Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.

ALE, Flask, Isolate	Predicted Mutations	Mean Coverage	Total Reads	Percent Mapped	Mapped Reads	Average Read Length
A19 F166 I0 R1	50	63.8	1389156	94.9%	1318309	140.9

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	CP000730	2,337,959	C→T	100%	intergenic (‑125/‑119)	USA300HOU_2195 ← / → USA300HOU_2196	possible MerR family transcriptional regulator/hypothetical protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	CP000730	2,337,959	0	C	T	100.0%	267.9 / NA	78	intergenic (‑125/‑119)	USA300HOU_2195/USA300HOU_2196	possible MerR family transcriptional regulator/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (52/26); total (52/26)
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold.
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand.

CTTTAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGA  >  CP000730/2337822‑2338096

cttTAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATAtt                                                                                                                                        >  1:396534/1‑141 (MQ=255)

         tCATTTCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGttt                                                                                                                               <  1:50096/141‑1 (MQ=255)

         tCATTGCGACTATCCTTTAAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGttt                                                                                                                               >  2:544183/1‑141 (MQ=255)

            ttGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTGGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCTTTGTTTTTa                                                                                                                            >  2:585444/1‑141 (MQ=255)

            ttGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTa                                                                                                                            >  1:319695/1‑141 (MQ=255)

                ttttATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTtttattta                                                                                                                        >  2:50854/4‑141 (MQ=255)

                      ccTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTaa                                                                                                                  >  1:375945/1‑141 (MQ=255)

                                    ttGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACtt                                                                                                    >  1:290444/1‑141 (MQ=255)

                                     tGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTa                                                                                                   >  2:73596/1‑141 (MQ=255)

                                           tcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATAtt                                                                                             >  2:587742/1‑141 (MQ=255)

                                             tAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTa                                                                                           >  2:683296/1‑141 (MQ=255)

                                                   aaTGTTGCTTTATATATTTTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGGCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGa                                                                                     <  2:94672/141‑1 (MQ=255)

                                                   aaTGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGa                                                                                     <  1:633379/141‑1 (MQ=255)

                                                   aaTGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGa                                                                                     <  1:457477/141‑1 (MQ=255)

                                                     tGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTATTTCATAGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATTACTTAAATATTTAAATTGatt                                                                                   >  2:221282/1‑140 (MQ=255)

                                                        tGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATaa                                                                                >  2:228537/1‑141 (MQ=255)

                                                        tGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATaa                                                                                >  2:498699/1‑141 (MQ=255)

                                                            ttATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCAc                                                                            >  2:310393/1‑141 (MQ=255)

                                                              atatatTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTACAAATGTAAAATGATATAATCACTa                                                                          <  1:338804/141‑1 (MQ=255)

                                                              atatatTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTa                                                                          >  1:564259/1‑141 (MQ=255)

                                                                atatTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTaaa                                                                        >  1:377991/1‑140 (MQ=255)

                                                                 tatTTTCATTTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTCAAAATGATATAATCACTAAGa                                                                       <  1:360438/141‑1 (MQ=255)

                                                                 tatTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGa                                                                       <  1:190932/141‑1 (MQ=255)

                                                                   ttGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGAtt                                                                     >  2:196255/1‑141 (MQ=255)

                                                                    tGTCATCTTCGTTTGAATACTTTTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTg                                                                    <  2:194621/141‑1 (MQ=255)

                                                                        aTCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATAACTAAAATTGataa                                                                >  2:281430/1‑141 (MQ=255)

                                                                          cTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGataata                                                              >  2:58075/1‑141 (MQ=255)

                                                                            tCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAtt                                                            >  1:402302/1‑141 (MQ=255)

                                                                            tCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAtt                                                            >  2:634454/1‑141 (MQ=255)

                                                                             tgTTTGAATTCTTCTTATTTTATTTCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTTAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAttt                                                           <  2:452301/140‑1 (MQ=255)

                                                                             cGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAttt                                                           <  2:396534/141‑1 (MQ=255)

