Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A46 F1 I1 R1
|
17 |
71.0 |
4433184 |
98.0% |
4344520 |
76.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
REL606 |
4,163,089 |
A→C |
E745A (GAA→GCA) |
rpoB → |
DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | REL606 | 4,163,089 | 0 | A | C | 100.0%
| 301.2
/ NA
| 73 | E745A (GAA→GCA) | rpoB | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base C (39/34); total (39/34) |
GGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGC > REL606/4163016‑4163160
|
ggtggtgTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAg > 1:1738060/1‑76 (MQ=255)
gtggtgTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGc > 2:1637930/1‑76 (MQ=255)
gtggtgTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGc < 2:1006878/76‑1 (MQ=255)
ggtgTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGcagcag < 2:1876263/76‑1 (MQ=255)
gtgtCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAgg < 1:854793/76‑1 (MQ=255)
tCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTAt > 1:391868/1‑76 (MQ=255)
tCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTAt < 1:1577082/76‑1 (MQ=255)
cGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTGACGAAGACGAGATGTATTCGGGTGCAGCAGGTATc < 1:795117/76‑1 (MQ=255)
cGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATc < 1:1536519/76‑1 (MQ=255)
gTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCg > 2:594314/1‑76 (MQ=255)
ttCAGTGCGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGa < 2:1586133/76‑1 (MQ=255)
ttCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGa > 2:1310880/1‑76 (MQ=255)
ttCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGa < 1:480539/76‑1 (MQ=255)
cAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACa > 1:931909/1‑76 (MQ=255)
cAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACa > 1:1853832/1‑76 (MQ=255)
aGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACAt > 1:98829/1‑76 (MQ=255)
gTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATc > 1:1608258/1‑76 (MQ=255)
tACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCt > 1:305506/1‑76 (MQ=255)
tACGTGGATGCTTCCCGCATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCt > 1:2148031/1‑76 (MQ=255)
cGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTAc < 2:760570/76‑1 (MQ=255)
cGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTAc > 1:1972239/1‑76 (MQ=255)
gTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACa < 1:148444/76‑1 (MQ=255)
gTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACa > 1:1444966/1‑76 (MQ=255)
tGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGTTATCGACATCTACaa < 1:1699764/76‑1 (MQ=255)
tGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACaa < 2:1713369/76‑1 (MQ=255)
ggATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAAc > 2:1049942/1‑76 (MQ=255)
ntGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCt > 1:25758/2‑76 (MQ=255)
aTGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCt > 1:2192883/1‑76 (MQ=255)
aTGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCt > 2:172498/1‑76 (MQ=255)
tGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCTg < 2:1349904/76‑1 (MQ=255)
tGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCTg < 1:1503203/76‑1 (MQ=255)
cTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGAc < 1:1226937/76‑1 (MQ=255)
cTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGAc > 2:2089124/1‑76 (MQ=255)
cTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGGATCGACATCTACAACCTGAc > 1:1810117/1‑76 (MQ=255)
cTTCCCGTATCGTTATCAAAGTNAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGGAGGTATCGACATGTACAACCTGAc > 2:286794/1‑76 (MQ=255)
ttCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGAcc < 1:959457/76‑1 (MQ=255)
tCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCa > 2:1709344/1‑76 (MQ=255)
cccGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCaa < 1:1754759/76‑1 (MQ=255)
cccGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCaa > 2:1113230/1‑76 (MQ=255)
cGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAAt < 1:1324275/76‑1 (MQ=255)
cGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAAt < 1:2096670/76‑1 (MQ=255)
gTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATa > 2:175474/1‑76 (MQ=255)
aTCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATaca < 2:841557/76‑1 (MQ=255)
tATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGt > 1:1393533/1‑76 (MQ=255)
tCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTc > 2:1648970/1‑76 (MQ=255)
tCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTc < 2:1977014/76‑1 (MQ=255)
cAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCt < 1:441961/76‑1 (MQ=255)
gTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAAcc > 2:594867/1‑76 (MQ=255)
ttAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCa > 2:222223/1‑76 (MQ=255)
ttAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCa < 1:327155/76‑1 (MQ=255)
ttAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCa > 1:268847/1‑76 (MQ=255)
aCGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGaa < 2:1025167/76‑1 (MQ=255)
cGAAGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAac < 1:576530/76‑1 (MQ=255)
aaGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATGTACAACCTGACTAAATNCACCCGTTCTAACCAGAacac > 2:346632/1‑76 (MQ=255)
aaGACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAacac < 2:1444966/76‑1 (MQ=255)
gACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCt < 1:269708/76‑1 (MQ=255)
gACGAGATGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCt < 1:1678374/76‑1 (MQ=255)
agaTGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGGCCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACCCCTGTAt < 2:1718684/76‑1 (MQ=255)
gaTGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATc < 1:52625/76‑1 (MQ=255)
tGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCaa < 2:931804/76‑1 (MQ=255)
tGTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCaa > 1:13442/1‑76 (MQ=255)
gTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAAc > 1:1860343/1‑76 (MQ=255)
gTATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAAc > 2:864179/1‑76 (MQ=255)
tATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAAcc < 2:1818711/76‑1 (MQ=255)
tATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAAcc < 2:1741095/76‑1 (MQ=255)
tATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAAcc > 2:336296/1‑76 (MQ=255)
tATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAAcc < 1:1049942/76‑1 (MQ=255)
tATCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAAcc > 1:1032152/1‑76 (MQ=255)
aTCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCa > 2:1517423/1‑76 (MQ=255)
aTCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCa < 1:1704681/76‑1 (MQ=255)
tCCGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAg > 2:337676/1‑76 (MQ=255)
ccGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGa < 2:920912/76‑1 (MQ=255)
cGGGTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGAt > 1:1038794/1‑76 (MQ=255)
ggTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGc > 2:1304516/1‑76 (MQ=255)
ggTGCAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGc > 2:591294/1‑76 (MQ=255)
|
GGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGC > REL606/4163016‑4163160
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
