Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A15 F59 I0 R1
|
41 |
74.1 |
1560052 |
97.4% |
1519490 |
140.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
1,481,355 |
G→T |
100% |
A6890E (GCA→GAA) |
ebh ← |
extracellular matrix binding protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 1,481,355 | 0 | G | T | 99.7%
| 145.6
/ ‑7.1
| 52 | A6890E (GCA→GAA) | ebh | extracellular matrix binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base T (27/23); total (29/23) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
CCCATCGCTGTATTCAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTGCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATATTTTCAGCAGC > CP000730/1481217‑1481491
|
cccGTCGCTCTATTGAGTTCCTTGGCGTTTTTAATTGCTTGCGTTACTTCAGCTACATTCTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTCTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCa < 2:607296/141‑1 (MQ=255)
cGCCGTATACAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGGGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATGGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGtt > 2:474980/1‑141 (MQ=255)
cAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATc < 1:421027/141‑1 (MQ=255)
gTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTg > 2:714204/1‑141 (MQ=255)
ttacTGAGCGGTTTGATTGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTTTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGt < 2:142685/138‑1 (MQ=255)
ttCCTGAGCGGTTTTGATGGCTTGCGTTGCTTCGGCTACAGGTGGCGCTTGATGGATTTTTCCAGTAACAGCACCTTTGTCTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGTTAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGt < 2:101199/141‑1 (MQ=255)
tGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACt < 2:454674/141‑1 (MQ=255)
gAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACtt > 2:695997/1‑141 (MQ=255)
cGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTc < 1:78861/141‑1 (MQ=255)
aTGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCa < 2:270262/141‑1 (MQ=255)
ggCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCAtt > 1:647260/1‑141 (MQ=255)
cTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCa < 2:198893/141‑1 (MQ=255)
cTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCa > 1:15997/1‑141 (MQ=255)
cTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCATGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCa > 1:499989/1‑141 (MQ=255)
cGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTGTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGc > 1:194619/1‑141 (MQ=255)
gTTACTTCAGCTACAGTGTGCGGTTGATTGATGTTTCCAGTAAGAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATATAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTGGCATCTGTTACTTTTCTATCACGATTCAACggt > 2:331926/1‑139 (MQ=255)
cTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGtt > 1:118014/1‑141 (MQ=255)
gCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTa > 2:670649/1‑141 (MQ=255)
ttACAGTGTGCGCTTGATTCATGTTTCCAGTAACAGCTCCTTTTTTTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTATATAATTTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAg < 2:707946/140‑1 (MQ=255)
aCAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTACGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAgtt < 2:295808/141‑1 (MQ=255)
cAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAgttg > 2:291096/1‑141 (MQ=255)
gtgtGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAgttgtt > 2:566914/1‑141 (MQ=255)
gcgcTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATACTGTTTGGTTTGCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATAACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAg > 1:88745/1‑141 (MQ=255)
gcTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTCCAGtt > 1:337848/1‑141 (MQ=255)
attgatGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTAGTTACAGTTGAAAg > 2:192115/1‑141 (MQ=255)
ttCCAGTAACAGCACCTTTTGGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCtt < 1:695997/141‑1 (MQ=255)
ccAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCa > 1:755930/1‑141 (MQ=255)
tAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCCCCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTAGAAGTGCTGCTTCacttt > 2:457086/1‑137 (MQ=255)
tAACAGCACCTTTTTGGGCATTGTTTACGTTATCTAACGTAGATAAGGTATGGTTTGCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTCTCACCATTCAACGCTTGTTTCGTCGTTGTTTCAGTTGGAAGGGCTGCCTCAACtt > 2:74736/1‑141 (MQ=255)
aCAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTCCAGTTGAAAGTGCTGTCTCAACttct > 2:175434/1‑139 (MQ=255)
aCAGCACCTGTGTGTGCATTGTTTAAGTTATCTATCGTAGGTTATTTTTGGTTTTCACTGTTTTTAGCACCTGTTACGTTCCTCTCACCATTCATCGCTTGTTTCGGAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTtgt < 2:126547/141‑1 (MQ=255)
gCACCTTTGTGTTCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGAt < 1:669005/141‑1 (MQ=255)
aCCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTg < 2:17436/141‑1 (MQ=255)
ccTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCCTTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTgg < 1:601794/141‑1 (MQ=255)
ccTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACGGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTgg > 2:422581/1‑141 (MQ=255)
ccTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTgg < 1:621003/141‑1 (MQ=255)
ttctgCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCGCCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGc < 2:219020/138‑1 (MQ=255)
tgtgCATTGTTTAAGTTATCTAACGAAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCa < 2:755003/141‑1 (MQ=255)
gccttGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCAttt < 2:433095/138‑1 (MQ=255)
aTTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGt < 2:437462/141‑1 (MQ=255)
ttagtttATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTAcgat < 2:417708/136‑4 (MQ=255)
ttAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTCCTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCAt < 1:30456/141‑1 (MQ=255)
aaGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCAttt < 1:395456/141‑1 (MQ=255)
aGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAGGTTCTGCTTCGACTTGTGATTGGTTCGCCTTTGTCCGATTTg > 2:143802/1‑141 (MQ=255)
aGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTATTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTg > 2:502057/1‑141 (MQ=255)
gTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGc > 2:139086/1‑141 (MQ=255)
tATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCtt > 2:172256/1‑141 (MQ=255)
aTCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTg > 2:535166/1‑141 (MQ=255)
aaCGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCGTTTGTACCATTTGCTTGATta > 1:311562/1‑141 (MQ=255)
aaCGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATta > 1:169920/1‑141 (MQ=255)
cGTAGATCATCTTCGTCTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACGATTTGCTTGATttat > 2:753404/1‑141 (MQ=255)
tAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCACCTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAGTAtt > 1:27120/1‑141 (MQ=255)
gtttggttttCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGTTTGATTAATAATATTTTca > 2:67916/1‑141 (MQ=255)
gtttggttttCATTGTGTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGATTGATTAATAATATTTTca > 2:294291/1‑141 (MQ=255)
tgttttCATTGTTTGTAGCATCTTTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATATTTTcagcag < 1:285016/140‑1 (MQ=255)
gttttCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATATTTTcagcagc < 2:612323/141‑1 (MQ=255)
|
CCCATCGCTGTATTCAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTGCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATATTTTCAGCAGC > CP000730/1481217‑1481491
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
