Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A13 F191 I1 R1
|
32 |
81.5 |
1732862 |
96.8% |
1677410 |
140.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
2,679,462 |
(A)8→7 |
intergenic (+334/‑55) |
USA300HOU_2535 → / → cbpD |
hypothetical protein/possible secretory antigen |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 2,679,455 | 0 | A | . | 93.0%
| 348.2
/ 18.8
| 87 | intergenic (+327/‑62) | USA300HOU_2535/cbpD | hypothetical protein/possible secretory antigen |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/6); new base . (30/50); total (30/57) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.73e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCTAAAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGATTTCACTTATCAA > CP000730/2679317‑2679591
|
tGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCTaaa < 1:371662/141‑1 (MQ=255)
gTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCTaaaa > 2:26539/1‑141 (MQ=255)
gTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCTaaaa > 2:310747/1‑141 (MQ=255)
tCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCTaaaaaaa < 1:595/141‑1 (MQ=255)
tCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCTaaaaaaa > 2:131486/1‑141 (MQ=255)
tCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCTaaaaaaa > 1:235308/1‑141 (MQ=255)
tCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCTaaaaaaa < 1:363842/141‑1 (MQ=255)
tCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCTaaaaaaa > 1:123591/1‑141 (MQ=255)
cACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCTaaaaaaat > 2:77040/1‑140 (MQ=255)
tATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCTaaaaaaatttg < 1:409943/141‑5 (MQ=255)
tATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCTAAAAAAAtttg < 1:520403/141‑2 (MQ=255)
aTGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGt < 2:1221/141‑1 (MQ=255)
aTGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGt > 1:523817/1‑141 (MQ=255)
cAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATc < 2:837288/141‑1 (MQ=255)
ttGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTa > 2:304494/1‑141 (MQ=255)
tGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTaa < 1:153567/141‑1 (MQ=255)
gTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAAc > 1:403431/1‑141 (MQ=255)
ttAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAACTAACg > 1:268077/1‑141 (MQ=255)
tAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAAATTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGt > 2:561233/1‑141 (MQ=255)
aaaTACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGtt > 1:532600/1‑141 (MQ=255)
aCATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAAt < 1:573342/141‑1 (MQ=255)
aCATGAATTTCGACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTGCCTCTTCTTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAACTTTGTTATCAGAATTAACGTTGCAt > 2:798682/1‑141 (MQ=255)
cATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGAAAAATAAATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTATTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAAAGtaaaaaa < 2:347292/141‑7 (MQ=255)
aTTTCNACATTTTAAAAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTAATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGaa < 1:100227/141‑1 (MQ=255)
tttaaaaattATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGAAAACTTCATTACAGTTACTTTTATGGTTGATTGCTTACA‑AAAAAAAAAAAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGaaaaa < 2:243074/133‑1 (MQ=255)
tACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGaaaaaaa < 2:554077/141‑1 (MQ=255)
aCATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCTAAAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGaaaaaaa < 1:576398/141‑1 (MQ=255)
cATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAAtt < 2:219515/141‑1 (MQ=255)
cATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAAtt > 2:748825/1‑141 (MQ=255)
cATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAAtt > 2:704892/1‑141 (MQ=255)
aaaaaaTCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGga < 1:578800/141‑1 (MQ=255)
aaaaaTCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTTAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGgag > 2:112206/1‑141 (MQ=255)
aaaaTCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGgaga > 2:679240/1‑141 (MQ=255)
aaaTCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGAt > 1:593419/1‑141 (MQ=255)
aaaTCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGAt < 2:624323/141‑1 (MQ=255)
aaTCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATa < 1:304494/141‑1 (MQ=255)
ccATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATaaaa < 1:189000/141‑1 (MQ=255)
agctttttATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATaaaa < 1:154323/138‑1 (MQ=255)
aTTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAAt > 2:589026/1‑141 (MQ=255)
aTTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAAt < 1:425998/141‑1 (MQ=255)
ttaCAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAatat < 1:485008/141‑1 (MQ=255)
aaTTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTCTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATaaaa < 1:639658/141‑1 (MQ=255)
ttCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAg > 1:660705/1‑141 (MQ=255)
tCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGa < 2:403431/141‑1 (MQ=255)
cAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGAt < 1:218473/141‑1 (MQ=255)
aaCACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATa < 1:360600/141‑1 (MQ=255)
acacTTTATATAAAAACTTTATTACAGTTACTTTTATTGTTAATTGCTTACATT‑AAAAAAAAAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTAAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATAc < 2:210945/141‑1 (MQ=255)
