Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F17 I0 R1
|
160 |
98.0 |
2214160 |
89.0% |
1970602 |
222.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,838,901 |
C→T |
10.6% |
L219L (CTG→TTG) |
yicL → |
EamA family inner membrane putative transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,838,901 | 0 | C | T | 10.6%
| 290.8
/ 2.4
| 119 | L219L (CTG→TTG) | yicL | EamA family inner membrane putative transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (40/63); new base T (10/4); total (52/67) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.06e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
TGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTG‑GCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCG‑CTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCACGTTCACATTACCGGACTGGCTGGGAACGCTGCTGATTCTGTCATCGGTGATTTTGATTTCAATGGATT > NC_000913/3838677‑3839123
|
tGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGG‑T‑TCTGGCGGTTTTTTAt > 1:262311/1‑239 (MQ=255)
ccgcGGTAATCCCGCGTTGTTTTCCTTTTCCCCTGCCGCGTTGTTGTGGGGCATTGCCTCGGCATTGTCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGTAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTtgg < 2:1010932/236‑1 (MQ=255)
cccccgttacccGACCTCATTTTCGGTCTCCCCTGCCCGGTTGTTCCGGGGCATTGCCCCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTtgg < 1:544554/229‑1 (MQ=255)
ccgttaattcggctttaTTTTCGTTCTCTCCTGCCCGTTTGTTTGTGGGCATTGCCCCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCTCCTATCCCTCGACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTtggtg < 2:761850/223‑1 (MQ=255)
tAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGCTTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGATCAGGGACCAACCTTGTCGTTAAGGGACGTTTTA‑TGTGTGG‑GCTTTTTTATTTGTTGGGCa > 1:433668/1‑239 (MQ=255)
tAATCCGACGTCATTATCGATCCCTCCTGCCGGGTTGTTCTGGGGCATTGCCTGGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTc < 1:197134/238‑1 (MQ=255)
aaTCCGACGTCATTTCCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCAt < 1:776184/239‑1 (MQ=255)
atagagacagcGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATCCCCCCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTAc < 1:537643/229‑1 (MQ=255)
aCGTCATTTTCGATCCCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTAc < 1:757872/239‑1 (MQ=255)
cGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAGAAAAGTTTTTCGTTAACGGCCGTTTGG‑T‑TTTGGGGTTTTTTTTTTTTGGGGTCttttgccct > 1:973026/1‑233 (MQ=255)
aTTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTTTCGTTAACGGCAGTTTGT‑T‑TTTGGGGTTTTTTTTTTTGGGGGGCAtttgatagtc > 1:561089/1‑229 (MQ=255)
ttttccgctctcccctccGTGTTTTTCTGGGGCTTTGCCCTGGCATTTGCTGGTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCt < 2:262311/223‑1 (MQ=255)
ttATCGGTCTCTCCTTCCGCGTGTTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATGCCACCTATCCCGAAACGTTAATTGCCCGCTATGGCACGTTCCCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCTTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCt < 2:994647/239‑1 (MQ=255)
ttATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCCTTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAAAAAACTTTGCCGTTAACGGCAGTTTTA‑T‑GTTGGCGTTTTTTTTTTTTGGTGTACTTGGTACgcc > 2:319727/1‑234 (MQ=255)
gttgccgtccccccTGCCGCGTTTTTTTGGGGCATGGCCCTGGCATTTGTTTCTGCATTCTATTCCACCGATCCCTCAACGCTAATTTCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCt < 2:640476/227‑1 (MQ=255)
ctATCGCTTTCCCCTGCCCGTTTGTTCTGGGGCTTTGCCCCGGCATTTGCGTCTTCATTCTAGCCCACCTGTCCCTTAACGCTTATTGCCTGCTATGGCACGTTACCCGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCt < 2:973026/238‑1 (MQ=255)
tCGATCTCTCCTGCCTCGTTGGTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTcc < 1:673208/234‑1 (MQ=255)
ctcCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGt < 1:507039/239‑1 (MQ=255)
ctcCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGt < 1:141217/239‑1 (MQ=255)
ctcCTGCCGCGGTGTTCTGGGGCATGGCCTCGTCATTTGCTTGTGCATTCTATTCCTCCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCTGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGt < 1:820505/239‑1 (MQ=255)
tcCCGCCGCGTTGTTCGGGGGCATTGCCTCGGCATTTGGTGCTGCATTCTATGCCCCCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTc < 1:168112/239‑1 (MQ=255)
tcgggcgcgTTGGTCTGGGGCCTTGCCTGGGCATTTGCTGGTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCt < 1:5516/234‑1 (MQ=255)
cTGCCGGGTTGTTCTGGGGCATTTCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTg < 1:421324/239‑1 (MQ=255)
cTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTTTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTTA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTTGGAGGTCATTGGTACCGCCCCTACATTTaatttt > 1:830902/1‑234 (MQ=255)
cTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCCGACAAGGAACAAACATTGTCGTTAACGGCAGTTTGT‑T‑TCTTGTGGTTTTTTATTTGTTGGTCATTGGTATGTcccggcaattttgattt > 2:673208/1‑225 (MQ=255)
cTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCtt > 1:924719/1‑238 (MQ=255)
gcgTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGATGGAGTATGCTGATTGGCGGTCGGAGTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAAATTTGTCGTTAACGGCACTTTGA‑T‑TATGGGGTTTTTTTCTTTGATGGGCGTTTGTCCGTcacctcgatttttgtgtga > 2:986805/1‑218 (MQ=255)
ttgttCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACCAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGG‑T‑TCTTGCGGTTTTTTTTTTGGTGGTCATTTGTACGCACCTTCACTTTAATCTTTACCTGaa > 1:897774/1‑239 (MQ=255)
ttgttCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCGGGAGTATGCTGCTTGGCGGTCTGGTTCTGCTGCCTTTTTTTGCCAGTAAAGGACCAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TTTTGGGTTTTTTTATTTTGTGGTTATTGGGACATCCCTGACATTTAGtttattaattac > 2:39297/1‑228 (MQ=255)
tCTGGGGCATTGCCTCGGGTTTTGCTGCGTACTTCTATACCACCTATCCCTTAACGCTAATTGCCCGCTATGGCCCGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGa < 2:671514/239‑1 (MQ=255)
cTGGGGCTTTTCCTCGGCTTTTTGGTCTTCATTCTATCCCCCCTTGCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAg < 2:924719/239‑1 (MQ=255)
cTGGGGCATTGCCTCCGCATTTGCTGCTGCATTCTATCCCACCTATCCCTCAACGTTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAg < 1:299542/239‑1 (MQ=255)
ttGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGCTTCTGTTTCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAAAGGAAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTATTTTTTTTGTGTGTCATTGGGACTTCGCTGGCATTTAAGTTGTCACTCAAAGGAGCACaatta > 1:1025410/1‑239 (MQ=255)
ttGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCCGTTTGA‑T‑TCTTGGGTTTTTTTATTTGGTGGTGATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTCCCTGAAAGGAggcaaatta > 1:432818/1‑231 (MQ=255)
ttGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTTA‑T‑TCTTGCGGTTTTTTTTTTGGTGGGCATTGGGACGTTCCTGACATTTAGTCTGTACCTTAAAGGAGCCCaatta > 1:534942/1‑239 (MQ=255)
ttGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCCTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTTA‑T‑TTTGTGGGTTTTTTATTTGGTGGTCATATGTACGTCCCTGCAATTTATTTTTTGACTGAAAAAAGGACaatta > 2:996735/1‑239 (MQ=255)
ccTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCt < 1:215318/202‑1 (MQ=255)
tgggaattttgtgctggcatCTATACCCCCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTg‑g < 1:11256/220‑1 (MQ=255)
ttcATTCTTGACCCCCTTTCCCTCAACGTTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCCGTCTGCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAGCTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTG‑GCGGTCCAAAAGCCa < 2:234231/237‑1 (MQ=255)
tgcATTCTATACCGCCTAACCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCCCGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTG‑GCGGTCCAAAAGCCa < 1:39297/239‑1 (MQ=255)
tgcATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTTGGGGGTCATTGTGACGTCCCTGAAATTTTGTCTGTACCTTAAAAGAGCACAATTAATTT‑GCGGTCCAAAAGcc > 1:265635/1‑238 (MQ=255)
tCTAGACCACCTATCCCTCAACGTTAATGGCCCGCTAGGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCGGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTAGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTG‑GCGGTCCAAAAGCCAGCAtt < 1:901172/239‑1 (MQ=255)
taCCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTTA‑T‑TTTGGCGTTTTTTTATTTTGTGGGCATTGGTACGTACCTGAAATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTG‑GCGGTCCAAAAGCCACAATTTTgg > 1:325115/1‑238 (MQ=255)
ccccccTTTCCCTCAACGCTAATTTCCCTCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTG‑GCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAg < 2:288717/235‑1 (MQ=255)
ccccccTATCCCTCAACGCTTATTGCCCGGTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGTTTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTGTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATGG‑GCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAg < 1:245199/235‑1 (MQ=255)
acccccTATTCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTG‑GCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAg < 1:475658/239‑1 (MQ=255)
acccccTATCCCTAAACGATAATTGCCCGCTATGGCACGTTCCCAGTCCACGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTGTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTTGGAGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTCCCTGAAAGGAGCACAATTAATTG‑GCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAg < 1:1004443/239‑1 (MQ=255)
accaccTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTG‑GCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAg < 1:755722/239‑1 (MQ=255)
cccctcttCCCTCAATGTTACTTTCCGGCTTTGGGCCGTTTCCTGTTGGCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTG‑GCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGc < 2:534942/232‑1 (MQ=255)
ccTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTTG‑T‑TTTTGCGGTTTTTTTTTTGGTGGGCATTTGTCGTTTCCTGGGATTTTGTCTGTACCTGAAAGGAGGCCAATTAATTG‑GGGGGCCAAAAACCAGCAATTTTAGCtgt > 2:259646/1‑239 (MQ=255)
ccTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCCCAATTAATTG‑GCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCtgt > 1:288717/1‑239 (MQ=255)
ccTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGGTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTTAAAGGAGCACAATTAATTT‑GCCGGCCCAAAGCCCGCATTTTGAGCtt > 1:200520/1‑237 (MQ=255)
aTCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAGCAAAATTTGTCGTTAACGGCAGGTTGATT‑TCTGG‑GTTTTTTTCTTTGTTGGTGATTGGTCACCCCCCGCCCTTTGTTCTTTTCTTGAAAGGAGCACAATTAATTT‑GCGGGCTaaaaaaacaacttttgtaccattgg > 2:222517/1‑218 (MQ=255)
aTCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TTTGGGGTTTTTTTTTTTGGTGGTCATTGTAACGTCCCTGACATTTTGTCTTTACCTGAAAGGGGGACAATTTATTGTGGGGGCCAAAAACACCCATTTTggactggtg > 2:679538/1‑231 (MQ=255)
aTCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTTTTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCCCAATTAATTG‑CCGGTCCCAAACCCAGCATTTTTAGCttttcc > 1:872419/1‑234 (MQ=255)
aTCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTTGGGGGTCATTGGTGCGTCCCTTACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTT‑GCGGGCCAAAAACCaaactttttggctttgcg > 1:721921/1‑222 (MQ=255)
tccctacagcttAATTGCCCGCTTTGGGACGTTCCCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTTGGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTG‑GCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAg < 2:501218/228‑1 (MQ=255)
cccccccactcttaTTTCCCCCTTTGGCCCGGTTCCAGTCGTTGGCTGTAGTATTCTGATTGGCGGTTCGAATTTGTTGCCTTTTTATGCCATCCAAGGAACAAACGTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTG‑GCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAg < 2:830902/226‑1 (MQ=255)
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cccTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGGCTGTACCTGAAAGAAGCACAATTAATTG‑GCGGTCCCAAAGCCCGCATTTTGTGCTGTGCAGa > 1:209793/1‑239 (MQ=255)
aaCGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTTA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTTTAAGGAGCCCAATTAATTT‑GCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTTGGCTGTGCCGAAccca > 1:174037/1‑237 (MQ=255)
aaCGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACaattaatttg > 1:805850/1‑199 (MQ=255)
aaCGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTg‑g < 2:805850/201‑1 (MQ=255)
aaCGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTTGGGGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGGCTGTACCTGAAAGGAGCGCAATTAATTT‑GCGGGCCCAAAACCGCCATTTTTAGC‑GTGTAGaaaccct > 1:920555/1‑234 (MQ=255)
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tGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTTGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCCTTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTG‑GCGGGCCAAAAAGCAGCATTTTTGGGTGTGCAGGACCCTTAAGTAGCGCG‑CAACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGGGAACGTTTCCATTa > 1:886882/1‑239 (MQ=255)
aTTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACCTTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTT‑GCGGTCCCAAAACCCGCATTTTGAGGCGTTCAGAACCATTAAGTAACGCG‑CTTATCTCTTTTCTTGTTCTGGGGATCACGTTTACATTaac > 1:577795/1‑237 (MQ=255)
aTTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTG‑GCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTTAGCTGTGCCGAACCCTTAAGTAGCGCG‑CTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGGGCCCGTTCCCATTAcc > 1:414294/1‑239 (MQ=255)
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|
TGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGCGGTCTGATTCTGTTGCCTTTTTATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAACGGCAGTTTGA‑T‑TCTGGCGTTTTTTTATTTGGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACATTTAGTCTGTACCTGAAAGGAGCACAATTAATTG‑GCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCG‑CTACTCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATCACGTTCACATTACCGGACTGGCTGGGAACGCTGCTGATTCTGTCATCGGTGATTTTGATTTCAATGGATT > NC_000913/3838677‑3839123
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
