Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F18 I0 R1
|
274 |
115.5 |
2655328 |
86.7% |
2302169 |
226.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,854,897 |
A→G |
18.4% |
E326G (GAG→GGG) |
emrD → |
multidrug efflux system protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,854,897 | 0 | A | G | 18.4%
| 103.6
/ 2.1
| 60 | E326G (GAG→GGG) | emrD | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/22); new base G (5/9); total (28/32) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.70e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGTTTATTCTGCCGATTCCGGCAGCGTTTTTTGGCGCATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTA‑ATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGT‑TGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATC > NC_000913/3854663‑3855131
|
tGTTTATTCTGCCGATTCCGGCAGCGTTTTTTGGCGCATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTA‑ATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCg > 2:1121496/1‑239 (MQ=255)
tttttttggccgtttcggtgggtgTTTTTTGGCGCATGGTTTTCCGGACGCCCCAATAAACGCTTCTCCACTTTA‑ATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGtt < 1:22836/216‑1 (MQ=255)
aTTCTGCCGATTCCGGCAGCGTTTTTTGGCGCATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTA‑ATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGTTGCCGGGATGCAGTTTCCGCTCGCGACCCGCGGCCGGATGGGGCCGTTcc > 2:900745/1‑238 (MQ=255)
aTTCTGCCGATTCCGGCAGCGTTTTTTGGCGCATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTA‑ATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCTGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCCGCGTCCCGATGGAGCGGTTcc > 2:1188621/1‑238 (MQ=255)
aTTCTGCCGATTCCGGCAGCGTTTTTTGGCGCATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTA‑ATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGGGCCGGGATGCTGTTTCCCCTGGCGACCCACGGCCCGTTGGGGCCCTTcc > 2:1321405/1‑238 (MQ=255)
aTTCTGCCGATTCCGGCAGCGTTTTTTGGCGCATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTA‑ATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGGGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGGGCCGGGAGGCTGTTTCCGCTGGCGCCCAGCGGCGCGATGGAGcccgtc > 2:400435/1‑233 (MQ=255)
cAGCGTTTTTTGGCGCATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTA‑ATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGGGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGGGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACg > 2:740344/1‑239 (MQ=255)
ttttttGGCGCATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTA‑ATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGGGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGCCCGCCGGCGCGATGGGGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGGCGGGCTgg > 2:1299640/1‑239 (MQ=255)
cATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTA‑ATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGGCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCCCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGGTGCTGTTTGCGCGGGCGCCCACGCGCGGCATGGGTGCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGGCCCGCTggggggcggggg > 1:1021677/1‑229 (MQ=255)
ttgttttcccggcgctCCCAATAAACCTTTCTCCCCGTTATGGGGGGCTGT‑GTTTTTCTGGCGCCTGCTGGGTGGTTTGCGGATGGGGTCCCCGGAGTGTTTTGGGGTTATGATGGTCGGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTcg < 1:1013461/224‑1 (MQ=255)
tGGTTTGCCGGACGCCCCAATAAACGGTTCTCCAGGTTA‑ATGGGGCAGTCGGTTATCTGCGGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGAAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTcgg < 2:816321/239‑1 (MQ=255)
aCGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTA‑ATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACgg > 2:1220650/1‑212 (MQ=255)
gTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTA‑ATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCCGGTCGGCGGGGTGCAAAAc > 2:275838/1‑239 (MQ=255)
gTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTA‑ATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAACGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCAAGGCTGGGCCCCTGGCCGGCGGGCTGCcaaa > 2:451051/1‑238 (MQ=255)
gTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTA‑ATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGGTTGGCGTGATGGATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCCCTTGCCACCAGCGGGCCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTTGCCGGGCCCGGGGGGCGCCCGGGTGGGGGGCGCGCaaaa > 1:785316/1‑239 (MQ=255)
aCGCTTCTCCACGTTA‑ATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGCCGGGGACGGCTGGCGCGCGGGTCGGGGGGCTGCAAAACATTGGTTCCg > 2:923726/1‑239 (MQ=255)
