Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A23 F20 I0 R1
|
95 |
76.5 |
1681216 |
93.1% |
1565212 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
2,337,959 |
C→T |
100% |
intergenic (‑125/‑119) |
USA300HOU_2195 ← / → USA300HOU_2196 |
possible MerR family transcriptional regulator/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 2,337,959 | 0 | C | T | 100.0%
| 227.8
/ NA
| 72 | intergenic (‑125/‑119) | USA300HOU_2195/USA300HOU_2196 | possible MerR family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (47/25); total (47/25) |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
TTAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGT > CP000730/2337824‑2338094
|
ttAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTc < 2:276337/141‑1 (MQ=255)
aGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCAt < 2:678291/141‑1 (MQ=255)
tttCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGt > 2:234178/1‑141 (MQ=255)
tttCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGt < 2:559434/141‑1 (MQ=255)
tGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTACATATATTGTCATCTTCGTTTGATTACTTGTT‑TTATATGATTCCAAATGTAAGTTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTaa > 2:804297/1‑141 (MQ=255)
gCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAAt > 1:656646/1‑141 (MQ=255)
tCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTACATTTTTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTa > 1:782234/1‑141 (MQ=255)
tATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGtat < 2:463999/141‑1 (MQ=255)
tGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTa > 1:209718/1‑141 (MQ=255)
cgtcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTACata > 2:74108/1‑141 (MQ=255)
cgtcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAata < 1:290301/141‑1 (MQ=255)
cgtcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAata > 1:577005/1‑141 (MQ=255)
cgtcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAata > 1:535313/1‑141 (MQ=255)
tcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTTTCTGTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAGTTACTTTAACAATTGTATTACTTTAATAtt > 1:390010/1‑141 (MQ=255)
tcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATAtt < 1:234178/141‑1 (MQ=255)
aaaGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTCTGTTTCATCGTTTTTAATTATTTTAAAAATTGTATAACTTAAATAtttta > 2:587938/1‑139 (MQ=255)
aaGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTaaa > 2:757538/1‑141 (MQ=255)
ttGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGAtata > 2:40442/1‑141 (MQ=255)
tGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATAATTAAAATGATATaa > 1:732907/1‑141 (MQ=255)
gCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAAt > 2:55663/1‑141 (MQ=255)
ttATATATTGTCATCTTCCTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCAc < 1:151325/141‑1 (MQ=255)
tatataTTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTGTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTAAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACt > 2:802083/1‑141 (MQ=255)
tatatTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTaa > 1:530072/1‑141 (MQ=255)
atatTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAATTATTTAAAATGATATAATCACTAAg > 2:423066/1‑141 (MQ=255)
atatTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAg < 2:632940/141‑1 (MQ=255)
tGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGTTTg > 1:306236/1‑141 (MQ=255)
tCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGat < 2:744083/141‑1 (MQ=255)
ttCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATACCTTAAATAATTAAAATGATATAATCACTAATATTGATAatat > 2:682069/1‑141 (MQ=255)
tCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAtt < 2:59180/141‑1 (MQ=255)
tCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAtt < 1:393466/141‑1 (MQ=255)
tCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAtt > 2:67021/1‑141 (MQ=255)
tCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAtt > 2:675738/1‑141 (MQ=255)
tCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTCCTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAtt > 1:530647/1‑141 (MQ=255)
cGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATAttt > 2:291495/1‑141 (MQ=255)
gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTTACATTTTTTATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTCAGATTAATATTGTTTa > 2:36377/1‑141 (MQ=255)
gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTCTATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAAACACTAAGATGTATAATATTTa > 1:57245/1‑141 (MQ=255)
gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTTATCGTTTTTAATTATGTTAAAGATTGTCTAACTTACATATTTAAAATTATAGAAGTCCGAAGATTGATAATAATTa > 2:280330/1‑141 (MQ=255)
gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTCAGATTGAGAATATTTa > 2:704886/1‑141 (MQ=255)
ttGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGAAACTATTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTCACACGATATCATCACCACGATTGATATGATTTAAt > 1:287093/1‑141 (MQ=255)
gAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTCATATTTACTCATCCATAATTACTTAAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAAttt < 2:298421/141‑1 (MQ=255)
aCTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTCAGATTGATAATATTTACttttctt > 1:286964/1‑138 (MQ=255)
cttcttATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGa < 1:660932/141‑1 (MQ=255)
ttcttATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAACTGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGaa > 1:376919/1‑141 (MQ=255)
tttattttattACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGCTATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGaaaa < 1:743894/140‑1 (MQ=255)
cttTTTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGaaaa < 1:324517/141‑1 (MQ=255)
cttATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGaaaa < 1:811488/141‑1 (MQ=255)
tattttattACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGCAActt > 1:673897/1‑141 (MQ=255)
tattaCT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTAATATTAAGTATTTAATTAATTTATATATTGTTTAACTTATTTTTATAAAATGATATAATCACTTAACTTGATATTATTACATTTATTTAAAATTAtttt > 2:94749/1‑141 (MQ=255)
attaCT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATTATTTTTTATTTTTTTAAAATttttttt > 1:622594/1‑140 (MQ=255)
cT‑CAGATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTg < 1:310050/141‑1 (MQ=255)
cAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTTTAAATTATTTAAGTAGCa > 2:581250/1‑141 (MQ=255)
aatttaaatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAAt > 1:472507/1‑141 (MQ=255)
ttaaatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAACATCCTATAACTTAAATATGTAAAATAATATAATCACTAAGATTGCTAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAAtttt > 2:546654/1‑141 (MQ=255)
taaatttGTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTATTTCATCGATTTTAATTACTTTAAAAATTGTATTACTTAAATATTTAAAATGATGTAATCCCTAAGTTTTATAATATTTAATTTTTTGTTAATttttttttttttttttttt > 2:109306/1‑128 (MQ=255)
taaatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGTTAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAAttttt > 2:517221/1‑141 (MQ=255)
aaatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTATATATTTAAAATGATATGATCACTAAGATTGTTAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTGGCAATTTTTg > 2:292973/1‑141 (MQ=255)
aaatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTg > 2:307266/1‑141 (MQ=255)
aatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTGCTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGAATGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATCTTAGTTGCAATTTTTgg > 2:754231/1‑141 (MQ=255)
aatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGGTAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTGTTgg > 1:211477/1‑141 (MQ=255)
aatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTgg < 1:346363/141‑1 (MQ=255)
tttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCCTCGTATTTAATTACTTTAAGAAATGTATAACTAGAATATTTAACATGATAAACTACCTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAATAATATTTTAGTTTAAATTTATggat > 2:353574/1‑139 (MQ=255)
tGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGa < 1:151692/141‑1 (MQ=255)
gTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGTTGAt > 1:90659/1‑141 (MQ=255)
gTCTCTTTTTTAAAATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGAt < 1:379078/141‑1 (MQ=255)
tctTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCg < 1:17394/141‑1 (MQ=255)
ttttAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTGGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGaca > 1:385699/1‑139 (MQ=255)
tAACTTTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAAtt < 2:88392/141‑1 (MQ=255)
aaCATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAAttt < 1:701225/141‑1 (MQ=255)
aCATTTTATATTTTATCGTTTTTTATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGGTTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTg < 2:196557/141‑1 (MQ=255)
aCATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATGATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGGTGGGGAAAATTTg > 1:266846/1‑141 (MQ=255)
aCATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTCCTTTTTTGAAAATTCTTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAACATTTg > 1:171367/1‑141 (MQ=255)
ttttATATTTCATCGTTTTTAATTACTCTAAAAATTGTATACCTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTTGGTGATGCGGAAAATTTGGGt < 1:720916/141‑1 (MQ=255)
|
TTAGTTTTCATTGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACT‑CAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATTTGGGT > CP000730/2337824‑2338094
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
