Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.

ALE, Flask, Isolate	Predicted Mutations	Mean Coverage	Total Reads	Percent Mapped	Mapped Reads	Average Read Length
A19 F57 I0 R1	85	36.1	800162	93.0%	744150	140.9

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	CP000730	2,337,959	C→T	100%	intergenic (‑125/‑119)	USA300HOU_2195 ← / → USA300HOU_2196	possible MerR family transcriptional regulator/hypothetical protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	CP000730	2,337,959	0	C	T	100.0%	116.3 / NA	38	intergenic (‑125/‑119)	USA300HOU_2195/USA300HOU_2196	possible MerR family transcriptional regulator/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (23/15); total (23/15)
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold.
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand.

ACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTG  >  CP000730/2337839‑2338095

aCTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTTTATTTCATCGTTTTTAATTat                                                                                                                      >  2:314508/1‑140 (MQ=255)

aCTATCCTTTCAGTTATGATTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTAATATATTGTCATCTACGTTTGAATACTTCTTATCTTATTACTCAAATTTAAATTCGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATGGTTGTTCATTaa                                                                                                                      >  2:354689/1‑140 (MQ=255)

 ttATCCTTTCAGTTATGGTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTTCTCAAATTTATATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACt                                                                                                                     <  2:156379/140‑1 (MQ=255)

 cTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACt                                                                                                                     <  1:69389/141‑1 (MQ=255)

    tCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTTTTTTATTACTCAAATTTACATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTCTATTTCATCGTTTTTACTTACtttt                                                                                                                  >  2:113267/1‑140 (MQ=255)

                   ttGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATATTAGTTTGAATACTTCTTATGTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGCTTTTAACTACTTTTACCACTGTATAACtt                                                                                                   >  1:335501/1‑141 (MQ=255)

                    tGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTa                                                                                                  <  1:228067/141‑1 (MQ=255)

                    tGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTa                                                                                                  <  1:327329/141‑1 (MQ=255)

                      gtcgtcTAAAGTAATGTTGTTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTaaa                                                                                                <  2:159854/141‑1 (MQ=255)

                              aaGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTaaa                                                                                        >  1:394694/1‑141 (MQ=255)

                                 tAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATg                                                                                     >  1:196589/1‑141 (MQ=255)

                                   aTGTTTCTTTATATATTGTCATCTTTGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAATTTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGat                                                                                   <  2:127721/141‑1 (MQ=255)

                                     gTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGatat                                                                                 >  1:78227/1‑141 (MQ=255)

                                     gTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGatat                                                                                 <  2:394694/141‑1 (MQ=255)

                                               atatTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAg                                                                       >  1:261824/1‑141 (MQ=255)

                                                 atTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATCTTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGAt                                                                     >  2:178743/1‑141 (MQ=255)

                                                       aTCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGataa                                                               >  1:167160/1‑141 (MQ=255)

                                                       aTCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGataa                                                               >  2:335555/1‑141 (MQ=255)

                                                          ttCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAatat                                                            >  1:338040/1‑141 (MQ=255)

                                                           tCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAtt                                                           <  1:75810/141‑1 (MQ=255)

                                                           tCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAtt                                                           >  2:21980/1‑141 (MQ=255)

                                                             gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAAATTAAATATTTAAACTGATATAATCACTCAGAATGATAATATTTa                                                         >  2:68717/1‑141 (MQ=255)

                                                                tGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAAtt                                                      >  1:144980/1‑141 (MQ=255)

                                                                tGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAAAATGATAATATTTAAtt                                                      >  1:88841/1‑141 (MQ=255)

                                                                      cttcttATTTTATTACTCAAATTTAATTTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGa                                                <  2:368342/141‑1 (MQ=255)

                                                                        tcttATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGaaa                                              >  2:76775/1‑141 (MQ=255)

                                                                               ttattaCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATATCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTAttt                                       >  2:212675/1‑141 (MQ=255)

                                                                                 attaCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTGGGATGCCATAATTGCGAAGATTAATAATATTTAATTTTTTGAAAATTAttttg                                     >  1:288014/1‑140 (MQ=255)

                                                                                      tCAATTCTAAATTTGTCTCTTTGTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTCATTACTTCAAAAATTGTATAACTTAAATACTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGc                                <  1:89206/141‑1 (MQ=255)

                                                                                            ttaattttGTTTTTTTTTTAACATTTTATTTTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTGAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAAtttt                          <  2:75356/141‑1 (MQ=255)

                                                                                               aatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATTTTTAATTTTTTAAAAATTATTGTAGTTGCATTTTTTgg                       >  2:92695/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                atttGTCTCTTTTTTAACATTTTATAGTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATGATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTggg                      <  1:243766/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                  ttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTg                    >  1:140680/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                     tctcTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATg                 <  1:236801/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                        ctTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCgg              <  1:67376/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                   ttttATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGt   >  1:339728/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                   ttttATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGt   >  1:339742/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                    tttATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTg  <  2:307654/141‑1 (MQ=255)

ACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGTG  >  CP000730/2337839‑2338095

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 13 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`

GATK/CNVnator alignment

N/A