Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A15 F18 I1 R1
|
22 |
189.8 |
4020594 |
92.3% |
3711008 |
148.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
2,621,781 |
A→C |
L297* (TTA→TGA) |
USA300HOU_2485 ← |
MFS family major facilitator transporter, cation symporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 2,621,781 | 0 | A | C | 98.8%
| 583.1
/ ‑5.5
| 172 | L297* (TTA→TGA) | USA300HOU_2485 | MFS family major facilitator transporter, cation symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base C (86/84); total (87/85) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
TACTAAATACTTTCCCCATCAAATGATTTGGCGTTTTTATTTGAATGGCAACTGATCTTGTTAGTCCCTCTATAGATTGTCCAAGTCCCAATAATGTTGCACCTATATATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATAAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCTAGTCCATATACACCAACGCCCTCTTTTAA > CP000730/2621635‑2621926
|
aaaTACTTTCCCCATCAAATGATTTGGCGTTTTTATTTGAATGGCAACTGATCTTGTTAGTCCCTCTATAGATTGTCCAAGTCCCAATAATGTTGCACCTATATATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCaa > 1:1065081/1‑149 (MQ=255)
aaTACTTTCCCCATCAAATGATTTGGCGTTTTTATTTGAATGGCAACTGATCTTGTTAGTCCCTCTATAGATTGTCCAAGCCCCAATAATGTTGCACCTATATATAATATCGCCACACTTGGACACACATTAATAATCGATCAGCCCAt > 1:145951/1‑149 (MQ=255)
tccTTTCCCCATCAAATGATTTGGCGTTTTTATTTGAATGGCAACTGATCTTGTTAGTCCCTCTATAGATTGTCCAAGTCCCAATAACGTTGCACCTATATATACTATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTc < 1:58959/147‑1 (MQ=255)
tACTTTCCCCATCAAATGATCTGGCGTTTTTATTTGAATGGCAACTGATCTTGTTAGTCCCTCTATAGATTGTCCAAGTCCCAATAATGTTGCACCTATATATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTc < 1:1108156/149‑1 (MQ=255)
aCTTTCCCCATCAGATGATTTGGCGTTTTTATTTGAATGGCAACTGATCTTGTTAGTCCCTCTATAGATTGTCCAAGTCCCAATAATGTTGCACCTATATATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTcc < 2:295508/149‑1 (MQ=255)
cTTTCCCCATCAAATGATTTGGCGTTTTTATTTGAATGGCAACTGATCTTGTTAGTCCCTCTATAGATTGTCCAAGTCCCAATAATGTTGCACCTATATATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTccc > 1:1610778/1‑149 (MQ=255)
tCCCCATCAAATGATTTGGCGTTTTTATTTGAATGGCAACTGATCTTGTTAGTCCCTCTATAGATTGTCCAAGTCCCAATAATGTTGCACCTATATATAATATCGCCACACTTGGAAACACCTTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCaa < 1:1491834/149‑1 (MQ=255)
ccccATCAAATGATTTGGCGTTTTTATTTGAATGGCAACTGATCTTGTTAATCCCTCTATAGATTGTCCAAGACCCAATAATGTTGCACCTATATATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAAACGATCAGCCAATTCCCCaaa > 2:1174547/1‑149 (MQ=255)
tCAAATGATTTGGCGTTTTTATTTGAATGGCAACTGATCTTGTTAGTCCCTCTATAGATTGTCCAAGTCCCAATAATGTTGCACCTATATATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTaaa < 2:1187504/149‑1 (MQ=255)
tCAAATGATTTGGCGTTTTTATTTGAATGGCAACTGATCTTGTTAGTCCCTCTATAGATTGTCCAAGTCCCAAGAATGTTGCACCTATATATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCACTTCCCCAAACTaaa < 1:798231/149‑1 (MQ=255)
aaTGATTTGGCGTTTTTATTTGAATGGCAACTGATCTTGTTAGTCCCTCTATAGATTGTCCAAGTCCCAATAATGTTGCACCTATATATAATATCGCCATACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAaca < 1:1370055/149‑1 (MQ=255)
tGATTTGGCGTTTTTATTTGAATGGCAACTGATCTTGTTAGTCCCTCTATAGATTGTCCAAGTCCCAATAATGTTGCACCTATATATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAGTTCCCCAAACTAAAACAcc < 2:883929/149‑1 (MQ=255)
ggCTTTTTTATTTGAAGGGCAACTGATCTTGTTAGTCCCTCTATAGATTGTCCACGTCCCAATAATGTTGCACCTATATATAATCTCGCCACCCCTGGAAACATACTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACt < 2:331453/149‑1 (MQ=255)
gCGTTTTTATTTGAATGGCAACTGGTTTTGTTAGTCCCGCTATAGATTGTCCAAGTCCCAATAATGTTGCACCTATATATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTa < 2:257317/149‑1 (MQ=255)
gCGTTTTGATTTGAATGGCAACTGATCTTGTTAGTCCCTCCATAGATTGTCCAAGTCCCTATAATGTTGCACCTATATATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATCCCCCAAACTAAAACACCAATACTa < 2:1588702/149‑1 (MQ=255)
