Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F17 I0 R1
|
155 |
84.1 |
1797446 |
90.9% |
1633878 |
230.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,854,897 |
A→G |
21.5% |
E326G (GAG→GGG) |
emrD → |
multidrug efflux system protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,854,897 | 0 | A | G | 21.5%
| 99.9
/ 5.5
| 59 | E326G (GAG→GGG) | emrD | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/19); new base G (7/7); total (33/26) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.61e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGTTTATTCTGCCGATTCCGGCAGCGTTTTTTGGCGCATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGA‑CGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGC‑GGGCACGGCTGG‑CGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGG‑CGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGC‑GA‑CGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATC > NC_000913/3854663‑3855131
|
tGTTTATTCTGCCGATTCCGGCAGCGTTTTTTGGCGCATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTAGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGCTGAATGTCTGGA‑CGCTGCTCGTTCACGCCGCGCTGTTGTTTTTCGGTGTCGGGTGGCTGTTTCCGTGGCCGCCCAGCGGCGCTCTGGAGGCg > 2:380574/1‑239 (MQ=255)
aTTCTGCCGATTCCGGCAGCGTTTTTTGGCGCATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGGTCCCCGGCTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGA‑CGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGGGCCGGGATGCTTTTTCCGCTGGCGACCAGCGGGGCGATGGGGCCGTTcc > 1:153997/1‑238 (MQ=255)
aTTCTGCCGATTCCGGCAGCGTTTTTTGGCGCATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGA‑CGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCCTTcc > 2:482989/1‑238 (MQ=255)
aTTCTGCCGATTCCGGCAGCGTTTTTTGGCGCATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGA‑CGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTAGGTGCCGGGCTGCTGTTTCTGATGTCGACCAGCGGGGCGATGGAGCGGTTc > 2:8366/1‑237 (MQ=255)
aTTCTGCCGATTCCGGCAGCGTTTTTTGGCGCATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGA‑CCCGGCTCGTTCCAGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCCGTTTCCGCCGGCGACCAGCGGCGCGATGGGGCCGGTcc > 2:317987/1‑238 (MQ=255)
aTTCTGCCGATTCCGGCAGCGTTTTTTGGCGCATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGCCTGGA‑CGCTGCTCGTTCCCGCCGCCCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCCTGCGACCAGCGGCGCGATGTGGCCGGTcc > 2:691695/1‑238 (MQ=255)
tGCCGATTCCGGCAGCGTTTTTTGGCGCATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGA‑CGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCACTGGCGACCAGCGGCGCGGTGGGGCCGTTCCCCtt > 2:83606/1‑238 (MQ=255)
cAGCGTTTTTTGGCGCATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGC‑CGCTGCTCTTTCCCGCCGCGCGCTTCTTTTTCGGGGCCGGGTTGGTTTTTCCGCTGGCGCCCACGGGCCGCCTGGCGGCGTTCCCCCTTCTGGC‑AGGGACg > 1:362138/1‑239 (MQ=255)
cATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGA‑CGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGC‑GGGCCCGGCTGG‑CGCGCCggcg > 2:312029/1‑237 (MQ=255)
gTTTGCCGTCCTTCCCAATAACCCTTTCTCCACGTTAATGGGGCAGGCGGTTATCGTCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCGGATGGGGATCCCCGCGTGGTTTGGCGTGATGATGGTCTGGA‑CGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGC‑GGGCACGGCTGG‑CGCGCTGGTcggcg < 1:153064/239‑1 (MQ=255)
tttGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGA‑CGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGC‑GGGCACGGCTGG‑CGCGCTGGTcggcg < 2:743388/238‑1 (MQ=255)
gCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGCTCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGA‑CGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCCGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGCCCAGCGGCGCGGTGGAGCCGTTCCCCTGCCCGGC‑GGGGCAGGCCGG‑CGCGCGGGGcggggggcg > 1:743388/1‑236 (MQ=255)
cccAATAAACGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGA‑CGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCTGGAGGCCGTTTCCGCTGGCGCCCAGCGGGGCGCTGGGGCCGTTCCCCTTCCTGGC‑GGTCACGGCGGG‑CGGGCTGGGcggcggggtcccacaaac > 1:605098/1‑227 (MQ=255)
gCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGA‑CGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGTTGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGC‑GGGCCCGGCGGG‑CGGGCTGGTCCGCGGCGTGCCAAAACTTGGGTCCgg > 2:247584/1‑238 (MQ=255)
cAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGGGTGATGAATGTCTGGA‑CGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGCCCAGCGGGGCGACGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGC‑GGGACCGGCTTG‑CGCGTCGGTCGGCGGGCTCGAAACAATTGGGTCCCGCGTAGGGG‑GGTCGcgctcggg > 1:284874/1‑236 (MQ=255)
cAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGA‑CGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATTGGGCCGTTCCCCTTCCTTGC‑GGGCACGGCTGGCCGCGC‑GGTCGGGGGGTGGGCAAACCTTGGTTTCgggcggccggggggggcttcctg > 1:446220/1‑218 (MQ=255)
cAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGA‑CGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGTCGGGGCGCGCCGGG‑CGCCGGGGTGGCGGGTCT‑CCAAACAATGGTTCCgggcggccggggcgccccccccg > 1:478499/1‑218 (MQ=255)
cAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGA‑CGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGGGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGGGCCGTTCCCCTTCCTGGC‑GGGCACGGCTGG‑CGCGATGGGCGGCGGACGGCACAAACTTGGTTCCGGCGTGCTGG‑CGTCGctccttga > 2:657056/1‑234 (MQ=255)
ttttggtgcctggTGGCTGTGTGGCTGGTGGGGGTCCCCGACTGGTTTGGGGTGATGAATGTCGGGA‑CGCCGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGC‑GGGCACGGCTGG‑CGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGG‑CGTCGCTCTCTGCGATGTTGcc < 1:154958/233‑1 (MQ=255)
gctgcCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGCTGAATGTCTGGA‑CGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGCTGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGC‑GGGCCAGGCTGG‑CCCGCTGGTCGGCGGGCTGCAAAACATTTGGTTCGGGGGGCTGG‑CGTCCCGCTCTGCGCTGTTGcccgaa > 2:868981/1‑235 (MQ=255)
gctgcCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGA‑CGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGC‑GGGCACGGCTGG‑CGCGCTGGTGGGCGGGCTGCAAAACATTGGGTCCGGCGGGCTGG‑CGGCGCCCTCTGCGGTGTTTCCGCaa > 2:829448/1‑239 (MQ=255)
gcctgcTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGA‑CGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGC‑GGGCACGGCTGG‑CGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGCCGTGCTGG‑CGGCGCTCCTCGCGAGGTTGcccgcaacc > 2:287270/1‑232 (MQ=255)
cctgcTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGA‑CGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGC‑GGGCACGGCTGG‑CGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGTTGG‑CTGCGCCTTTTCCGATGTTGCCGCAAACCg > 2:244326/1‑239 (MQ=255)
cctgcTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGA‑CGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGC‑GGGCACGGCTGG‑CGCGCTGGTCGGCGGGCTGCCAAACATTGGTTCCGGCGGGCTGG‑CGCCGCCCTCTGCGGTGTTGCCGCAAACCg > 2:154958/1‑239 (MQ=255)
cctgcTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGA‑CGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGC‑GGGCACGGCTGG‑CGCGCTGGGCGGCGGCCTGGCAAACATTTGTTCCGGCGTTCTGG‑GCTCGGCCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCg > 2:542604/1‑239 (MQ=255)
ctggctggCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGA‑CGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGC‑GGGCACGGCTGG‑CGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGGGCTGG‑CGGCGCTCACTTCGATGTTGCCGACAACCGGTcc > 2:67232/1‑238 (MQ=255)
ggcgggctTTCTGGTGGGGACCCCCGACTGGTTTGGCGGTATGAATGTCTGGC‑CGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGC‑GGGCACGGCTGG‑CGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGG‑CGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAgg < 2:820169/239‑1 (MQ=255)
gttgggttgcggtgttgGTTCCCCGCTTGGTTTTGTGGGAT‑AATGTGTCGACCGCTCCTGGCTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGGGCCGGGATGCTGTTTCCACTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGC‑GGGCACGGCTGG‑CGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGG‑CGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAggg < 1:83606/224‑1 (MQ=255)
ttaTGTGGATCCCCGAGTGGTTGGGGTTGATGAAGGTCTGGA‑CGGTGCTCGTTCCCGGCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGC‑GGGCACGGCTGG‑CGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGG‑CGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTgggg < 2:144904/237‑1 (MQ=255)
aCTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGA‑CGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGC‑GGGCCCGGCTGG‑CGCGCTGGTCGGCGGTCTGCACAACATTGGGTCCCGCGTGGTGGCCGCGGCTC‑CTTCGCTGTTGCCGCCAACCGCGCCGGGGCCCCTGGGGGTGTTGTGGAACTTa > 1:302841/1‑239 (MQ=255)
