
cgcgATGCAGCTTGGCGTGATGTATATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGTGGCCGGGGGTTTTCGCTATGATCAG‑GGCACCGCCCCTTTTTGGACTGGCttgttgtggg > 1:546794/1‑235 (MQ=255)
tGCCGCTTGGCCTGATGTATATGCTTAGTTTCCGCGCTTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGGTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTAGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAG‑GTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCTGC‑TGGTGCaa < 1:1071423/239‑1 (MQ=255)
tGCAGCTTGGCGTGATGTATATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGGTTATTCGCTCTGATCAG‑GTCACCGACCAGTTCTGGACTGGCTTGCTGC‑TGGTGCaa > 1:1074360/1‑239 (MQ=255)
ggaGCTTGGCGGTATGTATATGCTGAGTTTCAGCGCTTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGGCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGGAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAG‑GTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCTGC‑TGGTGCaa < 1:948040/236‑1 (MQ=255)
gCTTGGCGTGATGTATATGCTGAGGTTCCGCGCTTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAG‑GTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCTGC‑TGGTGCAActct < 1:928285/239‑1 (MQ=255)
gttGGCGTGTTTTTTTTGCTGGGTTTCCCCGCTTATCTCTACCGGACGGTTTCCGGGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAG‑GTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCTGC‑TGGTGCAACtctc < 2:615680/238‑1 (MQ=255)
ttGGCGTGATGTATATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAG‑GTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCTGC‑TGGTGCAACtctc < 1:181824/238‑1 (MQ=255)
cGTGATGTATATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGGGCCGGGGTTATTCGCTATGTTCAG‑GGCACCGACCATTTCTTGGCCGGCTTGCTTC‑TGGGGCAAATCTCC‑aaaa > 2:169991/1‑237 (MQ=255)
tGATGTATATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAG‑GTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCTGC‑TGGTGCAACTCTCC‑Aatat < 1:590086/238‑1 (MQ=255)
ggattcatatGCTGAGTTTCCGGCGTTATCTCTTCCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACAGCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAG‑GTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCTGC‑TGGTGCAACTCTCC‑Aatat < 1:1057571/232‑1 (MQ=255)
tGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAG‑GTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCTGC‑TGGTGCAACTCTCC‑AATATCACTTTTGcc < 1:909403/239‑1 (MQ=255)
gctgttttcccgcctttttctcTTCCTGGCGGTTTCCGGGCTGGTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAG‑GTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCTGC‑TGGTGCAACTCTCC‑AATATCACTTTTGCCa < 2:931028/221‑1 (MQ=255)
gCTGAGTTTCCGGGCCTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAG‑GTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCTGC‑TGGTGCAACTCTCC‑AATATCACTTTTGCCa < 1:201246/239‑1 (MQ=255)
gCTGAGTTTCCGCGCTTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTTCTGGTGTTGACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGGTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAG‑GTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCTGC‑TGGTGCAACTCTCC‑AATATCACTTTTGCCa < 1:684154/239‑1 (MQ=255)
cTGAGTTTCCGCGCTTATCTCTGCCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTTTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAG‑GTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCTGC‑TGGTGCAACTCTCC‑AATATCACTTTTGCCAt < 1:1073525/239‑1 (MQ=255)
ggtataagagacagtATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAG‑GTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCTGC‑TGGTGCAACTCTCC‑AATATCACTTTTGCCa < 1:962317/223‑1 (MQ=255)
gAGTTTCCGCGCTTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGGGCCGGGATTATTCGTCATGATCAG‑TGCACCGACCCTTTCTGGACTGGCTTGCGGC‑TGGGGCAACTATCC‑AATATAACTTTTGCCATTg > 1:1083439/1‑239 (MQ=255)
aGTTTCCGCGCTTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGCTTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGCTTGGGGCCGGGGTTATTCCCTATTGTCCG‑GTGACCGCCCCTTTTTGGCCTGGCTTCCTTCGTGGT‑CAACCCTCC‑CAAATCACTTTTTCCCTTgg > 2:559402/1‑239 (MQ=255)
aGTTTCCGCGCTTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGGTTGGTGCCGGGGTTTTTCGCTATGATCAG‑GTCACCGCACATTTCTGGGCTGGGTTTCTGC‑TGGTGGACCCCTCCAAAAACCATTTTTGCCTTTg > 2:611786/1‑239 (MQ=255)
aGTTTCCGCGCTTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAG‑GTCACCGACCATTTTTGGACTGGCTTGCTGC‑TGGTGCAACTCTCC‑CATATCACCTTTGCCCTTg > 1:891998/1‑238 (MQ=255)
aGTTTCCGCGCTTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGGGCCCGGATTTTTCCCCATTTTCAC‑GTCCCCGCCCATTTTTGGCGTGGCTTGCTCC‑TGGGGGAACCCTCC‑AAAATAACTTTTGcccattg > 2:175717/1‑234 (MQ=255)
gcgtTTATCTCTCCCTTGCGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCCCCGTGCTGACGCCGCCTTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAG‑GTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCTGC‑TGGTGCAACTCTCC‑AATATCACTTTTGCCATTGGCAtggtg < 2:891998/239‑1 (MQ=255)
aTCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGGGATTGGGGCCGGGGGTATTTGCTATGATCAG‑GGCACCGCCCCTTTCTGGGCTGTGTTGCTGC‑TGGGGGAACCCTCC‑AAAACAACTTTTGCCATTTGCATGGGG‑GGGTAc > 2:402483/1‑239 (MQ=255)
tACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGGGGTTGGGGCCGGGGGTATTCGCTATGATCAG‑GGCACCGACCATTTCTGGGCTGGCTTGCTGC‑TGGTGGCACACCCC‑CATATCACTTTTTCCATTGGTATGGGG‑GGGTTC‑aaaa > 2:76557/1‑237 (MQ=255)
aCCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCCCCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTGGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAG‑GTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCTGC‑TGGTGCAACTCTCC‑AATATCACTTTTGCCATTGGCATGGTG‑GGTTAC‑AAACGc < 1:793238/239‑1 (MQ=255)
aCGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGGGATTGGTGCCGGGGTTATTCGCTATGGTCAG‑GTCCCCGACCCTTTTTGGGCTGCCGTGCTGC‑TGGTGTCACTCTCC‑AATAACACTTTTGCCATTGGCATGGGG‑GGGTAC‑AAACACCtcag > 2:362706/1‑236 (MQ=255)
tttCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAACGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGGGCCGGGATTATTCGCCTTGATAAG‑GTCACCGACCCTTTCTTGACTGGCTTTCTGC‑TGGTGGAAATCTCC‑CATATCACTTTTGTCCTTTGCATGGGG‑GGGTTA‑AAACACCCGGTGGaa > 2:111496/1‑239 (MQ=255)
tCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGGTTGGGGCCGGGGGTGTTCGCTATTATCCG‑GGTACCGACCATTTTTGGGCTGGCTTTGTGC‑TGGGGGAAATCCCC‑CACATCCCTTTTTCCCTTGGCATGGGG‑GGGTAT‑aaaaacacgataggaa > 2:458844/1‑225 (MQ=255)
cctggcttctgctTTTCCCCGTTCTGGCGCCGCGCTTCATCACGCTGATTTTTGACATCAGGAGTAAGCGCCGGCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAG‑GTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCTGC‑TGGTGCAACTCTCC‑AATATCACTTTTGCCATTGGCATGGTG‑GGTTAC‑AAACGCCTGATGGAAACt < 2:540386/235‑1 (MQ=255)
cttcggctgTTCAACGTGCTGGCGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAG‑GTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCTGC‑TGGTGCAACTCTCC‑AATATCACTTTTGCCATTGGCATGGTG‑GGTTAC‑AAACGCCTGATGGAAACTCGcc < 1:559402/233‑1 (MQ=255)
gctgctgTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCGGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAG‑GTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCTGC‑TGGTGCAACTCTCC‑AATATCACTTTTGCCATTGGCATGGTG‑GGTTAC‑AAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGa < 1:611786/239‑1 (MQ=255)
ctgctgTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAG‑GTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCTGC‑TGGTGCaa < 1:543298/174‑1 (MQ=255)
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ttttcccgctttgtcgccgcTCTACCTCCCGGTGAGTTAGGCCATCGTGGGTAAGCGTCGTTTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCGTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTAATCGCTATGAGCAG‑GTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCTGC‑TGGTGCAACTCTCC‑AATATCCCTTTTGCCATTGGCATGGTG‑GGTTAC‑AAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCcac < 2:176194/225‑1 (MQ=255)
