Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A108 F1 I1 R1
|
80 |
195.1 |
12639756 |
93.3% |
11792892 |
75.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
REL606 |
2,776,287 |
A→G |
V176A (GTA→GCA) |
cysH ← |
phosphoadenosine phosphosulfate reductase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | REL606 | 2,776,287 | 0 | A | G | 99.3%
| 531.1
/ ‑5.3
| 138 | V176A (GTA→GCA) | cysH | phosphoadenosine phosphosulfate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (74/63); total (75/63) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 |
Only 100 of 151 total aligned reads displayed.
TTTCAGGCCATGTTTTTGCAGGTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATACGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGATTGTTCGCGGCGCAGGCCAGCAAACC > REL606/2776214‑2776359
|
tttCAGGCCATGTTTTTGCAGGTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCg < 2:333596/76‑1 (MQ=255)
tCAGGCCATGTTTTTGCAGGTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGcc > 1:5373087/1‑76 (MQ=255)
cAGGCCATGTTTTTGCAGGTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCa < 2:3539593/76‑1 (MQ=255)
cAGGCCATGTTTTTGCAGGTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCa < 2:5881434/76‑1 (MQ=255)
cAGGCCATGTTTTTGCAGGTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCa < 2:1541401/76‑1 (MQ=255)
cAGGCCATGTTTTTGCAGGTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCa > 1:3961881/1‑76 (MQ=255)
cAGGCCATGTTTTTGCAGGTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCa < 1:2399705/76‑1 (MQ=255)
cAGGCCATGTTTTTGCAGGTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAAAACGCCa > 1:5120279/1‑76 (MQ=255)
aGGCCATGTTTTTGCAGGTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCAc > 1:2678709/1‑76 (MQ=255)
aGGCCATGTTTTTGCAGGTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCAc > 1:1798420/1‑76 (MQ=255)
aGGCCATGTTTTTGCAGGTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCAc > 1:1963842/1‑76 (MQ=255)
aGGCCATGTTTTTGCAGGTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCAc > 2:326305/1‑76 (MQ=255)
ggCCATGTTTTTGCAGGTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACg < 1:909004/76‑1 (MQ=255)
ccATGTTTTTGCAGGTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCt > 2:3882429/1‑76 (MQ=255)
ccATGTTTTTGCAGGTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCt > 2:3228522/1‑76 (MQ=255)
cATGTTTTTGCAGGTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTg > 1:3617553/1‑76 (MQ=255)
cATGTTTTTGCAGGTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATACGCCACGCTg > 1:4449423/1‑76 (MQ=255)
aTGTTTTTGCAGGTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGa > 1:659725/1‑76 (MQ=255)
aTGTTTTTGCAGGTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGa > 1:3720449/1‑76 (MQ=255)
gTTTTTGCAGGTGCTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAAt < 1:3376431/76‑1 (MQ=255)
tttttGCAGGTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAAtt < 1:4027595/76‑1 (MQ=255)
tttttGCAGGTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAAtt < 2:4641938/76‑1 (MQ=255)
tttttGCAGGTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAAtt < 1:4789957/76‑1 (MQ=255)
ttttGCAGGTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTg > 1:1096055/1‑76 (MQ=255)
ttGCAGGTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGcc > 1:212575/1‑76 (MQ=255)
tGCAGGTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCa < 1:3407786/76‑1 (MQ=255)
tGCAGGTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCa < 2:3769312/76‑1 (MQ=255)
gCAGGTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAg < 2:5044404/76‑1 (MQ=255)
cAGGTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGGACCTTAAATGCGCCACGCTGAAATGGCAGc > 2:1961731/1‑76 (MQ=255)
cAGGTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGc < 2:5230167/76‑1 (MQ=255)
aGGTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCa > 1:306044/1‑76 (MQ=255)
aGGTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCa > 2:5314622/1‑76 (MQ=255)
gTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCAcc < 2:2510640/76‑1 (MQ=255)
gTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCAcc > 1:137635/1‑76 (MQ=255)
tACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCg > 1:3907079/1‑76 (MQ=255)
tACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCg > 1:2501301/1‑76 (MQ=255)
aCTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCgg < 2:2437510/76‑1 (MQ=255)
cTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGt < 2:4546252/76‑1 (MQ=255)
aTAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTaaa < 2:4660113/76‑1 (MQ=255)
tAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAAt > 2:3064220/1‑76 (MQ=255)
tAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAAt < 1:2599685/76‑1 (MQ=255)
tAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATAAGCCACCCTGAATTGCCACCAACAGGAAAt > 2:1891196/1‑76 (MQ=255)
aaaTAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGGACCGGTAAAtt > 1:2137425/1‑76 (MQ=255)
aaaTAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAAtt > 2:4531156/1‑76 (MQ=255)
aaaTAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAAtt > 2:5374054/1‑76 (MQ=255)
aTAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTgg > 1:1457178/1‑76 (MQ=255)
aGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGgcg > 2:4294047/1‑76 (MQ=255)
gTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGgcgc < 2:1729691/76‑1 (MQ=255)
ggTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCt < 1:379485/76‑1 (MQ=255)
gTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTg < 1:5939277/76‑1 (MQ=255)
tATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGcc < 1:5796181/76‑1 (MQ=255)
tATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGcc > 1:1505300/1‑76 (MQ=255)
tATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAACTGGCGCGGCTGcc > 1:900963/1‑76 (MQ=255)
tCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGGCgg > 2:2667864/1‑76 (MQ=255)
tCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCgg < 2:2866641/76‑1 (MQ=255)
cccAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGGCGGa > 1:1142144/1‑76 (MQ=255)
cccAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGa < 1:6242035/76‑1 (MQ=255)
cccAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGa > 1:2348678/1‑76 (MQ=255)
cccAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGa < 2:2242191/76‑1 (MQ=255)
ccAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGGCgggt > 2:948827/1‑74 (MQ=255)
ccAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCgggt > 2:3000731/1‑74 (MQ=255)
cAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGAtt < 2:1458947/76‑1 (MQ=255)
cAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGAtt < 2:5574444/76‑1 (MQ=255)
aGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGGCGGGttt > 1:3911542/1‑75 (MQ=255)
aGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGATTg > 1:3125915/1‑76 (MQ=255)
tCGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGATTGtt > 1:4506829/1‑76 (MQ=255)
cGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGGCGGCGTGttt > 2:3518958/1‑75 (MQ=255)
cGATAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGATTGTTc > 2:2151195/1‑76 (MQ=255)
aTAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGATTGTTcgc < 2:5932558/76‑1 (MQ=255)
aTAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGATTGTTcgc < 1:4994201/76‑1 (MQ=255)
aTAATCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGAACCGGGAAATTGGCGCGGCTGGCGGGTGGTTcgc > 2:6032002/1‑76 (MQ=255)
aaTCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGGTTGTTCgcgg > 2:4394840/1‑76 (MQ=255)
aTCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGATTGTTCgcggc < 1:1295210/76‑1 (MQ=255)
tCGGCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGATTGTTCgcggcg < 2:5802379/76‑1 (MQ=255)
ggCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGGTTGTTTCCGGGGCa > 2:741022/1‑76 (MQ=255)
ggCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGATTGTTCGCGGCGCa < 1:363814/76‑1 (MQ=255)
ggCAGCACTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGATTGTTCGCGGCGCa < 1:5195206/76‑1 (MQ=255)
cagcaCTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGATTGTTCGCGGCGCAgg < 2:2983065/76‑1 (MQ=255)
agcaCTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGATTGTTCGCGGCGCAGGc > 2:1114185/1‑76 (MQ=255)
gcaCTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGATTGTTCGCGGCGCAGGcc < 2:314418/76‑1 (MQ=255)
caCTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGATTGTTCGCGGCGCAgggcc > 1:5726306/1‑73 (MQ=255)
caCTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGATTGTTCGCGGCGCAGGCCa < 2:2075055/76‑1 (MQ=255)
aCTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGGTTGTTCGCGGCGCAGGcccg > 1:2926950/1‑74 (MQ=255)
aCTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGATTGTTCGCGGCGGAGGcccg > 2:1697664/1‑74 (MQ=255)
aCTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGATTGTTCGCGGCGCAGGCCac > 1:1704142/1‑75 (MQ=255)
aCTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGATTGTTCGCGGCGCAGGCCAg < 1:691908/76‑1 (MQ=255)
aCTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGATTGTTCGCGGCGCAGGCCAg < 1:1356522/76‑1 (MQ=255)
aCTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGATTGTTCGCGGCGCAGGCCAg < 1:2031657/76‑1 (MQ=255)
cTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGATTGTTTGGGGCGGCGGcccac > 2:5430078/1‑73 (MQ=255)
cTTTAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGAATGCTTACCGCGCGGGCCAgg > 2:1242696/1‑75 (MQ=255)
tttAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGATTGTTCGCGGCGCAGGCCAGCa > 1:5852678/1‑76 (MQ=255)
tttAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGATTGTTCGCGGCGCAGGCCAGCa < 2:5322352/76‑1 (MQ=255)
ttAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGATTGTTTGCGGCGCAGGCCAGGaa > 1:4870894/1‑76 (MQ=255)
ttAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGATTGTTCGCGGCGCAGGCCAGCaa > 2:670658/1‑76 (MQ=255)
tAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACGGGTAAATTGGCGCGGCTGCCTGATTGTTCGCGGCGCAGGCCAGCaaa < 2:3067357/76‑1 (MQ=255)
tAAATGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGATTGTTCGCGGCGCAGGCCAGCcaa > 1:6071322/1‑76 (MQ=255)
aaaTGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGATTGTTCGCGGCGCAGGCCCGCAAAc > 1:2031920/1‑76 (MQ=255)
aaTGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGATTGTTCGCGGCGCAGGCCAGCAAAcc < 2:1266732/76‑1 (MQ=255)
aaTGCGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGATTGTTCGCGGCGCAGGCCAGCAAAcc < 2:2525142/76‑1 (MQ=255)
aaTGCGCCACGCTAAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGATTGTTCGCGGCGCAGGCCAGCAAAcc < 2:5689546/76‑1 (MQ=255)
|
TTTCAGGCCATGTTTTTGCAGGTACTGATAAATAGTTCGGTTATCCCAGTCGATAATCGGCAGCACTTTAAATACGCCACGCTGAATTGCCAGCACCGGTAAATTGGCGCGGCTGCCGGATTGTTCGCGGCGCAGGCCAGCAAACC > REL606/2776214‑2776359
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
