Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A17 F57 I1 R1
|
25 |
173.1 |
3446910 |
97.6% |
3364184 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
622,314 |
C→A |
S959R (AGC→AGA) |
sdrE → |
Ser‑Asp rich fibrinogen/bone sialoprotein‑binding protein SdrE |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 622,314 | 0 | C | A | 97.8%
| 387.0
/ NA
| 137 | S959R (AGC→AGA) | sdrE | Ser‑Asp rich fibrinogen/bone sialoprotein‑binding protein SdrE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/1); new base A (84/49); total (87/50) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 190 total aligned reads displayed.
TAAAGATGCAGATGGTGGCGAAGTTGACGTAACAATTACGGATCATGATGATTTCACACTTGATAACGGATACTTCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGC > CP000730/622170‑622458
|
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tAAAGATGCAGATGGTGGCGAAGTTGACGTAACAATTACGGATCATGATGATTTCACACTTGATAACGGATACTTCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTgactcagacagcgactcagactcagacagagact < 1:443497/149‑1 (MQ=255)
tAAAGATGCAGATGGTGGCGAAGTTGACGTAACAATTACGGATCATGATGATTTCACACTTGATAACGGATACTTCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTgactcagacagcgactcagactcagacagagact < 1:787230/149‑1 (MQ=255)
tAAAGATGCAGATGGTGGCGAAGTTGACGTAACAATGACGGATCATGATGATTTCACACTTGATAACGGATACTTCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTgactcagacagcgactcagactcagacagagact < 1:347770/149‑1 (MQ=255)
aGATGCAGATGGTGGCGAAGTTGACGTAACAATTACGGGTCATGATGCTTTCACCCTTGATAACGGATACTCCGAAGAAGCTCCATCCGACAGCGATTCAGGCACAGATAGTGactcagacagcgcctcagacgccgacagagactcag > 1:981108/1‑149 (MQ=18)
aTGCAGATGGTGGCGAAGTTGACGTAACAATTACGGATCATGATGATTTCACACTTGATAACGGATACTTCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACtcagacagcgactcagactcagacagagactcagac < 1:1012697/149‑1 (MQ=255)
tGCAGATGGTGGCGAAGTTGTCGTAACAATTACGGATCATGAGGATTTCACACATGATAACGGATAGTTCGAAGAAGAGACATCAGACCGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTcagacagcgactcagactcagacagagactcagact < 2:179428/149‑1 (MQ=21)
ggCAGATGGTGGCGAAGTTGACGTAACAATTACGGATCATGATGATTTCACACTTGATAACGGATACTTCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTcagacagcgactcagactcagaccgagactccgact < 2:1009549/148‑1 (MQ=255)
gCAGATGGTGGCGAAGTTGACGTAACAATTACGGATCATGATGATTTCACACTTGATAACGGATACTTCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCagacagcgactcagactcagacagagactcagactc < 1:1577076/149‑1 (MQ=255)
cAGATGGTGGCGAAGTTGACGTAACAATTACGGATCATGATGATTTCACACTTGATAACGGATACTTCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCcgacagggactcagactcagacagagactcagcctcg > 2:1523774/1‑148 (MQ=255)
cAGATGGTGGCGAAGTTGACGTAACAATTACGGATCATGATGATTTCACACTTGATAACGGATACTTCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCagacagcgactcagactcagacagagactcagcctcc > 1:160185/1‑148 (MQ=255)
cAGATGGTGGCGAAGTTGACGTAACAATTACGGATCATGATGATTTCACACTTGATAACGGATACTTCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAgacagcgactcagactcagacagagactcagactca > 2:131897/1‑149 (MQ=255)
aGATGGTGGCGAAGTTGACGTAACAATTACGGATCATGATGATTTCACACTTGATAACGGATACTTCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGacagcgactcagactcagacagagactcagactcag < 2:166823/149‑1 (MQ=255)
gtggCGAAGTTGACGTAACAATTACGGATCATGATGATTTCACACTTGATAACGGGTACTTCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCCGACTCAGACAGt > 2:1106680/1‑149 (MQ=255)
ggCGAAGTTGACGTAACAATTACGGATCATGATGATTTCACACTTGATAACGGATACTTCGAAGGAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCagacagcgactgagactcagacagagactcaggctcgggacgtga > 2:760056/1‑140 (MQ=21)
gCGAAGTTGACGTAACAATTACGGATCATGATGATTTCACACTTGATAACGGATACTTCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTgat < 2:566211/149‑1 (MQ=255)
