Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A48 F1 I1 R1
|
19 |
65.6 |
4133022 |
97.0% |
4009031 |
76.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
REL606 |
2,701,213 |
T→G |
L151R (CTG→CGG) |
proW → |
glycine betaine transporter subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | REL606 | 2,701,213 | 0 | T | G | 100.0%
| 202.9
/ NA
| 49 | L151R (CTG→CGG) | proW | glycine betaine transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base G (21/28); total (21/28) |
TGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCGAGAAGTCCG > REL606/2701141‑2701283
|
tgGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCgggg > 2:1574671/1‑75 (MQ=255)
ggCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCGGgtg > 2:1392827/1‑76 (MQ=255)
cGACGCTGGTTTCGCGGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCGGGTGtt < 2:993530/76‑1 (MQ=255)
aCGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCGGGTGTTaa < 2:1191904/76‑1 (MQ=255)
aCGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCGGGTGTTaa > 1:1913124/1‑76 (MQ=255)
tGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCGGGTGTTAACCGc > 1:1035979/1‑76 (MQ=255)
tGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCGGGTGTTAACCGc > 1:1558917/1‑76 (MQ=255)
tGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCGGGTGTTAACCGc > 1:1619737/1‑76 (MQ=255)
tttCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCGGGTGTTAACCGCCct > 2:699865/1‑76 (MQ=255)
tttCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCGGGTGTTAACCGCCct > 2:1433641/1‑76 (MQ=255)
tttCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCGGGTGTTAACCGCCct < 1:393899/76‑1 (MQ=255)
tttCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCGGGTGTTAACCGCCct < 1:341570/76‑1 (MQ=255)
ttCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCGGGTGTTAACCGCCctg > 1:1480492/1‑76 (MQ=255)
ttCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCGGGTGTTAACCGCCctg < 2:68766/76‑1 (MQ=255)
gtCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCGGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCGGGTGTTAACCGCCctg < 2:1194009/75‑1 (MQ=255)
tCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCGGGTGTTAACCGCCctgc > 1:263968/1‑76 (MQ=255)
gCTGATTGCCATCGGCGCAGTCGTTGCCTGGTCGTAGGCAATGGTGACTCTGGCGCGGGTGTTAACCGCCctgctg < 2:526960/76‑1 (MQ=255)
gCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCGGGTGTTAACCGCCctgctg < 2:1864280/76‑1 (MQ=255)
cTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCGGGTGTTAACCGCCCTGCTGt > 1:765804/1‑76 (MQ=255)
gATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCGGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTc > 1:256220/1‑76 (MQ=255)
ttGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCGGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTg < 2:256220/76‑1 (MQ=255)
ttGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCGGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTg < 1:1292701/76‑1 (MQ=255)
gCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCGGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTa < 1:1592759/76‑1 (MQ=255)
ccATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCGGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTAt < 2:647768/76‑1 (MQ=255)
ggCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCGGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCa > 2:518222/1‑76 (MQ=255)
ggCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCGGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCa < 2:1910832/76‑1 (MQ=255)
gcgcAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCGGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCAt < 2:1427183/76‑1 (MQ=255)
aaTCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCGGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGt > 2:18713/1‑76 (MQ=255)
aaTCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCGGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGt > 2:187444/1‑76 (MQ=255)
aaTCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCGGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGt > 1:1071984/1‑76 (MQ=255)
aaTCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCGGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGt < 2:1368975/76‑1 (MQ=255)
cGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCGGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTg > 2:1664897/1‑76 (MQ=255)
cGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCGGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTg < 2:2028340/76‑1 (MQ=255)
tGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCGGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCg < 1:1497216/76‑1 (MQ=255)
ccTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCGGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGtt < 2:1275626/76‑1 (MQ=255)
ccTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCGGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGtt < 2:668587/76‑1 (MQ=255)
cTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCGGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTg > 1:454683/1‑76 (MQ=255)
cTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCGGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTg > 1:818725/1‑76 (MQ=255)
cTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCGGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTg < 2:1608491/76‑1 (MQ=255)
gTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCGGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTgggg < 1:272497/76‑1 (MQ=255)
gCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCGGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGata < 2:877183/76‑1 (MQ=255)
cAGGCAATGGTGTCTCTGGCGCGGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGatat < 1:844043/76‑1 (MQ=255)
aGGCAATGGTGACTCTGGCGCGGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATAtg > 2:922092/1‑76 (MQ=255)
ggCAATGGTGACTCTGGCGCGGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATAtgg < 1:1468519/76‑1 (MQ=255)
gCAATGGTGACTCTGGCGCGGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATAtggc < 2:1796135/76‑1 (MQ=255)
aaTGGTGACTCTGGCGCGGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATAtggctg < 2:1220230/76‑1 (MQ=255)
tGGTGACTCTGGCGCGGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATAtggctggc < 1:1489528/76‑1 (MQ=255)
ggTGGCTCTGGCGCGGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCg < 1:343034/76‑1 (MQ=255)
gTGACTCTGGCGCGGGTTTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCga < 2:1811679/76‑1 (MQ=255)
gACTCTGGCGCGGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGGgaga > 1:1928465/1‑76 (MQ=255)
gACTCTGGCGCGGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCgaga > 1:1454566/1‑76 (MQ=255)
aCTGTGGCGCGGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCGAGaa < 2:1488147/76‑1 (MQ=255)
ggCGCGGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCGAGAAGTCcg < 2:356272/76‑1 (MQ=255)
|
TGGCGACGCTGGTTTCGCTGATTGCCATCGGCGCAATCGGTGCCTGGTCGCAGGCAATGGTGACTCTGGCGCTGGTGTTAACCGCCCTGCTGTTCTGTATCGTCATCGGTTTGCCGTTGGGGATATGGCTGGCGAGAAGTCCG > REL606/2701141‑2701283
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
