Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F109 I0 R1
|
97 |
111.8 |
2404748 |
95.6% |
2298939 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
1,105,994 |
T→C |
69.2% |
T12T (ACT→ACC) |
pdhD → |
dihydrolipoyl dehydrogenase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 1,105,994 | 0 | T | C | 69.2%
| 177.9
/ 78.4
| 121 | T12T (ACT→ACC) | pdhD | dihydrolipoyl dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/20); new base C (45/36); total (64/57) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.27e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
AGCTTTGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAGCATTACT > CP000730/1105854‑1106134
|
aGCTTTGACCACAGACAAATTGATGGTGCACCTGGCCAAAATGAACTGCATCACATTAGCCGTTTATTAACTAAACCAGAATTATAATTCATGATGGGGTACAACATAGTAGTCGAAGATTTCCCAGTTGAAACAGGTACt > 2:928242/1‑141 (MQ=255)
ttGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGGACCAGATACTATAg > 2:677014/1‑141 (MQ=255)
gACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAg < 2:1033305/141‑1 (MQ=255)
cAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCa < 1:90686/141‑1 (MQ=255)
ttatcttGCAATTTGCCAAAATGCAATCAATCACATTAAACGTTGATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACTTGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTcc < 2:620192/135‑1 (MQ=255)
tGATGGTGCAAGTGGTCAATATGCTATGAATCACATTAAATGTTTATTAAATTATCAGGTTTTATTATTAATGGAGGGGTAAAACGTGGTAGTGGGAGATTTCCGAATTGAAACAGATACTATAGTGATCGGAGCAGGTcc < 2:128423/141‑1 (MQ=255)
tGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACAGGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTcc < 2:350812/141‑1 (MQ=255)
tGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATATCATAGTAATCGGAGCAGGTCCtgg > 1:214728/1‑141 (MQ=255)
ggaaCTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGGTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGa < 2:12672/139‑1 (MQ=255)
gCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGa < 1:53287/141‑1 (MQ=255)
cAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGAt < 1:1031468/141‑1 (MQ=255)
gCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAGAGCTGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACTATAGCAATCCGAGCAGGTCCTGGTGGATAAGTTg > 2:1024711/1‑141 (MQ=255)
gCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTg < 2:260660/141‑1 (MQ=255)
ccAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTgc > 1:136191/1‑141 (MQ=255)
ccAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCAGGTGGATACGTTgc > 1:94120/1‑141 (MQ=255)
aaaaTGCAATGAATCACATGAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTGGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTgcag < 2:1132719/141‑1 (MQ=255)
cAACGAACCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTc < 1:392138/141‑1 (MQ=255)
aTGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGCGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGt > 1:1126717/1‑141 (MQ=255)
tGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTg > 2:826632/1‑141 (MQ=255)
tGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAACCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCCGCAATTCGTg > 2:287693/1‑141 (MQ=255)
tGAATCACATTAAACGGTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTg < 1:957336/141‑1 (MQ=255)
tGAACCACTCTAAACGTTTATTAATTCATCTAGAATTATTATTAATGGAGATGTAAAATATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACATATACCATAGTAATCGGATCAGTTCCTGTTGTTTACGTTGCAGCAATTCTTg < 2:939385/141‑1 (MQ=255)
gAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGc < 2:1007559/141‑1 (MQ=255)
gAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGc < 1:258162/141‑1 (MQ=255)
aaTCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCa < 1:257356/141‑1 (MQ=255)
aTCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAg < 1:223608/141‑1 (MQ=255)
tCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGc < 2:771414/141‑1 (MQ=255)
acaTTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTc > 1:873833/1‑141 (MQ=255)
caTTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCa < 1:472913/141‑1 (MQ=255)
aTTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGTAGCTCaa > 2:25302/1‑141 (MQ=255)
aTTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCaa > 2:595800/1‑141 (MQ=255)
tAAACGTTTATTAAATAATCCAGCATTATTATTAATGGAGGGGTGAAACATGGTAGTTGGAGATTTCGCAATTGAAACGGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGTATACGTTGCCGCAATTCGTGCAGCTCaagt > 1:163435/1‑139 (MQ=255)
gTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAc < 1:559680/141‑1 (MQ=255)
ttattaAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACaa > 2:171011/1‑141 (MQ=255)
ttattaAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACaa > 1:541370/1‑141 (MQ=255)
aaaTAATCCAGCATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCACTTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGt < 1:372826/141‑1 (MQ=255)
aaaTAATCCAGAATTCTTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGt > 2:299104/1‑141 (MQ=255)
aaaTAATCCAGAATTATTAGTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGt < 1:15579/141‑1 (MQ=255)
aataatCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTa < 2:67447/141‑1 (MQ=255)
taatCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATAGGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTTAGTTAGGACAAAAAGTagc > 1:443089/1‑139 (MQ=255)
ccAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACaagc > 2:614669/1‑139 (MQ=255)
ccAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATc > 2:326114/1‑141 (MQ=255)
ccAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATc > 2:704899/1‑141 (MQ=255)
ccAGAATTATTATTAACGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATc > 1:713437/1‑141 (MQ=255)
aGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGt > 1:615077/1‑141 (MQ=255)
tattattaATGGAGGGGTAAAACATGGTCGGTGGAGATTTCCCAATTGATCCAGACAAAATAAAAAAGGGAGCATTGCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTgaga > 2:298370/1‑141 (MQ=255)
tattattaATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTgaga > 1:742485/1‑141 (MQ=255)
attattaATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTgagga > 1:1014491/1‑139 (MQ=255)
ttattaATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGaaa > 2:385125/1‑141 (MQ=255)
attaATGGAGGGGTAAAACTTGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACCAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAgg < 1:764190/141‑1 (MQ=255)
aTGGAGGGGTAAAACATTGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAAt < 1:714923/141‑1 (MQ=255)
tGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATc > 2:649808/1‑141 (MQ=255)
ggggTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTtgg > 2:1045855/1‑141 (MQ=255)
ggggTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTtgg > 1:293249/1‑141 (MQ=255)
gggTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATATtggt > 1:609734/1‑141 (MQ=255)
ggatAAAACATTGTAGTGGGAGGTTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGCTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGAAAAAAAAAAAAAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTtggt < 2:713437/138‑1 (MQ=255)
ggTACAACATGGTTGTTGGAGGGTTGCCAATGGAAACAGAGACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCGGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTGGGGCAGAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTtggtg < 2:731806/141‑1 (MQ=255)
gTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTtggtgg < 1:530977/141‑1 (MQ=255)
tAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCCGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGGCATTCGTGCATCTCGAGTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTggtggt > 2:1149839/1‑141 (MQ=255)
tAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTggtggt > 1:155846/1‑141 (MQ=255)
aaaaCATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGgtggtg > 1:856794/1‑141 (MQ=255)
aaaCATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCACAAGTAGGACGGATGGTAATAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGgtgt > 1:388391/1‑141 (MQ=255)
aaaCATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACTATAGTAATCGGAGAAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTTACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGgtgt > 1:802043/1‑141 (MQ=255)
aaaCATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGgtgt > 2:50375/1‑141 (MQ=255)
aaaCATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGgtgt < 1:984568/141‑1 (MQ=255)
aaaCATGGTAGTTGGAGATTACCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGAAAAAGTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGAAAATCTTGTTGgtgt > 1:749973/1‑141 (MQ=255)
aaCATGTGAGTTGGAGATTACCCAAGTGAAACAGATACCATAGTAATCCGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTTGTGCAGCTAAAAAAAAAAAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGtt < 2:1063971/141‑1 (MQ=255)
aaCATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGGCAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGtt > 2:1008877/1‑141 (MQ=255)
cATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTg < 1:671952/141‑1 (MQ=255)
aTGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGc < 1:975130/141‑1 (MQ=255)
tGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCt < 1:1156541/141‑1 (MQ=255)
ggcaGTTGGATATTTCCCAAGTGAAACATATACCATAGTAATCGGAGCAGGTACTGGTGGATACGTTGCAGCCATTCGTGCAGATCAATTAAGACAAAAAGTAACAATCGTTCAGAACGGTAATCTCGGTGGTGTTTGCtt > 2:436649/4‑141 (MQ=255)
ggTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTGGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCtt > 1:362049/1‑141 (MQ=255)
ggTAGGTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCtt < 2:1194834/141‑1 (MQ=255)
aGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATAGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGACAGGTACTCTTGGTGGTGTTTGCTTaaa > 2:297189/1‑141 (MQ=255)
ttGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGGGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACg > 1:1102095/1‑141 (MQ=255)
ttGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACg > 1:844898/1‑141 (MQ=255)
taatagaTTTCGCAATTGAAAGAGATACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGTGAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACg < 2:1155110/137‑1 (MQ=255)
gagaTTTCCCAATTGAAACAGATACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAg > 1:957961/1‑141 (MQ=255)
gagaTTTCCCAATTGAAACAGATAATATAGTAATCGGAGCAGGTCATAATCGCTCCTTTTCAGAAATACGTGCTCCTCAATTAGGACAAGAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAg > 1:875754/1‑141 (MQ=255)
agaTTTCCCAATTGAAACAGATACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAgg > 1:312264/1‑141 (MQ=255)
gaTTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGa < 1:1085246/141‑1 (MQ=255)
aTTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGAt > 1:127925/1‑141 (MQ=255)
aTTTCCCAAATGAAAAAGAACATATGGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGGTGAAGCAATTTGTGCAGTAAAAAAAAAAAAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGAt < 2:499431/141‑1 (MQ=255)
tgtCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACACTCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTTGGATg > 2:541809/3‑141 (MQ=255)
cttCCCAATTGAAACAGAAACGAGAGTACTCGTAGCGGGACATGGTGGATACGTGGCAGCAATTCGTCCAGCTAACATCGGGAAATCATCGACCGACGGTGAGCCAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCATAAACGTAGGATg < 2:544261/140‑1 (MQ=255)
ttCCCAATTGAAACAGATACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAACCGTTGAGAAAGTTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGt < 1:171011/141‑1 (MQ=255)
ccAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTAtt < 1:1018879/141‑1 (MQ=255)
ccAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTAtt < 1:698918/141‑1 (MQ=255)
cAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTc > 2:733234/1‑141 (MQ=255)
ttGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGCTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCtt > 2:215574/1‑141 (MQ=255)
gAAACATATACTAGTGTACTCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTAAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCa < 2:882713/141‑1 (MQ=255)
gAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCa > 2:685066/1‑141 (MQ=255)
aaCAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTCGAAAAAAATCTTGCACCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCaaa > 2:430556/1‑141 (MQ=255)
aaGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCCATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAg < 1:959195/140‑1 (MQ=255)
tACTATAGTAATGCGATCAGGCCTGGGTGCATACGTTGTAGTAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAACCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAGCAtt < 2:1115615/141‑1 (MQ=255)
tACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAGCAtt < 1:921303/141‑1 (MQ=255)
tACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAGCAtt > 1:1183754/1‑141 (MQ=255)
tACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAGCAtt < 1:955121/141‑1 (MQ=255)
tataGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAGCATtact > 1:911200/1‑141 (MQ=255)
|
AGCTTTGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAGCATTACT > CP000730/1105854‑1106134
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
