Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A42 F1 I1 R1
|
17 |
53.4 |
3386926 |
97.4% |
3298865 |
76.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
REL606 |
3,029,249 |
Δ1 bp |
intergenic (‑788/+273) |
ECB_02828 ← / ← yghD |
Polysialic acid transport protein kpsM/predicted secretion pathway M‑type protein, membrane anchored |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | REL606 | 3,029,246 | 0 | T | . | 93.8%
| 345.9
/ 18.1
| 81 | intergenic (‑785/+276) | ECB_02828/yghD | Polysialic acid transport protein kpsM/predicted secretion pathway M‑type protein, membrane anchored |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/5); new base . (25/51); total (25/56) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.17e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
TGATTATCTCCAGGAATTTTACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATGTTTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAATGTGTCAAAACACTTAAG > REL606/3029174‑3029317
|
tGATTATCTCCAGGAATTTTACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATGtttg > 2:555741/1‑75 (MQ=255)
gATTATCTCCAGGAATTTTACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATGtttgg > 2:1465990/1‑74 (MQ=255)
aTTATCTCCAGGAATTTTACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATGtttggt > 1:1492910/1‑73 (MQ=255)
aTTATCTCCAGGAATTTTACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATGtttggt > 1:1492902/1‑73 (MQ=255)
tATCTCCAGGAATTTTACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCt < 1:25958/76‑1 (MQ=255)
tctcCAGGAATTTTACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTAt < 1:607675/76‑1 (MQ=255)
tcCAGGAATTTTACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCa > 2:66804/1‑76 (MQ=255)
tcCAGGAATTTTACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCa > 2:254749/1‑76 (MQ=255)
tcCAGGAATTTTACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCa > 1:85955/1‑76 (MQ=255)
ggAATTTTACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGATTTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTg < 1:627816/76‑1 (MQ=255)
ggAATTTTACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTg < 1:627814/76‑1 (MQ=255)
aaTTTTACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCTCACAAGAATTAGCCTGNATG‑TTTGGTCTATCAATTGtt > 2:278310/1‑76 (MQ=255)
aaTTTTACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGtt > 1:779676/1‑76 (MQ=255)
aaTTTTACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGtt > 2:1494718/1‑76 (MQ=255)
tttACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACt > 1:998055/1‑76 (MQ=255)
ttACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTc < 2:1475173/76‑1 (MQ=255)
ttACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTc > 2:1327293/1‑76 (MQ=255)
tACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCa < 1:108351/76‑1 (MQ=255)
tACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCa < 2:488626/76‑1 (MQ=255)
tACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCa < 2:348731/76‑1 (MQ=255)
tACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCa < 2:348728/76‑1 (MQ=255)
tACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCa < 2:348699/76‑1 (MQ=255)
tACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCa < 1:849314/76‑1 (MQ=255)
tACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCa < 2:609951/76‑1 (MQ=255)
tACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCa < 2:760836/76‑1 (MQ=255)
aCTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCaa < 1:246251/76‑1 (MQ=255)
aCTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCaa < 1:246238/76‑1 (MQ=255)
aCTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCaa > 2:352777/1‑76 (MQ=255)
aaTTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGa > 2:823024/1‑76 (MQ=255)
tttCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGAtt > 2:806550/1‑76 (MQ=255)
tttCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGAtt > 1:1339539/1‑76 (MQ=255)
ttCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGAttt < 2:1642933/76‑1 (MQ=255)
ttCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGAttt < 1:802303/76‑1 (MQ=255)
tCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATACGTTTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGAttt < 2:598517/76‑1 (MQ=255)
aGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGc < 2:670985/76‑1 (MQ=255)
acacAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACt < 1:1292077/76‑1 (MQ=255)
cacaAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTa < 1:426077/76‑1 (MQ=255)
acaAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTAt < 2:741698/76‑1 (MQ=255)
acaAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTAt < 1:1327586/76‑1 (MQ=255)
acaAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTAt < 2:50470/76‑1 (MQ=255)
acaAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTAt < 2:50450/76‑1 (MQ=255)
gaaaaTACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTAtt < 1:1085851/75‑1 (MQ=255)
caAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTAtt > 2:333168/1‑76 (MQ=255)
aaaaTACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATta < 2:1529967/76‑1 (MQ=255)
aaaTACAGATCACACAAGAATTATCCTATATGTTTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATta < 1:980641/76‑1 (MQ=255)
aaaTACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATtaa < 2:627582/76‑1 (MQ=255)
aaTACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATtaat > 2:83302/1‑76 (MQ=255)
aTACAGCTCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATtaata > 2:993922/1‑76 (MQ=255)
aTACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATtaata > 2:94480/1‑76 (MQ=255)
aTACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATtaata > 2:1086160/1‑76 (MQ=255)
aTACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATtaata < 1:1251108/76‑1 (MQ=255)
tACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATtaataa < 1:1606791/76‑1 (MQ=255)
tACAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATtaataa < 2:769204/76‑1 (MQ=255)
aCAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTaataat < 2:97320/76‑1 (MQ=255)
aCAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTaataat > 2:331879/1‑76 (MQ=255)
cAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATc < 1:528644/76‑1 (MQ=255)
cAGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATc < 1:528649/76‑1 (MQ=255)
aGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCa < 1:147124/76‑1 (MQ=255)
aGATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCa < 1:147109/76‑1 (MQ=255)
gATCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCAt < 1:249834/76‑1 (MQ=255)
tCACACAAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATaa < 2:731580/76‑1 (MQ=255)
ncacacaAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATaa > 1:145533/2‑76 (MQ=255)
cacacaAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAAt > 1:1671797/1‑76 (MQ=255)
cacacaAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAAt < 2:1689291/76‑1 (MQ=255)
acacaAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAAtg > 1:814535/1‑76 (MQ=255)
acacaAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAAtg < 1:150980/76‑1 (MQ=255)
acaAGAATTATCCTATATGTTTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAAtgt < 2:352058/76‑1 (MQ=255)
acaAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAAtgtg < 1:875044/76‑1 (MQ=255)
acaAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAAtgtg < 1:875061/76‑1 (MQ=255)
caAGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAATgtgt < 2:1139460/76‑1 (MQ=255)
aaGAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAATGTGTc > 1:683086/1‑76 (MQ=255)
gAATTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAATGTGTCaa < 1:632585/76‑1 (MQ=255)
aaTTATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAATGTGTCaaa < 1:1450380/76‑1 (MQ=255)
tATCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAATGTGTCAAAaca > 2:1318977/1‑76 (MQ=255)
tATCCTATATATTTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAATGTGTCAAAac < 1:710973/76‑1 (MQ=255)
tCCTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAATGTGTCAAAACACt < 1:563227/76‑1 (MQ=255)
ccTATATGTTTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAATGTGTCAAAACACt < 2:833969/76‑1 (MQ=255)
ccTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAATGTGTCAAAACACtt > 1:307878/1‑76 (MQ=255)
ccTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAATGTGTCAAAACACtt < 1:705304/76‑1 (MQ=255)
ccTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAATGTGTCAAAACACtt < 2:773416/76‑1 (MQ=255)
ccTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAATGTGTCAAAACACtt < 2:1234082/76‑1 (MQ=255)
cTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATANTCATAATGTGTCAAAACACTTa < 2:230505/76‑1 (MQ=255)
cTATATG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAATGTGTCAAAACACTTa < 1:1042839/76‑1 (MQ=255)
atatG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAATGTGTCAAAACACTTAAg < 1:1299661/76‑1 (MQ=255)
atatG‑TTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAATGTGTCAAAACACTTAAg > 2:1394366/1‑76 (MQ=255)
|
TGATTATCTCCAGGAATTTTACTAATTTCCAAGCTACACAAAATACAGATCACACAAGAATTATCCTATATGTTTTGGTCTATCAATTGTTACTCAATGATTTATTGCAACTATTAATAATCATAATGTGTCAAAACACTTAAG > REL606/3029174‑3029317
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