aaaaattATATGACAACTTCATTAAAGGAAATTGTATTGTTGATTACTTACATAATAAAC‑AAAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGAAAAAAAAAAAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATAc < 2:585380/136‑1 (MQ=255)
cacTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACt < 1:349855/141‑1 (MQ=255)
tatGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGt > 2:481070/1‑141 (MQ=255)
tGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGttt > 2:665612/1‑141 (MQ=255)
gACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTtta > 1:162294/1‑141 (MQ=255)
gACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTtta > 2:559148/1‑141 (MQ=255)
aaaaCTTCATTACAGTTAATTTTATTGTTGATTGCTTACATAGTTAAAT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGAAAAAAAAAAAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTttat < 2:380036/139‑1 (MQ=255)
aCAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTttat < 2:129842/141‑1 (MQ=255)
cAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTttatt > 2:279328/1‑141 (MQ=255)
aCTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTAAAAAAAAAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTaa < 2:532600/141‑1 (MQ=255)
cTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAAt < 1:548888/141‑1 (MQ=255)
cTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTCTATTAAt < 1:684833/141‑1 (MQ=255)
ttCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAAtt < 1:46017/141‑1 (MQ=255)
ttCATAACATTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATGCGTTTATTAAtt < 1:46024/141‑1 (MQ=255)
aTTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCt < 1:209655/141‑1 (MQ=255)
aTTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCt < 2:639907/141‑1 (MQ=255)
ttACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCtt < 2:593419/141‑1 (MQ=255)
aCAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGCTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCgttt > 1:397026/1‑141 (MQ=255)
aGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACTTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGc < 1:704892/141‑1 (MQ=255)
aGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGc < 1:380478/141‑1 (MQ=255)
aGTTAATTTTATTGTTGATTGCTTAAATT‑ATTTAAAAAAAAAATTTATGATCATAATTAATAAAAAAAAAAAAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGc < 2:828773/141‑1 (MQ=255)
gTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCa > 2:148639/1‑141 (MQ=255)
ttACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAg < 2:129448/141‑1 (MQ=255)
ttACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGGTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAg < 2:566941/141‑1 (MQ=255)
tACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGt < 2:209514/141‑1 (MQ=255)
tACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGt < 2:94505/141‑1 (MQ=255)
tACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGt < 2:94648/141‑1 (MQ=255)
aCTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAAAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTa < 2:448340/141‑1 (MQ=255)
tATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACtttt < 1:26539/141‑1 (MQ=255)
tATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACtttt < 1:310747/141‑1 (MQ=255)
aTTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTtc > 1:334806/1‑141 (MQ=255)
ttgttgATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTtct > 2:660697/1‑141 (MQ=255)
ttgttgATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTtct > 2:626737/1‑141 (MQ=255)
tgttgATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTtctc < 2:692073/141‑1 (MQ=255)
tgttgATTGCTTACATTGTTTTAT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTAAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTtctc < 2:158058/141‑1 (MQ=255)
ttgATTGCTTACATTGTTTAAT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTAGAATAAAAAAAAAAATTAACTTGGGATATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTcag < 1:479657/141‑1 (MQ=255)
tgATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTcagc > 2:544369/1‑141 (MQ=255)
tgATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTcagc > 1:418895/1‑141 (MQ=255)
tgATTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTcagc < 1:198856/141‑1 (MQ=255)
aTTGCTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTcagcag > 1:757200/1‑141 (MQ=255)
tgtttACATTGTTTTAT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAGAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGAt < 1:841741/138‑1 (MQ=255)
tacTTACATTGTTTT‑TTAAAAAAATTTATTATCTAAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGAt < 1:287748/139‑1 (MQ=255)
cTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGAttt > 2:91868/1‑141 (MQ=255)
cTTACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTCTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTACTCAGCAGAttt > 2:249549/1‑141 (MQ=255)
tACATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGATTTCa > 2:289469/1‑141 (MQ=255)
taTTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGATTTCACt < 1:392670/140‑1 (MQ=255)
cATTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATAATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGATTTCACt < 1:657958/141‑1 (MQ=255)
aTTGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGATTTCACtt < 2:244746/141‑1 (MQ=255)
tGTTTTCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGATTTCACTTAt < 1:437296/141‑1 (MQ=255)
tttCT‑AAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGATTTCACTTATCaa < 2:420497/141‑1 (MQ=255)
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TGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATATGACAACTTCATTACAGTTACTTTTATTGTTGATTGCTTACATTGTTTTCTAAAAAAAATTTGTTATCATAATTAACGTTGAATAAAGAAAAAAATTAACTTGGGAGATAAAAATGGAATATAAAAAGATACTAATTCGTTTATTAATTGCTTTTGCAGTACTTTTCTCAGCAGATTTCACTTATCAA > CP000730/2679317‑2679591
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
