Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A15 F59 I0 R1
|
41 |
74.1 |
1560052 |
97.4% |
1519490 |
140.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
1,474,639 |
C→G |
100% |
A9129P (GCA→CCA) |
ebh ← |
extracellular matrix binding protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 1,474,639 | 0 | C | G | 100.0%
| 283.9
/ ‑6.5
| 83 | A9129P (GCA→CCA) | ebh | extracellular matrix binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (41/40); minor base T (2/0); total (43/40) |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
GACCTTTAAATCCATCTTGTTGAGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGCTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTTGTGTGTAATCTACAGTTTGCTCAACGTTAGCATGTTCATTA > CP000730/1474504‑1474775
|
gACCTTTAAATCCATCTTGTTGAGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTCTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGAt > 2:490451/1‑141 (MQ=255)
aCCTTTAAATCCATCTTGTTGAGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATc > 1:321897/1‑141 (MQ=255)
aCCTTTAAATCCATCTTGTTGAGCATTGGTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATc < 2:51134/141‑1 (MQ=255)
ccTTTTATTCCATCTTGTTGGGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATcc < 2:282427/141‑1 (MQ=255)
ccTTTAAATCCATTTTGTTGAGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTAATCATCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATcc < 2:623144/141‑1 (MQ=255)
ccTTTAAATCCATCTTGTTGAGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGATGTGGTTGATcc < 2:474611/141‑1 (MQ=255)
ttAAATCCATCTTGTTGAGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGGTGTCATGTTTCCCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTGGAAGAGGGTGATCAACt > 2:405557/1‑141 (MQ=255)
aaTCCATCTTGTTGAGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACttgt > 2:90882/1‑141 (MQ=255)
aTCCATCTTGTTGAGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACttttt > 2:335731/1‑141 (MQ=255)
aTCTTGTTGCGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCtt < 2:231240/141‑1 (MQ=255)
tCTTGTTGAGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCttt > 2:628653/1‑140 (MQ=255)
tCTTGTTGAGCATAGTTTAATGCATTCAATCGGTCGATATCATGTTTACAATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGTTTGATCCACTTGTTGCtat > 2:88346/1‑139 (MQ=255)
tgttgAGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTc < 1:227092/141‑1 (MQ=255)
gttgAGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCg > 2:710928/1‑141 (MQ=255)
ttgAGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGc < 1:596796/141‑1 (MQ=255)
ttgAGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGc > 2:139244/1‑141 (MQ=255)
ggCATTGTTTTATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCAtt < 2:256528/140‑1 (MQ=255)
ttGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCCAGTGCTACACATTGATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATAGTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGt > 2:228639/1‑141 (MQ=255)
gTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTTAAATATTTTGAAGTGGTTGATGCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGttt > 2:493596/1‑141 (MQ=255)
gTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGttt > 2:398910/1‑141 (MQ=255)
gTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTATTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGttt > 2:556614/1‑141 (MQ=255)
tttAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTACCCATTCCTATTAGCACGTGGTACACGCACGTAAGCCTTAACTCACGCTGCTGCATGTCAAATATGTTATATTGTTGAATCCACTTTTTGCTGATTCGCATTTTGtttt > 2:646931/1‑140 (MQ=255)
ttAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCa > 1:523407/1‑141 (MQ=255)
ttAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTCTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCa < 1:332229/141‑1 (MQ=255)
tAATTCATTCGATTGGTTCATTTCTCGTCTACCTTTTGTTTTGCCGATTGCTCAACGTTCATCTCCTGTTAATGCTTGTTTTTCATTCAAAATCTTTTGAAGTGGTTGTTCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCaa < 2:97012/141‑1 (MQ=255)
tAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCaa > 2:507269/1‑141 (MQ=255)
tAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCaa < 1:664539/141‑1 (MQ=255)
aTGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCCTTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATa < 1:345859/141‑1 (MQ=255)
aTGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGCTCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATa > 2:305866/1‑141 (MQ=255)
cATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACAt < 1:315361/141‑1 (MQ=255)
ttCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACCttt > 2:388775/1‑141 (MQ=255)
aTTGGTCGATGTCATGTTTCCCATTTGTTTTAGCTAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTtcag < 2:409075/141‑1 (MQ=255)
tGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTtcagca > 2:455811/1‑141 (MQ=255)
tCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTtcagcatca > 1:323353/1‑141 (MQ=255)
cGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTGGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTtcagcatcag < 2:779297/141‑1 (MQ=255)
gATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTtcagcatcagc < 2:644370/141‑1 (MQ=255)
gATGTCATGTTTACCATTTGTTCTATCAAGTGCTACACGTTCAGCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTtcagcatcagc < 1:123482/141‑1 (MQ=255)
tGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCaa < 2:394373/141‑1 (MQ=255)
cATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAg > 1:45006/1‑141 (MQ=255)
cATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGAGCCACTTGTTGCTTAGTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAg < 1:646290/141‑1 (MQ=255)
cATGTTTACCACTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAg > 2:747687/1‑141 (MQ=255)
aTGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGc < 2:446284/141‑1 (MQ=255)
ccATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTta < 2:419113/141‑1 (MQ=255)
tttAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTGAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCAtt < 1:526251/141‑1 (MQ=255)
tttAGCAAGGGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCAtt < 2:75615/141‑1 (MQ=255)
ttggCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTTAATACATTTTCATCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCAttt < 2:45130/138‑1 (MQ=255)
ttAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCAttt < 1:45119/141‑1 (MQ=255)
gCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGt > 1:165701/1‑141 (MQ=255)
cAAGTTCTACACTTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTACTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATTAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATgttgtt < 2:69685/141‑1 (MQ=255)
cAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGtt < 2:629538/141‑1 (MQ=255)
cAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGtt > 1:640417/1‑141 (MQ=255)
aaGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGttt > 2:327141/1‑141 (MQ=255)
gTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTAGTTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTAt > 1:764596/1‑141 (MQ=255)
cTACACGTTCATTACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTCATCCAATTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACACTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTg < 2:194942/141‑1 (MQ=255)
cTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTg < 1:455811/141‑1 (MQ=255)
cTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTg < 1:90882/141‑1 (MQ=255)
tACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGa < 2:57603/141‑1 (MQ=255)
agacGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGaa < 1:214494/139‑1 (MQ=255)
cacGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAACTCTTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCCTGATCGCATTTTGTTTCACTACATTGTCAGCGTCAGCAATGGATTCGTTATAAGCATTTTGTTTGTCTGAAt > 2:28474/1‑141 (MQ=255)
cacGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAAt > 2:81981/1‑141 (MQ=255)
tcaCCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTtgt > 1:99582/1‑141 (MQ=255)
aCCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCGTNTNGNTTATCTGAATCTGCTtgtgt > 1:463410/1‑141 (MQ=255)
tttAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTTGTGTGTaa > 2:110235/1‑141 (MQ=255)
tttAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTTGTGTGTaa < 1:183899/141‑1 (MQ=255)
cTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCAATTTGTTTATCTGAATCTGCTTGTGTGTAATAAACAg > 2:149430/1‑141 (MQ=255)
ttGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTTGTGTGTAATCTACAGt < 2:488130/141‑1 (MQ=255)
tGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTTGTGTGTAATCTACAGtt > 2:654610/1‑141 (MQ=255)
ttttGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCTATACAGTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTTGTGTGTAATCTACAGTTTg < 1:564729/141‑1 (MQ=255)
ttttGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTTGTGTGTAATCTACAGTTTg < 1:564688/141‑1 (MQ=255)
ttttGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGCATGACATCTTTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTTGTGTGTAATCTACAGTTTg < 1:179378/141‑1 (MQ=255)
tttGCCTTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTACAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGATTCTGCTTGTGTGTAATCTACAGTTTGc < 2:772157/141‑1 (MQ=255)
tGCATTTAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTTGTGTGTAATCTACAGTTTGCTc > 1:481191/1‑141 (MQ=255)
tttAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCACTACATTGTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTTGTGTGTAATCTACAGTTTGCTCAACg > 1:688265/1‑141 (MQ=255)
tttAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTTGTGTGTGATCTTCAGTTTGCttcacg > 2:376266/1‑136 (MQ=255)
tttAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTTGTGTGTAATCTACAGTTTGCTCAACg > 2:375780/1‑141 (MQ=255)
tAAAATATTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTCGGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCGTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTTGTGTGTAATCTACAGTTTGCACAACGtt > 1:409559/1‑141 (MQ=255)
atatTTTGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTTGTGTGTAATCTACAGTTTGCTCAACGTTAGCa > 2:462045/1‑141 (MQ=255)
ttttGAAGTGGTTGATCCCCCTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAACATCCGCCATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTTAATCTGCTTGTGTGTAATCTACAGTTTGCTCAACGCTAGCAttt > 2:772921/1‑139 (MQ=255)
ttttGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTTGTGTGTAATCTACAGTTTGCTCAACGTTAGCATGt > 1:58145/1‑141 (MQ=255)
tGAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTTGTGTGTAATCTACAGTTTGCTCAACGTTAGCATGTTCa > 1:42072/1‑141 (MQ=255)
gAAGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTTGTGTGTAATCTACAGTTTGCTCAACGTTAGCATGTTCAt > 1:662059/1‑141 (MQ=255)
aaGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTTGTGTGTAATCTACAGTTTGCTCAACGTTAGCATGTTCAtt < 1:375780/141‑1 (MQ=255)
aGTGGTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTGTCCATCCCTATACGGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAATCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTTGTGTGTAATCTACAGTTTGCTCAACGTTAGCATGTTCATTa < 1:364684/141‑1 (MQ=255)
|
GACCTTTAAATCCATCTTGTTGAGCATTGTTTAATGCATTCAATTGGTCGATGTCATGTTTACCATTTGTTTTAGCAAGTGCTACACGTTCATCACCATTTAATGCTTGTTTTGCATTTAAAATATTTTGAAGTGCTTGATCCACTTGTTGCTTATTCGCATTTTGTTTCAATACATTTTCAGCATCAGCAATAGCTTGTTTATAAGCATTTTGTTTATCTGAATCTGCTTGTGTGTAATCTACAGTTTGCTCAACGTTAGCATGTTCATTA > CP000730/1474504‑1474775
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