aaCAATTACGGATCATGATGATTTCACACTTGATAACGGATACTTCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACa < 1:824892/149‑1 (MQ=255)
aaCAATTACGGATCATGATGATTTCACACTTGATAACGGATACTGCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACa < 2:698898/149‑1 (MQ=255)
cAATTACGGATCATGATGATTTCACACTTGATCACGGATACTTCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGGGACTCAGACTCGGACAGTGATTCGGATTCAGACAgg > 1:426448/1‑148 (MQ=255)
aaTTAGTGATCATGATGATTTCACACTGGATAACGGATACTTCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACGGTGAttcagattcagagaacg > 2:378356/1‑144 (MQ=37)
aaTTACGGATCATGATGATTTCACACTTGATAACGGATACTTCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACGGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAgag > 2:121710/1‑147 (MQ=255)
aaTTACGGATCATGATGATTTCACACTTGATAACGGATACTTCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCg > 1:1122925/1‑149 (MQ=255)
atgaCGGATCATGATGATTGCACACTTGAGAACGGATACTTAGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGa < 2:1193306/146‑1 (MQ=25)
aTTACGGATCATGATGATTTCACACTTGATAACGGATACTTCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGa > 1:266596/1‑149 (MQ=255)
tACGGATCATGATGATTTCACACTTGATAACGGATACTTCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACt < 1:549253/149‑1 (MQ=255)
aCGGATCATGATGATTTCACACTTGATAACGGATACTTCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACtc > 1:1391035/1‑149 (MQ=255)
aCGGATCATGATGATTTCACACTTGATAACGGATACTTCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACtc > 1:796519/1‑149 (MQ=255)
cGGATCATGATGATTTCACACTTGATAACGGATACTTCGAAGAAGATACATCAGACAGTGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGAAAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGAGAGCGACtcg > 2:859004/1‑148 (MQ=255)
cGGATCATGATGATTTCACACTTGATAACGGATACTTCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACtca > 1:1702074/1‑149 (MQ=255)
ggATCATGATGTTGTCACACTTGATAACGGATACTTCGAAGAAGATACATCAGACAGCGGATCCGCCTACTGTAGTGATTCAGCCAGCGAGCCAGACTCAGACAGCGCCTCAGGATCAGACAGCGATTCAGATTCAGACAGCGACtcag > 2:438293/1‑149 (MQ=21)
ggATCATGATGATTTCACACTTGATAACGGATACTTCGAAGAAGATACATCAGGCAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTGAGACTCAGACATTGAttcagattcagagcggagctcgg > 2:454480/1‑138 (MQ=37)
ggATCATGATGATTTCACACTTGATAACGGATACTTCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACtcag > 1:1527857/1‑149 (MQ=255)
ggATCATGATGATTTCACACTTGATAACGGATACTTCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGAAAGCGACtcag > 1:528896/1‑149 (MQ=255)
ggATCATGATGATTTCACACTTGATAACGGATACTTCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGAAAGTGATTCGGATTCCGACAGCGACtcag > 1:676775/1‑149 (MQ=255)
gATCATGATGATTTCACACTTGATAACGGATACTTCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACCCACATAGTGACCCCGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGGCAGCGAcacaca > 2:418025/1‑147 (MQ=25)
aTCATGATGATTTCACACTTGATAACGGATACTTCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACtcagat > 1:1559675/1‑149 (MQ=255)
aTCATGATGATTTCACACTTGATAACGGATACTTCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACtcagat > 1:1653353/1‑149 (MQ=255)
ccATGATGATTTCCCACTCGCAAACGGCTATTTCGAAGTAGTTTCAGCTGATCGCGAGTCAGTCTGTGATAGTTACCCAGTCAGCGACTCGGACTCAGACGGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACtcagatt < 2:49674/148‑1 (MQ=12)
tgatgaTTTCACACTTGATAACGGATACTTCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTAAGACCCAGACAGTGATTCAGATTCCGACAGCGGCtcagattcag > 2:1442092/1‑149 (MQ=255)
tgatgaTTTCACACTTGATAACGGATACTTCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACtccgaatcaa > 2:120021/1‑148 (MQ=255)
tgatgaTTTCACACTTGATAACGGATACTTCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACtcagagtcag > 2:519299/1‑149 (MQ=255)
