Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F27 I0 R1
|
322 |
127.1 |
2757226 |
91.8% |
2531133 |
223.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,251,973 |
T→C |
14.6% |
L303P (CTC→CCC) |
dhaR → |
dhaKLM operon transcription activator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,251,973 | 0 | T | C | 14.6%
| 223.7
/ 4.7
| 89 | L303P (CTC→CCC) | dhaR | dhaKLM operon transcription activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (54/19); new base C (3/11); total (57/32) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.22e-04 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CAATTTATTAATGCCCAGGCGGCGCGGGTCTTGCGCC‑TTGACGCGACGGCAAGT‑CAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTA‑CCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGC‑GGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTC‑GCTCATATGCCACAGGACGATCCGCAAACCCGCCGCTTGATTCATTTTGGTCGCCAGGCGGCGCGCAGTAGCTTTCCTGTCCTGCTTTGTGGAGAAGAGGGCGTGGGCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTGCAGGTCCTTATATCG > NC_000913/1251741‑1252206
|
cAATTTATAAAGTCCCAGGGGGCGGGGGTTTGGCCCCTTTGCCGC‑AGGGCAAGTAGGGGGAGGGAAAACCACAGAACTTTAAATTTTC‑CCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCATc < 1:1261042/239‑1 (MQ=255)
aaTTTATTAATGCCCAGGCGGCGCGGGTCTTGCGCC‑TTGACGCGACGGCAAGT‑CAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTA‑CCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCAt > 1:1020593/1‑236 (MQ=255)
aTGCCCAGGCGGCGCGGGTCTTGCGCC‑TTGACGCGACGGCAAGT‑CAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTA‑CCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTTTTTCCCCATCCTGGGGaaaaa > 2:566428/1‑236 (MQ=255)
cAGGCGGCGCGGGTCTTGCGCC‑TTGACGCGACGGCAAGT‑CAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTA‑CCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCCCCATCCTGTGGaccgaatgc > 1:1061158/1‑230 (MQ=255)
ggcggcGCGGGTCTTGCGCC‑TTGACGCGACGGCAAGT‑CAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTA‑CCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGC‑GGc > 1:1325656/1‑239 (MQ=255)
cgtgctcctgggccgggcGGAAAGG‑CAGGGACGGCCAATCAGTGAACTTTAAACTTTA‑CCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGC‑GGCAGTTGATGAcc < 1:1322961/221‑1 (MQ=255)
ttGACGCGACGGCAAGT‑CAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTA‑CCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGC‑GGCAGTTGATGACCAGTCAAttt > 1:1069069/1‑238 (MQ=255)
tGACGCGACGGCAAGT‑CAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTA‑CCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAAATGC‑GGCCGTTGATGACCAGTCAATTAg > 2:58740/1‑239 (MQ=255)
ggcgggaaatccaagAACTTTTAACTTCA‑CCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGC‑GGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCtt < 1:166030/224‑1 (MQ=255)
ggCAATCACTGAACTCTTAACGTTA‑CCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAAAAGATGC‑GGCAGGTGTTGACCAATCAATTAggctgtctcttataaaaatccgacg > 2:48639/1‑216 (MQ=255)
gagcaaccacacaactttAACCTTAGCCCGCCGTAATGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAGGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCAGCCTGTGGAACAGATGC‑GGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTC‑Gc < 1:37984/222‑1 (MQ=255)
aacccgtGAACTTTTAACTTTC‑CCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGC‑GGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTC‑GCTCata < 1:566428/233‑1 (MQ=255)
acccactacatcttccccttacccccccGTTTTGCAACAAGCAATAAAACAGGCCCATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGC‑GGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTC‑GCTCata < 2:129289/217‑1 (MQ=255)
aaCTCTTAACGTTA‑CCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGC‑GGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGGAAAGTCAGCCATACCTTC‑GCTCATATGCCACAg > 1:766706/1‑239 (MQ=255)
aaCTCTTAACGTTA‑CCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGC‑GGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATAc > 1:500856/1‑220 (MQ=255)
