Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A13 F63 I0 R1
|
31 |
53.1 |
1128482 |
96.8% |
1092370 |
140.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
1,232,465 |
G→C |
100% |
A124P (GCG→CCG) |
USA300HOU_1157 → |
non‑specific serine/threonine protein kinase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 1,232,465 | 0 | G | C | 100.0%
| 199.4
/ ‑6.5
| 66 | A124P (GCG→CCG) | USA300HOU_1157 | non‑specific serine/threonine protein kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (30/34); minor base A (1/1); total (31/35) |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
AGATGACTGTTACTACTTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATGCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCAGACTAATCATG > CP000730/1232332‑1232600
|
agaTGACTGTTACTACTTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGCAACGCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGa < 1:552976/141‑1 (MQ=255)
agaTGACTGTTACTACTTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGa < 2:517051/141‑1 (MQ=255)
gACTGTTACTACTTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTCGCTATCATTAAACATACGGATGATATg > 2:564032/1‑141 (MQ=255)
tGTTACTACTTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGt > 1:49288/1‑141 (MQ=255)
ttctactTAGTAATGGAACATATCGAAGGTCCGACTTCGTCAGAGTATATTGAAAGTAATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATAAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTAtt < 1:68150/139‑1 (MQ=255)
ctTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACa < 2:408981/141‑1 (MQ=255)
aGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTGATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATag > 1:44901/1‑141 (MQ=255)
ggAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGatat < 1:94780/141‑1 (MQ=255)
ggAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGatat < 1:471691/141‑1 (MQ=255)
ggAATATAGCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGACATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATGTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGatat < 2:199317/141‑1 (MQ=255)
gAATATATCGAAGGTACGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCTTGATATGCGTATTGTACTTAGAGATAtt > 1:311338/1‑141 (MQ=255)
aaTATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGAAATTa > 1:72290/1‑141 (MQ=255)
tatatCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATAATACATGGAGATATTAAg > 2:363037/1‑141 (MQ=255)
atatCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGAATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATCTAAAGc > 1:262438/1‑141 (MQ=255)
tCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCcac > 1:244635/1‑141 (MQ=255)
tCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTAACTAGAGATATTAAGCcac > 1:36140/1‑141 (MQ=255)
aGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATATTACCAATCAAATATTGAATGGCATTAAACATCCGCATGATATCCGCATTGTACATAAAGACATAAAGCCACaaaa > 2:127209/1‑141 (MQ=255)
ggTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAat < 1:292055/141‑1 (MQ=255)
ccGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAatata > 2:476342/1‑141 (MQ=255)
tttGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAAt < 2:517554/141‑1 (MQ=255)
ttGAGTAAATTGAAAGTCATGGGTCATAAAGGGTTGACAAAGCGACTAATTGTACGAATTAAAAATTGGATGGCATTAAAAATCCGTATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACa < 1:255299/140‑1 (MQ=255)
gTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCaa > 2:269869/1‑141 (MQ=255)
ttatTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACATAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATa < 2:313861/140‑1 (MQ=255)
atatTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACATAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATa < 2:313503/141‑1 (MQ=255)
ttGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATaaaa > 1:65522/1‑141 (MQ=255)
ttGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATaaaa < 1:256799/141‑1 (MQ=255)
aaGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGCCAGCAATAAAACGtt < 1:416986/141‑1 (MQ=255)
aGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTg > 1:187835/1‑141 (MQ=255)
aGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTg > 1:468239/1‑141 (MQ=255)
tCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGaa > 1:8283/1‑141 (MQ=255)
cATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAGTTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGAGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATTTTAATTGACAGCAATAAAACGTTGaaa > 2:273906/1‑141 (MQ=255)
cATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCACTAAAACGTTGaaa > 2:448231/1‑141 (MQ=255)
cATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGaaa < 2:9965/141‑1 (MQ=255)
agggCCATTAAGTGATGACAAAGAGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAat < 1:78537/140‑1 (MQ=255)
gCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATAtt > 1:416584/1‑141 (MQ=255)
gCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATAtt > 2:210065/1‑141 (MQ=255)
tAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGAtt < 2:247559/141‑1 (MQ=255)
tgtTGACACAGCGACTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAAATGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTgg > 1:310438/1‑141 (MQ=255)
gtggaacacAGGGATTAATTTTACGAGTCAATTCTTGGATGGTACTAGCCATCCGCATGATCTGCGTATCGTACACAGAGATATTAAGCGACAAAATATATTAATTGACAGCAACACAACGTTGAAAATATTTGATTTTgg < 2:226746/136‑1 (MQ=255)
ttGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGaa > 2:86772/1‑141 (MQ=255)
gACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAAtt > 1:402907/1‑141 (MQ=255)
gACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAAtt > 2:60197/1‑141 (MQ=255)
acaGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAACATATATTAATTGACAGCAATCAAACGTTGAAACTATTTGATTTTGGAATTGcc > 1:9900/1‑140 (MQ=255)
caGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGACATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTa < 1:30962/141‑1 (MQ=255)
aGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATAGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAATACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTaa < 2:280061/141‑1 (MQ=255)
gCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTaaa < 1:564032/141‑1 (MQ=255)
tAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACAGCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCttt < 1:239986/141‑1 (MQ=255)
tttACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGt < 2:526733/141‑1 (MQ=255)
cAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCt > 2:32206/1‑141 (MQ=255)
aaaaATTGGATGCAATAAAACAACCGCATGATATGCGTATTGTACAAAGTCATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCtt < 1:435164/141‑1 (MQ=255)
aaaTATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCtt < 2:378872/141‑1 (MQ=255)
aaaTATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCtt < 2:444407/141‑1 (MQ=255)
aacatTGGATGCAATAAAACAAACGCAAGATATTGCAATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTGGAGAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCttt < 1:237453/138‑1 (MQ=255)
aaTATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCttt < 1:99831/141‑1 (MQ=255)
aatTGGATGGCACTAAACACCCGCATGATATGCTGATTGTACAAAGAGATATTAAGCCACAAAATACATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTaa < 2:311338/140‑1 (MQ=255)
atTGGATGGCATTAAACATCCGCATGGTATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAAc > 2:348737/1‑141 (MQ=255)
atTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAAc > 2:52184/1‑141 (MQ=255)
tGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTc < 2:49288/141‑1 (MQ=255)
tGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCAGAc > 2:387625/1‑141 (MQ=255)
cATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATGAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCAGACTaa < 1:153370/141‑1 (MQ=255)
ttAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCAGACTAATc < 1:60197/141‑1 (MQ=255)
ttAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACAGAAAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCAGACTAATc > 2:371358/1‑141 (MQ=255)
atAAAAATCCGCATGATATGCGTATTGTACCTAGAGATATTACGCCACAACATATCTTACTTGACAGCAATAAAACGTTTAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCACACTAATc < 1:161047/140‑1 (MQ=255)
gaaaCATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCAGACTAATCa < 2:489840/140‑1 (MQ=255)
aaaCATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAATCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCAGACTAATCAt > 1:385081/1‑141 (MQ=255)
aaCATCCGCATGATATGCGTAGTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCAGACTAATCAtg < 2:323198/141‑1 (MQ=255)
|
AGATGACTGTTACTACTTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATGCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCAGACTAATCATG > CP000730/1232332‑1232600
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
