Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A51 F1 I1 R1
|
20 |
58.0 |
3778966 |
96.2% |
3635365 |
75.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
REL606 |
3,600,510 |
G→A |
G476E (GGA→GAA) |
treF → |
cytoplasmic trehalase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | REL606 | 3,600,510 | 0 | G | A | 100.0%
| 219.4
/ NA
| 57 | G476E (GGA→GAA) | treF | cytoplasmic trehalase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (35/22); total (35/22) |
GAGTACGAAACCGGTGAACAGTGGGATAAACCCAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGGATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAGCTGGCTGAAAACGGTGAATCAGT > REL606/3600440‑3600581
|
gAGTACGAAACCGGTGAACAGTGGGATAAACCCAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTa < 2:1446432/76‑1 (MQ=255)
aGTACGAAACCGGTGAACAGTGGGATAAACCCAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTaa > 1:465226/1‑76 (MQ=255)
aCGAAACCGGTGAACAGTGGGATAAACCCAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAAt < 1:1558499/76‑1 (MQ=255)
aaaCCGGTGAACAGTGGGATAAACCCAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTa > 2:1453234/1‑76 (MQ=255)
aaaCCGGTGAACAGTGGGATAAACCCAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTa > 1:344412/1‑76 (MQ=255)
cGGTGAACAGTGGGATAAACCCAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGc > 2:675407/1‑76 (MQ=255)
ggTGAACAGTGGGATAAACCCAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCg > 2:1551762/1‑76 (MQ=255)
gTGAACAGTGGGATAAACCCAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGa > 1:1114261/1‑76 (MQ=255)
tGAACAGTGGGATAAACCCAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGAt < 1:1802969/76‑1 (MQ=255)
tGAACAGTGGGATAAACCCAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGAt > 2:636200/1‑76 (MQ=255)
tGAACAGTGGGATAAACCCAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGAt > 2:1650340/1‑76 (MQ=255)
cAGTGGGATAAACCCAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGAcc > 2:1278744/1‑76 (MQ=255)
tGGGATAAACCCAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTc < 2:968746/76‑1 (MQ=255)
tGGGATAAACCCAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTc > 2:1554009/1‑76 (MQ=255)
aTAAACCCAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTggg > 1:1808276/1‑76 (MQ=255)
aTAAACCCAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTggg > 2:1562202/1‑76 (MQ=255)
aaaCCCAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGtg > 1:1554222/1‑76 (MQ=255)
aaaCCCAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGtg > 1:1836429/1‑76 (MQ=255)
aaaCCCAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGtg > 1:1217116/1‑76 (MQ=255)
aCCCAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGtgat > 1:1309484/1‑76 (MQ=255)
cccAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGtgatg < 2:770140/76‑1 (MQ=255)
cccAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGtgatg > 1:101061/1‑76 (MQ=255)
ccAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGtgatga < 2:917885/76‑1 (MQ=255)
cAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGaa < 2:997116/76‑1 (MQ=255)
aTGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAAt > 2:1783448/1‑76 (MQ=255)
tGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGCCCTTCTGGGTGATGAAATc < 1:496534/76‑1 (MQ=255)
tGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATc > 2:114270/1‑76 (MQ=255)
ggCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATcg > 2:317690/1‑76 (MQ=255)
tGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATcgcgc > 1:1336821/1‑76 (MQ=255)
tGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATcgcgc > 1:537010/1‑76 (MQ=255)
gggCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATcgcgcg > 2:1510900/1‑76 (MQ=255)
ggCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCgcgcgc < 1:143255/76‑1 (MQ=255)
ggCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCgcgcgc < 2:1443346/76‑1 (MQ=255)
ccGTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAgct < 1:1318265/76‑1 (MQ=255)
gTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAgctgg < 2:1625828/76‑1 (MQ=255)
gTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAgctgg < 2:603368/76‑1 (MQ=255)
gTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAgctgg < 2:490833/76‑1 (MQ=255)
gTTACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAgctgg < 2:37742/76‑1 (MQ=255)
ttACAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAgctggc > 2:1618173/1‑76 (MQ=255)
cAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAGCTGGCTGa > 2:650130/1‑76 (MQ=255)
cAATGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAGCTGGCTGa > 2:1605843/1‑76 (MQ=255)
aaTGGATGGCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAGCTGGCTGaa > 1:359695/1‑76 (MQ=255)
atggatggCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAGCTGGCTGaaa < 2:364584/76‑1 (MQ=255)
tggatggCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAGCTGGCTGaaaa < 2:722890/76‑1 (MQ=255)
gatggCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAGCTGGCTGAAAACg < 1:675407/76‑1 (MQ=255)
tggCAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAGCTGGCTGAAAACGGt > 2:1284450/1‑76 (MQ=255)
cAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAGCTGGCTGAAAACGGTGaa > 2:609590/1‑76 (MQ=255)
cAATTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAGCTGGCTGAAAACGGTGaa > 1:429701/1‑76 (MQ=255)
aaTTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAGCTGGCTGAAAACGGTGAAt > 2:1184638/1‑76 (MQ=255)
aTTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAGCTGGCTGAAAACGGTGAATc < 2:610118/76‑1 (MQ=255)
aTTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAGCTGGCTGAAAACGGTGAATc < 2:1574859/76‑1 (MQ=255)
aTTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAGCTGGCTGAAAACGGTGAATc < 2:1536175/76‑1 (MQ=255)
aTTCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGCGATGAAATCGCGCGCAGCTGGCTGAAAACGGTGAATc > 2:1561169/1‑76 (MQ=255)
ttCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAGCTGGCTGAAAACGGTGAATCa > 1:806849/1‑76 (MQ=255)
tCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAGGTGGCTGAAAACGGTGAATCAg < 1:1713329/76‑1 (MQ=255)
tCAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAGCTGGCTGAAAACGGTGAATCAg > 2:806823/1‑76 (MQ=255)
cAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAGCTGGCTGAAAACGGTGAATCAGt > 1:1125829/1‑76 (MQ=255)
cAGGAATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAGCTGGCTGAAAACGGTGAATCAGt > 2:1153831/1‑76 (MQ=255)
|
GAGTACGAAACCGGTGAACAGTGGGATAAACCCAATGGCTGGGCACCGTTACAATGGATGGCAATTCAGGGATTTAAAATGTATGGCGATGACCTTCTGGGTGATGAAATCGCGCGCAGCTGGCTGAAAACGGTGAATCAGT > REL606/3600440‑3600581
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
