Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A82 F1 I1 R1
|
16 |
52.8 |
3323890 |
97.1% |
3227497 |
76.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| JC |
REL606 |
4,097,038 |
(AGCAAGGGAGC)1→2 |
coding (535/846 nt) |
glpF ← |
glycerol facilitator |
|
| |
seq id |
position |
reads (cov) |
reads (cov) |
score |
skew |
freq |
annotation |
gene |
product |
| * |
? |
REL606 |
4097027 = | 7 (0.130) | 46 (0.890) |
35/148 |
0.5 |
89.4% |
coding (546/846 nt) |
glpF |
glycerol facilitator |
| ? | REL606 |
= 4097037 |
4 (0.080) | coding (536/846 nt) |
glpF |
glycerol facilitator |
TGATGGGGCTGATCCTGGCGTTAACGGACGATGGCAACGGTGTACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/4097097‑4097027
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCATCTATGGGCCCATTGACGGGTTTTGCCATGAACC < REL606/4097037‑4096963
TGATGGGGCTGATCCTGGCGTTAACGGACGATGGCAACGGTGTACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGCTCCC > 2:216514/1‑76
TGATGGGGCTGATCCTGGCGTTAACGGACGATGGCAACGGTGTACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCCTGCTGCTCCC > 2:898035/1‑76
GATGGGGCTGATCCTGGCGTTAACGGACGATGGCAACGGTGTACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGCTCCCT > 1:914552/1‑76
ATGGGGCTGATCCTGGCGTTAACGGACGATGGCAACGGTGTACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGCTCCCTT < 1:1227006/76‑1
TGGGGCTGATCCTGGCGTTAACGGACGATGGCAACGGTGTACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGCTCCCTTG > 1:1347123/1‑76
GGGGCTGATCCTGGCGTTAACGGACGATGGCAACGGTGTACGACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGCTCCCTTGC > 2:353942/1‑76
GGGCTGATCCTGGCGTTAACGGACGATGGCAACGGTGTACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGCTCCCTTGCT > 2:259669/1‑76
GCTGATCCTGGCGTTAACGGACGATGGCAACGGTGTTCCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGCTCCCTTGCTGA < 2:198165/76‑1
TGATCCTGGCGTTAACGGACGATGGCAACGGTGTACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGCTCCCTTGCTGCTT > 1:995764/1‑76
TGATCCTGGCGTTAACGGACGATGGCAACGGTGTACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGCTCCCTTGCTGATT < 2:1045311/76‑1
TGATCCTGGCGTTAACGGACGATGGCAACGGTGTACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGCTCCCTTGCTGATT < 1:392311/76‑1
GATCCTGGCGTTAACGGACGATGGCAACGGTGTACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGCTCCCTTGCTGATTG < 1:1005402/76‑1
GATCCTGGCGTTAACGGACGATGGCAACGGTGTACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGCTCCCTTGCTGATTG > 2:1645228/1‑76
CCTGGCGTTAACGGACGATGGCAACGGTGTACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGCTCCCTTGCTGATTGGTC < 2:1545469/76‑1
CTGGCGTTAGCGGACGATGGCAGCGGTGTCCCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGCTCCCTTGCTGATTGGTCT < 1:71075/76‑1
CTGGCGTTAACGGACGATGGCAACGGTGTACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGCTCCCTTGCTGATTGGTCT < 1:1363480/76‑1
TGGCGTTAACGGACGATGGCAACGGTGTACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGCTCCCTTGCTGATTGGTCTA > 1:395730/1‑76
TGGCGTTAACGGACGATGGCAACGGTGTACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGCTCCCTTGCTGATTGGTCTA > 1:413378/1‑76
TTAACGGACGATGGCAACGGTGTACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGAT > 2:534045/1‑76
ACGATGGCAACGGTGTACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTC < 1:1373558/76‑1
ACGATGGCAACGGTGTACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTC < 1:258246/76‑1
ACGATGGCAACGGTGTACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTC < 2:780864/76‑1
CGATGGCAACGGTGTACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCA > 1:216609/1‑76
GATGGCAACGGTGTACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCAT < 1:1574801/76‑1
GTGTACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCATCT < 1:703301/76‑1
TGTACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCATCTA < 2:1017050/76‑1
TGTACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCATCTA > 2:801185/1‑76
TGTACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCATCTA > 2:1562385/1‑76
GTACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCATCTAT < 1:866656/76‑1
TACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCATCTATG < 1:366184/76‑1
ACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCATCTATGG < 2:1403681/76‑1
CACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCATCTATGGGC > 2:454301/1‑76
cCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCATCTATGGGCCCA < 2:1467059/75‑1
GCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCATCTATGGGCCCA < 1:604536/76‑1
CGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCATCTATGGGCCCAT > 1:1235206/1‑76
GCCCTTTGGCTCCCTTGCTGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCATCTATGGGCCCATTG < 1:1316749/76‑1
GCCCTTTGGCTCCCTTGCTGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCATCTATGGGCCCATTG < 1:667081/76‑1
GCCCTTTGGCTCCCTTGCTGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCATCTATGGGCCCATTG < 1:306751/76‑1
CCCTTTGGCTCCCTTGCTGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCATCTATGGGCCCATTGA < 2:691557/76‑1
TTGGCTCCCTTGCTGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCATCTATGGGCCCATTGACGGG > 2:492853/1‑76
CTCCCTTGCTGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCATCTATGGGCCCATTGACGGGTTTT > 2:296632/1‑76
CTCCCTTGCTGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCATCTATGGGCCCATTGACGGGTTTT < 2:297304/76‑1
CCCTTGCTGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCATCTATGGGCCCATTGACGGGTTTTGC > 1:809763/1‑76
CCCTTGCTGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCATCTATGGGCCCATTGACGGGTTTTGC > 1:396283/1‑76
TTGCTGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCATCTATGGGCCCATTGACGGGTTTTGCCAT > 1:165968/1‑76
TGCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCATCTATGGGCCCATTGACGGGTTTTGCCATGAAC > 1:153974/1‑76
GCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCATCTATGGGCCCATTGACGGGTTTTGCCATGAACC > 1:372135/1‑76
GCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGCCATTGGCGCATCTATGGGCCCATTGACGGGTTTTGCCATGAACC > 2:834470/1‑76
TGATGGGGCTGATCCTGGCGTTAACGGACGATGGCAACGGTGTACCACGCGGCCCTTTGGCTCCCTTGCTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/4097097‑4097027
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gCTCCCTTGCTGATTGGTCTACTGATTGCGGTCATTGGCGCATCTATGGGCCCATTGACGGGTTTTGCCATGAACC < REL606/4097037‑4096963
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
|---|
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |
GATK/CNVnator alignment
N/A
