Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A47 F1 I1 R1
|
17 |
69.1 |
4502028 |
96.3% |
4335452 |
75.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
REL606 |
1,994,856 |
A→C |
intergenic (+342/‑1) |
amn → / → yeeN |
AMP nucleosidase/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | REL606 | 1,994,856 | 0 | A | C | 96.4%
| 357.0
/ 0.9
| 83 | intergenic (+342/‑1) | amn/yeeN | AMP nucleosidase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/2); new base C (46/34); total (47/36) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.76e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
GATATAATATGCTGAATTAACACATGTTAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCAGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGTGCAACGTCTAAAATTTATG > REL606/1994783‑1994926
|
gATATAATATGCTGAATTAACACATGTTAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGt < 1:257259/76‑1 (MQ=255)
gATATAATATGCTGAATTAACACATGTTAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGt > 1:2150530/1‑76 (MQ=255)
gATATAATATGCTGAATTAACACATGTTAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGt < 1:860716/76‑1 (MQ=255)
tataATATGCTGAATTAACACATGTTAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTgg > 1:386172/1‑76 (MQ=255)
tataATATGCTGAATTAACACATGTTAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTgg > 1:1897413/1‑76 (MQ=255)
ataataTGCTGAATTAACACATGTTAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTggg > 2:782905/1‑76 (MQ=255)
aataTGCTGAATTAACACATGTTAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGAc < 1:1212817/76‑1 (MQ=255)
aataTGCTGAATTAACACATGTTAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGAc > 2:151734/1‑76 (MQ=255)
atatGCTGAATTAACACATGTTAACGATTTACCAGTGATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACg < 2:2090460/76‑1 (MQ=255)
tatGCTGAATTAACACATGTTAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGt < 2:1854743/76‑1 (MQ=255)
atGCTGAATTAACACATGTTAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTa < 1:2027289/76‑1 (MQ=255)
tGCTGAATTAACACATGTTAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTaa < 2:2135325/76‑1 (MQ=255)
gCTGAATTAACACATGTTAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTaaa < 2:1717540/76‑1 (MQ=255)
tGAATTAACACATGTTAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATg < 1:479750/76‑1 (MQ=255)
tGAATTAACACATGTTAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATg > 1:273745/1‑76 (MQ=255)
gAATTAACACATGTTAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCAGTGGGACGTAAATgg > 2:719741/1‑76 (MQ=255)
aaTTAACACATGTTAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATggg > 2:1177283/1‑76 (MQ=255)
aaTTAACACATGTTAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATggg > 1:826487/1‑76 (MQ=255)
ttAACACATGTTAACGATTTACTAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGcc > 2:1322360/1‑76 (MQ=255)
ttAACACATGTTAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGcc > 1:137861/1‑76 (MQ=255)
tAACACATGTTAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCa > 2:2034041/1‑76 (MQ=255)
tAACACATGTTAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCa > 2:2034032/1‑76 (MQ=255)
aaCACATGTTAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCaa > 2:2236352/1‑76 (MQ=255)
cacaTGTTAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAata > 2:1928687/1‑76 (MQ=255)
cacaTGTTAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAata < 2:923380/76‑1 (MQ=255)
cacaTGTTAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCAGTGGGACGTAAATGGGCCAata < 2:65695/76‑1 (MQ=255)
aTGTTAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATAttg > 2:2111621/1‑76 (MQ=255)
ttAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATAttgttg < 2:529018/76‑1 (MQ=255)
ttAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATAttgttg > 2:2157750/1‑76 (MQ=255)
tAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGc > 1:251538/1‑76 (MQ=255)
tAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGc < 2:2132368/76‑1 (MQ=255)
tAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGc > 1:784389/1‑76 (MQ=255)
tAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGc > 2:1150947/1‑76 (MQ=255)
aaCGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCt < 2:1850004/76‑1 (MQ=255)
aCGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTa < 1:1374599/76‑1 (MQ=255)
gATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTaaa < 1:1494501/76‑1 (MQ=255)
aTTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTaaaa > 1:2125554/1‑76 (MQ=255)
tttACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTaaaaa > 2:386401/1‑76 (MQ=255)
tttACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTaaaaa > 2:1100239/1‑76 (MQ=255)
tttACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTaaaaa > 1:577407/1‑76 (MQ=255)
ttACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTaaaaaa > 1:959446/1‑76 (MQ=255)
ttACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTaaaaaa > 2:547431/1‑76 (MQ=255)
tcnccAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTaaaaaa > 2:1586963/4‑76 (MQ=255)
tACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTaaaaaaa > 2:382360/1‑76 (MQ=255)
aCCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAAc > 2:143478/1‑76 (MQ=255)
cAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACgg < 2:388554/76‑1 (MQ=255)
aGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGc > 1:268212/1‑76 (MQ=255)
tAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTa > 2:1143022/1‑76 (MQ=255)
tAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTa > 2:914656/1‑76 (MQ=255)
tAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTa > 2:1948611/1‑76 (MQ=255)
naaTGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTa > 1:1658963/2‑76 (MQ=255)
tGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAg < 2:2184696/76‑1 (MQ=255)
tGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAg < 2:1390098/76‑1 (MQ=255)
tGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAg < 1:547431/76‑1 (MQ=255)
tGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAg < 2:957478/76‑1 (MQ=255)
taaataaaTTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGAc > 2:1426762/1‑76 (MQ=255)
taaataaaTTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGAc < 2:236296/76‑1 (MQ=255)
aaataaatTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACg < 2:3564/76‑1 (MQ=255)
aaataaatTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACg < 1:297990/76‑1 (MQ=255)
aaataaatTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACg < 1:299711/76‑1 (MQ=255)
aaataaatTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACg < 1:897683/76‑1 (MQ=255)
ataaatTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGt < 2:1781232/76‑1 (MQ=255)
aaatTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGTGc > 1:471950/1‑76 (MQ=255)
aaatTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGTGc > 1:2150585/1‑76 (MQ=255)
atTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGTGCaa < 2:1773613/76‑1 (MQ=255)
atTTTCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGTGCaa < 2:529135/76‑1 (MQ=255)
tttCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGTGCAACg < 1:406171/76‑1 (MQ=255)
tttCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGTGCAACg < 1:1233411/76‑1 (MQ=255)
tttCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGTGCAACg > 1:1956789/1‑76 (MQ=255)
tttCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGTGCAACg > 1:2123165/1‑76 (MQ=255)
ttCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGTGCAACGt > 2:1666905/1‑76 (MQ=255)
ttCGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAAACGGTGCAACGt > 2:1048645/1‑76 (MQ=255)
cGAGGAGATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGTGCAACGTCt < 1:625066/76‑1 (MQ=255)
gaggagATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGTGCAACGTCTa > 1:75400/1‑76 (MQ=255)
aggagATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGTGCAACGTCTaa > 2:1412965/1‑76 (MQ=255)
aggagATCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGTGCAACGTCTaa > 2:1038936/1‑76 (MQ=255)
agaTCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGTGCAACGTCTAAAAt < 2:303055/76‑1 (MQ=255)
aTCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGTGCAACGTCTAAAAttt < 2:1681068/76‑1 (MQ=255)
aTCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGTGCAACGTCTAAAAttt > 2:1689427/1‑76 (MQ=255)
tCATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGTGCAACGTCTAAAATTTa < 1:1793501/76‑1 (MQ=255)
cATTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGTGCAACGTCTAAAATTTAt > 1:1184083/1‑76 (MQ=255)
aTTCCCGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGTGCAACATCTAAAATTTATg > 2:1668132/1‑76 (MQ=255)
aTTCCAGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGTGCAACGTCTAAAATTTATg < 1:1717054/76‑1 (MQ=255)
|
GATATAATATGCTGAATTAACACATGTTAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCAGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGTGCAACGTCTAAAATTTATG > REL606/1994783‑1994926
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
