Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A108 F1 I1 R1
|
80 |
195.1 |
12639756 |
93.3% |
11792892 |
75.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
REL606 |
4,278,072 |
A→G |
G39G (GGT→GGC) |
fdhF ← |
formate dehydrogenase‑H, selenopolypeptide subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | REL606 | 4,278,072 | 0 | A | G | 98.9%
| 718.0
/ ‑2.5
| 179 | G39G (GGT→GGC) | fdhF | formate dehydrogenase‑H, selenopolypeptide subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/0); new base G (119/58); total (121/58) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 |
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
TTTTCAGGCGCGGGGTCAGGATCTGGGTA‑TCGTTAATGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTACCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAGGTTGATTTTG > REL606/4277999‑4278144
|
tCAGGGGGGGGTTCAGAATCTGGTTA‑TCGTTAATGAAGCCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCtg < 1:5745171/76‑1 (MQ=255)
tCAGGCGCGGGGTCAGGATCTGGGTA‑TCGTTAATGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCtg > 1:2981403/1‑76 (MQ=255)
tCAGGCGCGGGGTCAGGATCTGGGTA‑TCGTTAATGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCtg > 1:661175/1‑76 (MQ=255)
tCAGGCGCGGGGTCAGGATCTGGGTA‑TCGTTAATGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCtg > 1:4733680/1‑76 (MQ=255)
ccgggCGCGGGGTCGGGATTTGGGTA‑GTTTAAGGGAAGCCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCtg < 1:6302717/73‑1 (MQ=255)
aGGCGCGGGGTCAGGATCTGGGTA‑TCGTTAATGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCtggt > 1:2110990/1‑76 (MQ=255)
aGGCGCGGGGTCAGGATCTGGGTA‑TCGTTAATGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCtggt > 2:4671094/1‑76 (MQ=255)
ggCGGGGGGTCAGGTTCTGGGTA‑TCGTTAATGAAGCCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCtggtt < 1:4479181/76‑1 (MQ=255)
ggCGGGGGGGCGGGATCTGGTTA‑TCTTTAATAAAGCCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCtggtt < 1:518891/76‑1 (MQ=255)
gggggggTCAGGCTCTGGGTT‑TTTTTAACGAAGCCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCtggttgg < 1:4915608/73‑1 (MQ=255)
ggggTCAGGATCTGGGTA‑TCGTTAATGTAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGgtt > 2:3497828/1‑76 (MQ=255)
ggTAAGGATGTGGGTA‑TCGTTAATGAAGCCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTc < 2:3858311/76‑1 (MQ=255)
gTCAGGATCTGGGTA‑TCGTTAATGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTcc > 2:1457705/1‑76 (MQ=255)
tCAGGATCTGGGTA‑TCGTTAATGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTccc > 1:2244791/1‑76 (MQ=255)
cAGGATCTGGGTA‑TCGTTAATGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTcccc > 2:2514810/1‑76 (MQ=255)
aGGATCTGGGTA‑TCGTTAATGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCt > 2:794827/1‑76 (MQ=255)
aGGATCTGGGTA‑TCGTTAATGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCt > 1:265410/1‑76 (MQ=255)
aGGATCGGGGTA‑TCGTAAATGACCCCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCt < 1:1026170/76‑1 (MQ=255)
tggtGGGTA‑TCTTTAATAAAGCCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTgcg < 2:5574621/73‑1 (MQ=255)
aTCTGGGTA‑TCGTTAATGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTgcg > 2:6169453/1‑76 (MQ=255)
tCTGGGTA‑TCGTTAATGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTgcgc > 2:1064658/1‑76 (MQ=255)
attGGGTATTCGTTAATGAACCCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTgcg < 2:1341226/74‑1 (MQ=255)
tGGGTA‑TCGTTAATGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTg > 1:2919450/1‑76 (MQ=255)
ggTA‑TCGTTAATGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGcc > 1:3006937/1‑76 (MQ=255)
tA‑TCGTTAATGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTc > 1:4631952/1‑76 (MQ=255)
tA‑TCGTTAATGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTc > 1:406032/1‑76 (MQ=255)
a‑TCGTTAATGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTcc > 2:3172045/1‑76 (MQ=255)
tCGTTAATGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCg > 2:2796565/1‑76 (MQ=255)
cGTTAATGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGc > 1:4829610/1‑76 (MQ=255)
tAATGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCg > 2:3389495/1‑76 (MQ=255)
aaTGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCgg > 1:3229180/1‑76 (MQ=255)
aTGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGa > 2:2931635/1‑76 (MQ=255)
tGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGAc > 2:3491330/1‑76 (MQ=255)
tGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGAc > 1:543347/1‑76 (MQ=255)
gAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACg > 1:1195814/1‑76 (MQ=255)
ccccAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGAttt < 2:5469805/75‑1 (MQ=255)
ccccAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGAttt < 1:2796565/75‑1 (MQ=255)
cccAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGAtttt > 2:690524/1‑76 (MQ=255)
cccAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGAtttt > 1:5864853/1‑76 (MQ=255)
cccAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGAtttt > 1:1771417/1‑76 (MQ=255)
cccAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGGTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGAtttt > 1:2764589/1‑76 (MQ=255)
ccAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTg > 1:1332786/1‑76 (MQ=255)
aGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGcc < 2:114534/76‑1 (MQ=255)
aGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGcc > 2:1726608/1‑76 (MQ=255)
aGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGcc > 1:4238702/1‑76 (MQ=255)
gCCATAATACCCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCg < 2:889489/76‑1 (MQ=255)
cATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGtt < 2:4327763/76‑1 (MQ=255)
cATAATAACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGtt > 1:1862368/1‑76 (MQ=255)
ataataACCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTa > 1:4173399/1‑76 (MQ=255)
taataaCCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTAt > 1:5273432/1‑76 (MQ=255)
taataaCCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTAt > 1:967642/1‑76 (MQ=255)
taataaCCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTAt > 1:1373267/1‑76 (MQ=255)
aatacCCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATc < 2:1804066/76‑1 (MQ=255)
aataaCCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATc > 1:6123446/1‑76 (MQ=255)
aataaCCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATc > 2:843003/1‑76 (MQ=255)
aataaCCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATc > 1:2149425/1‑76 (MQ=255)
ataaCCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATcg < 1:146749/76‑1 (MQ=255)
ataaCCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATcg < 2:572137/76‑1 (MQ=255)
ataaCCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATcg > 2:5198346/1‑76 (MQ=255)
ataaCCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATcg < 2:4761956/76‑1 (MQ=255)
taaCCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATcga > 1:154488/1‑76 (MQ=255)
taaCCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATcga > 2:3712477/1‑76 (MQ=255)
taaCCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATcga < 1:14947/76‑1 (MQ=255)
taaCCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATcga > 1:2937463/1‑76 (MQ=255)
aaCCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATcgac < 1:4297513/76‑1 (MQ=255)
aCCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATcgacg < 1:752844/76‑1 (MQ=255)
aCCCTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATcgacg > 1:4555620/1‑76 (MQ=255)
cTTCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGAcc > 1:1081188/1‑76 (MQ=255)
ttCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCa < 2:2064218/76‑1 (MQ=255)
ttCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCa > 1:5552938/1‑76 (MQ=255)
tCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAg > 2:1273086/1‑76 (MQ=255)
tCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAg < 1:6146508/76‑1 (MQ=255)
tCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAg < 2:2324070/76‑1 (MQ=255)
tCAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAg < 2:424373/76‑1 (MQ=255)
tCAGACACAGGGGGGCGTGGTTGGTTTTATCCTGCACTGACTACGTACGCACGATTTCGTCGTTCTCGGCGACCAg > 2:2641871/1‑76 (MQ=255)
cAGACACAGGGTGCCCTGGTTGTTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAgg < 2:5929163/76‑1 (MQ=255)
cAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAgg < 1:130545/76‑1 (MQ=255)
cAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAgg > 2:1526331/1‑76 (MQ=255)
cAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAgg < 1:5277303/76‑1 (MQ=255)
cAGACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAgg > 2:4131803/1‑76 (MQ=255)
cAGACACAGGGCGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGACCGGGCGATTTTGCCGTTCTCGACGCCCaag > 2:5867398/1‑74 (MQ=255)
gACACGGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAGGtt < 2:6005321/76‑1 (MQ=255)
gACACAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAGGtt < 1:6007378/76‑1 (MQ=255)
acccaGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAGGTTg < 2:4509454/73‑1 (MQ=255)
acacAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAGGTTg < 1:5857086/76‑1 (MQ=255)
acacAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAGGTTg > 1:4658750/1‑76 (MQ=255)
acacAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAGGTTg < 1:6276535/76‑1 (MQ=255)
acacAGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAGGTTg < 1:2417057/76‑1 (MQ=255)
acaGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAGGTTGAt > 2:1763547/1‑76 (MQ=255)
caGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAGGTTGAtt < 2:3588230/76‑1 (MQ=255)
caGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAGGTTGAtt > 2:1038770/1‑76 (MQ=255)
caGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAGGTTGAtt > 1:3577733/1‑76 (MQ=255)
aGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAGGTTGAttt < 1:3684891/76‑1 (MQ=255)
aGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAGGTTGAttt > 1:3636308/1‑76 (MQ=255)
aGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAGGTTGAttt > 1:3313723/1‑76 (MQ=255)
aGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAGGTTGAttt > 1:2516163/1‑76 (MQ=255)
aGGGTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAGGTTGAttt < 2:93856/76‑1 (MQ=255)
gggTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAGGTTGAtttt < 1:4893656/76‑1 (MQ=255)
gggTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAGGTTGAtttt > 2:3243419/1‑76 (MQ=255)
ggTGCCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAGGTTGATTTTg > 1:5363898/1‑76 (MQ=255)
|
TTTTCAGGCGCGGGGTCAGGATCTGGGTA‑TCGTTAATGAAGTCCCAGCCATAATAACCCTTCAGACACAGGGTACCCTGGTTGGTTTTCCCCTGCGCTGCCTCCGCCCGGACGATTTTGCCGTTATCGACGACCAGGTTGATTTTG > REL606/4277999‑4278144
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
