Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F27 I0 R1
|
322 |
127.1 |
2757226 |
91.8% |
2531133 |
223.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,319,405 |
A→C |
20.1% |
V68G (GTG→GGG) |
phnJ ← |
carbon‑phosphorus lyase, SAM‑dependent |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,319,405 | 0 | A | C | 20.1%
| 248.3
/ 9.0
| 127 | V68G (GTG→GGG) | phnJ | carbon‑phosphorus lyase, SAM‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (55/40); new base C (5/27); total (60/67) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.02e-05 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
GCGCGTGCATGGTGCGGGTTTCCGTTTCGCGCGGCTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGT‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCAC‑GTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACG‑GCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAA‑ACGGCACCTGATAACCGGGGATCG‑CCACCGCTTTTAAGATGGCGCGGCGGATCATGC‑GTTTGGTCTGCTCGTCGAGGTAGGCAAAGTTGTAGCCGCTCAGATTAGCCATGGTTCTGCTCCTGTTGCAGACGTTTGAGT > NC_000913/4319169‑4319636
|
tGCATGGTGCGGGTTTCCGTTTCGCGCGGCTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGGTGCGGGGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTCCGTTCCGTGGGGTTTACCCCGGTCACGCCCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGT‑GTCCTCCGCCCCCCGGTCAATCACCTTCa > 2:819076/1‑238 (MQ=255)
tGCATGGTGCGGGTTTCCGTTTCGCGCGGCTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGT‑GCCATCGGCGCCCTGGTCAATACCCTTCa > 1:246565/1‑238 (MQ=255)
tGCATGGTGCGGGTTTCCGTTTCGCGCGGCTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGG‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTCCa > 1:1061545/1‑238 (MQ=255)
tGCATGGTGCGGGTTTCCGTTTCGCGCGGCTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGGGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACCCGGCGTTGGGGGT‑TTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCttaa > 1:8008/1‑236 (MQ=255)
tGCATGGTGCGGGTTTCCGTTTCGCGCGGCTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGGGTTTACCCCGGGCACGCGCTTGAAGAAGTGCCGAATCGCCACGGCGTTGGGGGT‑GTCATCCCCGCCCTGGTCAATCACCttta > 2:1271042/1‑236 (MQ=255)
tGCATGGTGCGGGTTTCCGTTTCGCGCGGCTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGGGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAGTCGCCACGGCGTTGGTGGT‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCa > 1:1357600/1‑238 (MQ=255)
gcatgggtggggTTTCCGTTTCGCGCCGCTTGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGT‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAg < 1:1228477/229‑1 (MQ=255)
ggTGCGGGTTTCCGTTTCGCGCGGCTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGT‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCAC‑g < 1:1248744/238‑1 (MQ=255)
gTGCGGGTTTCCGTTTCGCGCGGCTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGGGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGCAGTTGCGAATCGCAACGGCGTTGGTGGG‑GGCACCCGGCCCCGGGTCAATCACCCTccgaaaccc > 2:29549/1‑231 (MQ=255)
tGCGGGTTTCCGTTTCGCGCGGCTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGT‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCAC‑Gtg > 1:859355/1‑237 (MQ=255)
cGGGTTTCCGTTTCGCGCGGCTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCCTCGTCCGTACGTTCCGTGGGGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGAACCGGCGGTGGGGGG‑GTCAGCCGCGCCCCGGGCAATAACCttacccccgtcact > 2:138559/1‑227 (MQ=255)
tCCGTTTCGCGCGGCTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGTCACCTGGCAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGCTGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTTCGTTCCGTGGGTTTTACCCCGGCCACGCGCTTGAAGAGGTTTGGAATCGACACAGCGTTGGCGGG‑GTCCTCCGCCCCCGGGTGAATCCCCTTCAACCC‑GCCCCTTTCGc > 2:213753/1‑238 (MQ=255)
cgcgcgGCTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGGTGGTGGT‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCAC‑GTCGCTTTCGCCAATCAc > 1:713103/1‑238 (MQ=255)
cgcgcgGCTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGGCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTCGCGGG‑GTCACCCGCGCCCTGGCCAACCCCCTCCaaccattgcatttgccccacaccg > 2:442194/1‑216 (MQ=255)
gcgggGCTCGATAAAGGGCCGGGGCTTGGGGATTGGGCCCTGGAAGATAATTATCTGAGCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGT‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCAC‑GTCGCTTTCGCCAATCACGc < 2:1061545/239‑1 (MQ=255)
cgcgGCTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGT‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCAC‑GTCGCTTTCGCCAATCAc > 1:966531/1‑236 (MQ=255)
aGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGT‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCAC‑GTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAACCTGa > 1:128674/1‑239 (MQ=255)
cgcAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGGGGT‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCCCCTTCAGCAC‑GTCGCTTTCGCCACTCACGCTGGCGGTAAGcgtca > 1:625655/1‑234 (MQ=255)
cGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGCCACGGCGTTGGTGGG‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGAAC‑GTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATgccc > 1:684986/1‑237 (MQ=255)
cGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGT‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCCC‑GACGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGaaatccg > 1:1207029/1‑233 (MQ=255)
cGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGGGGT‑GTCATCCGCGCCCCGGTCAAGCACCTTCCGAAC‑GTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGGAAAAGGAATgcccc > 2:549108/1‑237 (MQ=255)
cGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGGGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGGGGG‑GTAATCCGCGCCCTGGCCAATCACCTTCCGACC‑GTCCCTTTTGCCAATCACCCTGCGGGCAAGCGAAATggccc > 2:952635/1‑235 (MQ=255)
ggttCGGGGTTTGGCCGCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTACACGGCGTTTCGGGGGTGCGGGGGCGCGTGTGGATAACCGTCGCCTCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTTACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGG‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCAC‑GTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATgccgcc < 2:860020/236‑1 (MQ=255)
cTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGT‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCAC‑GTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATgcc < 1:1105581/234‑1 (MQ=255)
tCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGT‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCAC‑GTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCgg < 1:1098012/238‑1 (MQ=255)
ggttGGCACCTGGAAAGTAATTGTCGGACCTTCGGGCAGCGGCGTGTCGGGGAGTCGGTGACGCGTTGGGAAACAGGGCGCATGGTCCGGACGTTCCGGGGTGTTTCCCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGT‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCAC‑GTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTccc < 2:8008/236‑1 (MQ=255)
gATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGT‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCAC‑GTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTccc < 1:819076/238‑1 (MQ=255)
tgtaaaaaggacagtAATTATCTGATCTTCGGGCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGT‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCAC‑GTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAg < 1:159825/224‑1 (MQ=255)
aaaggaaaattaatttcttGATCTTCGGTCAGGGTGGTTTCGGGGATGCGGGGACGGGTCGGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGT‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCAC‑GTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTa < 2:828608/221‑1 (MQ=255)
ccTGGAAGATAATTATCCGATCGTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGGCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGT‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCAC‑GTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAAGGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTa < 1:163828/238‑1 (MQ=255)
cTGGAAAATAAATTTCTGATCTTCGGGCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGT‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCAC‑GTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTAcg < 1:837127/239‑1 (MQ=255)
cGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGT‑GTCATCGGAGCCCTGGTCAATCACCTTCATCAC‑GTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGCAAGCCGAAATCCGCCGGTTCCCCAGCCGAGAG‑GCATGCGCATATAGCGCCCGCCa > 2:587308/1‑239 (MQ=255)
tCAGCGGCGTTTGGGGGATGCGGGGACGCGTCTGGATAACCGGCGCATCGTTCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGT‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCAC‑GTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACG‑GCATCGGCATCTCGCGCCCGCCaa‑a < 1:237890/238‑1 (MQ=255)
aGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGGCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGT‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCAC‑GTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACG‑GCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAA‑ACgg < 1:29549/239‑1 (MQ=255)
cggcgTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGT‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCAC‑GTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCCCCGGTTCCCCCGCCGTCCG‑GCATCGGCCTCCCGCGCCCCCCAA‑ACGGc > 2:983550/1‑238 (MQ=255)
ggcgTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGT‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCAC‑GTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACG‑GCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAA‑ACgg < 1:213753/236‑1 (MQ=255)
tttCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGT‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCAC‑GTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCCGCCGTACG‑GCATCGGCATACCGCGCCCGCCaacaggccacccg > 2:39195/1‑228 (MQ=255)
gtttaaggagatggtcggATAACCGTGCAATCGGCCGTTCGTTCCTTGGTTTTTCCCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGT‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCCCCTTCAGCAC‑GTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACG‑GCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAA‑ACGGCACCTGATAACCggg < 2:295339/223‑1 (MQ=255)
tGCGGTGACGCTTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTGCCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGT‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCAC‑GTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACG‑GCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAA‑ACGGCACCTGATAACCggg < 1:1305630/238‑1 (MQ=255)
gcccctttGGATAACCGGTGCATGGTGCGTAGGTTCCGTGGTGTTTTCCCCGGGCCCGCGCTTGAAGAAGTTGGCAATCGACACGGCGTTGGTGGT‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCCCCTTCAGCAC‑GTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACG‑GCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAA‑ACGGCACCTGATAACCGGGGATCG‑CCa < 2:440593/232‑1 (MQ=255)
gggggctggtcaaCCTTCGCTTCGGCCGTCCGGTCCGGGGTGTTTCCCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAACCGACACGGCGTTGGTGGG‑GGCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTGCAGCAC‑GTCGCTTGCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACG‑GCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAA‑ACGGCACCTGATAACCGGGGATCG‑CCa < 2:1275872/227‑1 (MQ=255)
ggcgTCGGGATAACCGTGGCCTTGTCCGTTGGTTCCGGGGGTTTTACCCCGGTCCCGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACGCGGCGTTGGTGGG‑TGCATCCGCGCCCTGGTCAATCCCCTTCAGCAC‑GTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACG‑GCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAA‑ACGGCACCTGATAACCGGGGATCG‑CCa < 2:226225/237‑1 (MQ=255)
cggggttGGATAACCGTGCCAACGTCCGTACGGTCCGGGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGT‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCAC‑GTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACG‑GCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAA‑ACGGCACCTGATAACCGGGGATCG‑CCa < 1:716106/232‑1 (MQ=255)
gcgttgggATAACCGTCGCAGCGTCCGTACGTTGCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGT‑TTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCAC‑GTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACG‑GCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAA‑ACGGCACCTGATAACCGGGGATCG‑CCAc < 1:885873/232‑1 (MQ=255)
gcgTCTTTATATCCGTGGCGTCGTCGGTCGGTTCCGGTGTGTTTCCCCCGGTCACGCCGTTGAAGAAGTTGCGAATCGACCCGGCTTTGGTGGT‑GTCACCCGGGCCCTGGTCAATCCCCTTCAGCAC‑GTCGCTTCCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACG‑GCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAA‑ACGGCACCTGATAACCGGGGATCG‑CCAc < 2:68998/238‑1 (MQ=255)
cGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGT‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCAC‑GTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAACTGAATGCCCCCGGGTCCCCAGCCTGACGCGCA‑CGGCCTTCCGCGCCCCCCCA‑ACGGCCCCGCAAAACCCGGGAACGCCCACCCCTTTaaacggg > 2:658094/1‑235 (MQ=255)
ccgctCGTCCGTTCGTTCCGTGGTTGTTACCCCGGTCCCGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGT‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCAC‑GTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACG‑GCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAA‑ACGGCACCTGATAACCGGGGATCG‑CCACCGCTTTTAAGATGgcgc < 1:442194/235‑1 (MQ=255)
cGCATCGGCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGT‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCAC‑GTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACG‑GCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAA‑ACGGCACCTGATAACCGGGGATCG‑CCACCGCTTTTAAGATGgcgc < 1:439859/239‑1 (MQ=255)
gCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGT‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCAC‑GTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACG‑GCATCGGCATCTCCCGCCCGCCCA‑ACGGCACCTGATAACCGGGGCTCT‑CCACCGCCTTTAACATGGcccg > 1:516455/1‑239 (MQ=255)