cttgTTTGGCTTTTTGGATGTTGGGG‑CGTTGGTCGTTCCCGGCTGGGTGTTTTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCGGGCGGCCCGCCGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGC‑GGGCACGGCTGG‑CGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGGGCTGG‑CGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTaa < 1:247584/236‑1 (MQ=255)
tttgtgtggtgGATGTCTGTG‑CGGTGCTGGTTCCCCCCGCGCGGTTCTTTTCCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGGCGGGGACCGGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGG‑GGGCACGGGTGG‑CGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGG‑CGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGa < 1:195426/234‑1 (MQ=255)
gCGTGATGAATGTCTGGA‑CGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTCCCCCTTCCTGGC‑GGGCACGGCTGG‑CGCGCTGGGCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGG‑CGTCCCCCTCTCCGCTGTTGCCGCAAACCGGTCATGGCGCCCGGGGGGTGTTTGGGAGCTTAAAGGGGttg > 1:491766/1‑239 (MQ=255)
ggtagaaaTGTTTGGG‑CGCTGCGCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGC‑GGGCACGGCTGG‑CGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGG‑CGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGAttgt < 2:170054/232‑1 (MQ=255)
gatgaATGTCTGGA‑CGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCGGTTCTTTTTCGGTGCCGTGATGCTGTTTCCGCTTGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGC‑GGGCACGGCTGG‑CGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGG‑CGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGa < 2:151333/239‑1 (MQ=255)
atgaATGTCTGGA‑CGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGC‑GGGCACGGCTGG‑CGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGG‑CGTGCCTATCTGCGGTGTTTCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGGTGTTGGTGGCCTTAATGGGGatgttatt > 2:415676/1‑236 (MQ=255)
atgtcggggcgtttgcagTTCCCGACGCGGTGTGCTTTTGCGGTGCGGGGGTGCTGTTACCGGTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGC‑GGGCACGGCTGG‑CGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGG‑CGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCgtg < 2:565465/222‑1 (MQ=255)
cGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGC‑GGGCACGGCTGG‑CGCGCTGGTCGGCGGTCTTCAAAACATTTGTTCCGGCGGGCTGG‑CGGCGCTCTCTGCGGTGTTTGCGCAAACCGGTCAGGGGAGCCTGGGGGTGTTGGTGGCCTTAATGGGAgtggtggaaggggggtggggg > 1:876291/1‑224 (MQ=255)
gTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGC‑GGGCACGGCTGG‑CGCGCTGGGCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGGGCTGG‑CGTCGCTCTCTGCGGTGTTGCCGCAAACCGGGCAGGGCCGGCCGGGGTTGGTGATGCCCTTTATGGGAGTGTTTATCGGGCTGTgctggcgggcggc > 1:431370/1‑232 (MQ=255)
gcgcTGTTCTTTGTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGC‑GGGCACGGCTGG‑CGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGG‑CGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGC‑GA‑cgcg < 2:775740/239‑1 (MQ=255)
cTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGCCCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGC‑GGGCACGGCTGG‑CGCGCTGGGCGGGGGTCTGCAAACCATTGGTTCCCGCGTGCTGG‑CGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGGCAGGGCAGCCCGGGGTTGATGATGGCCTTAATGGGATTGTTGTATGTGCCGGTCTGGCTCCCCCGCGC‑GA‑CCCggga > 1:300966/1‑237 (MQ=255)
gtttcttttgggttccggtgttgtGTTTCCGCTGGCGAGCAGCGGCGCGTTGGGCGCGCTCCCCTGCCTGGG‑GGGCACGGCTGG‑CGGGGTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGG‑CGTCGCTCTCTGCGATGTTGCTGCAAACCGTGCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGGCCTTAATGGTATTGTTGATCTTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGC‑GA‑CGCGGATGt < 1:8366/216‑1 (MQ=255)
ttCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCCGGCGACCAGCGGCGCGATGGGGCCGTTCCCCTTCCTGGC‑GGGCACGGCTGG‑CGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGG‑CGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTTAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGC‑GA‑CGCGGATGTc < 2:284874/239‑1 (MQ=255)
tCTTTTTCGGGGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGC‑GGGCACGGCTGG‑CGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGG‑CGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGC‑GA‑CGCGGATGTc < 2:44696/238‑1 (MQ=255)
ttttCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGGCGCCAGCGGCGCGATGGGGCCGTTCCCCTTCCGGGC‑GGGCACGGCTGG‑CGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGG‑CGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGC‑GA‑CGCGGATGTCGCAt < 2:889479/239‑1 (MQ=255)
tttCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGC‑GGGCCCGGCTGG‑CGCGCTGGGCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGG‑CGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGGCAGGGGCGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGGTTGTTGATCTGGCTGGGCGGGGTGCCGCGGGG‑GA‑CGCGGGGGTCGccac > 1:829415/1‑236 (MQ=255)
ggctccGGGATGGTGTTTCCGCTGGCGTCCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCGGGC‑GGGCACGGCTGG‑CGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGG‑CGTCGCTCGCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGC‑GA‑CGCGGATGTCGCATCAggg < 2:478499/235‑1 (MQ=255)
gTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGC‑GGGCACGGCTGG‑CGCGCTGGGCGGCGGGCCGCAAAACATTGGTCCCGGCGTGCTGG‑CGGCCCCCTCTGCGCTGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGATGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGAACGTGCTCTTCCGGCTCCCGCTGGC‑GACCGCGG‑TGCCGCATCAggtg > 1:190860/1‑237 (MQ=255)
tGCCGGGATGCTGTTGCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGC‑GGGCACGGCTGG‑CGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGG‑CGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGC‑GA‑CGCGGATGTCGCATCAgggg < 2:302841/238‑1 (MQ=255)
gCTGTTTCCGCGGGCGACCAGCGGCGCGATGGGGCCGTTCCCCTTCCGGGC‑GGGCACGGCTGG‑GGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGG‑CGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGC‑GA‑CGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGttt < 2:834670/239‑1 (MQ=255)
gcgTTTCCGGTGGCGACCAGCGGCCCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCGGGC‑GGGCACGGCTGG‑GGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGG‑CGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGC‑GA‑CGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGttt < 2:829415/236‑1 (MQ=255)
tCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGC‑GGGCACGGCTGG‑CGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGGGCTGG‑CGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGC‑GA‑CCCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAgcg > 2:402157/1‑238 (MQ=255)
tGGCGGCCGGGGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTGCCTGGC‑GGGCACGGCTGG‑CGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGG‑CGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGC‑GA‑CGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGt < 2:331729/238‑1 (MQ=255)
aCCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGC‑GGGCACGGCTTG‑CGCGCTGGTCGGCGGGCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGG‑CGTCGCTCTCTGCGATTGTGCCGCAAACCGGGCCGGGCAGCCTGGGGTTCGTGATGACCTTAAAGCGGTTGTTGTTGGTGCGTGGCTGGCTGCCGGTGGCGGA‑CGGGGGTGT‑GCACTAGGGGAGGCCCGGTTaaagggcaggtccgcg > 1:788595/1‑225 (MQ=255)
ggggcgCGATGGGGCCGTTCCCCTTCCGGGC‑GGGCACGGCTGG‑CGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGG‑CTTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGC‑GA‑CGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCgcagca < 2:167678/237‑1 (MQ=255)
aTGGGGCCGTTCCCCTTCCTGGC‑GGGCACGGCTGG‑CGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGG‑CGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGC‑GA‑CGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGtcat < 2:209070/238‑1 (MQ=255)
tGGGGCCTTTCCCCTTCCTGGC‑GGGCACGGCTGG‑CGCCCTGGTTGGCGGGCTGCAAAGCTTTGGTTCCGGCGTGCTGG‑CGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGC‑GA‑CGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGtcatc < 2:219650/238‑1 (MQ=255)
tGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGC‑GGGCACGGCTGG‑CGCGGTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGG‑CGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGC‑GA‑CGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGtcatc < 2:459232/238‑1 (MQ=255)
tGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGC‑GGGCACGGCTGG‑CGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGG‑CGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGC‑GA‑CGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGtcatc < 2:604507/238‑1 (MQ=255)
|
TGTTTATTCTGCCGATTCCGGCAGCGTTTTTTGGCGCATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGA‑CGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGC‑GGGCACGGCTGG‑CGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGG‑CGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGC‑GA‑CGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATC > NC_000913/3854663‑3855131
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
