Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A15 F18 I1 R1
|
22 |
189.8 |
4020594 |
92.3% |
3711008 |
148.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
2,623,244 |
G→A |
intergenic (‑574/+3462) |
USA300HOU_2485 ← / ← sarT |
MFS family major facilitator transporter, cation symporter/staphylococcal accessory regulator T |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 2,623,244 | 0 | G | A | 96.8%
| 547.0
/ NA
| 189 | intergenic (‑574/+3462) | USA300HOU_2485/sarT | MFS family major facilitator transporter, cation symporter/staphylococcal accessory regulator T |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/3); new base A (99/80); total (104/85) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 189 total aligned reads displayed.
AATTATACTACTAAAGATCAAACCTTTTTGCGTGCTTTCTAAACCTGTTTTTGGTAATTCTGCTCGTTTTTTCTCTTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTGGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTTCTCTGGGTTTTCAGGTCCTTTTGGATCTTTTGGTTTCTCTCCACCGAACTCTACAATCT > CP000730/2623099‑2623388
|
caTTATACTACTCAACATCAATCCTTTTTGCGTGCTTTCTAAACCTGTTTTTGGTAATTCTGCTCGTTTTTTCTCTTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGc < 1:1810536/148‑1 (MQ=255)
ttATACTACTAAAGATCAAACCTTTTTGCGTGCTTTCTAAACCTGTTTTTGGTAATTCTGCTCGTTTTTTCTCTTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCa < 1:417643/149‑1 (MQ=255)
tactacTAAAGATCAAACCTTTTTGCGTGCTTTCTAAACCTGTTTTTGGTAATTCTGCTCGTTTTTTCTCTTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCAttt > 1:197249/1‑149 (MQ=255)
tactacTAAAGATCAAACCTTTTTGCGTGCTTTCTAAACCTGTTTTTGGTAATTCTGCTCGTTTTTTCTCTTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCAttt > 1:506834/1‑149 (MQ=255)
tactacTAAAGATCAAACCTTTTTGCGTGCTTTCTAAACCTGTTTTTGGTAATTCTGCTCGTTTTTTCTCTTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCAttt > 1:1619432/1‑149 (MQ=255)
actactAAAGATCAAACCTTTTTGCGTGCTTTCTAAACCTGTTTTTGGTAATTCTGCTCGTTTTTTCTCTTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATTAACTAGGCCATTTg > 1:382706/1‑149 (MQ=255)
actactAAAGATCAAACCTTTTTGCGTGCTTTCTAAACCTGTTTTTGGTAATTCTGCTCGTTTTTTCTCTTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTCGGCCATTTg > 1:647686/1‑149 (MQ=255)
tactaAAGATCAAACCTTTTTGCGTGCTTTCTAAACCTGTTTTTGGTAATTCTGCTCGTTTTTTCTCTTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGt < 1:1204159/149‑1 (MQ=255)
ccTTTTTGCGTGCTTTCTAAACCTGTTTTTGGTAATTCTGCTCGTTTTTTCTCTTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCttt > 1:359222/1‑149 (MQ=255)
cTTTTTGCGTGCTTTCTAAACCTGTTTTTGGTAATTCTGCTCGTTTTTTCTCTTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTc < 1:1663356/149‑1 (MQ=255)
gTGCTTTCTAAACCTGTTTTTGGTAATTCTGCTCGTTTTTTCTCTTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATcc < 2:1994379/149‑1 (MQ=255)
cTTTCTAAACCTGTTTTTGGTAATTCTGCTCGTTTTTTCTCTTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTgg > 1:1049182/1‑149 (MQ=255)
cTTTCTAAACCTGTTTTTGGTAATTCTGCTCGTTTTTTCTCTTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTgg > 1:1554237/1‑149 (MQ=255)
tCTAAACCTGTTTTTGGTAATTCTGCTCGTTTTTTCTCTTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCGTTGATTTAACTCGGCCCTTCGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGAtt > 1:265197/1‑149 (MQ=255)
cTAAACCTGTTTTTGGTAATTCTGCTCGTTTTTTCTCTTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTATGTCTTTCGATAATCCTGGATTg < 1:1486667/149‑1 (MQ=255)
tAAACCTGTTTTTGGTAATTCTGCTCGTTTTTTCTCTTGATTAGGTAAAGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTGTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGt > 1:1178083/1‑149 (MQ=255)
tAAACCTGTTTTTGGTAATTCTGCTCGTTTTTTCTCTTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGt > 2:192923/1‑149 (MQ=255)
tAAACCTGTTTTTGGTAATTCTGCTCGTTTTTTCTCTTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGt < 1:608070/149‑1 (MQ=255)
