Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A89 F1 I1 R1
|
15 |
55.0 |
3646496 |
95.5% |
3482403 |
75.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
REL606 |
3,928,436 |
G→A |
A74T (GCC→ACC) |
rho → |
transcription termination factor Rho |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | REL606 | 3,928,436 | 0 | G | A | 98.3%
| 223.8
/ NA
| 58 | A74T (GCC→ACC) | rho | transcription termination factor Rho |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (29/28); total (29/29) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCA > REL606/3928363‑3928505
|
cTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCAcc > 2:929945/1‑76 (MQ=255)
ttGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCgg > 1:1100384/1‑76 (MQ=255)
ggTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTc < 1:265196/76‑1 (MQ=255)
ggTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTc > 2:1163006/1‑76 (MQ=255)
gTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTGCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTcc < 2:1654343/76‑1 (MQ=255)
gTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTcc > 2:207344/1‑76 (MQ=255)
tGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCt > 2:671125/1‑76 (MQ=255)
tGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCt < 2:882500/76‑1 (MQ=255)
gATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCtg < 1:563471/76‑1 (MQ=255)
tGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCtgat < 2:1296908/76‑1 (MQ=255)
ggCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCtgatg < 1:458180/76‑1 (MQ=255)
ggCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCtgatg < 1:481193/76‑1 (MQ=255)
gCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCtgatga < 1:1153445/76‑1 (MQ=255)
tACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACAt > 1:1417735/1‑76 (MQ=255)
cTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCt > 2:640805/1‑76 (MQ=255)
tGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTa < 2:1479316/76‑1 (MQ=255)
ggAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTAc > 1:247526/1‑76 (MQ=255)
gagaTATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACg > 1:1658689/1‑76 (MQ=255)
atatTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGttt > 2:1114778/1‑76 (MQ=255)
ttGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTccc < 1:118781/76‑1 (MQ=255)
gCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCtt < 2:402206/76‑1 (MQ=255)
cAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTa > 2:1667127/1‑76 (MQ=255)
aGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAg < 2:1105400/76‑1 (MQ=255)
ggatggatTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGc < 1:337649/76‑1 (MQ=255)
atggatTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTATCCa > 1:1396857/1‑76 (MQ=255)
atggatTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCa < 1:1109890/76‑1 (MQ=255)
tggatTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCaa > 1:703744/1‑76 (MQ=255)
tggatTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCaa < 1:897803/76‑1 (MQ=255)
tggatTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCaa > 1:1494229/1‑76 (MQ=255)
ggatTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCaaa < 1:671263/76‑1 (MQ=255)
gatTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAAt > 2:1735352/1‑76 (MQ=255)
atTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATc < 1:851159/76‑1 (MQ=255)
atTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATc > 1:1329881/1‑76 (MQ=255)
ttGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATccg > 1:511733/1‑76 (MQ=255)
ttGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATccg < 2:1747538/76‑1 (MQ=255)
tGGTGTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATccgc < 2:1813146/76‑1 (MQ=255)
ggTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATccgcc > 1:1636853/1‑76 (MQ=255)
ggTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATccgcc > 1:155265/1‑76 (MQ=255)
tttCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATCCGCCGt > 1:690342/1‑76 (MQ=255)
ctccGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATCCGCCGTTTCa < 2:184904/76‑1 (MQ=255)
ccGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATCCGCCGTTTCAAc > 2:1149576/1‑76 (MQ=255)
ccGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATCCGCCGTTTCAAc > 2:1582125/1‑76 (MQ=255)
cGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATCCGCCGTTTCAAcc > 1:1790717/1‑76 (MQ=255)
gTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCt > 1:958304/1‑76 (MQ=255)
gTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCt < 1:1755720/76‑1 (MQ=255)
gTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCt > 1:1736064/1‑76 (MQ=255)
ttCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTc > 2:1548782/1‑76 (MQ=255)
ttCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTc > 2:994009/1‑76 (MQ=255)
tCCGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTcc > 2:1151924/1‑76 (MQ=255)
cGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGc < 2:1028647/76‑1 (MQ=255)
cGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGc < 1:423226/76‑1 (MQ=255)
cGCAGACAGCTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGc > 2:736243/1‑76 (MQ=255)
cTCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGAt < 2:259291/76‑1 (MQ=255)
tCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATa < 2:1100384/76‑1 (MQ=255)
tCCTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATa < 2:789009/76‑1 (MQ=255)
ccTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATAc < 1:526068/76‑1 (MQ=255)
cTACCTCTCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTGCCTTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATAcc < 2:372886/76‑1 (MQ=255)
cTACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATAcc < 2:1728331/76‑1 (MQ=255)
tACCTCACCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCa < 1:1295493/76‑1 (MQ=255)
|
CTTTGGTGATGGCGTACTGGAGATATTGCAGGATGGATTTGGTTTCCTCCGTTCCGCAGACAGCTCCTACCTCGCCGGTCCTGATGACATCTACGTTTCCCTTAGCCAAATCCGCCGTTTCAACCTCCGCACTGGTGATACCA > REL606/3928363‑3928505
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