tgatgaGTTCGCACGTGATAACGGGTACTTCGACGAAGATACATCAGACAGCGAGTCAGACTCCGATAGTGTCTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACtcagattcag < 2:129394/149‑1 (MQ=21)
tatCACACTTGATAACGGAGACTTCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCg < 2:890167/147‑1 (MQ=255)
cTTGATAACGGATACTTCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCGGATTCAGACAGGGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAgg > 2:803782/1‑148 (MQ=255)
gATAACGGATACTTCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTc < 1:993656/149‑1 (MQ=255)
cGGATACTTCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACCCAGACTCAGACAGAGACACAGACACAGACAGTGATTCAGACTCAGACCGAGCCACAGAATCCGAGAGAGACTCTGATTCGGAcc > 2:1371356/1‑148 (MQ=25)
ggATACTTCGAAGAAGACACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAg > 1:753429/1‑149 (MQ=255)
gATACTTCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGCCTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACGGCGACTCAGCTTCAGATATAGACTCacgttggtaatgg > 1:339079/1‑137 (MQ=21)
cTTCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCATACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGAGTCCGATTCAAACTGCGACTCACATTCAGATAGCGCATCAGATTCgaagcgcgctt > 2:465018/1‑139 (MQ=25)
tCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGGCAGCGATTCa > 2:918500/1‑149 (MQ=255)
tCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTcc > 1:607127/1‑148 (MQ=255)
tCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCa < 2:1110444/149‑1 (MQ=255)
tCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCa > 2:1488242/1‑149 (MQ=255)
tCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCa > 1:274108/1‑149 (MQ=255)
tCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCa < 2:257909/149‑1 (MQ=255)
cGAAGAAGATACATCAGACGGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGCGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAg < 2:1313085/149‑1 (MQ=255)
cGAAGAAGATACATCAGACAGCAATTCTGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAg > 1:949773/1‑149 (MQ=255)
aagaagATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGAc < 1:193339/149‑1 (MQ=255)
aagaagATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGAc < 1:1222023/149‑1 (MQ=255)
aaacacaccaaacaCAGCGATTCAGACTCAGATAGTGCCTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAAACAGTTATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTc < 2:339079/136‑1 (MQ=18)
aagaTACAGCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACGCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCa < 2:316700/149‑1 (MQ=255)
agaTACATCAGACAGCGATTCAGCCTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACATTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAg < 2:1608376/149‑1 (MQ=255)
acaTACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAg < 2:426237/147‑1 (MQ=255)
gaTACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGa < 2:1163529/149‑1 (MQ=255)
aaTACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGa < 1:1352869/148‑1 (MQ=255)
aCATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAg > 1:1488805/1‑149 (MQ=255)
aCATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAg > 1:1638303/1‑149 (MQ=255)
aTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTGCGACTCAGGTATCg > 1:1720226/1‑149 (MQ=18)
aTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCg > 1:63936/1‑149 (MQ=255)
aTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCg > 2:1538022/1‑149 (MQ=255)
cAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGAGTCGGACAGCTAACCAGACTCAGATAGCGAc > 1:309842/1‑149 (MQ=18)
gCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACtcagat > 1:1176704/1‑149 (MQ=255)
gCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACtcagat > 1:1020413/1‑149 (MQ=255)
aCTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCGGAATCGGACTGCGACTCAGACACAGATAGCGACTCAGAGTCAGATGGc > 2:680655/1‑149 (MQ=17)
gtCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAACGATTCAGACTCAGATAGTGACTCATATTCAGATAGCg < 2:1049452/148‑1 (MQ=255)
cTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACCCAGACTGGGACAGCTATTCAGACTCAGATAGCGAGTCAGATTCAGATAGCg > 2:1462018/1‑149 (MQ=17)
tCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGa > 1:1389037/1‑149 (MQ=255)
aTAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATtcg > 1:602353/1‑148 (MQ=255)
tGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCCGATTCAGATAGCGATtcagacc > 1:1371777/1‑148 (MQ=255)
tGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATtcagagt > 2:226549/1‑147 (MQ=255)
tGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGAATCAGAAAGCGAAtcagaat > 2:1581346/1‑147 (MQ=255)
tGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCCACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGAGTCGGACAGCGATTCAGACTCACATAGCGACTCAGCGTCAGATAGCGAAtcagact > 2:961128/1‑149 (MQ=17)
tGACTCAGACAGCGAATCAGACTCAGACGGAGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATtcagact > 1:1079812/1‑149 (MQ=255)
ctcagacagcgactcagactcagacagagactcagaCTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATtcagactcag < 1:933104/149‑1 (MQ=255)
tcagacagcgactcagactcagacagagactcagacTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACtcagattcag > 1:1321652/1‑76 (MQ=255)
tcagacagcgactcagactcagacagagactcagacTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCATATTCAGATAGCGACGCAGAAGCGGACAGCGAAGCAGACTCAGATAGCCACTCAGATGCAGACAGCGAcacagacacaga > 1:357367/1‑149 (MQ=14)
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cagacagcgactcagactcagacagagactcagactCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGAAtcagactcagac > 1:508188/1‑149 (MQ=255)
agacagcgactcagactcagacagcgactcagactcAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCgactcagactca < 2:546241/73‑1 (MQ=19)
agacagcgactcagactcagacagagactcagactcAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACtcagattca > 1:546241/1‑73 (MQ=255)
cagcgactcagactcagacagagactcagactcagaCAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCg < 1:454480/149‑1 (MQ=255)
cagcgactcagactcagacagagactcagactcagaCAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCGGACCCAGATAGCGATTCAGACCCAGACAGCg > 2:1524910/1‑149 (MQ=14)
gactcagactcagacagagactcagactcagacagTGATTCAGATTCAGACAg > 2:1146165/1‑53 (MQ=255)
agactcagacagagactcagactcagacagTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAAACAGCGACtcagatt < 2:1713008/149‑1 (MQ=255)
ctcagacagagactcagactcagacagTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACtcagattcag > 1:1462049/1‑149 (MQ=255)
cagacagagactcagactcagacagTGATTCAGATGCTGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGAATCGGACAGCGATTCAGACTCAGATGGCGACGCAGAATCAGATAGCGATGCAGACTCAGACGGCGACtcagattccgag > 1:413943/1‑148 (MQ=14)
agacagagactcggactcagacagTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACtcagatgcaggtg > 1:25570/1‑146 (MQ=255)
agacagagactcagactcagacagTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATa < 1:803782/149‑1 (MQ=255)
acagagactcagactcagacagTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGc < 1:1003408/149‑1 (MQ=255)
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TAAAGATGCAGATGGTGGCGAAGTTGACGTAACAATTACGGATCATGATGATTTCACACTTGATAACGGATACTTCGAAGAAGATACATCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGTGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGC > CP000730/622170‑622458
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