aagccTGTTTTTGGTAAGTCTTCTCGTTTTTTCTGTTGTTTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTATTATCCATTGAATGAACTACGCCATTTGGTTTTTCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGtt < 1:1297624/146‑1 (MQ=255)
aaaCCTGTTTTTGGTAATTCTGCTCGTTTTTTCTCTTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGtt < 1:14033/149‑1 (MQ=255)
aaaCCTGTTTTTGGTAATTCTGCTCGTTTTTTCTCTTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTACATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGtt < 2:1489849/149‑1 (MQ=255)
aaaCCTGTTTTTGGTAATTCTGCTCGTGTTTTCTCTTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGtt < 1:1001377/149‑1 (MQ=255)
aaCCTGTTTTTGGTAATTCTGCTCGTTTTTTCTCTTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTa > 1:394390/1‑149 (MQ=255)
aaCCTGTTTTTGGTAATTCTGCTCGTTTTTTCTCTTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTa < 2:1454177/149‑1 (MQ=255)
aCCTGTTTTTGGTAATTCTTCTCGTTTTTTCTCTTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAg < 1:1519902/149‑1 (MQ=255)
aCCTGTTTTTGGTAATTCTGCTCGTTTTTTCTCTTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAg < 1:550056/149‑1 (MQ=255)
cTGTTTTTGGTAATTCTGCTCGTTTTTTTTTTTTTTTTGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGACTGACCTAAGCCCTTTGTTTTTGCTCTGTTTTCCGTTATTctttgttttttttgt > 2:1645376/1‑135 (MQ=255)
tGTTTTTGGTAATTCTGCTCGTTTTTTCTTTTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCTATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTTTCTTTCGTTAATCTTGGTTTTTTAggtt > 2:1273127/1‑147 (MQ=255)
ttttGGTAATTCTGCTCGTTTTTTCTCTTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCCTTGAATGAACTGGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTa < 2:916227/149‑1 (MQ=255)
ttGGTAATTCTGCTCGTTTTTTCTCTTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACt < 1:631475/149‑1 (MQ=255)
ggTAATTCTGCTCGTTTTTTCTCTTGATTAGCTACGGATTCGTGTGCAAGTGTGGAGTTTCTAACTTGATCATTTGTAGCCATTGAATGAACTAGGCCTTTTGGTTTTGCTCTGTCTGTCGATAATCCTGTATTGTTAGGATTTACTgg < 2:791928/149‑1 (MQ=255)
tAATTCTGCTCGTTTTTTCTCTTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGc < 1:1869209/149‑1 (MQ=255)
ttCTGCTCGTTTTTTTTCTTTATTTGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGACCTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTCTCTTTCTTTATTCCTGGCTTGTTAGGATTTACTGGGCCAc > 2:524627/1‑149 (MQ=255)
tCTGCTCGTTTTTTCTCTTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACt > 2:1744165/1‑149 (MQ=255)
gCTCGTTTTTTCTCTTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTgg < 2:1314224/149‑1 (MQ=255)
cTCGTTTTTTCTCTTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGa < 1:427124/149‑1 (MQ=255)
tCGTTTTTTCTCTTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGAt > 2:633547/1‑149 (MQ=255)
tttttCTCTTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGt > 1:1825211/1‑149 (MQ=255)
ttCTCTTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTgg < 1:192923/149‑1 (MQ=255)
tttctGGATGAGCTACCGATTCTTTAAAAAGGCAGGATGTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGt < 1:452891/147‑1 (MQ=255)
tctcTTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTGTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTGTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGt < 1:1339449/149‑1 (MQ=255)
ctctTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTc < 1:1230599/149‑1 (MQ=255)
tctTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCt > 2:1675162/1‑149 (MQ=255)
ctcgATTAACTACTGATTCTTGAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTTATTGAACTAAGCCAGTTGGTTATGCTCTGTCTTTCGATAGTTCTGTAGTGTTAGGTTTTACTGGGCCACTAGGTGGAGGTGTTCTg > 2:344053/4‑149 (MQ=255)
ctTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTGTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTATTGTGCCACTTGGATGAGTTtgtgtg > 1:347364/1‑149 (MQ=255)
tGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTCGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCt < 2:1859353/149‑1 (MQ=255)
