Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A13 F191 I0 R1
|
49 |
68.0 |
1456600 |
97.2% |
1415815 |
140.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
1,481,355 |
G→T |
100% |
A6890E (GCA→GAA) |
ebh ← |
extracellular matrix binding protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 1,481,355 | 0 | G | T | 100.0%
| 156.8
/ NA
| 55 | A6890E (GCA→GAA) | ebh | extracellular matrix binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (28/27); total (28/27) |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
CAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTGCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATATTTTCAGCAGC > CP000730/1481231‑1481491
|
cAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGATTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCAt < 1:145726/140‑1 (MQ=255)
cTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTCACGCCGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATcgcttc > 2:110888/1‑135 (MQ=255)
gAGCGGTTTGAATGGCTTGCGATACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACt > 1:379271/1‑140 (MQ=255)
tttGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTCCTTTTCTa > 2:281073/1‑140 (MQ=255)
gAATGGCTTGCGTTACTCCAGCTACAGTGTGTGCTTGATTGATGTTTCCAGTTACAGCATCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCCAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTTGCATCTGTTACTTTTCTGTcg < 2:354988/140‑2 (MQ=255)
gAATGGCTTGAGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCa < 2:44333/140‑1 (MQ=255)
ttGCGTTACTTCAGCTTCAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTTATAGCTCCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTTTCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCa < 1:19424/140‑1 (MQ=255)
ttGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACAATTCa > 2:132234/1‑140 (MQ=255)
tACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCtt > 2:577860/1‑140 (MQ=255)
aCTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTg > 2:226900/1‑140 (MQ=255)
aCTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGATAACTTCCCATCCACATCCAACGCtat < 2:608503/140‑3 (MQ=255)
ttCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGtt < 2:379271/140‑1 (MQ=255)
cAGCTACAGTGTGCGCTTGGTTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTc < 1:283060/140‑1 (MQ=255)
cAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTACCGGCACAATATCGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTc < 1:235515/140‑1 (MQ=255)
gCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCCTTCAACGCTTGTTTCGt > 2:343544/1‑140 (MQ=255)
gCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGt > 2:587414/1‑140 (MQ=255)
tACAGTGTGCGCTTGGTTGGTGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAg < 2:458107/140‑1 (MQ=255)
tgtgtttgatttgTTTTGCCAGTACCCGCACCTTTTTTGGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTGATTTCGTAGTTGTTAc < 2:47954/135‑1 (MQ=255)
tggttggtGTTTCCAGTAACAGCACCGGTTTGTGCATTGGTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTGTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTCATTGTTACAGTTGa > 2:639867/4‑140 (MQ=255)
tgattgatGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACTGTTGa > 2:108005/1‑140 (MQ=255)
ttgatGTTTCCAGTAACAGCCCCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAg < 1:224147/140‑1 (MQ=255)
gatGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGtg > 1:622026/1‑140 (MQ=255)
gatGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGtg > 1:659053/1‑140 (MQ=255)
atGTTTCCAGTTACTGCTCCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTAGCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGtgc < 1:452414/140‑1 (MQ=255)
atGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTACGTTATCTAAGGTAGATGGTGTTGGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGtgc > 1:389933/1‑140 (MQ=255)
tGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTGTCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTAATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAAAGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGtgct > 1:585327/1‑140 (MQ=255)
tGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGtgct > 1:303640/1‑140 (MQ=255)
ttCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGTTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTgctgct < 2:259340/140‑1 (MQ=255)
cAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAAGGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTACTATCACCACTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAATTCCTGCTTCa > 2:636456/1‑140 (MQ=255)
gTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAAc > 1:216890/1‑140 (MQ=255)
aaCAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACtt > 1:614524/1‑140 (MQ=255)
aCAGCACCTTTTTGTGTATAGTTTAAGTTATCTAACGTGGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTCGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACATTTGAAAGTGCTGCTTCAACAtg > 1:405656/1‑140 (MQ=255)
aCAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCCTTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTACGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTtg > 1:660284/1‑140 (MQ=255)
aCAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTtg > 1:92236/1‑140 (MQ=255)
cAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTAAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTtgt < 1:368696/140‑1 (MQ=255)
ccTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTg > 2:270089/1‑140 (MQ=255)
cTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCAGTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTgg < 1:297677/140‑1 (MQ=255)
tttttGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGt > 1:623206/1‑140 (MQ=255)
tttttGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACCTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTTGCATCTGTTACTTTTTTGTCACCATTTAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGt < 2:160862/140‑1 (MQ=255)
ttttGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCCACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGGTTCAACTTGTGATTGGtt > 2:57023/1‑140 (MQ=255)
ttttGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGTTGCTTCAATTTGTGATTGGtt > 2:416702/1‑140 (MQ=255)
tttGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTACTTCTGCTTATTATTGGttt > 2:683520/1‑139 (MQ=255)
gtgtATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGCTACTTTTCTATCACCATTCAACGCGTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGTAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCa < 1:64056/140‑1 (MQ=255)
ttGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCATCGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGt < 2:197848/140‑1 (MQ=255)
tAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTGGCATCGGTGACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCAt < 2:447977/140‑1 (MQ=255)
tAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCAt < 2:517404/140‑1 (MQ=255)
aaGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCAtt > 2:374396/1‑140 (MQ=255)
aGTTATCTTAGGTTGATTATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGTATTTGTTACTTTTCTATTAACGTTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCAttt < 1:395690/140‑1 (MQ=255)
tCTAACGTAGATAATGTTTTGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTg < 1:398952/140‑1 (MQ=255)
cGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTACTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACTATTTGATTGATtaa > 2:345872/1‑140 (MQ=255)
atttgatgatGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCTCCATTCCACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAATTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGAGtaa < 2:432269/136‑1 (MQ=255)
aGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTGCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATtaataa < 2:10721/140‑1 (MQ=255)
aaggtcggttttCATTGTTTTAAGCATCGGTTACATTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGGTGAAAGTGCTGCTTCAAATTGTGACTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATAttt > 2:188272/7‑140 (MQ=255)
aTGTTTGGTTTTTATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCTTTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATAttt < 1:590536/140‑1 (MQ=255)
aTGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTTTTTTTTTTAAACTCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATAttt < 1:343544/140‑1 (MQ=255)
aTGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATAttt < 1:587414/140‑1 (MQ=255)
gtttggttttCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATATTTTc > 1:660775/1‑140 (MQ=255)
ttttCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATATTTTcagcagc > 2:564553/1‑140 (MQ=255)
|
CAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTGCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATATTTTCAGCAGC > CP000730/1481231‑1481491
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