gTTCCCCGTGCTGGCGCCGCTCTCCATCACGCTGATTTATGACATCATGGGTAAGCGCCGTTTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAG‑GTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCTGC‑TGGTGCAACTCTCC‑AATATCACTTTTGCCATTGGCATGGTG‑GGTTAC‑AAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCca < 1:587185/238‑1 (MQ=255)
cACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGGTTATTCGCTATGATCAG‑GTCACCGACCATTTCTGGGCTGGCTTGCTGC‑TGGTGCAACTCTCC‑CATATCACTTTTTCCCTTGGCCTGGTG‑GGTTAA‑AAACGCCCTATGGGAACTCCCCCgcagccccacc > 1:628814/1‑229 (MQ=255)
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gcctttACATCCCCCTGTTTTGTGACCTTATGGGTAAGGGCCGTCGGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGGCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAG‑GTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCTGC‑TGGTGCAACTCTCC‑AATATCACTTTTGCCATTGGCATGGTG‑GGTTAC‑AAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAAC‑GCCTTTGCg < 2:725945/234‑1 (MQ=255)
cgcttcacatcccgttttttttTGGCATCATGATTAAGCCCCGTGTGCGCTGGGTCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGAGCAG‑TTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCTGC‑TGGTGCAACTCTCC‑AATATCACTTTTGCCATTGGCATGGTG‑GGTTAC‑AAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAAC‑GCCTTTGCg < 2:203075/221‑1 (MQ=255)
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tCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGGTTGGTGCCGGGGTTATTCGCCATGTGCAG‑GTCACCCACCCTTTCTGGGCTGGCTTGCTGC‑TGGGGCAACTCTCC‑CATTTTCCCTTTTCCCTTGGCATGGTG‑GGGTTC‑ACACGCCTGCTTGAAACCCGCCCCATGCCCCACCATAACACCCTTTCCGGGGTTC‑ATCTTTGCGCGGTTTTGGGGGCAgggttttccttgt > 2:924704/1‑227 (MQ=255)
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tttAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAG‑GTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCTGC‑TGGTGCAACTCTCC‑AATATCACTTTTGCCATTGGCATGGTG‑GGTTAC‑AAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCca < 1:508223/159‑1 (MQ=255)
cTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAG‑GTCACCGACCATTTCGGGACTGGCTTGCCGC‑TGGTGCAACTCTCC‑AATATCACTTTTGCCATTGGCATGGTG‑GGTTAC‑AAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAAC‑GCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATg < 1:189204/238‑1 (MQ=255)
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gATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAG‑GTCACCGGCCATTTCTGGACTGACTTGCTGC‑TGGTGCAACTCTCC‑AATATCACTTTTGCCATTGGCATGGTG‑GGTTAC‑AAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAAC‑GCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATGCCGCAAACCACg < 1:362706/238‑1 (MQ=255)
gATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAG‑GTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCTGC‑TGGTGCAACTCTCC‑AATATCACTTTTGCCATTGGCATGGTG‑GGTTAC‑AAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAAC‑GCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATGCCGCAAACCACg < 1:431631/238‑1 (MQ=255)
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ggTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAG‑GTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCTGC‑TGGTGCAACTCTCC‑AATATCACTTTTGCCATTGGCATGGTG‑GGTTAC‑AAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAAC‑GCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATGCCGCAAACCACGCTGCa < 1:24355/239‑1 (MQ=255)
|
TTTCTGCGTACCCGTGGCAATAGCCTGAAAACGGTCGGCCTGTATATGCTGGTGGGCGCGATGCAGCTTGGCGTGATGTATATGCTGAGTTTCCGCGCTTATCTCTACCTGACGGTTTCCGAGCTGCTGCTGTTCACCGTGCTGACGCCGCTCTACATCACGCTGATTTATGACATCATGAGTAAGCGCCGTCTGCGCTGGGGCTATGCCTTTAGCGCCTTGCTGGCGGTGATTGGTGCCGGGATTATTCGCTATGATCAG‑GTCACCGACCATTTCTGGACTGGCTTGCTGC‑TGGTGCAACTCTCC‑AATATCACTTTTGCCATTGGCATGGTG‑GGTTAC‑AAACGCCTGATGGAAACTCGCCCGATGCCACAGCATAAC‑GCCTTTGCGTGGTTCTATCTTGGCGCGTTTCTGGTGGCAGTGATTGCATGGTTCTTGCTGGGAAATGCGCAGAAAATGCCGCAAACCACGCTGCA > NC_000913/4011210‑4011682
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
