Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F123 I0 R1
|
46 |
52.8 |
1143652 |
95.1% |
1087613 |
141.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
874,718 |
A→C |
100% |
K541N (AAA→AAC) |
clfA → |
fibrinogen‑binding protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 874,718 | 0 | A | C | 100.0%
| 196.8
/ NA
| 61 | K541N (AAA→AAC) | clfA | fibrinogen‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base C (32/29); total (32/29) |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
GATCCGAATAGCAAAGGTGATTTAGCTTTACGTTCAACTTTATATGGGTATAACTCGAATATAATTTGGCGCTCTATGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAAACCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGATAGCGGTTCAGATTCGGGTAGTGATTCTACAT > CP000730/874581‑874854
|
gATCCGAATAGCAACGGTGATTTAGCTTTACGTTCAACTTTATATGGGTATAACCCGAATATAATTTGGCGCTCTATGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGGTCAGGTGACGGTATCGATAAcccc > 2:804/1‑140 (MQ=255)
gATCCGAATAGCAAAGGTGATTTAGCTTTACGTTCAACTTTATATGGGTATAACTCGAATATAATTTGGCGCTCTATGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCa < 2:316217/141‑1 (MQ=255)
aTCCGAATAGCAAAGGTGATTTAGCTTTACGTTCAACTTTATATGGGTATAACTCGAATATAATTTGGCGCTCTATGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAg > 2:163823/1‑141 (MQ=255)
aGCAAAGGTGATTTAGCTTTACGTTCAACTTTATATGGGTATAACTCGAATATAATTTGGCGCTCTATGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATAACAGATCAGGCTCGGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCt > 1:245567/1‑141 (MQ=255)
cAAAGGTGACTTAGCTTTACGTTCAACTTTATATGGGTATAACTCGAATATAATTTGGCGCTCTATGTCATGGGACAACGCAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTcagga < 1:249091/141‑5 (MQ=255)
tACGTTCAACTTTATATGGGTATAACTGGAATATAATTTGGCGCTCTATGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTg < 2:134722/141‑1 (MQ=255)
ttCAACTTTATATGGGTATAACTCGAATATAATTTGGCGCTCTATGTCATGGGACAACCAAGTAGCATTGAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGa < 2:486764/141‑1 (MQ=255)
tCAACTTTATATGGGTATAACTCGAATATAATTTGGCGCTCTATGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGaa > 2:186809/1‑141 (MQ=255)
tttATATGGGTATAACTCGAATATAATTTGGCGCTCTATGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTCATGAGCCTGGTGAAATTGa > 2:202277/1‑141 (MQ=255)
atGGGTATAACTCGAATATAATTTGGCGCTCTATGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAAAAACGGATCAGGTTCTGGGGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTAAACAACCTGATGAGACTGGTGGAAATGAACCaa > 1:56301/1‑141 (MQ=255)
tGGGTATAACTCGAATATAATTTGGCGCTCTATGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACCAACTGACGGGCCTGGTGataaggattcaat > 1:556581/1‑129 (MQ=255)
tGGGTATAACTCGAATATAATTTGGCGCTCTATGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCGGAGGGGCCTCGTGCAAACGAAGCAAt > 1:556441/1‑141 (MQ=255)
gggTATAACTCGAATATAATTTGGCGCTCTATGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTGCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAAtt > 2:72750/1‑141 (MQ=255)
gggTATAACTCGAATATAATTTGGCGCTCTATGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGAGCACTCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGCAATTTAACCAAtt > 1:158728/1‑141 (MQ=255)
gggTATAACTCGAATATAATTTGGCGCTCTATGTAATGCGACCCCCAACTAACATTTAAAAAAGGATCAGGTTCTGCACTCGCTATAGCTAACCCAGCTGTGCCGGAACAGCCTGATGAGTCTCGGGAAATGTAACCAAtt > 2:331717/1‑141 (MQ=255)
gTATAACTCGAATCTAATTTGGCGCTCTATGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTcc < 2:22575/141‑1 (MQ=255)
taACTCGAATATAATTTGGCGCTCTATGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAAAAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCAaga > 2:103162/1‑141 (MQ=255)
aaTATAATTTGGCGCTCTATGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCa > 2:376353/1‑141 (MQ=255)
atatAATTTGGCGCTCTATGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATCGAACCAATTCCAGAGGATTCAg < 2:417930/141‑1 (MQ=255)
aaTTTGGCGCTCTAGGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATAAAGGAGCAGGAGCGGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTc < 1:442468/141‑1 (MQ=255)
ttGGCGCTCTATGTCATGGGACACCGAAGTAGCATTTCATAACGGATCAGGTTCTGGTTACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGCTGATCCTGGTGAAATTGAACAACTTCCAGAGGATTCAAATTCTGa > 2:8411/1‑141 (MQ=255)
gcgcTCTATGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATACTGGCTCAGCTTCGGGCGGCAGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGAccc < 2:174167/141‑1 (MQ=255)
ctATGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGtt < 2:73352/141‑1 (MQ=255)
tATGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTc < 2:410425/141‑1 (MQ=255)
tATGTCAGGGGCCAACGTAGTAGCATTTAAGAACGGACCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTc < 2:361119/141‑1 (MQ=255)
aTGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCGTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCa > 2:178825/1‑141 (MQ=255)
tGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAg > 2:539796/1‑141 (MQ=255)
