Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A108 F1 I1 R1
|
80 |
195.1 |
12639756 |
93.3% |
11792892 |
75.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
REL606 |
1,360,063 |
A→G |
P192P (CCA→CCG) |
ycjL → |
gamma‑Glu‑GABA hydrolase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | REL606 | 1,360,063 | 0 | A | G | 98.3%
| 711.6
/ ‑0.7
| 175 | P192P (CCA→CCG) | ycjL | gamma‑Glu‑GABA hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/2); new base G (101/71); total (102/73) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.72e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
Only 100 of 179 total aligned reads displayed.
CTGCGTTGTTACCTGAATGTAGCAACTTTTGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCACGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGTTGAGGCGGTTAGCGTCATCAATCATCCTTTTGTG > REL606/1359990‑1360135
|
cTGCGTTGTTACCTGAATGTAGCAACTTTTGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCcgcg > 2:5072181/1‑76 (MQ=255)
tGCGTTGTTACCTGAATGTAGCAACTTTTGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCgg < 1:6283795/76‑1 (MQ=255)
tGCGTTGTTACCTGAATGTAGCAACTTTTGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCgg > 1:6076635/1‑76 (MQ=255)
gCGTTGTTACCTGAATGTAGCAACTTTTGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGt > 1:2294703/1‑76 (MQ=255)
cGTTGTTACCTGAATGTAGCAACTTTTGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGtt > 2:3521851/1‑76 (MQ=255)
cGTTGTTACCTGAATGTAGCAACTTTTGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGtt > 1:1968255/1‑76 (MQ=255)
gttgttACCTGAATGTAGCAACTTTTGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTg > 2:3914132/1‑76 (MQ=255)
gttgttACCTGAATGTAGCAACTTTTGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTg > 2:6129446/1‑76 (MQ=255)
gttgttACCTGAATGTAGCAACTTTTGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTg > 1:5827830/1‑76 (MQ=255)
ttgttACCTGAATGTAGCAACTTTTGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGc > 2:3881296/1‑76 (MQ=255)
ttgttACCTGAATGTAGCAACTTTTGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGc > 2:1224460/1‑76 (MQ=255)
tgttACCTGAATGTAGCAACTTTTGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCg > 1:5073633/1‑76 (MQ=255)
tgttACCTGAATGTAGCAACTTTTGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCg > 2:6107666/1‑76 (MQ=255)
gttACCTGAATGTAGCAACTTTTGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCgt > 1:5168306/1‑76 (MQ=255)
ttACCTGAATGTAGCAACTTTTGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCgtg > 1:2558254/1‑76 (MQ=255)
ttACCTGAATGTAGCAACTTTTGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGAGCGAAGGTCGTTAGCACGCGGTTGCgtg > 2:2815794/1‑76 (MQ=255)
tACCTGAATGTAGCAACTTTTGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCgtgt > 2:2332411/1‑76 (MQ=255)
tACCTGAATGTAGCAACTTTTGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCgtgt > 1:6228885/1‑76 (MQ=255)
tACCTGAATGTAGCAACTTTTGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCgtgt > 1:1227561/1‑76 (MQ=255)
aCCTGAATGTAGCAACTTTTGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGtt < 1:2431768/76‑1 (MQ=255)
aCCTGAATGTAGCAACTTTTGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGtt < 1:5253241/76‑1 (MQ=255)
ccTGAATGTAGCAACTTTTGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTg > 2:1927074/1‑76 (MQ=255)
cTGAATGTAGCAACTTTTGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGa > 1:4640205/1‑76 (MQ=255)
tGAATGTAGCAACTTTTGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGaa > 2:3770948/1‑76 (MQ=255)
aTGTAGCAACTTTTGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAgct > 1:5780728/1‑76 (MQ=255)
aTGTAGCAACTTTTGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAgct > 2:2918108/1‑76 (MQ=255)
tGTAGCAACTTTTGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAgctc < 1:3323487/76‑1 (MQ=255)
tGTAGCAACTTTTGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAgctc > 2:3195647/1‑76 (MQ=255)
tGTAGCAACTTTTGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAgctc < 1:4598163/76‑1 (MQ=255)
gTAGCAACTTTTGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAgctcg < 2:2947236/76‑1 (MQ=255)
tAGCAACTTTTGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGCAGGTAGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGCAgatcgt > 2:1567752/1‑75 (MQ=255)
tAGCAACTTTTGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAgctcgc > 2:1567753/1‑76 (MQ=255)
tAGCAACTTTTGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAgctcgc > 1:1950000/1‑76 (MQ=255)
aGCAACTTTTGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAgctcgct < 2:2214685/76‑1 (MQ=255)
aGCAACTTTTGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAgctcgct < 1:3760288/76‑1 (MQ=255)
aGCAACTTTTGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAgctcgct > 2:4981795/1‑76 (MQ=255)
cAACTTTTGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGctcgctcg < 2:768860/76‑1 (MQ=255)
cAACTTTTGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGctcgctcg < 2:5790149/76‑1 (MQ=255)
cAACTGTTGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGctcgctcg < 2:340251/76‑1 (MQ=255)
cTTTTGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCg < 1:2748894/76‑1 (MQ=255)
cTTTTGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCg < 1:1085719/76‑1 (MQ=255)
ttttGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCACGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCgg > 2:5759243/1‑76 (MQ=255)
tttGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGa > 2:6231249/1‑76 (MQ=255)
tttGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGa > 1:5605961/1‑76 (MQ=255)
tttGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGa > 1:1414732/1‑76 (MQ=255)
ttGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGAt < 2:4194979/76‑1 (MQ=255)
ttGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGAt < 2:2025165/76‑1 (MQ=255)
tGGGTAACCTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATg < 2:1699230/76‑1 (MQ=255)
ggTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGc < 1:2589885/76‑1 (MQ=255)
tAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCtt < 2:3722438/76‑1 (MQ=255)
tAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCtt < 2:1376735/76‑1 (MQ=255)
aaaCTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTa > 1:1399401/1‑76 (MQ=255)
ctctctACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGtt < 2:4388668/76‑1 (MQ=255)
ctctctACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGtt < 1:5858140/76‑1 (MQ=255)
ctctctACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGtt < 2:2590572/76‑1 (MQ=255)
ctctACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGGTTAGTTGa > 2:5993669/1‑76 (MQ=255)
ctctACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGTTGa > 1:939370/1‑76 (MQ=255)
tctACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGTTGAg < 1:3815228/76‑1 (MQ=255)
ctACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGTTGAgg < 2:3317741/76‑1 (MQ=255)
tACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGTTGAGGc > 2:796319/1‑76 (MQ=255)
tACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGTTGAGGc > 1:2120800/1‑76 (MQ=255)
tACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGTTGAGGc > 1:6177110/1‑76 (MQ=255)
aCATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGTTGAGGCg > 1:1824417/1‑76 (MQ=255)
aCATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGTTGAGGCg > 2:4761316/1‑76 (MQ=255)
aCATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGTTGAGGCg < 2:4223546/76‑1 (MQ=255)
cATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGTGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGCTGGCTTAGTTGAGGCgg > 2:4736636/1‑76 (MQ=255)
cATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGTTGAGGCgg > 1:1192166/1‑76 (MQ=255)
aTGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGTTGAGGCggg > 1:2779726/1‑75 (MQ=255)
aTGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGTTGAGGCGGt > 1:2357792/1‑76 (MQ=255)
aTGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGTTGAGGCGGt > 1:2760079/1‑76 (MQ=255)
ggACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGTTGAGGCGGTTa < 2:4065034/76‑1 (MQ=255)
ggACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGTTGAGGCGGTTa < 2:5844394/76‑1 (MQ=255)
ggACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGTTGAGGCGGTTa < 1:6181466/76‑1 (MQ=255)
ggACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGTTGAGGCGGTTa > 2:3069823/1‑76 (MQ=255)
gACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGTTGAGGCGGTTAg < 2:1141132/76‑1 (MQ=255)
aCAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGTTGCGGCGGGTAGc > 2:5520654/1‑76 (MQ=255)
aCAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGTTGAGGCGGttggg > 1:1748040/1‑73 (MQ=255)
aCAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGTTGAGGCGGGTAgg > 2:4325422/1‑75 (MQ=255)
aaGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGTTGAGGCGGTTAGCGt < 1:3200404/76‑1 (MQ=255)
aGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGTTGAGGCGGGTAGCggc > 1:2438771/1‑74 (MQ=255)
ggCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGTTGAGGCGGTTAGCGtcatc < 2:3261462/76‑1 (MQ=255)
gCGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGTTGAGGCGGTTAGCGtcatca < 1:601411/76‑1 (MQ=255)
cGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGTTGAGGCGGTTAGCGTCatcaa < 1:780728/76‑1 (MQ=255)
cGAAGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGTTGAGGCGGTTAGCGCCatcaa > 1:2661665/1‑76 (MQ=255)
aGGTCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGTTGAGGCGGTTAGGGTCatccatca > 1:2828880/1‑76 (MQ=255)
tCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGTTGAGGCGGTTAGCGGCATCAATCATcc > 1:3914005/1‑76 (MQ=255)
tCGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGGTGAGGCGGGTAGGGGCATCCAACATcc > 2:332927/1‑76 (MQ=255)
cGTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGTTGAGGCGGTTAGGGTCATCAATCATCCt > 2:4947661/1‑76 (MQ=255)
gTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGTTGAGGCGGTTAGCGTCATCAATCATCCtt < 1:2072351/76‑1 (MQ=255)
gTTAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGTTGAGGCGGTTAGCGTCATCAATCATCCtt < 2:1824417/76‑1 (MQ=255)
ttAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGTTGAGGCGGTTAGCGTCATCAATCATCCttt < 2:378112/76‑1 (MQ=255)
ttAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGTTGAGGCGGTTAGCGTCATCAATCATCCttt < 1:1540415/76‑1 (MQ=255)
tgaGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGTTGAGGCGGTTAGCGTCATCAATCATCCttt < 2:245166/74‑1 (MQ=255)
tAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGTTGAGGCGGTTTGAGCTTTTAATCATTCtttt > 1:4116469/1‑76 (MQ=255)
tAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGTTGAGGCGGTTAGCGTCCTCAATTATCCtttt > 2:2990645/1‑76 (MQ=255)
tAGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGTTGAGGCGGTTAGCGTCATCAATCATCCtttt < 2:3279/76‑1 (MQ=255)
aGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGTTGAGGCGGTTAGCGTCATCAATCATCCttttt > 1:3591608/1‑75 (MQ=255)
aGCCCGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGTTGAGGCGGGTAGGGTCATCAATCATCCCTTtg > 2:2066913/1‑76 (MQ=255)
cccGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGTTGAGGCGGTTAGCGTCCTCCATCATCCTTTtgtg > 1:2975366/1‑76 (MQ=255)
cccGCGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGTTGAGGCGGTTAGCGTCATCAATCATCCTTTtgtg > 1:3016729/1‑76 (MQ=255)
|
CTGCGTTGTTACCTGAATGTAGCAACTTTTGGGTAAACTCTCTACATGGACAAGGGGCGAAGGTCGTTAGCCCACGGTTGCGTGTTGAAGCTCGCTCGCCGGATGGCTTAGTTGAGGCGGTTAGCGTCATCAATCATCCTTTTGTG > REL606/1359990‑1360135
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