ttAACGTTA‑CCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGC‑GGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTC‑GCTCATATGCCACAGGACg > 1:382257/1‑238 (MQ=255)
ttAACGTTA‑CCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCCCCATCCTGTGGAACAGATGC‑GGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAATAAACCAAACCTTC‑GCCCAAAAGCCAAAGGagg > 2:536964/1‑236 (MQ=255)
aaCGTTA‑CCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGC‑GGCAGTTGTTGACCAGCCAATTAGGAAAATTCAGCCAAACCTTcccccaatttcccaagagcgaac > 2:1302335/1‑217 (MQ=255)
aaCGTTA‑CCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGC‑GGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTC‑GCTCTTATGCACCAGGACGAt > 1:175526/1‑238 (MQ=255)
tA‑CCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGC‑GGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGCAAAGTCAGCCATACCTTC‑GCTCATATGCCACAGGACGATCCGCaa > 1:414858/1‑239 (MQ=255)
a‑CCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATGATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGAGCC‑GGCAGTTGTTGACCAGTCAATTAGGAAAAGTAAGCCATACCTTC‑CCCCATATGCACCAGGAAAAACCGCaa > 2:37324/1‑238 (MQ=255)
a‑CCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGACCAACAGC‑GGCAGGTGACGACACGTCAATTGGGAAAGGTCAGCCTGAACTTC‑GCCCaaagtcaaaagagcaatcgcaaa > 2:1135985/1‑216 (MQ=255)
a‑CCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGC‑GGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTC‑GCTCATATGCCACAGGACGATCCGCaa > 1:32458/1‑238 (MQ=255)
a‑CCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGC‑GGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTC‑GCTCATATGCCACAGGACGATCCGCaa > 1:770110/1‑238 (MQ=255)
a‑CCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTAATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GA‑CGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGGGGAACAGATGC‑GGCAGTGGCAGACCAGTCACTTCGGCAAAGACAGCCAAACCTTC‑GCTCATTTGCCAAAGGCCGAACCGCaa > 2:87787/1‑238 (MQ=255)
cgTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGC‑GGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTC‑GCTCATATGCCACAGGACGATCCGGAAACccgc > 1:264375/1‑238 (MQ=255)
ggaacaaGCAAAAAAACCGGCAAATCCGGTCAAACACGTAAAACCACCCTGTAAAAGCCAG‑CACCAGTTTATCGATCGGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCCCAATCCTGTGGAACAGATGC‑GGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTC‑GCTCATATGCCACAGGACGATCCGCAAACCCGCCGCTTGa < 1:762216/237‑1 (MQ=255)
gCAAAAAGAAATAAAACAGGCACACCCGCTAAAACACGAAAAACCAACCTGTAAAAGCAAG‑CACCAGTTAATGGAGGGGTTG‑ATAACCTTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCCCCATCCTGTGGAACAGATGC‑GGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAATTCAGCCATACCTTC‑GCTCATATGCCACAGGACGATCCGCAAACCCGCCGCTTGa < 2:1020593/239‑1 (MQ=255)
caaGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGC‑GGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTC‑GCTCATATGCCACAGGACGATCCGCAAACCCGCCCCTTGATTCa > 1:1162494/1‑239 (MQ=255)
aGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑TGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGC‑GGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTC‑GCTCATATGCCACAGGACGATCCGCAAACCCGCCGCTTGATTCAtt > 1:615370/1‑239 (MQ=255)
aGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTTTGGAAAAGATGC‑GGCAGTTGATACCCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTC‑GCTAATATGCCCAAGAACGATCCGCAAACccacccccggattactt > 2:1213822/1‑227 (MQ=255)
aGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATCC‑GGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGACAGCCAACCCTTG‑GTGCATATGCCCAAGGCCGATCCGACAACCCGCCGATTGTTTCttt > 1:1318887/1‑239 (MQ=255)
gCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGC‑GGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGGAAAGTCAGCCATACCTTC‑GCTCATATGCCACAGGACGATCCGCAAACCCGCCGCTTGATTCtttt > 1:807561/1‑239 (MQ=255)
tAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGC‑GGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTG‑GCTCAAATGCCCCATGACAGACCCCAAACCCCCCCCTGGAATCATTTTGGt > 2:1051268/1‑239 (MQ=255)
ggCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGC‑GGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTC‑GCTCATATGCCACAGGACGATCCGCAAACCCGCCGCTTGATTCATTTTGGTCGCCAg > 1:680893/1‑238 (MQ=255)
ggCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATCC‑GGCCGTTGATGACCAGTCCATTAGGACAAGTCAGCCCTACCTTC‑GCCCATATGCCACAGAGCGATGCCCAAACCCCCCCCTTGATTCATTTTgaccgacggg > 2:715199/1‑230 (MQ=255)
gCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGC‑GGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTC‑GCTCATATGCCACAGGACGATCCGCAAACCCGCCGCTTGATTCATTTTGGTCGCCAggc > 1:1127884/1‑239 (MQ=255)
aTCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGC‑GGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTC‑GCTCAAATGCCACAGGACGATCCGCAAACCCGCCGCTTGATTCATTTTGGTctgcctcttata > 1:78294/1‑228 (MQ=255)
cgttCAAACCCGTAGAAGCAACTTTTGAAAGCCAA‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGAAAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGTTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGAGGC‑GGCAGTTGAGGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTC‑GCTCATATGCCACAGGACGATCCGCAAACCCGCCGCTTGATTCATTTTGGTCGCCAGGCGgcgcgc < 1:1296017/236‑1 (MQ=255)
ccctacacaccttAGAAGCACCCTTTAAAAGCCCG‑CACAAGTTTATTGGGGCGGTA‑ATAACCCTAAAACGAAAAAAATAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCACGTTTA‑TTTTGTTGCTCAATCCTGGGGAACAGATGC‑GGAAGGTGATGACCAGTCAATTAGAAAAAGTTATCCATACCTTC‑GATGATAGCCCGCAGGACGAGCCGCAAGCCCGCCGCTTGATTCATTTTGGTCGCCAGGCGgcgcgc < 2:1068486/227‑1 (MQ=255)
caccgcttaaaaccaccttttAAAAGCCAG‑CACGGTTTTATGGTGGCTGTA‑ATAA‑CCTTCAAACTAAAAAGGAAACGGG‑AGGGA‑AGCTGATTAA‑TTTTGTTGCGCCAGCCTGTGAAAAAGATGC‑GGCGGTTGGTGCCCAGTCAATTAGTAAAAGTCCGTCATCCCTTC‑GCTAATTTGCCACAGGACGAACCCCAACCCCGCCGCTTGATTCATTTTGGTCGCCAGGCGGCGCGCAGTAg < 2:1252899/221‑1 (MQ=255)
aaaCCCGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTT‑ATACCCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGTTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGC‑GGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTC‑GCTCATATGCCACAGGACGATCCGCAAACCCGCCGCTTGATTCATTTTGGTCGCCAGGCGGCGCGCAGTAg < 1:916654/239‑1 (MQ=255)
aaaCACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATACCCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGC‑GGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTC‑GCTCATATGCCACAGGACGATCCGCAAACCCGCCGCTTGATTCATTTTGGTCGCCAGGCGGCGCGCAGTAg < 1:536964/239‑1 (MQ=255)
aaaCACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGC‑GGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTC‑GCTCATATGCCACAGGACGATCCGCAAAACCGCCGCTTGATTCATTTTGGCCGCCAGGCGgcgcgcggaa > 2:551658/1‑234 (MQ=255)
acacGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGCTGC‑GGCAGCTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTG‑CCCCATATGCCACAGGCCGATCCGCAACCCCCCCCCTTGATTCTTTTTTGTCCCCAGGCTGCCCGCAgagcct > 2:82456/1‑234 (MQ=255)
gTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGC‑GGCAGTTGATGACCa > 2:1306127/1‑133 (MQ=255)
gTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGC‑GGCAGTTGATGACCa < 1:1306127/133‑1 (MQ=255)
caCCTTTTAAAACCAGCCCCCAGTTTATTGATGCGGTG‑AAACCCCATAACCAGATAAAAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCCGCTTTA‑TTTTGTTGCCCCATCCTGTGGAACAGATGC‑GGCAGTTGATGACCAGTCAATAAGGAAAAGGCAGCAATTCCTCC‑GCTCATGGGCCACAGGCCGATCCGAAACCCCGCCGCTTGATTCATTTTGGTCGCCAGGCGGCGCGCAGTAGCTTtcctgtcctg < 2:32458/238‑1 (MQ=255)
cccTTTAAAAGCCAG‑CACCAGTTTATGGATGCGGTG‑ATAACCCTTAACCCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGTTTTA‑TTTTGTTGCCCCATCCTGTGGAACAGATGC‑GGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTC‑GCTCATATGCCACAGGACGATCCGCAAACCCGCCGCTTGATTCATTTTGGTCGCCAGGCGGCGCGCAGTAGCTTTCCTGTCCTGCt < 1:58740/238‑1 (MQ=255)
aCCTTTAAAACCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGTGT‑AAAACCCTTAAACCAATAATAGAACC‑GC‑GGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGC‑GGCAGTTGAGGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATCCCTTC‑GCTCATATGCCGCAGGACGATCCGCAAACCCGCCGCTTGATTCATTTTGGTCGCCAGGCGGCGCGCAGTAGCTTTCCTGTCCTGCt < 1:744113/239‑1 (MQ=255)
tGAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGC‑GGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGTAAAGTAAGCCATACCTTC‑GCTCATATGCCACAGGACGATCCGCAAACCAGCCGCTTGATTCATTTTGGTCCCACGGCGGCGCGCAGTAGCTTTCCTGTCCTGCTTtttg > 1:1331581/1‑239 (MQ=255)
gAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGTTCCATCCTGTGGAACAGATGC‑GGCAGTTGAGGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTC‑GCTCATATGCCACAGGACGATCCGCAAACCCGCCGCTTGATTCATTTTGGTCGCCAGGCGGCGCGCAGTAGCTTTCCTGTCCTGCTTTGTgg < 1:1302335/239‑1 (MQ=255)
gAAAACCGG‑CCCCAGTTTTTTGATTGGGTT‑ATCACCCTAAAACCTATAATAAAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCGGTTTTA‑TTTTGTTGCTCACTCCTGTGAAACAGAGGC‑GGCGGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCAATCCTTC‑GCTCATATGCCCAAGGACGATCCGAAAACCCGCCGCTTGATTCATTTTGGTCGCCAGGCGGCGCGCAGTAGCTTTCCTGTCCTGCTTTGTgg < 2:1331581/239‑1 (MQ=255)
cAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGC‑GGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTC‑GCTCATATGCCACAGGACGATCCGCAAACCCACCGCTTGATTCATTTTGGTCGCCAGGCGGCGCGCAGTAGCTTTCCTGTCCTGCTTTGTGGggaaga > 1:141040/1‑239 (MQ=255)
cccattttttGGTGCGTTGTATACCACTAAAACCGATAAGAGAAAC‑GA‑AGAGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTTTTGCTCCACCCTGTGAAACAGGCGC‑GGCAGTGGATGGCCAGTCATTTAGGAAAAGCCAGCCATACCTGC‑GCTCATATGCCACAGGACGTCCCGCAACCCCGCCGCTTGATTCATTTTGGTCGCCAGGCGGCGCGCAGTAGCTTTCCTGTCCTGCTTTGTGGAGAAGAGGGc < 2:1061158/235‑1 (MQ=255)
gcttATTGAGGCACTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTCATGCTCCATCCGGTGGAACAGAGCC‑GGCAGTTGATGATCATTCAGTTAGGAAAAGGCAGCCCTACCTTG‑GACCATATGCCCCAGGACGCTCCGCAAACCCGCCACTTGACTCCTTTTGTACGCCAGTCGCCCAGCGTAACCATTCCTGTCCACCTTTGTGGGAAAGAgggggggg > 2:1333924/3‑234 (MQ=255)
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cGGCG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGC‑GGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTC‑GCTCATATGCCACCGGACGATCCGCAAACCCGCCGCCTGATTCATTTTGGTCCCCAGGCGGGCCGCCGTAGCGTTCCGTACCTACTTTGTGGAGAAAAGGGGGTGGGCCAGGAAcg > 2:467904/1‑237 (MQ=255)
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ataataGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGC‑GGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTC‑GCTCATATGCCACAGGACGATCCGCAAACCCGCCGCTTGATTCATTTTGGTCCGCAGGCGCCGCGCAGTAGCTTTCCTGTCCTGCTTTGTGGAGAAGAGGGCGTGGGCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATaa > 1:535483/1‑239 (MQ=255)
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ggA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGC‑GGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTC‑GCTCATATGCCACAGGACGATCCGCAAACCCCCCGCTTCATTCATTTTTGTCGCCACGCGGGGCCCAGTAGCTTTCCTGTCCTGCTTTGTGGAGAAGAGGGCGTGGGCAAGGGCCCTCTAAGGCAGGCAATTCTTAATGAAAACGCGCGggc > 2:1332852/1‑239 (MQ=255)
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cTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGC‑GGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTC‑GCTCATATGCCACAGGACGATCCGCAAACCCGCCGCTTGATTCATTTTGGTCGCCAGGCGGCGCGCAGTAGCTTTCCTGTCCTGCt > 1:1011815/1‑165 (MQ=255)
a‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGC‑GGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTC‑GCTCATATGCCACAGGACGATCCGCAAAc > 1:648262/1‑104 (MQ=255)
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|
CAATTTATTAATGCCCAGGCGGCGCGGGTCTTGCGCC‑TTGACGCGACGGCAAGT‑CAGGGACGGGCAATCACTGAACTCTTAACGTTA‑CCCGCCGTATTGCAACAAGCAATAAAACAGGCACATCCGCTCAAACACGTAGAAGCAACCTTTGAAAGCCAG‑CACCAGTTTATTGATGCGGTG‑ATAACCCTTAAACCGATAATAGAAAC‑GC‑AGGGA‑ACCAGCTTTA‑TTTTGTTGCTCCATCCTGTGGAACAGATGC‑GGCAGTTGATGACCAGTCAATTAGGAAAAGTCAGCCATACCTTC‑GCTCATATGCCACAGGACGATCCGCAAACCCGCCGCTTGATTCATTTTGGTCGCCAGGCGGCGCGCAGTAGCTTTCCTGTCCTGCTTTGTGGAGAAGAGGGCGTGGGCAAGGCACTGCTAAGTCAGGCAATTCATAATGAAAGCGAGCGTGCTGCAGGTCCTTATATCG > NC_000913/1251741‑1252206
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
