Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A23 F171 I0 R2
|
49 |
45.2 |
1012374 |
92.5% |
936445 |
139.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP000730 |
119,853 |
C→A |
38.7% |
G254W (GGG→TGG) |
yjbB ← |
possible PnaS family phosphate:sodium (Na+) symporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP000730 | 119,853 | 0 | C | A | 38.7%
| 56.3
/ 54.1
| 54 | G254W (GGG→TGG) | yjbB | possible PnaS family phosphate:sodium (Na+) symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/16); new base A (13/8); total (30/24) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.77e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.25e-01 |
TTGAATCAAAGTATTTGTTATGTTGAAGATACCATGTGATACTGCAATCGTCATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCGTGGTACCAATGTTATCGCCTAGTAACACAGGGATTGCTGCG > CP000730/119716‑119977
|
ttGAATCAAAGTATTTGTTATGTTGAAGATACCATGTGATACTGCAATCGTCATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACGAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGac < 1:385415/141‑2 (MQ=255)
tGAATCAAAGTATTTGTTATGTTGAAGATACCATGTGATACTGCAATCGTCATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCAGAtt > 1:10340/1‑141 (MQ=255)
cAAAGTATTTGTTATGTTGAAGATACCATGTGATACTGCAATCGTCATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGtt < 2:442099/141‑1 (MQ=255)
aaGTATTTGTTATGTTGAAGATACCATGTGATACTGCAATCGTCATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTaa < 1:327440/141‑1 (MQ=255)
tttGTTATGTTGAAGATACCATGTGATACTGCAATCGTCATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCAGATTAAGTTAAAGATg < 2:5447/141‑1 (MQ=255)
ttGTTATGTTGAAGATACCATGTGATACTGCAATCGTCATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCCAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCAGATTAAGTTAAAGATGa > 1:490225/1‑141 (MQ=255)
ttATGTTGAAGATACCATGTGATACTGCAATCGTCATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACgt > 2:324873/1‑141 (MQ=255)
tGTTGAAGATACCATGTGATACTGCAATCGTCATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTa > 2:319988/1‑141 (MQ=255)
tGAAGATACCATGTGATCCTGCAATCGTCATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAACCCCAACTGGCAATAAAATTGTGAAGATAATTACTCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACaa < 2:364758/141‑1 (MQ=255)
aGATAACATGTGATACTGCAATAGTCATCGATGGTAGTAAGTGACATAAATCTTGTAAGAAAATAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACACAGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAgcg > 2:269318/1‑141 (MQ=255)
tACCATGTGATACTGCAATCGTCATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGcgccg < 1:378500/141‑1 (MQ=255)
tgATACTGCAATCGTCATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCAGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGttt < 2:489428/141‑1 (MQ=255)
gATACTGCAATCGTCATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGtttt < 2:70386/141‑1 (MQ=255)
tACTGNAATCGTCATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGc < 1:200958/141‑1 (MQ=255)
cTGCAATCGTCATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAg > 1:464985/1‑141 (MQ=255)
aattgTCATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCGAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGAt < 2:117699/137‑1 (MQ=255)
aTCGTCATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCAGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGAtt > 2:190894/1‑141 (MQ=255)
gTCATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCAGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAg < 2:406297/141‑1 (MQ=255)
cATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGcc > 1:228800/1‑141 (MQ=255)
cATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCAGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGcc > 1:103509/1‑141 (MQ=255)
aTCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCAGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCg < 1:42297/141‑1 (MQ=255)
tCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCgg > 2:67102/1‑141 (MQ=255)
gTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAAc < 1:339427/141‑1 (MQ=255)
ttAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAg > 1:176467/1‑141 (MQ=255)
ttAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAg < 1:67102/141‑1 (MQ=255)
ttAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCAGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAg > 2:97459/1‑141 (MQ=255)
aGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTa > 1:99241/1‑141 (MQ=255)
gCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCAGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGa > 1:123031/1‑141 (MQ=255)
cATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCAGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATa > 2:46871/1‑141 (MQ=255)
tAAATCTTGTAACAAACTCATCAAATGACGCACCACTGGCAAGAAAATGGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGGTGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGc < 1:359201/141‑1 (MQ=255)
aaTCTTGTAACAGACTAATCAAATGACTCACAACGGGCAAGAAAATTGTGACGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTg > 2:8466/1‑141 (MQ=255)
tCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTa > 1:377839/1‑141 (MQ=255)
cTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCAGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTaa < 1:495890/141‑1 (MQ=255)
gTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCg > 1:462740/1‑141 (MQ=255)
gTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCAGATTAAGTTAAAGCTGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCg > 1:253100/1‑141 (MQ=255)
tAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCAGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCGt < 1:97459/141‑1 (MQ=255)
tAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCAGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCGTGGTACCaa < 1:203222/141‑1 (MQ=255)
aaTCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCGTGGTACCAAt < 2:328533/141‑1 (MQ=255)
aTCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAAGAGTGAAGATAATTACCCAGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCTTGGTACCAAtt > 2:234564/1‑140 (MQ=255)
tCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCGTGGTACCAATGt < 2:315786/141‑1 (MQ=255)
aaaTGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCGTGGTACCAATGTTa < 1:392571/141‑1 (MQ=255)
aaaTGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCAGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCGTGGTACCAATGTTa > 2:389311/1‑141 (MQ=255)
aaaTGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCAGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCGTGGTACCAATGTTa > 2:294258/1‑141 (MQ=255)
aTCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCGTGGTACCAATGTTATCGCCt > 2:455273/1‑141 (MQ=255)
gCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCGTGGTACCAATGTTATCGCCTAGTAACACAg > 2:460810/1‑141 (MQ=255)
gCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCGTGGTACCAATGTTATCGCCTAGTAACACAg > 2:13999/1‑141 (MQ=255)
cAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCAGATTAACTTAAAGATGACGTGTACAATCGCCGCACGGTTTGCAGCGATTGAGCCGGCCAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCGTGGTACCAATGTTACTAGATAGTAACACAgg > 2:390785/1‑141 (MQ=255)
aaTGGTGAAGATAATTACCCCTATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACTTTTTGCAGCAATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAACTGTAATCGTGGTACCAATGTTATCGCCTAGTAACACAGGGATtgc < 2:378151/141‑1 (MQ=255)
aTTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCGTGGTACCAATGTTATCGCCTAGTAACACAGGGATtgct < 2:464985/141‑1 (MQ=255)
aTTGTGAAGATAATTACCCAGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCGTGGTACCAATGTTATCGCCTAGTAACACAGGGATtgct < 2:437801/141‑1 (MQ=255)
ttGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCGTGGTACCAATGTTATCGCCTAGTAACACAGGGATtgctg > 2:442406/1‑141 (MQ=255)
gtgAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGTCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCGTGGTACCAATGTTATCGCCTAGTAACACAGGGATTGCTGCg > 1:416662/1‑141 (MQ=255)
gtgAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCGTGGTACCAATGTTATCGCCTAGTAACACAGGGATTGCTGCg > 2:470828/1‑141 (MQ=255)
gtgAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGACGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCGTGGTACCAATGTTATCGCCTAGTAACACAGGGATTGCTGCg > 1:416685/1‑141 (MQ=255)
|
TTGAATCAAAGTATTTGTTATGTTGAAGATACCATGTGATACTGCAATCGTCATCGCTGGTTTTAAGTGCCATAAATCTTGTAACAAACTAATCAAATGAATCACAACTGGCAAGAAAATTGTGAAGATAATTACCCCGATTAAGTTAAAGATGACGTGTACAAGCGCCGCACGTTTTGCAGCGATTGAGCCGGCTAAACTAGCTAAGATAGCTGTAATCGTGGTACCAATGTTATCGCCTAGTAACACAGGGATTGCTGCG > CP000730/119716‑119977
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
