Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A108 F1 I1 R1
|
80 |
195.1 |
12639756 |
93.3% |
11792892 |
75.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
REL606 |
1,489,606 |
C→T |
A157V (GCG→GTG) |
yncB → |
predicted oxidoreductase, Zn‑dependent and NAD(P)‑binding |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | REL606 | 1,489,606 | 0 | C | T | 99.5%
| 720.3
/ ‑6.9
| 189 | A157V (GCG→GTG) | yncB | predicted oxidoreductase, Zn‑dependent and NAD(P)‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (74/114); total (75/114) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.97e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 200 total aligned reads displayed.
CCAGGCTTTACCGCTTATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGCGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTAAAGGTTGCAGGGTGGTGGGGGTTGC > REL606/1489533‑1489678
|
ccAGGCTTTACCGCTTCTATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTgcgg > 2:1382105/1‑76 (MQ=255)
ggCTTTACCGCTTATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGa < 2:1749110/76‑1 (MQ=255)
gCTTTACCGCTTATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGAc > 2:2140412/1‑76 (MQ=255)
gCTTTACCGCTTATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGAc < 1:317042/76‑1 (MQ=255)
gCTTTACCGCTTATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGAc > 1:5391202/1‑76 (MQ=255)
cTTTACCGCTTATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACa > 2:1229972/1‑76 (MQ=255)
tttACCGCTTATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAg < 2:2494852/76‑1 (MQ=255)
tttACCGCTTATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAg > 1:5685439/1‑76 (MQ=255)
tttACCGCTTATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTAGTAGCTGTGGCGACAg < 1:4624970/76‑1 (MQ=255)
ttACCGCTTATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAgg > 1:2604160/1‑76 (MQ=255)
tACCGCTTATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGt > 2:6237972/1‑76 (MQ=255)
tACCGCTTATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGt > 1:4525592/1‑76 (MQ=255)
gCTTATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCtg > 1:2306910/1‑76 (MQ=255)
gCTTATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCtg < 2:4345135/76‑1 (MQ=255)
cTTATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCtgt < 2:5861236/76‑1 (MQ=255)
cTTATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCtgt < 2:5199665/76‑1 (MQ=255)
cTTATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCtgg > 2:4902484/1‑75 (MQ=255)
ttATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCtgtg > 2:2938393/1‑76 (MQ=255)
ttATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCtgtg > 1:1097878/1‑76 (MQ=255)
ttATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCtgtg < 1:4398494/76‑1 (MQ=255)
ttATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCtgtg > 1:4280307/1‑76 (MQ=255)
ttATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGGCCtgtg > 2:5392921/1‑76 (MQ=255)
tataTGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTgg < 2:844365/76‑1 (MQ=255)
tataTGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTgg > 1:5756561/1‑76 (MQ=255)
tataTGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTgg > 1:2111014/1‑76 (MQ=255)
atatGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTggg > 1:4545373/1‑76 (MQ=255)
atatGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTggg < 1:1985023/76‑1 (MQ=255)
atatGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTggg > 1:5329141/1‑76 (MQ=255)
atatGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTggg < 1:1656274/76‑1 (MQ=255)
atGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAg < 1:3546554/76‑1 (MQ=255)
tGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGc > 1:4746137/1‑76 (MQ=255)
ggggCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCa < 1:1516751/76‑1 (MQ=255)
ggggCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCa < 1:6058799/76‑1 (MQ=255)
ggggCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCa < 1:327752/76‑1 (MQ=255)
ggggCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCa > 2:3120922/1‑76 (MQ=255)
gggCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCaa < 2:5705278/76‑1 (MQ=255)
gggCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCaa < 1:389363/76‑1 (MQ=255)
gctgctGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACg < 2:5104383/76‑1 (MQ=255)
gctgctGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACg < 1:4972117/76‑1 (MQ=255)
ctgctgGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACgg > 1:1396429/1‑76 (MQ=255)
ctgctgGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACgg < 1:1349304/76‑1 (MQ=255)
ctgctgGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACgg > 1:758169/1‑76 (MQ=255)
ctgctgGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACgg < 2:3162137/76‑1 (MQ=255)
ctgctgGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACgg < 2:1961168/76‑1 (MQ=255)
ctgctgGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGGCCTGTGGGAGCAACgg > 1:1850239/1‑76 (MQ=255)
tgctgGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCACCggg > 1:553300/1‑75 (MQ=255)
tgctgGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACggg > 2:2173688/1‑75 (MQ=255)
tgctgGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGt < 2:5885818/76‑1 (MQ=255)
gctgGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTg > 2:2757265/1‑76 (MQ=255)
gctgAATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTg < 1:694852/76‑1 (MQ=255)
tgGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACgggggg > 1:2725418/1‑76 (MQ=255)
gATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGc > 2:1882462/1‑76 (MQ=255)
gATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGc < 1:5160872/76‑1 (MQ=255)
atatCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCa < 1:5050021/76‑1 (MQ=255)
atatCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCa < 1:1289445/76‑1 (MQ=255)
tatCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCaa < 1:39997/76‑1 (MQ=255)
atCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCaaa > 1:6132847/1‑76 (MQ=255)
cGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATc > 1:1324825/1‑76 (MQ=255)
cGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTCGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATc < 2:792221/76‑1 (MQ=255)
ggTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCg < 2:6302754/76‑1 (MQ=255)
tCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGc < 1:2014991/76‑1 (MQ=255)
tCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGc < 1:3027994/76‑1 (MQ=255)
tCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGc < 2:5665145/76‑1 (MQ=255)
aGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCaa > 2:507724/1‑76 (MQ=255)
aGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCaa < 1:3978264/76‑1 (MQ=255)
gCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCaaa < 2:4474987/76‑1 (MQ=255)
ccTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAAc < 2:3267589/76‑1 (MQ=255)
cTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACt < 2:2722120/76‑1 (MQ=255)
cTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACt < 2:2303621/76‑1 (MQ=255)
cTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACt > 1:1698549/1‑76 (MQ=255)
cTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACt < 2:5516111/76‑1 (MQ=255)
tAAAGAGGTCGAAGCGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACtt < 2:4028202/76‑1 (MQ=255)
aaaGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCCAATCGGCAAACTTa > 1:4436074/1‑76 (MQ=255)
aaaGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTa < 1:4873548/76‑1 (MQ=255)
aaaGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGGCCTGGGGGGGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTa > 1:839922/1‑76 (MQ=255)
aaGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTaa > 2:470442/1‑76 (MQ=255)
agagGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTaaa < 1:1235030/76‑1 (MQ=255)
agagGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTaaa < 1:5628270/76‑1 (MQ=255)
gagGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTAAAg < 1:1765944/76‑1 (MQ=255)
gggCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTAAAGGt < 1:4761816/76‑1 (MQ=255)
gggCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTAAAGGt < 2:6039537/76‑1 (MQ=255)
gggCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTAAAGGt < 2:3409471/76‑1 (MQ=255)
gCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTAAAGGTTg < 1:4121258/76‑1 (MQ=255)
gCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTAAAGGTTg < 2:3789274/76‑1 (MQ=255)
gCGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTAAAGGTTg > 1:5572157/1‑76 (MQ=255)
cGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTAAAGGTTGc < 2:3840900/76‑1 (MQ=255)
cGAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTAAAGGTTGc < 2:3988177/76‑1 (MQ=255)
gAAACGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCGACCTTAAAGGTTGcc > 2:2605646/1‑75 (MQ=255)
aCGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTAAAGGTTGCAggg < 2:6157581/76‑1 (MQ=255)
cGTTGGTGGTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTAAAGGTTGCAgggg > 1:529219/1‑75 (MQ=255)
tggtggTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTAACGGTTGCAGgggggt > 2:4993375/1‑76 (MQ=255)
tggtggTAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTAAAGGTTGCAggggggg > 2:4146147/1‑75 (MQ=255)
ggtggtAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTAAAGGTTGCAGGgtggtg < 2:5026566/76‑1 (MQ=255)
ggtggtAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTAAAGGTTGCAGGgtgctg < 2:1795616/76‑1 (MQ=255)
gtggtAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTAAAGGTTGCAGGGtggtgg < 2:4498873/76‑1 (MQ=255)
tAGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTAAAGGTTGCAGGGTGGTGGGGGt > 2:1519291/1‑76 (MQ=255)
aGCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTAAAGGTTGCAGGGTGGTGGGGGtt < 1:5265099/76‑1 (MQ=255)
gCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTAAAGGTTGCAGGGTGGTGGGGGTTg < 2:3909523/76‑1 (MQ=255)
gCTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTAAAGGTTGCAGGGTGGTGGGGGTTg < 2:4244189/76‑1 (MQ=255)
cTGTGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCCAACTTAAAGGTTGCAGGGTGGGGGGGGGTGc > 2:3633689/1‑76 (MQ=255)
|
CCAGGCTTTACCGCTTATATGGGGCTGCTGGATATCGGTCAGCCTAAAGAGGGCGAAACGTTGGTGGTAGCTGCGGCGACAGGTCCTGTGGGAGCAACGGTGGGGCAAATCGGCAAACTTAAAGGTTGCAGGGTGGTGGGGGTTGC > REL606/1489533‑1489678
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
