Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A51 F1 I1 R1
|
20 |
58.0 |
3778966 |
96.2% |
3635365 |
75.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
REL606 |
2,818,071 |
C→A |
A305D (GCT→GAT) |
sdaC → |
predicted serine transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | REL606 | 2,818,071 | 0 | C | A | 96.9%
| 234.1
/ 2.2
| 65 | A305D (GCT→GAT) | sdaC | predicted serine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base A (30/33); total (31/34) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.27e-01 |
GCTAAAGAGCAGAACATCTCGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGCTCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTGGGCGCACGTGAAGGCTTCAA > REL606/2817998‑2818143
|
gCTAAAGAGCAGAACATCTCGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATc < 2:1830683/76‑1 (MQ=255)
cTAAAGAGCAGAACATCTCGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATcc < 2:767304/76‑1 (MQ=255)
cTAAAGAGCAGAACATCTCGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATcc < 1:188068/76‑1 (MQ=255)
aaaGAGCAGAACATCTCGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCcga > 2:341775/1‑76 (MQ=255)
aaGAGCAGAACATCTCGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCcgat > 1:259849/1‑76 (MQ=255)
aaGAGCAGAACATCTCGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCcgat > 2:1677876/1‑76 (MQ=255)
agCAGAACATCTCGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCcgattat < 2:261693/76‑1 (MQ=255)
cAGAACATCTCGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCcgattatcg > 1:452104/1‑76 (MQ=255)
cAGAACATCTCGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCcgattatcg > 2:269135/1‑76 (MQ=255)
cAGAACATCTCGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCcgattatcg > 2:1240714/1‑76 (MQ=255)
aGAACATCTCGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCcgattatcgc < 1:1087639/76‑1 (MQ=255)
gAACATCTCGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCcgattatcgcg < 1:404992/76‑1 (MQ=255)
cATCTCGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCcgattatcgcgatt < 1:1491929/76‑1 (MQ=255)
tctcGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCcgattatcgcgattat < 1:1577105/76‑1 (MQ=255)
tctcGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCcgattatcgcgattat < 2:1153386/76‑1 (MQ=255)
tctcGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCcgattatcgcgattat < 1:1186816/76‑1 (MQ=255)
ctcGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCcgattatcgcgattatc < 1:636681/76‑1 (MQ=255)
tcGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCcgattatcgcgattatcg > 1:691122/1‑76 (MQ=255)
cGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCCgattatcgcgattatcgc > 1:240022/1‑76 (MQ=255)
cGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCAgattatcgcgattatcgc > 1:1880835/1‑76 (MQ=255)
gATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCt < 1:1389659/76‑1 (MQ=255)
gATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCt < 2:744011/76‑1 (MQ=255)
aTTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTa < 2:1018009/76‑1 (MQ=255)
ttCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTAt < 2:1208032/76‑1 (MQ=255)
tCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGCTCCGATTATCGCGATTATCGCTATc > 2:1775788/1‑76 (MQ=255)
tCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATc < 2:1294908/76‑1 (MQ=255)
cTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCa < 2:1489397/76‑1 (MQ=255)
gTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCAcc > 2:1654710/1‑76 (MQ=255)
ttACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCaaa > 2:19874/1‑76 (MQ=255)
ttACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCaaa > 2:981903/1‑76 (MQ=255)
ttACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCaaa > 1:607171/1‑76 (MQ=255)
tACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAAt > 1:1746240/1‑76 (MQ=255)
tACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAAt < 1:1641180/76‑1 (MQ=255)
cTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAAtcct < 2:951424/76‑1 (MQ=255)
tGGCTAACCGCGTTGGCGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCGGATTATCGCGATGATCGCTATCACCAAGtcctt < 2:1817824/76‑1 (MQ=255)
ggCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAAtccttc > 2:946146/1‑76 (MQ=255)
tAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTc < 2:364696/76‑1 (MQ=255)
tAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTc > 2:1553353/1‑76 (MQ=255)
tAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTc > 2:451774/1‑76 (MQ=255)
cACTTTAACGCACCGGTTATCTCGTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTc > 1:3363/1‑76 (MQ=255)
cACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTc > 1:1160501/1‑76 (MQ=255)
cTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCAc > 1:1305644/1‑76 (MQ=255)
tttAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACt < 2:1553672/76‑1 (MQ=255)
tAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTAc > 1:776709/1‑76 (MQ=255)
aCGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCt < 1:1125510/76‑1 (MQ=255)
cGCACCGGTTATCGCGTGGATGGCTCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTg < 1:1021891/76‑1 (MQ=255)
cGCACCGGTTATCGCGTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACAAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTg > 1:802509/1‑76 (MQ=255)
cGGTTATCGCGTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTGGgcgc < 2:407658/76‑1 (MQ=255)
ggTTATCGCGTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTGGGCGCa > 1:1096060/1‑76 (MQ=255)
ggTTATCGCGTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTGGGCGCa > 1:1329279/1‑76 (MQ=255)
gTTATCGCGTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTGGGCGCAc > 2:183802/1‑76 (MQ=255)
gTTATCGCGTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTGGGCGCAc < 1:168430/76‑1 (MQ=255)
tATCGCGTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGCCACTACCTGGGCGCACGt > 1:650175/1‑76 (MQ=255)
naTCGCGTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTGGGCGCACGt > 1:1290385/2‑76 (MQ=255)
cgcgTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTGGGCGCACGTGaa < 1:252573/76‑1 (MQ=255)
gcgTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTGGGCGCACGTGAAg < 2:937468/76‑1 (MQ=255)
gcgTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTGGGCGCACGTGAAg < 1:533295/76‑1 (MQ=255)
cgTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTGGGCGCACGTGAAgg < 1:353591/76‑1 (MQ=255)
cgTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTGGGCGCACGTGAAgg > 1:1117644/1‑76 (MQ=255)
gTGGATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTGGGCGCACGTGAAGGc > 2:875420/1‑76 (MQ=255)
tggatggaTCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTGGGCGCACGTGAAGGCt > 2:1175052/1‑76 (MQ=255)
gATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTGGGCGCACGTGAAGGCTTc < 2:747575/76‑1 (MQ=255)
gATGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTGGGCGCACGTGAAGGCTTc < 1:62735/76‑1 (MQ=255)
aTGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTGGGCGCACGTGAAGGCTTCa < 2:998069/76‑1 (MQ=255)
tGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTGGGCGCACGTGAAGGCTTCaa > 2:1859674/1‑76 (MQ=255)
tGGATCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTGGGCGCACGTGAAGGCTTCaa < 2:1346122/76‑1 (MQ=255)
|
GCTAAAGAGCAGAACATCTCGATTCTGTCTTACCTGGCTAACCACTTTAACGCACCGGTTATCGCGTGGATGGCTCCGATTATCGCGATTATCGCTATCACCAAATCCTTCCTCGGTCACTACCTGGGCGCACGTGAAGGCTTCAA > REL606/2817998‑2818143
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