tA‑AGGTGGCAGTGGGTTAACGGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGACCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATTTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GTGCTGGC‑GTCg < 2:982795/239‑1 (MQ=255)
tgtgGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGGCTGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GTGCTGGC‑GTGGc > 2:1181745/1‑237 (MQ=255)
tgtgGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCGGTTTCCGCTGGCGACCGGCGGCGCGGGGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCAAGGCCGGCGCGCCGGGCGGGGGGCCGGAAAACATTGGGTCCgggggggggggggcggtc > 1:1325964/1‑223 (MQ=255)
gctgcCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTTGCGGGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GTGCTGGC‑GTCGCTCTCTCCGA‑TGTTGCCGcca > 2:578473/1‑237 (MQ=255)
gctgcCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGGGGTCTGCCACACCTTGGTTCCGGC‑GTGCTGGG‑CTCGCTTTCTCCGA‑TGTTGCCCCa > 2:956633/1‑238 (MQ=255)
gctgcCTGCGGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGTCTGGGTTGCGGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCTCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCaa < 2:111736/239‑1 (MQ=255)
ctgcctgcGGGCTGGCTTGCTGATGGGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCaaa < 2:108532/239‑1 (MQ=255)
cctgcTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGGCGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGCCCCGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGGCCGGCCGGGCCCCTGGGCGGCGGGCTGCAAAAACTTGGTGCGCGC‑GGGGTGGCGGTCG‑TCTCCGGGA‑TGTGGCGGCCAAccc > 1:1022316/1‑238 (MQ=255)
ctggctTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAggg < 2:680663/238‑1 (MQ=255)
ggctTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGCCTGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑GGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCa > 2:832369/1‑238 (MQ=255)
ctTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GAGCTGGC‑GTCCCTCTCTCCGAGTGTT‑CCCCAAACCGGTCAGGGCAccc > 2:952144/1‑239 (MQ=255)
tccccggtgggTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTtgat < 2:955883/229‑1 (MQ=255)
ccGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGCTGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGCCGGGCGCGCGGGCCGGGGGGCTGCAAACAATTGGTTCCGGG‑GTGCTGGC‑GCCCCCCTCTGCGA‑TGTTTCGCCAAACCGGCCCGGGCAGCCCGGGGgggttggttg > 1:1028284/1‑233 (MQ=255)
aCTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGGCCGGCTGGCGCGCTGGGCGGCGGTCCCCCAAACCTTGGTTCCCGCGGGGCTGG‑‑GTCGCCCTCTGCGG‑GGGTGGCGCCAACCGGGCAGGGGCGCCCgggggggtggtgggcctta > 1:1114245/1‑224 (MQ=255)
tGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTCCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTaa < 2:224468/238‑1 (MQ=255)
ggTTTGGGGTGATGAAGGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCGTTTCTTTTTCGGTGCTGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TTGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATg < 2:986035/239‑1 (MQ=255)
tgaATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAggg < 2:542400/199‑1 (MQ=255)
aTGCCTGGTGGCTGCTCCTTCCCGGCGCGCTGTTCTTGTTCGGGGCCGGGATGGTGTTCCCGCGGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGT‑TGATCgtg < 2:447904/239‑1 (MQ=255)
gTTCCCCCCGCGCTGTTCTTTTTGGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCGGGCGGCCGGCGGCGCGATGGGGCCGTTCCCCTTCC‑TGGGGGGCACGGCTGGCGGGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGT‑TGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCt < 1:646504/239‑1 (MQ=255)
ccccctccgttgtgtttgtgcGGTGCCGGGTCGGGTTTTCCGGTGGCGACCGGCGGCGAGGGGGAGCCGTTCCCCGTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAAGGGGATTGT‑TGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGc < 1:1181745/219‑1 (MQ=255)
ccgcGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGGTTGT‑TGATCGTGCTTTGCTGGCGTCCCCTGGCGAc > 2:1136853/1‑238 (MQ=255)
ccgcGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGT‑TGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGAcg < 2:1028284/239‑1 (MQ=255)
cTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCCAAACATTGGTTCCGGC‑GTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGT‑TGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGGCGCGGAt > 2:1089393/1‑239 (MQ=255)
gTTCTTTTTCGGGGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGT‑TGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATg < 2:287504/238‑1 (MQ=255)
ttCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGT‑TGATCGTGCTGTGCGGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTc > 2:1194315/1‑239 (MQ=255)
