Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A133 F1 I1 R1
|
21 |
238.6 |
15028552 |
95.5% |
14352267 |
76.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
REL606 |
4,202,635 |
T→C |
intergenic (‑76/‑124) |
iclR ← / → metH |
DNA‑binding transcriptional repressor/B12‑dependent methionine synthase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | REL606 | 4,202,635 | 0 | T | C | 99.6%
| 1122.0
/ ‑4.3
| 257 | intergenic (‑76/‑124) | iclR/metH | DNA‑binding transcriptional repressor/B12‑dependent methionine synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (154/102); total (154/103) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.01e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.38e-01 |
Only 100 of 260 total aligned reads displayed.
CAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTATGCCAGT > REL606/4202562‑4202707
|
aGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCg > 2:7043826/1‑76 (MQ=255)
tctcCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGAt < 2:4036233/76‑1 (MQ=255)
tctcCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGAt < 1:7480376/76‑1 (MQ=255)
tctcCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGAt < 1:2111529/76‑1 (MQ=255)
tctcCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGAt < 2:1418490/76‑1 (MQ=255)
ctcCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATg < 1:7018328/76‑1 (MQ=255)
ccTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAg > 2:5646719/1‑76 (MQ=255)
ccTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAg > 1:3636399/1‑76 (MQ=255)
ccTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCCGAACTGACCCGATGAg < 1:3285373/76‑1 (MQ=255)
tttttCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGtt > 2:7351239/1‑76 (MQ=255)
tttttCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGtt < 1:2407600/76‑1 (MQ=255)
ttttCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTa < 1:5573863/76‑1 (MQ=255)
ttttCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTa > 1:5222442/1‑76 (MQ=255)
ttttCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTa > 2:505546/1‑76 (MQ=255)
tttCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTaa < 2:4489473/76‑1 (MQ=255)
ttCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAAt > 1:1846125/1‑76 (MQ=255)
ttCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAAt < 2:6040861/76‑1 (MQ=255)
tCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATg < 1:809460/76‑1 (MQ=255)
cTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGt > 2:1017232/1‑76 (MQ=255)
cTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGt > 2:3820135/1‑76 (MQ=255)
cTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGt < 1:5930920/76‑1 (MQ=255)
tGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGtt > 2:1846522/1‑76 (MQ=255)
gTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTg < 1:3271554/76‑1 (MQ=255)
tATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGa < 2:3348741/76‑1 (MQ=255)
tATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGa > 2:6088214/1‑76 (MQ=255)
aTCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGaa < 1:4826500/76‑1 (MQ=255)
cGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACa < 2:3879804/76‑1 (MQ=255)
cGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCCAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACa > 2:2558648/1‑76 (MQ=255)
gTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACaa > 1:4738723/1‑76 (MQ=255)
tGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACaaa > 1:7201526/1‑76 (MQ=255)
tGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACaaa > 1:5787828/1‑76 (MQ=255)
tGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACaaa > 2:5689654/1‑76 (MQ=255)
ggAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAAt > 1:1056721/1‑76 (MQ=255)
ggAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAAt > 1:1928314/1‑76 (MQ=255)
aaTCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAAtctc < 2:2404652/76‑1 (MQ=255)
tcattttcatttTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCAt > 2:5266159/1‑76 (MQ=255)
cattttcattttTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATg < 1:3190065/76‑1 (MQ=255)
attttcattttTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGt > 2:4279537/1‑76 (MQ=255)
attttcattttTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGt > 2:1329106/1‑76 (MQ=255)
attttcattttTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGt > 1:4160340/1‑76 (MQ=255)
ttcattttTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGc > 1:936403/1‑76 (MQ=255)
tcattttTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCg < 2:2000685/76‑1 (MQ=255)
attttTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCgtg > 2:2698302/1‑76 (MQ=255)
tttttATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCgtgg > 2:6243646/1‑76 (MQ=255)
ttttATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCgtggt > 1:6131700/1‑76 (MQ=255)
tttATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCgtggtg > 1:5561714/1‑76 (MQ=255)
tttATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCgtggtg > 2:51796/1‑76 (MQ=255)
tttATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCgtggtg > 2:2996515/1‑76 (MQ=255)
ttATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGtggtgg > 2:4015509/1‑76 (MQ=255)
ttATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGtggtgg > 1:267365/1‑76 (MQ=255)
ttATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGtggtgg > 1:5986993/1‑76 (MQ=255)
tATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTggtggt > 1:3951074/1‑76 (MQ=255)
tATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTggtggt > 2:5360715/1‑76 (MQ=255)
aTTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTc > 2:4827074/1‑76 (MQ=255)
aTTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTc > 1:3541418/1‑76 (MQ=255)
aTTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTc < 1:4980909/76‑1 (MQ=255)
ttGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCg > 1:1935674/1‑76 (MQ=255)
ttGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCg > 1:1376660/1‑76 (MQ=255)
gTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCt > 1:5406710/1‑76 (MQ=255)
ttAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCtt < 2:5239033/76‑1 (MQ=255)
ttAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCtt > 2:1125670/1‑76 (MQ=255)
ttAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCtt < 2:4203250/76‑1 (MQ=255)
ttAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCtt > 2:7403309/1‑76 (MQ=255)
ttAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCtt < 2:3227155/76‑1 (MQ=255)
ttAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCtt > 1:7401847/1‑76 (MQ=255)
aGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCtttt < 1:7236682/76‑1 (MQ=255)
aGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCtttt < 1:4303947/76‑1 (MQ=255)
cTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTAc > 2:2765502/1‑76 (MQ=255)
cTAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTAc > 2:616702/1‑76 (MQ=255)
tAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTAcc > 1:4991688/1‑76 (MQ=255)
tAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTAcc > 2:5965994/1‑76 (MQ=255)
tAATGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTAcc > 1:2363411/1‑76 (MQ=255)
aaTGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACca < 1:6404182/76‑1 (MQ=255)
aaTGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACca < 2:2019451/76‑1 (MQ=255)
tGCAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACcaca > 1:2684426/1‑76 (MQ=255)
cAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACGAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGa < 2:2936487/76‑1 (MQ=255)
cAATAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGa > 2:4612883/1‑76 (MQ=255)
aaTAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGAt < 2:89289/76‑1 (MQ=255)
aaTAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGAt < 1:1587506/76‑1 (MQ=255)
aTAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATg < 2:2198538/76‑1 (MQ=255)
tAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGc < 1:6085381/76‑1 (MQ=255)
tAGTTGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGc > 1:5483544/1‑76 (MQ=255)
tGCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGttt < 2:1245120/76‑1 (MQ=255)
gCTGAACTGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTa < 2:1547634/76‑1 (MQ=255)
gCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTa < 1:1327379/76‑1 (MQ=255)
gCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTa < 2:5484293/76‑1 (MQ=255)
gCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTa > 1:171477/1‑76 (MQ=255)
gCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTa > 2:5903930/1‑76 (MQ=255)
gCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTa < 1:4499439/76‑1 (MQ=255)
gCTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTa > 2:6521714/1‑76 (MQ=255)
cTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTAt < 2:3051561/76‑1 (MQ=255)
cTGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTAt < 1:3855065/76‑1 (MQ=255)
tGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTATg > 1:1169441/1‑76 (MQ=255)
tGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTATg < 2:4290546/76‑1 (MQ=255)
tGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTATg > 1:3761203/1‑76 (MQ=255)
tGAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTATg > 1:6680573/1‑76 (MQ=255)
gAACTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTATGc > 1:688596/1‑76 (MQ=255)
cTGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTATGCCAg > 2:7247798/1‑76 (MQ=255)
tGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTATGCCAGt > 1:6311211/1‑76 (MQ=255)
tGACCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTATGCCAGt < 2:3667016/76‑1 (MQ=255)
|
CAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTATGCCAGT > REL606/4202562‑4202707
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