attgggtattGATTCTTTAGCAATTTGAGATTTTTTTACTTTCTGGTTTTGGTCCATGGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTGTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGAGGAGTTGGTCTGCTCg < 2:702884/140‑1 (MQ=255)
aTTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCg < 2:1584084/149‑1 (MQ=255)
tAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGc < 2:1962494/149‑1 (MQ=255)
aGCTACCGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCt < 2:1178083/149‑1 (MQ=255)
gCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCtt > 1:1420552/1‑149 (MQ=255)
cTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTtc > 1:719369/1‑149 (MQ=255)
tACTGATTCTTTAGCAATTTTCGATTTTTTAAATTTAACATTTTTATCCATTCAATGAACTGGGCTATTTCGGTGTGCTCTTTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTtct < 2:669073/149‑1 (MQ=255)
actCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTTCTCTggg > 1:85585/3‑149 (MQ=255)
aTTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGTGTTTCTggg > 2:490629/1‑149 (MQ=255)
ttCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTTCTCTGGGt > 1:1710495/1‑149 (MQ=255)
ttttAGCAATTTTAGTTTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCAGTTAATGTACTAGTCCATTTTGTTTGGCTCTTTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATGTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTTCTCTGGGttt < 2:216890/148‑1 (MQ=255)
cTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTTCTCTGGGttt < 2:1611058/149‑1 (MQ=255)
gCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTTCTCTGGGTTTTCAgg < 2:425877/149‑1 (MQ=255)
cAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTCTCAACTAAATGAACTGGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTTCTCTGGGTTTTCAggg > 2:830795/1‑148 (MQ=255)
cAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTTCTCTGGGTTTTCAGGt > 1:228191/1‑149 (MQ=255)
cAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCGCTGTCGTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTGTTTGTTCTGCTTGGATGAGTTGGTCTGCCGGGCTTCTCTAGGTTTTCAggg > 1:57296/1‑148 (MQ=255)
tttAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTTCTCTGGGTTTTCAGGTCCtt < 2:359222/149‑1 (MQ=255)
aTTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTTCTCTGGGTTTTCAGGTCCTTTTGGa < 1:701848/149‑1 (MQ=255)
ttttAACTTTATCATTTTTATCAATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGTCCCCTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCGTCTCTGGGTTTTCAGGTCCTTTTGTATCt > 2:1778295/1‑149 (MQ=255)
ttAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCATGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTTCTCTGGGTTTTCAGGTCCTTTTGGGTCttt > 2:948853/1‑149 (MQ=255)
tAACTTTATCATTTTTATCCGTTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTTCTCTGGGTTTTCAGGTCCTTTTGGATCtttt < 2:371734/149‑1 (MQ=255)
aaCTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTTCTCTGGGTTTTCAGGTCCTTTTGGATCTTTTg < 1:1067103/149‑1 (MQ=255)
aCTTTATCATTTTTATCCATTGAATTAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTTCTCTGGGTTTTCAGGTCCTTTTGGATCTTTTgg < 1:683768/149‑1 (MQ=255)
tCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTTCTCTGGGTTTTCAGGTCCTTTTGGATCTTTTGGTTtctc < 1:101522/149‑1 (MQ=255)
tCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTTCTCTGGGTTTTCAGGTCCTTTTGGATCTTTTGGTTtctc > 1:1107965/1‑149 (MQ=255)
tCATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATCGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTTCTCTGGGTTTTCAGGTCCTTTTGGATCTTTTGGTTtctc > 1:1779648/1‑149 (MQ=255)
acagttttATCCATTGAATGAACTAGGCCACTTGGTTTTGCGCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACGGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTTCTCTGGGTTTTCAGGTCCTTTTGGATCTTTTGGTTtctc < 1:844403/145‑1 (MQ=255)
cATTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTTCTCTGGGTTTTCAGGTCCTTTTGGATCTTTTGGTTtctct < 1:1891835/149‑1 (MQ=255)
aTTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTTCTCTGGGTTTTCAGGTCCTTTTGGATCTTTTGGTTtctctc > 2:699187/1‑149 (MQ=255)
aTTTTTATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTTCTCTGGGTTTTCAGGTCCTTTTGGATCTTTTGGTTtctctc > 1:600718/1‑149 (MQ=255)
ttATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTTCTCTGGGTTTTCAGGTCCTTTTGGATCTTTTGGTTTCTCTCCAcc > 1:661012/1‑149 (MQ=255)
ttATCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTTCTCTGGGTTTTCAGGTCCTTTTGGATCTTTTGGTTTCTCTCCAcc > 2:1234164/1‑149 (MQ=255)
ttCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTTCTCTGGGTTTTCAGGTCCTTTTGGATCTTTTGGTTTCTCTCCACCGa < 2:1349958/148‑1 (MQ=255)
tCCATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTAATGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTTCTCTGGGTTTTCAGGTCCTTTTGGATCTTTCGGTTTCTCTCCACTGac > 2:1339157/1‑148 (MQ=255)
catgttatgaaCTTGGCCCTTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCGTGGATTTTAAGGGTTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTTCTCGGCTTCTCTGGGTTTTCAGGTCCTTTTGGATCTTTTGGTTTCTCTCCACCGAAct < 2:1161657/143‑1 (MQ=255)
cATTGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTCCTCTGGGTTTTCAGGTCCTTTTTGACCTTTTGGTTTCTCTCCACCGAAct < 1:1113713/149‑1 (MQ=255)
cATTGAATGAACTAGGCCATCTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTTCTCTGGGTTTTCAGGTCCTTTTGGATCTTTTGGTTTCTCTCCACCGAAct < 2:312452/149‑1 (MQ=255)
ttGAATGAACTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGCTTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTTCTCTGGGTTTTCAGGTCCTTTTGGATCTTTTGGTTTCTCTCCACCGAActct > 1:1312220/1‑149 (MQ=255)
ttGAATGAACTAGAACATTTGGTTTTGATGTGTCTATGGGTAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTTCTCTGGGTTTTCAGGTCCTTTTGGATCTTTTGGTTTCTCTCCACCGAActct > 1:1471981/1‑149 (MQ=255)
tgaatgaaCTCAGCCATTTGGGTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGAATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTTCTCTGGGTTTTCAGGTCCTTTTGGATCTTTTGCTTTCTCTCCTCCTAActttt < 2:239273/149‑4 (MQ=255)
tgaatgaaCTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTTCTCTGGGTTTTCAGGTCCTTTTGGATCTTTTGGTTTCTCTCCACCGAACTCTa < 1:1939559/149‑1 (MQ=255)
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tgaaggaaCTGGGCCATGTGGTTTTGCTCTGTCGTGCGAGAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTTCTCTGGGTTTTCAGGTCCTTTTGGATCTTTTGGTTTCTCTCCACCGAACTCTa < 1:758593/149‑1 (MQ=255)
aatgaaCTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTTCTCTGGGTTTTCAGGTCCTTTTGGATCTTTTGGTTTCTCTCCACCGAACTCTACa > 2:1001768/1‑149 (MQ=255)
aatgaaCTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTTCTCTGGGTTTTCAGGTCCTTTTGGATCTTTTGGTTTCTCTCCACCGAACTCTACa > 2:1017794/1‑149 (MQ=255)
aatgaaCTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTTCTCTGGGTTTTCAGGTCCTAATGGATCTGTTGGTTTCTCTCCACCGAACCCTCCa > 2:104590/1‑149 (MQ=255)
aatgaaCTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGGCTTTCGATAATCCTGGATCGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCCTCTCTGGGTTATCAGGTCCTGTTGGATCTTTTGGTTTCTCTCCACCGAACTCTACa > 2:1689767/1‑149 (MQ=255)
atgaaCTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTTCTCTGGGTTTTCAGGTCCTTTTGGATCTTTTGGTTTCTCTCCACCGAACTCTACaa > 1:325650/1‑149 (MQ=255)
tgaaCTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTTCTCTGGGTTTTCAGGTCCTTTTGGATCTTTTGGTTTCTCTCCACCGAACTCTACAAt < 2:647686/149‑1 (MQ=255)
tgaaCTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGACACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTTCTCTGGGTTTTCAGGTCCTTTTGGATCTTTTGGTTTCTCTCCACCGAACTCTACAAt < 1:1921528/149‑1 (MQ=255)
aaCTAGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTTCTCTGGGTTTTCAGGTCCTTTTGGATCTTTTGGTTTCTCTCCACCGAACTCTACCATCt > 1:831375/1‑149 (MQ=255)
|
AATTATACTACTAAAGATCAAACCTTTTTGCGTGCTTTCTAAACCTGTTTTTGGTAATTCTGCTCGTTTTTTCTCTTGATTAGCTACTGATTCTTTAGCAATTTTAGATTTTTTAACTTTATCATTTTTATCCATTGAATGAACTGGGCCATTTGGTTTTGCTCTGTCTTTCGATAATCCTGGATTGTTAGGATTTACTGGGCCACTTGGATGAGTTGGTCTGCTCGGCTTCTCTGGGTTTTCAGGTCCTTTTGGATCTTTTGGTTTCTCTCCACCGAACTCTACAATCT > CP000730/2623099‑2623388
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