                                                                             cGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAttt                                                           >  2:3246/1‑141 (MQ=255)

                                                                              gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAGTATTTTAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTa                                                          >  1:227236/1‑141 (MQ=255)

                                                                              gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATTACTAAGATTGTTAATATTTa                                                          >  2:264383/1‑141 (MQ=255)

                                                                              gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTa                                                          >  2:182182/1‑141 (MQ=255)

                                                                              gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTa                                                          <  1:69674/141‑1 (MQ=255)

                                                                              gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTa                                                          >  1:352794/1‑141 (MQ=255)

                                                                              gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTATTAATATTTa                                                          >  2:192823/1‑141 (MQ=255)

                                                                               tttGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTTACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTaa                                                         >  2:469108/1‑141 (MQ=255)

                                                                               tttGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTaa                                                         >  1:450968/1‑141 (MQ=255)

                                                                                    aTACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATTTTATTACTTAGTTTGTTTAtttttttttttt                                                    >  2:441325/1‑141 (MQ=255)

                                                                                    aTACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAAttttt                                                    >  1:212294/1‑141 (MQ=255)

                                                                                           ttattttattACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATTATATTTAATTTTTTGaaata                                             >  2:133876/1‑139 (MQ=255)

                                                                                           ttattttattACTCAAATTTAAATTTATCGCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAat                                             >  2:149341/1‑141 (MQ=255)

                                                                                            tattttattACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAATATTGTATAACTTTATTATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAttt                                            >  1:26966/1‑141 (MQ=255)

                                                                                              ttttattACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTTTTTTTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATTTAATCACTAAGATTGATATTTTTTAATTTTTTTATAattat                                          >  2:426440/1‑141 (MQ=255)

                                                                                              ttttattACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAattat                                          <  1:391107/141‑1 (MQ=255)

                                                                                               tttattACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAattatt                                         >  1:343082/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                ttattaCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTAttt                                        >  1:694215/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                ttattaCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTAttt                                        >  1:456643/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                  attaCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTAATAATATTTAATTTTTTGAAAATTAttttt                                      >  2:553812/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                   ttaCTGAAAGTTAAATTTGGCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAg                                     >  2:687142/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                     acgcatatttaaatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTCCTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGTTAATATTTACTTTTTTGAAAATTATTTTAGtt                                   >  2:270901/7‑141 (MQ=255)

                                                                                                      cTCAAATTTAATTTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTg                                  <  2:278721/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                       tCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGc                                 >  1:151190/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                         aaatttaaatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTATTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCaa                               <  1:471072/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                              taaatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATCTAATCACTAAGGTTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAAttgtt                          >  1:437660/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                aatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTgg                        >  1:487974/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                aatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTgg                        >  1:606018/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                aatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTgg                        >  1:491500/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                aatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTgg                        >  1:281840/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                 atttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTggg                       >  1:614580/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                  tttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGt                      <  2:611643/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                  tttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGt                      >  1:300471/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                     gTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTggt                   >  2:656666/1‑139 (MQ=255)

                                                                                                                     gTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATGGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAAGCACTAAGATTGATAATATATAATTTTTTGAAAATTATTCTAGTTGCAATTTTTGGGTGAt                   >  2:507452/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                         ctTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCgg               <  2:606018/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                             tttAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGaaaa           <  1:73596/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                              ttAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGTTTATGCGGAAAAt          >  2:293042/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                  cATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTgg      <  1:547431/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                  cATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTgg      <  1:3246/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                  cATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTgg      <  1:548672/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                  cATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTgg      <  2:385580/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                   aTTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTggg     <  2:290444/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                   aTTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTggg     <  1:182182/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                      ttATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATACTCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGa  <  1:656301/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                      ttATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTCAGCTGGAGAATATTTTATGACTTTAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGa  <  1:683296/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                      ttATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGa  <  1:323120/141‑1 (MQ=255)

CTTTAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTGA  >  CP000730/2337822‑2338096

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 22 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`

GATK/CNVnator alignment

N/A