ttCTTTTTCGGTGCCCGGGTGGTTTGTGCGCGGGGGACCGGGGGGGGGGTGGGGGCGTTCCCCTTCC‑GGGGGGGCCCGGTTGGCGCGCTGGGTGGGGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGT‑TGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTc < 1:1136853/239‑1 (MQ=255)
tttctggTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGT‑TGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCAt < 2:505079/234‑1 (MQ=255)
cGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GTGCTGGC‑GTCGCCCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGT‑TGATCGTGCTGGGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGGTGGCGCTGCAgg > 2:550033/1‑239 (MQ=255)
gTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTCATGGGATTGT‑TGATCGTGCGGTGCTTGCGGCCGCTGGCGAccggggagtgggctccggg > 2:251368/1‑220 (MQ=255)
ccGGGATGGTGTTTCCGCTGGCGGCCAGCGGCGCGAGGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGT‑TGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCa < 2:1272561/238‑1 (MQ=255)
gtctttttCCGCGGGCGGCCGTGGGCGGGCTGGGGCGGTTCCCCTGCC‑GGGCGGGCACGGTTGGCGCGGTTGTGCGCGGTCTTAAAACCGTGGGTTCCGGC‑GGGGTGGC‑GGCGCTCGCGTCGA‑TTTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGTGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGT‑TGATCGTGCTGTGCTTGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCCGCCCGt < 1:1311042/233‑1 (MQ=255)
ggtGTTTCCGCTGGCGACCAGGGGCGCGATGGGGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGT‑TGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGttt < 2:301806/237‑1 (MQ=255)
tcccGCGGGCGGCCGGGGGCGCGAGGGCGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGAACGGCTGGCGCGTTGGTCGGAGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGT‑TGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAgcg < 2:1022316/237‑1 (MQ=255)
ccGCGGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGT‑TGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCa < 2:948545/239‑1 (MQ=255)
cggggggccgggggctggttGGGGCCGGGCCCGTTCC‑TGGCGGTCACGGTGGGCGGGCGGGGCGGGGGTCGGAAAAACAGTGGTTCCGTG‑GTGCGGTG‑GTCGCTCTATGCGA‑GTGTGCCGCAAGCCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGT‑TGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGt < 1:850479/220‑1 (MQ=255)
ggCGACCAGCGGCGCGATGTAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGGTGGCCGGCGGTCAGCAAAAAATTTGGTCCGGC‑GGGCCGGCGGTCGC‑CCCTGCGA‑TGGTGCCGCAAACCGGTCGAGGCAGCCCAGGGTGGTTTGCGACCTTTATGGGATTATATGA‑CTTGGTGTGCTGGGTGCCGATGGCGCCCGGGAGGTGGCGTAAggggggacgccgatcacgacccgca > 1:184173/1‑217 (MQ=255)
gACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGT‑TGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCg < 2:1107582/239‑1 (MQ=255)
gccgggctccgttGGGGCTGTGCCCCTTCC‑GGGGGGGCCGGGCGGGCGCGCTGGGCGGCGGTCTGCAAACCCTTGGTTCCGGC‑GTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGGCAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAAGGGGATTGT‑TGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCgca < 1:740344/227‑1 (MQ=255)
gcggcgCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCCGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGT‑TGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCgcagca < 2:1114245/239‑1 (MQ=255)
gATGGAGCCGTTCCCCTCCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGT‑TGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATc < 2:562174/197‑1 (MQ=255)
cttGGGGCCTTTCCCCTTCT‑TGGGGGGCACGGGTGGCGCGCTGGTCGGCGGGCTGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCTTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGT‑TGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGtcat < 1:923726/237‑1 (MQ=255)
tGGGGCCGTTCCCCTTCC‑TGGGGGGACCGGCTGGCGGGCTGGTCGGGGGTCGGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GGGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGT‑TGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGtcatc < 2:1243312/238‑1 (MQ=255)
tGGGGCCGTTCCCCCTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCCGGCTGGTCGGTGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGT‑TGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGtcatc < 2:612017/238‑1 (MQ=255)
tGGAGCCGTTCCCCGTCC‑TGGCGGGCCCGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGT‑TGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGtcatc < 2:385669/238‑1 (MQ=255)
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TGTTTATTCTGCCGATTCCGGCAGCGTTTTTTGGCGCATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTA‑ATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGC‑GTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGT‑TGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATC > NC_000913/3854663‑3855131
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