ttGAATGGCAACTGAGCTTGTTAGTCCCTCTATAGATTGTCCAAGTCCCAACAATATTTCACCTATATATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGa < 2:1204066/149‑1 (MQ=255)
tGAATGGCAACTGATCTTGTTAGTCCCTCTATAGATTGTCCAAGTCCCAATAATGTTGCACCTATATATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGAt > 2:1510496/1‑149 (MQ=255)
ggCAACTGATCTTGTTAGTCCCTCTATAGATTGTCCAAGTCCCAATAATGTTGCACCTATATATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATc > 1:316417/1‑149 (MQ=255)
ttAGTCCCTCTATAGATTGTCCAAGTCCCAATAATGTTGCACCTATATATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGc > 2:683056/1‑149 (MQ=255)
aGTCCCTCTATAGATTGTCCAAGTCCCAATAATGTTGCACCTATATATAATACCGCCACACTTGGAAACACATTAATAAGCGATCAGCCAAGTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCaa < 1:1065004/149‑1 (MQ=255)
ccTCTATAGATTGTCCAAGTCCCAATAATGTTGCACCTATATATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAAccc < 1:412470/149‑1 (MQ=255)
ctctATAGATTGTCCAAGTCCCAATAATGTTGCACCTATATATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCa > 1:286765/1‑149 (MQ=255)
cctATAGATTGTCCAAGTCCCAATAATGTTGCACCTATATATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAACCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCAt < 2:906897/148‑1 (MQ=255)
ctATAGATTGTCCAAGTCCCAATAATGTTGCACCTATATATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCACACTACCACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATa < 1:1562809/149‑1 (MQ=255)
taGATTGTCCAAGTCCCAATAATGTTGCACCTATATATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATc < 1:1048314/149‑1 (MQ=255)
aGATTGTCCAAGTCCCAATAATGTTGCACCTATATATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACTCCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCa < 2:1065081/149‑1 (MQ=255)
aGATTGTCCAAGTCCCAATAATGTTGCACCTATATATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCa < 2:695853/149‑1 (MQ=255)
aGATTGTCCAAGTCCCAATAATGTTGCACCTATATATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCa > 1:1619725/1‑149 (MQ=255)
gagtggcccaGTCCCAACAATGTTCCGAGTAGATATACTCTCGCCACAGTGGGAAGGAGATGGTGGATCGATCAGCCAATGCCCGAAGCTAACACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCaa < 2:1818168/140‑1 (MQ=255)
gATTGTCCAAGTCCCAATAATTTTGCACCTATATATAATATCGCCAGAGTTGTAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTTACAGCAAACTCATAATCaa < 2:560080/149‑1 (MQ=255)
ttGTCCAAGTCCCAATAATGTTGCACCTATATATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATg > 1:1826123/1‑149 (MQ=255)
tCCAAGTCCCAATAATGTTGCACCTATATATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTACCACACCAAGACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACa < 1:1885303/149‑1 (MQ=255)
tCCAAGTCCCAATAATGTTGCACCTATATATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACa < 1:914823/149‑1 (MQ=255)
cccagcgcccAGTAATGTTACACCTATATATAATACCCCCACACTTGGAAACACATTAATAATCTATCAGCCAATTCCCCAAACTACAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACa < 2:206289/142‑1 (MQ=255)
ccAAGTCCCAATAATGTTGCACCTATATATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACAt > 1:1029909/1‑149 (MQ=255)
aaGTCCCAATAATGTTGCACCTATATATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCACACCCATAATCAATGACATta > 1:1952373/1‑149 (MQ=255)
aGTCCCTATAATGTTGCAACTAAATATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATtaa > 2:1355557/1‑149 (MQ=255)
aGTCCCAATAATGTTGCACCTATATATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATtaa > 2:1670595/1‑149 (MQ=255)
aGTCCCAATAATGTTGCACCTATATATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATtaa > 1:804898/1‑149 (MQ=255)
aGTCCCAATAATGTTGCACCTATATATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATtaa < 2:1784115/149‑1 (MQ=255)
gtgccaatcagcttGCATCTATATATAATTCCGCTACACTCGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAACACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATtaat < 2:1549972/137‑1 (MQ=255)
cccAATAATGTTGCACCTATATATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATtaataa < 2:383971/149‑1 (MQ=255)
ccAATAATGTTGCACCTATATATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATaaa > 2:1728261/1‑149 (MQ=255)
cAATAATGTTGCACCTATATATAATATCGCCACCCTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAg > 2:1417243/1‑149 (MQ=255)
ataatGTTGCACCTATCTATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCACTGACATtaataacacc > 2:45416/1‑145 (MQ=255)
ataatGTTGCACATATATATAATAGCGTCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATAAGACAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGTTTAATCGCATTTATGACAGCAAACCCGTAATCAATGTCATTAATaaacag > 2:731860/1‑146 (MQ=255)
taatGTTGCACCTATATATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCAGAATCAATGACATTAATAAAGATg < 1:1486057/149‑1 (MQ=255)
aaatGTTGCACCTATATATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATg < 1:1183143/148‑1 (MQ=255)
aaatGTTCCACCTATATCAACTATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAAGCAATGACATTAATAAAGATg < 2:1911093/148‑1 (MQ=255)
aatGTTGCACCGATCTATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGc < 2:641588/149‑1 (MQ=255)
tGTTGCACCTATATATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCta > 1:2005362/1‑149 (MQ=255)
aCCTATATATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCGAATTCCCCAAGCTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTTTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTa < 2:201544/149‑1 (MQ=255)
cTATATATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTaaa < 2:211911/149‑1 (MQ=255)
atataATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAGGATGCTATACCTAAACatg > 1:489063/1‑149 (MQ=255)
tataATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACatga < 1:1432353/149‑1 (MQ=255)
taataTCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTACAACACCAATACTACATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCCATGACATTAATAAAGATGGTATTCCTAAAAataatg > 1:1793995/1‑149 (MQ=255)
taataTCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGCCAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACatgatg > 1:1530185/1‑149 (MQ=255)
taataTCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAAAACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACatgatg > 1:171460/1‑149 (MQ=255)
tatCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATACAGATACTATACCTAAACATGATGTAg > 2:1263699/1‑149 (MQ=255)
tatCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAg > 1:323725/1‑149 (MQ=255)
tatCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAg > 2:1264321/1‑149 (MQ=255)
atCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGc > 2:984257/1‑149 (MQ=255)
atCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGc > 1:893794/1‑149 (MQ=255)
tCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCGAGGACTAATTCAAGGACCTTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCt > 1:1959540/1‑149 (MQ=255)
tCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAACCATGATGTAGCt > 2:1971792/1‑149 (MQ=255)
tCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGcc > 1:891131/1‑148 (MQ=255)
tCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCt > 2:595823/1‑149 (MQ=255)
cGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGCTTAATCGCTATTCTGACAGCCACATGAGCAGCAATGACCATAACAAAGATGCAATACCTAAACATGATGTAGCTa > 1:454377/1‑149 (MQ=255)
cGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATACTCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTCAACATGATGtcagta > 1:21536/1‑144 (MQ=255)
cGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCTa > 1:175970/1‑149 (MQ=255)
cGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCTa > 2:469610/1‑149 (MQ=255)
cGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATAATGTAGCTa > 1:1394646/1‑149 (MQ=255)
cGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTAGACCGAACCATGATGGAGCTa > 1:1858129/1‑149 (MQ=255)
ccACACTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCTAGt > 2:1460593/1‑149 (MQ=255)
cacaCTTTGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCTAGTc < 1:1331764/149‑1 (MQ=255)
cccTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCTAGTCCa < 2:1024782/147‑1 (MQ=255)
cacTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCTAGTCCa < 2:1219193/149‑1 (MQ=255)
acTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCTAGTCCat > 1:1280598/1‑149 (MQ=255)
cTTGGAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGAAGCTAGTcacaa > 2:1718032/1‑145 (MQ=255)
ggAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCTAGTCCATATac > 2:46313/1‑149 (MQ=255)
gAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCACACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCTAGTCAATCTaca > 2:253258/1‑149 (MQ=255)
gAAACACATTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACAAAATTTAAAGATCAATCGCCTCTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATCAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCTAGTCCATATacc > 2:1162496/1‑148 (MQ=255)
aaaCACATTAATAACCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAACCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCTAGTCCATATacac < 1:565240/149‑1 (MQ=255)
caTTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCTAGTCCATATACACCAACg > 1:601168/1‑149 (MQ=255)
caTTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCTAGGCCATATACACCAACg > 1:663759/1‑149 (MQ=255)
caTTAATAATCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATGAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCTAGTCCATATACACCAACg > 2:1475024/1‑149 (MQ=255)
taataaTCGACCAGCCAATTCCACAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCTAGTCCATATACACCAACGccc < 2:947614/149‑1 (MQ=255)
ataatCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCTAGTCCATATACACCAACGCCctc > 1:586778/1‑149 (MQ=255)
ataatCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCAATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGATAGTCCATATCCACCAACGCCctc > 2:15356/1‑149 (MQ=255)
aaatCGACCAGCCAATTCTCCAAACAAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTACTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCTAGTCCATATACACCAACGCCctct < 1:203016/148‑1 (MQ=255)
atCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTGAACATGATGTAGCTAGTCCATATACACCAACGCCCTCttt < 1:1434451/149‑1 (MQ=255)
atCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCTAGTCCATATACACCAACGCCCTCttt < 1:592378/149‑1 (MQ=255)
atCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCTAGTCCATATACACCAACGCCCTCttt < 1:1884100/149‑1 (MQ=255)
atCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCTAGTCCATATACACCAACGCCCTCttt < 1:965682/149‑1 (MQ=255)
atCGATCAGCCAATTCCACAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCTAGTCCATATACACCAACGCCCTCttt < 1:837381/149‑1 (MQ=255)
tCGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCTAGTCCATATACACCAACGCCCTCtttt > 2:1834652/1‑149 (MQ=255)
cGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCTAGTCCATATACACCAACGCCCTCTTTTa < 2:852289/149‑1 (MQ=255)
cGATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCTAGTCCATATACACCAACGCCCTCTTTTa < 1:1030929/149‑1 (MQ=255)
gATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCTAGTCCATATACACCAACGCCCTCTTTTaa < 2:1232617/149‑1 (MQ=255)
gATCAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCTAGTCCATATACACCAACGCCCTCTTTTaa > 2:565330/1‑149 (MQ=255)
|
TACTAAATACTTTCCCCATCAAATGATTTGGCGTTTTTATTTGAATGGCAACTGATCTTGTTAGTCCCTCTATAGATTGTCCAAGTCCCAATAATGTTGCACCTATATATAATATCGCCACACTTGGAAACACATTAATAATCGATAAGCCAATTCCCCAAACTAAAACACCAATACTAAATTTAAAGATTAATCGCTTTTCTGACAGCAAACCCATAATCAATGACATTAATAAAGATGCTATACCTAAACATGATGTAGCTAGTCCATATACACCAACGCCCTCTTTTAA > CP000730/2621635‑2621926
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