taggggtgtaaaagggcaaggttTTTCCCCCGGCCCCGCGCTTGAAGAAGTTGCGAAGCGACACGGCTTTGGGTGT‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCAC‑GTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACG‑GCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAA‑ACGGCACCTGATAACCGGGGATCG‑CCACCGCTTTTAAGATGGCgcgg < 2:1189152/220‑1 (MQ=255)
agcggccGTAAGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGT‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCAC‑GTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACG‑GCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAA‑ACGGCACCTGATAACCGGGGATCG‑CCACCGCTTTTAAGATGGCgcgg < 1:845061/233‑1 (MQ=255)
tCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGT‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCAC‑GTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACG‑GCATCCGCATCTCCCGCCCGCCAA‑ACGGGACCTGTTAACCGGGGATCG‑CCACCGCTTTTAAGATGGCGcggcggc > 1:875487/1‑237 (MQ=255)
ccGTACGTTCCGTGGTTTTTCCCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGT‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCAC‑GTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACG‑GCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAA‑ACGGCACCTGATAACCGGGGATCG‑CCACCGCTTTTAAGATGGCGCGGCGGAt < 1:1148107/238‑1 (MQ=255)
ccGTACGTTCCGGGGGTTTTTCCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACCCGGCGTTGGTGGT‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCCCCTTCAGCAC‑GTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTGAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACG‑GCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAA‑ACGGCACCTGATAACCGGGGATCG‑CCACCGCTTTTAAGATGGCGCGGCGGAt < 1:1227957/238‑1 (MQ=255)
cGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGT‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCAC‑GTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACG‑GCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAA‑ACGGCACCTGATAACCGGGGATCG‑CCACCGCTTTTAAGATGGCGCGGCGGATCa < 1:39195/239‑1 (MQ=255)
aCGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGT‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCAC‑GTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACG‑GCCTCGGCATCTCGCGCCCGCCAA‑ACGGACCCTGCTAACCGGGGATCG‑CCACCGCTTTTAAAATGGCGCGGCGGATCATGc > 1:86318/1‑239 (MQ=255)
ccGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGT‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCAC‑GTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACG‑GCATCGGCATCTCGCGCCCCCCAA‑ACGGCACCTGATAACCGGGGATCG‑CCCCCGCTTTTAAGATGGCCCGGCGGCTAATGC‑GTTTg > 1:306510/1‑239 (MQ=255)
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aaTCGACACGGCGTTGGTGGT‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCAC‑GTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACG‑GCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAA‑ACGGCACCTGATAACCGGGGATCG‑CCACCGCTTTTAAGATGGCGCGGCGGATCATGC‑GTTTGGTCTGCTCGTCGCGGACGGCAAAGTTGTAGCCGCCCAAAt > 1:878664/1‑239 (MQ=255)
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tggttccctCCGCGCCCTGGTCAATCCCCTTCAGCAC‑GTCGCTTTCGCCAATCCCGCTGGCGGTAAGCTTAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACG‑GCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAA‑ACGGCACCTGATAACCGGGGATCG‑CCACCGCTTTTAAGATGGCGCGGCGGATCATGC‑GTTTGGTCTGCTCGTCGAGGTAGGCAAAGTTGTAGCCGCTCAGATTAGCCATGGTTCTGCt < 1:952635/230‑1 (MQ=255)
gtCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCAC‑GTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACG‑GCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAA‑ACGGCACCTGATAACCGGGGATCG‑CCACCGCTTTTAAGATGGCGCGGCGGATCATGC‑GTTTGGTCTGCTCGTCGAGGGAGGCAAAGTTGTAGCCGCCCAGATTAGCCATGGTTCTGCTccctt > 1:996097/1‑236 (MQ=255)
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ggTCAATCACCTTCAGCAC‑GTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACG‑GCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAA‑ACGGCACCTGATAACCGGGGATCG‑CCACCGCTTTTAAGATGGCGCGGCGGATCATGC‑GTTTGGTCTGCTCGTCGAGGTAGGCAAAGTTGTAGCCGCTCAGATTAGCCATGGTTCTGCTCCTGTTGCAGACGTTTGAg < 1:262229/239‑1 (MQ=255)
|
GCGCGTGCATGGTGCGGGTTTCCGTTTCGCGCGGCTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGT‑GTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCAC‑GTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACG‑GCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAA‑ACGGCACCTGATAACCGGGGATCG‑CCACCGCTTTTAAGATGGCGCGGCGGATCATGC‑GTTTGGTCTGCTCGTCGAGGTAGGCAAAGTTGTAGCCGCTCAGATTAGCCATGGTTCTGCTCCTGTTGCAGACGTTTGAGT > NC_000913/4319169‑4319636
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
