Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A43 F1 I1 R1
|
17 |
61.8 |
3886062 |
97.4% |
3785024 |
76.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
REL606 |
2,781,131 |
T→C |
intergenic (+52/‑26) |
ygcM → / → ygcN |
6‑pyruvoyl tetrahydrobiopterin synthase (PTPS)/predicted oxidoreductase with FAD/NAD(P)‑binding domain |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | REL606 | 2,781,131 | 0 | T | C | 97.9%
| 182.9
/ ‑3.7
| 48 | intergenic (+52/‑26) | ygcM/ygcN | 6‑pyruvoyl tetrahydrobiopterin synthase (PTPS)/predicted oxidoreductase with FAD/NAD(P)‑binding domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (20/27); total (21/27) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.38e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.00e-01 |
TGTATCTATCGCGGCGAATGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTTGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACATTATTATTATTGGTGCCGGTATTGCAG > REL606/2781059‑2781202
|
tGTATCTATCGCGGCGAATGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGgggtcgtg > 1:1261435/1‑76 (MQ=255)
gTATCTATCGCGGCGAATGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGgtgttgtgt > 1:1687417/1‑76 (MQ=255)
gTATCTATCGCGGCGAATGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGgggtcgtgt > 1:925370/1‑76 (MQ=255)
ctatcGCGGCGAATGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTg < 1:384644/76‑1 (MQ=255)
ctatcGCGGCGAATGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTg > 1:1099998/1‑76 (MQ=255)
ctatcGCGGCGAATGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTg > 1:1910498/1‑76 (MQ=255)
ctatcGCGGCGAATGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTg > 1:83939/1‑76 (MQ=255)
ctatcGCGGCGAATGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGGGTCGTGTTCTg > 1:1348570/1‑76 (MQ=255)
atcGCGGCGAATGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGGGTCGTGTTCTggg > 1:1391981/1‑75 (MQ=255)
tcGCGGCGAATGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGat < 1:339980/76‑1 (MQ=255)
ggcgAATGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCt > 2:20667/1‑76 (MQ=255)
gcgAATGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTg < 1:741224/76‑1 (MQ=255)
gcgAATGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTg > 1:7437/1‑76 (MQ=255)
tGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCa > 1:1745838/1‑76 (MQ=255)
aTAAGAGTGTGTCGTCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATg < 2:369384/76‑1 (MQ=255)
aTAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTTGGGTGTCGTGTTCTTGGTATCTGGGGGATg > 1:951304/1‑76 (MQ=255)
aTAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATg < 1:607194/76‑1 (MQ=255)
aTAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATg > 1:121172/1‑76 (MQ=255)
tAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGa < 1:1604260/76‑1 (MQ=255)
tAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGa < 2:537978/76‑1 (MQ=255)
agagTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACa > 1:1673055/1‑76 (MQ=255)
agTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATg < 2:980140/76‑1 (MQ=255)
agTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATg < 1:498895/76‑1 (MQ=255)
gtgtgtCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATgg < 1:53516/76‑1 (MQ=255)
gtgtCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGaa < 1:537197/76‑1 (MQ=255)
gtCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAga > 2:623396/1‑76 (MQ=255)
gtCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAga < 2:946427/76‑1 (MQ=255)
cggcggTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAgacg < 2:468234/76‑1 (MQ=255)
gcggTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGATAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAgacgac < 2:322090/76‑1 (MQ=255)
cggTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACt < 2:240841/76‑1 (MQ=255)
cggTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACt > 2:641273/1‑76 (MQ=255)
ggTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTg < 2:951304/76‑1 (MQ=255)
gTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGc < 1:435737/76‑1 (MQ=255)
tCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCg < 1:1587971/76‑1 (MQ=255)
aTTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACa > 2:1080117/1‑76 (MQ=255)
ttCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTTGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACatt > 2:624398/1‑76 (MQ=255)
ttCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACatt > 2:138815/1‑76 (MQ=255)
cccTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACattat < 2:1072540/76‑1 (MQ=255)
ccTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACattatt < 2:1508160/76‑1 (MQ=255)
tAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACattattatt > 2:1491908/1‑76 (MQ=255)
tAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACattattatt < 1:1097772/76‑1 (MQ=255)
aaGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACattattatta < 2:790408/76‑1 (MQ=255)
aaGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACattattatta < 1:999366/76‑1 (MQ=255)
aaGTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACattattatta < 1:516665/76‑1 (MQ=255)
gTAACGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACattattattatt < 1:628808/76‑1 (MQ=255)
aaCGCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACATTATTATTATTgg > 1:880606/1‑76 (MQ=255)
gCTATGTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACATTATTATTATTGGTGc > 2:1641562/1‑76 (MQ=255)
gTTAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACATTATTATTATTGGTGCCGGTa < 2:1200520/76‑1 (MQ=255)
ttAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACATTATTATTATTGGTGCCGGTAt > 1:404557/1‑76 (MQ=255)
ttAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACATTATTATTATTGGTGCCGGTAt > 1:648106/1‑76 (MQ=255)
tAGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACATTATTATTATTGGTGCCGGTAtt > 1:1093860/1‑76 (MQ=255)
tAGGGTGTCGTGTTATGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACATTATTATTATTGGTGCCGGTAtt > 1:1259813/1‑76 (MQ=255)
aGGGTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTCCGACATTATTATTATTGGTGCCGGTATTg > 2:328103/1‑76 (MQ=255)
gggTGTCGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACATTATTATTATTGGTGCCGGTATTGc < 2:1747635/76‑1 (MQ=255)
gtgtcgtgttCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACATTATTATTATTGGTGCCGGTATTGCAg < 2:73483/76‑1 (MQ=255)
|
TGTATCTATCGCGGCGAATGATAAGAGTGTGTCGGCGGTCAATTTCCCTTAAGTAACGCTATGTTAGGGTGTTGTGTTCTGGATATCTGGGGCATGACATGGAAGACGACTGCGACATTATTATTATTGGTGCCGGTATTGCAG > REL606/2781059‑2781202
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