tCATGGGACGACGAAGTAGCATTTAATAACGGTTCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATACCCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGAt < 2:68598/141‑1 (MQ=255)
tGGTACAACTAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGTCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCt < 2:438095/141‑1 (MQ=255)
gACAACGAAGTAGGATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGc < 2:210783/141‑1 (MQ=255)
aCAACGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTGTGACCCAGGGTCAGATCCTGGcg > 2:445261/1‑140 (MQ=255)
aaCGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGc > 1:515433/1‑141 (MQ=255)
cGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCcgcgg > 1:144475/1‑140 (MQ=255)
aGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTc < 1:237038/141‑1 (MQ=255)
aGCATTTAATAACGTATCAGGTGCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTaa < 1:181516/141‑1 (MQ=255)
aTTTAATAACGGATCAGGGTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTc < 2:66320/141‑1 (MQ=255)
ataaCGGATCATGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGTACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCACTTCCAGCGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGATa > 2:171952/1‑141 (MQ=255)
ataaCGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGATa > 1:163864/1‑141 (MQ=255)
ataaCGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCACATa > 2:35276/1‑141 (MQ=255)
aaCGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGATAGc > 1:32440/1‑141 (MQ=255)
aaCGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGAGAGc > 2:529796/1‑141 (MQ=255)
aCGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGATCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGATAGCg > 1:349962/1‑141 (MQ=255)
cGGATCAGGTTTTGGTGACGGTATCGATCACCCATTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGATAGCgg < 2:456210/141‑1 (MQ=255)
cGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATCCATATAGCgg > 2:46595/1‑141 (MQ=255)
gaccAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGCTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGATAGCGGtt < 1:99673/138‑1 (MQ=255)
tCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAGGTCAGATAGTGGTGCa > 1:129126/1‑141 (MQ=255)
cTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACGTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCGGCGATTCTAATTCAGATAGCGGTTTAGagtaag > 1:10330/1‑136 (MQ=255)
cTGGTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCCGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGATAGCGGTTCAGCTTCgg > 1:131704/1‑141 (MQ=255)
ggTGGCGGTATGGATGACCCCGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAAGTGAACCCATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGATGGCGGTTCAGATTCGGGt < 2:221507/141‑1 (MQ=255)
gTGACGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGATAGCGGTTCAGATTCGGGTa > 2:130716/1‑141 (MQ=255)
aCGGTTTCGATAACCCAGCGGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGATAGCGGTTCAGATTCGGGTAGTg < 2:477983/141‑1 (MQ=255)
cGGTATCGATTACCCAGGTGCTACTGAACAACCTGATGACCCTGGTGAAATCGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATGCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCCGCGATTCTAATTCAGATAGCCGTTCAGATTCGGGTAGTGa < 2:41389/141‑1 (MQ=255)
cGGTATCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGAAAGCGGTTCAGATTCGGGTAGTGa > 2:149598/1‑141 (MQ=255)
taccgctAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGATAGCGGTTCAGATTCGGGTAGTGATTc < 1:37472/135‑1 (MQ=255)
tATCGATACCCCAGTTGTTCGTGAACAACCTGCGGGGCCCGGAGGGTTCGAGCCAATTCTAGAGGATTCATATTCGGGCCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGATAGCGGTTCAGATTCGGGTAGTGATTc < 1:270021/141‑1 (MQ=255)
tATCGATAACCCAGTTGTTCCGGAACAACCTCATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGATAGCGGTTCAGATTCGGGTAGTGATTc < 1:37456/141‑1 (MQ=255)
tCGATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGATAGCGGTTCAGATTCGGGTAGTGATTCTa > 2:429058/1‑141 (MQ=255)
ccaTAACCCGGTTGTTCCTGAACAACCTTATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGCCCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGATAGCGGTTCAGATTCGGGTAGTGATTCTAc < 2:98919/139‑1 (MQ=255)
gATAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGATAGCGGTTCAGATTCGGGTAGTGATTCTACa < 2:525840/141‑1 (MQ=255)
aTAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGATAGCGGTTCAGATTCGGGTAGTGATTCTACAt < 1:511802/141‑1 (MQ=255)
aTAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGATAGCGGTTCAGATTCGGGTAGTGATTCTACAt < 1:539796/141‑1 (MQ=255)
aTAACCCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGATAGCGGGTCAGATTCGGGTGGTGATTCTACaa > 2:154816/1‑140 (MQ=255)
|
GATCCGAATAGCAAAGGTGATTTAGCTTTACGTTCAACTTTATATGGGTATAACTCGAATATAATTTGGCGCTCTATGTCATGGGACAACGAAGTAGCATTTAATAACGGATCAGGTTCTGGTGACGGTATCGATAAACCAGTTGTTCCTGAACAACCTGATGAGCCTGGTGAAATTGAACCAATTCCAGAGGATTCAGATTCTGACCCAGGTTCAGATTCTGGCAGCGATTCTAATTCAGATAGCGGTTCAGATTCGGGTAGTGATTCTACAT > CP000730/874581‑874854
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
