Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A13 F191 I0 R1
|
49 |
68.0 |
1456600 |
97.2% |
1415815 |
140.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
1,232,465 |
G→C |
100% |
A124P (GCG→CCG) |
USA300HOU_1157 → |
non‑specific serine/threonine protein kinase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 1,232,465 | 0 | G | C | 100.0%
| 240.4
/ ‑6.5
| 77 | A124P (GCG→CCG) | USA300HOU_1157 | non‑specific serine/threonine protein kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (36/39); minor base T (1/0); total (37/40) |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
GAAGATGACTGTTACTACTTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATGCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCAGACTAATCAT > CP000730/1232330‑1232599
|
gaagatactttttACTACTTAGAAATGAAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACATAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCa < 1:17226/129‑1 (MQ=255)
gaaaaTGACGCTTACTACTCAATAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTGTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCa < 2:294356/140‑1 (MQ=255)
gACTGTTACTACTTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTCTATTAAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGAATGGCATTTAACATTCGCATGatat > 1:421584/1‑140 (MQ=255)
gACTGTTACTACTTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTTGATGGAATTAAACTTCCGCATGataa > 1:211761/1‑139 (MQ=255)
aCTGTTACTACTTAGTAATGGCATACATCAAAGGTCCGACTTTGTCAGAGTATATTCAAGGTCATGGGCCATTAATTTTTGACACATCGATTAATTTGACTAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATg < 2:242872/140‑1 (MQ=255)
aCTGTTACTACTTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATg > 1:279095/1‑140 (MQ=255)
tactacTTAGTAATGGAATATATCGAAGCTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAATGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTAt > 1:469932/1‑140 (MQ=255)
tactacTTAGTAAAGGAATATATCGAAGGAAAGACTTTACAAGCCAACAATAAAAGTCAGGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTAt > 2:512718/1‑140 (MQ=255)
ctactTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTg < 2:573974/140‑1 (MQ=255)
ctactTAGAAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTg < 1:695855/140‑1 (MQ=255)
atttAGTAATGGAATATATCGAAAGTCCGACTTAGTCTGAGTATATTGGAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTa < 1:380261/138‑1 (MQ=255)
actTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTa < 2:67385/140‑1 (MQ=255)
aGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTGCaga > 2:576305/1‑138 (MQ=255)
aGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATa > 1:570747/1‑140 (MQ=255)
ggaaTGGAATATATCGAAAGTCCCACTTTGTCTAAGTATATGGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTGTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATag < 2:173653/138‑1 (MQ=255)
gTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATag < 1:418322/140‑1 (MQ=255)
gTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATag < 1:609257/140‑1 (MQ=255)
tAATGGAAGATATCGAAGGTCCTACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTCGATGGCATTAAACATCCGCATTATATGCGTATTGTACATaga < 2:107910/140‑1 (MQ=255)
aTGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAgaga < 1:599612/140‑1 (MQ=255)
tatatCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCACATGATAATCGTAAGGGACATAGAGATATTaa > 1:674360/1‑140 (MQ=255)
tatatCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTGCACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTaa > 1:358047/1‑140 (MQ=255)
atatCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAg > 2:63831/1‑140 (MQ=255)
tCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCca > 2:714976/1‑140 (MQ=255)
tCGAAGGTCCCACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCca < 1:295142/140‑1 (MQ=255)
gAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGGGATATTAAGCcaca > 2:19383/1‑140 (MQ=255)
gAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCcaca > 1:321412/1‑140 (MQ=255)
gAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCcaca > 1:321497/1‑140 (MQ=255)
aaGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACaa > 2:32224/1‑140 (MQ=255)
aGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATAAATTGGTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACaaa > 2:477427/1‑140 (MQ=255)
ggTCCGACTTTGTCTGAGTGCAGTGAAAGTCAGGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACaaaa < 2:507226/140‑1 (MQ=255)
gTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAATGTCATGGGCCGTTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCTTGATATGCGTTTTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAat < 1:282917/140‑1 (MQ=255)
gTCCGACTTAGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATGAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAat < 1:310292/140‑1 (MQ=255)
ccGACTTTGTCTGGGAATATTGAAAGGCGTGGGCCATGAAGTATTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAatat > 2:425407/1‑140 (MQ=255)
ccGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAatat > 1:178021/1‑140 (MQ=255)
ccGACTTGGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCAATTAAGTGTTGACAGAGAGATAAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAatat < 1:20276/140‑1 (MQ=255)
cGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAACCATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACCAActata > 2:29544/1‑140 (MQ=255)
cGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAatata > 2:284923/1‑140 (MQ=255)
gACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTTCTCTCGCGAAGCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAatatat < 1:167395/140‑1 (MQ=255)
aCTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATAtt < 1:661457/140‑1 (MQ=255)
tGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAAtt > 1:255866/1‑140 (MQ=255)
gTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCAACAAAATATATTAATTg > 1:299958/1‑140 (MQ=255)
tatTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATa > 1:344643/1‑140 (MQ=255)
atTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATAGGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCCATaa > 2:324561/1‑140 (MQ=255)
ttGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGAAGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATAAATTAATTGACAGCAATaaa > 2:233338/1‑140 (MQ=255)
aTGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGaaa > 1:3876/1‑140 (MQ=255)
aTGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAAAAATAATAAGCAAAAAAATAAATAAAAAAACAGCAATAAAACGATGaaa > 1:286956/1‑140 (MQ=255)
ggCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTGCTCGACAAAGAGATCTTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAAAGTTGAAAata > 1:346668/1‑140 (MQ=255)
gCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACACAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAatat < 2:375329/140‑1 (MQ=255)
cATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATGCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATAttt < 1:375942/140‑1 (MQ=255)
tAAGTTTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGAt < 1:578334/140‑1 (MQ=255)
aGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGAttt < 2:55451/140‑1 (MQ=255)
aGTGTTGACACAGCGATAAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATCAAACATCGGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGAttt < 1:536164/140‑1 (MQ=255)
ttGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGTGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGa < 1:477427/140‑1 (MQ=255)
gACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAAt < 2:644461/140‑1 (MQ=255)
aGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTa < 2:279095/140‑1 (MQ=255)
gCGATTATTTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTaa < 2:393902/140‑1 (MQ=255)
gCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATCGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAACATATTTGATTTTGGAATTGCTaa < 2:519991/140‑1 (MQ=255)
gCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACAACCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTCAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTaa < 2:435800/140‑1 (MQ=255)
gATGAATATTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGGGTAGTGGACAGAGAGACATTAACCCACAAAATATATTAATTGACATCAAGAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAg < 1:166255/140‑1 (MQ=255)
aTTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGc > 1:623105/1‑140 (MQ=255)
aaTTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCttt < 2:623347/140‑1 (MQ=255)
aaTTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCACGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCttt > 2:124701/1‑140 (MQ=255)
tACGAATCAAATATTGGATGGCATAAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTg < 1:183470/140‑1 (MQ=255)
cGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTgag < 1:63831/140‑1 (MQ=255)
aaTCAAATATTGGAAGGAAATAAATACCCGAATGATATGCGTATTAGACATAGAGATAGTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAGACGTTGTAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGAc < 1:233338/140‑1 (MQ=255)
tCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTGTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGt > 1:222077/1‑140 (MQ=255)
cAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTc > 1:325681/1‑140 (MQ=255)
cAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTc < 1:721499/140‑1 (MQ=255)
aaTATTGGATGGCATTAAATATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCtt < 1:337845/140‑1 (MQ=255)
atatTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATAGCTAAAGCATAAAGTGAGACGTCttt > 1:80365/1‑140 (MQ=255)
atatTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGAGTAGTGTACGTCGAGATATTAAGCCACAACATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAAGATTTGATATTGGAATTGCAACAGCTTTAAGTGAGACGTCtct > 1:283358/1‑138 (MQ=255)
tGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGCCGTCTTTAACt > 2:104125/1‑140 (MQ=255)
aTTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACCAAATATGTTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCAGACTaa > 1:21404/1‑140 (MQ=255)
aaaCTTCCGCATGATATGCATAATGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGAAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCAGACTAATCa < 1:6022/140‑1 (MQ=255)
aaCATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTAAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGGCTTTAACTCAGACGAATCAt > 2:545297/1‑140 (MQ=255)
aaCATCCGCATGATATGCGTATTGTAAATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGAAAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCAGACTAATCAt < 1:185821/140‑1 (MQ=255)
aaCATCCCCATGATATGCTTATTGTACATAGAGATATCAATCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCAGACTAATCAt < 2:37858/140‑1 (MQ=255)
|
GAAGATGACTGTTACTACTTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATGCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCAGACTAATCAT > CP000730/1232330‑1232599
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
