Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A48 F1 I1 R1
|
19 |
65.6 |
4133022 |
97.0% |
4009031 |
76.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
REL606 |
4,202,632 |
T→C |
intergenic (‑73/‑127) |
iclR ← / → metH |
DNA‑binding transcriptional repressor/B12‑dependent methionine synthase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | REL606 | 4,202,632 | 0 | T | C | 100.0%
| 267.6
/ NA
| 61 | intergenic (‑73/‑127) | iclR/metH | DNA‑binding transcriptional repressor/B12‑dependent methionine synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (34/27); total (34/27) |
GACAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTATGC > REL606/4202560‑4202703
|
gACAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGAt < 2:1011201/76‑1 (MQ=255)
aCAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATc < 2:1846892/76‑1 (MQ=255)
gTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGa < 2:1086726/76‑1 (MQ=255)
tctcCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAAccgatccgat < 1:369083/76‑1 (MQ=255)
tctcCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAAccgatccgat < 2:1664698/76‑1 (MQ=255)
tctcCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAAccgatccgat < 2:1562864/76‑1 (MQ=255)
ctcCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGATCCGATCCGATg < 2:62665/76‑1 (MQ=255)
ctcCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATg < 2:194648/76‑1 (MQ=255)
ctcCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATg < 2:1935953/76‑1 (MQ=255)
ctcCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATg > 1:1593257/1‑76 (MQ=255)
ctcCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATg < 2:1178211/76‑1 (MQ=255)
tcCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGa > 2:763618/1‑76 (MQ=255)
tcCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGa < 2:1090927/76‑1 (MQ=255)
tttCTGTATCGTGGTAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTaa < 1:1248331/76‑1 (MQ=255)
tCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATg < 1:1075364/76‑1 (MQ=255)
tCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATg > 2:912646/1‑76 (MQ=255)
cTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGt > 1:1879415/1‑76 (MQ=255)
cTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGt > 1:652779/1‑76 (MQ=255)
tGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGtt < 2:1633798/76‑1 (MQ=255)
aTCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGTTGaa > 2:1326740/1‑76 (MQ=255)
aTCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGTTGaa < 1:344202/76‑1 (MQ=255)
tCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGTTGAAc < 2:2023196/76‑1 (MQ=255)
tCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGTTGAAc < 1:1126133/76‑1 (MQ=255)
cGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGTTGAACa > 1:2026448/1‑76 (MQ=255)
cGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGTTGAACa > 1:1611078/1‑76 (MQ=255)
tGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGTTGAACaaa > 1:1372658/1‑76 (MQ=255)
aaaTCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAAtct < 1:1883534/76‑1 (MQ=255)
aaaTCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAAtct < 2:780954/76‑1 (MQ=255)
aaTCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAAtctc < 1:195069/76‑1 (MQ=255)
aTCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCa > 1:1342842/1‑76 (MQ=255)
tcattttcatttTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCAt < 2:1977983/76‑1 (MQ=255)
tcattttcatttTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCAt < 1:400778/76‑1 (MQ=255)
ttcattttTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGc > 1:1835543/1‑76 (MQ=255)
cattttTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCgt > 1:754926/1‑76 (MQ=255)
cattttTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCgt > 1:1904293/1‑76 (MQ=255)
tttttATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCgtgg < 1:1365357/76‑1 (MQ=255)
ttATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGtggtgg < 1:1921719/76‑1 (MQ=255)
ttATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGtggtgg > 1:571408/1‑76 (MQ=255)
ttATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGtggtgg > 1:1621324/1‑76 (MQ=255)
tATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGGGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTggtggt > 2:1142894/1‑76 (MQ=255)
aTTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTc > 1:544881/1‑76 (MQ=255)
aTTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTc > 2:390124/1‑76 (MQ=255)
ttGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCg > 1:1268752/1‑76 (MQ=255)
ttAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCtt > 2:1706795/1‑76 (MQ=255)
tAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCttt > 1:1755803/1‑76 (MQ=255)
aGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCtttt > 1:220555/1‑76 (MQ=255)
aGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCtttt > 1:216144/1‑76 (MQ=255)
aGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCtttt < 1:464060/76‑1 (MQ=255)
aGCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCtttt < 2:865957/76‑1 (MQ=255)
gCTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTa > 1:1685594/1‑76 (MQ=255)
cTAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTAc > 2:2042281/1‑76 (MQ=255)
tAATGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTAcc > 1:1255575/1‑76 (MQ=255)
tGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACcaca > 2:32313/1‑76 (MQ=255)
tGCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACcaca < 1:1745111/76‑1 (MQ=255)
gCAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAg < 1:1429641/76‑1 (MQ=255)
cAATAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGa > 2:1609992/1‑76 (MQ=255)
aaTAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGAt < 2:1444548/76‑1 (MQ=255)
aTAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATg > 1:2036903/1‑76 (MQ=255)
aTAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATg > 2:987574/1‑76 (MQ=255)
tAGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGc > 2:68584/1‑76 (MQ=255)
aGTTGCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCg < 1:869866/76‑1 (MQ=255)
gCTGAACCGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTa > 2:12363/1‑76 (MQ=255)
cTGAACCGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTAt > 1:437651/1‑76 (MQ=255)
gAACCGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTATGc > 2:944502/1‑76 (MQ=255)
|
GACAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTGCTGAACTGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTATGC > REL606/4202560‑4202703
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
