Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A70 F1 I1 R1
|
18 |
48.6 |
3152226 |
95.8% |
3019832 |
76.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
REL606 |
1,882,907 |
T→G |
L148* (TTA→TGA) |
manZ → |
mannose‑specific enzyme IID component of PTS |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | REL606 | 1,882,907 | 0 | T | G | 97.9%
| 195.5
/ ‑4.1
| 47 | L148* (TTA→TGA) | manZ | mannose‑specific enzyme IID component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base G (28/18); total (29/18) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 |
CGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATG > REL606/1882835‑1882978
|
cGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAgg > 2:243100/1‑76 (MQ=255)
aTCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTc > 2:888646/1‑76 (MQ=255)
ctGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCgctg > 2:960791/1‑76 (MQ=255)
ggAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGGCTGTGAGGTCCGCTGCTGt > 2:1116274/1‑76 (MQ=255)
cGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGttcttc > 1:1534929/1‑76 (MQ=255)
cGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGttcttc < 2:1209813/76‑1 (MQ=255)
tACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCAt < 1:1447127/76‑1 (MQ=255)
cGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGtt > 2:329879/1‑76 (MQ=255)
ggTTTTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGttt < 2:1551073/76‑1 (MQ=255)
ggTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGttt > 1:1099069/1‑76 (MQ=255)
ggTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGttt < 2:1574956/76‑1 (MQ=255)
gTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTa < 2:486634/76‑1 (MQ=255)
aTTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAAc < 2:514577/76‑1 (MQ=255)
aTTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAAc > 1:1309639/1‑76 (MQ=255)
tttGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAAcc < 2:1165683/76‑1 (MQ=255)
tGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTg > 2:196784/1‑76 (MQ=255)
gcagcaCTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTgg > 2:861558/1‑76 (MQ=255)
cagcaCTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGt < 2:1296392/76‑1 (MQ=255)
cccTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCg < 2:1534929/74‑1 (MQ=255)
cTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTc > 1:461720/1‑76 (MQ=255)
tGGGTGCCGGTATCGCGATTAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCt < 2:345539/76‑1 (MQ=255)
tGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCt < 1:1125849/76‑1 (MQ=255)
tGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCt < 1:1148988/76‑1 (MQ=255)
tGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCt > 1:93761/1‑76 (MQ=255)
gggTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTg < 1:1020109/76‑1 (MQ=255)
tGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCa < 2:1316493/76‑1 (MQ=255)
tGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCa < 2:1518696/76‑1 (MQ=255)
gTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCg > 1:350971/1‑76 (MQ=255)
aTCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGtt > 2:846975/1‑76 (MQ=255)
aTCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGtt > 2:256985/1‑76 (MQ=255)
aTCGCGATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCCtt > 2:779457/1‑76 (MQ=255)
cgATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTtacta > 1:1123240/1‑76 (MQ=255)
gATGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTtactac > 1:324751/1‑76 (MQ=255)
aTGAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACg > 2:1149694/1‑76 (MQ=255)
gAGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGgc > 2:1083119/1‑76 (MQ=255)
aGCGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGgcg < 2:1411636/76‑1 (MQ=255)
cGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGgcgta < 2:1105237/76‑1 (MQ=255)
cGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGgcgta < 1:1302426/76‑1 (MQ=255)
cGGCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGgcgta > 2:1215317/1‑76 (MQ=255)
ggCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGgcgtag > 2:1375486/1‑76 (MQ=255)
ggCAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGgcgtag > 1:976661/1‑76 (MQ=255)
cAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGgcgtagcg > 1:1044406/1‑76 (MQ=255)
cAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGgcgtagcg > 2:675373/1‑76 (MQ=255)
cAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGgcgtagcg > 2:604552/1‑76 (MQ=255)
cAGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGgcgtagcg > 2:188799/1‑76 (MQ=255)
aGCCTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGgcgtagcgt > 1:114746/1‑76 (MQ=255)
cTGTGAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATg > 2:1534856/1‑76 (MQ=255)
|
CGATCTTCTGGGGAACCGTACGTCCGGTATTTGCAGCACTGGGTGCCGGTATCGCGATGAGCGGCAGCCTGTTAGGTCCGCTGCTGTTCTTCATCCTGTTTAACCTGGTGCGTCTGGCAACCCGTTACTACGGCGTAGCGTATG > REL606/1882835‑1882978
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
