Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A78 F1 I1 R1
|
16 |
49.7 |
3184232 |
95.8% |
3050494 |
76.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| JC |
REL606 |
3,612,965 |
Δ4 bp |
intergenic (‑26/+154) |
dctA ← / ← yhjK |
C4‑dicarboxylate transport protein/predicted diguanylate cyclase |
|
| |
seq id |
position |
reads (cov) |
reads (cov) |
score |
skew |
freq |
annotation |
gene |
product |
| * |
? |
REL606 |
= 3612964 | 2 (0.040) | 69 (1.390) |
47/150 |
0.1 |
97.2% |
intergenic (‑25/+158) |
dctA/yhjK |
C4‑dicarboxylate transport protein/predicted diguanylate cyclase |
| ? | REL606 |
3612969 = |
2 (0.040) | intergenic (‑30/+153) |
dctA/yhjK |
C4‑dicarboxylate transport protein/predicted diguanylate cyclase |
ATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > REL606/3612890‑3612964
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATT > REL606/3612969‑3613043
ATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGT < 1:768596/76‑1
CGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGT < 2:873125/76‑1
CGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGT < 2:1474409/76‑1
CTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGTAA > 1:1557052/1‑76
GTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGG > 1:153550/1‑76
TCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGT > 2:449398/1‑76
TCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGCGTAAGGT > 2:449409/1‑76
CAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGGTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGTT > 2:1531622/1‑76
GGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGTTAT < 2:23866/76‑1
GAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTA > 1:471272/1‑76
AGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCT > 1:851762/1‑76
GTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTG < 2:634742/76‑1
TAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGC > 2:306100/1‑76
AAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCG > 1:52676/1‑76
AAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCG > 2:781286/1‑76
AAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGATACCTGCGG < 2:712360/76‑1
GCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCT < 2:1238266/76‑1
CTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTT < 2:1266956/76‑1
CTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTT < 2:444510/76‑1
TTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTA > 2:801329/1‑76
TTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTA > 1:387601/1‑76
TTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTA > 2:122543/1‑76
TTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAA > 1:1310899/1‑76
TAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAA > 1:1499980/1‑76
AAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAAT < 1:1548258/76‑1
AAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAAT > 1:1374537/1‑76
AACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATA < 2:893783/76‑1
AACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATA > 1:707215/1‑76
AACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATA < 2:731611/76‑1
ACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAA > 2:717597/1‑76
CAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAAC < 1:615223/76‑1
TTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGAC < 1:787350/76‑1
TTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACA < 2:580400/76‑1
TTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACA < 1:1371101/76‑1
TTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACA < 1:681351/76‑1
TCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAAC > 1:1245133/1‑76
TCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAAC > 1:130771/1‑76
CATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACA > 1:31731/1‑76
CATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACA > 2:1033918/1‑76
CATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACA < 1:1429022/76‑1
TAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATC < 1:1297403/76‑1
TAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATC > 1:1454898/1‑76
AGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCA < 2:20941/76‑1
GGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCAC < 1:934095/76‑1
GGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCAC > 2:1235922/1‑76
GGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCAC > 1:1547060/1‑76
nGTCCTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGA > 1:865120/2‑76
TCCTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAA < 1:405113/76‑1
CTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATG > 2:1207044/1‑76
CTTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATG < 2:1312921/76‑1
TTTAGTAAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGT > 1:1372045/1‑76
AAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGG < 1:748852/76‑1
AAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGG < 1:1402140/76‑1
AAAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGG < 1:840732/76‑1
AAACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGA < 1:1142224/76‑1
AACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGAT < 1:1453783/76‑1
AACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGAT < 2:603821/76‑1
ACCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATC < 1:1580206/76‑1
CCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTTCCTGGATCA < 2:983621/76‑1
CCACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCA < 1:1185236/76‑1
CACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCAT < 1:787462/76‑1
CACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCAT < 2:841903/76‑1
ACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATA < 2:1567177/76‑1
ACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATA < 1:931924/76‑1
ACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATA < 1:806260/76‑1
ACAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATA < 1:64732/76‑1
CAGTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAA < 1:1026112/76‑1
GTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATT < 2:303415/76‑1
GTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATT < 1:1228890/76‑1
ATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > REL606/3612890‑3612964
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATT > REL606/3612969‑3613043
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
|---|
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |
GATK/CNVnator alignment
N/A
