Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A101 F1 I1 R1
|
20 |
160.9 |
10398134 |
92.8% |
9649468 |
75.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
REL606 |
2,519,900 |
C→A |
R230L (CGC→CTC) |
dapA ← |
dihydrodipicolinate synthase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | REL606 | 2,519,900 | 0 | C | A | 99.2%
| 539.1
/ ‑2.8
| 133 | R230L (CGC→CTC) | dapA | dihydrodipicolinate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base A (78/54); total (79/54) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.91e-01 |
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
CCATTTCACCGGGATTGGATTGGGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGCGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGCCATATCACGCGCTGCGACGTTAGCC > REL606/2519827‑2519971
|
ccATTTCACCGGGATTGGATTGGGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGt < 2:4995100/76‑1 (MQ=255)
ccATTTCACCGGGATTGGATTGGGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGt > 2:2986281/1‑76 (MQ=255)
ccATTTCACCGGGATTGGATTGGGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGt < 1:5082326/76‑1 (MQ=255)
cATTTCACCGGGATTGGATTGGGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTg < 1:3432952/76‑1 (MQ=255)
tttCACCGGGATTGGATTGGGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGcc > 1:5108412/1‑76 (MQ=255)
ttCACCGGGATTGGATTGGGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCt < 2:4820502/76‑1 (MQ=255)
tCACCGGGATTGGATTGGGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTc > 1:2280843/1‑76 (MQ=255)
tCACCGGGATTGGATTGGGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTc > 1:2131419/1‑76 (MQ=255)
cACCGGGATTGGATTGGGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCg > 1:4244977/1‑76 (MQ=255)
ccGGGATTGGATTGGGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGc < 1:4055583/76‑1 (MQ=255)
ggattggattGGGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCaaa < 2:926413/76‑1 (MQ=255)
ggattggattGGGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCaaa > 1:220207/1‑76 (MQ=255)
ggattggattGGGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCaaa > 1:4755607/1‑76 (MQ=255)
ggattggattGGGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCaaa < 1:99655/76‑1 (MQ=255)
ggattggattGGGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCaaa < 2:716057/76‑1 (MQ=255)
ggattggattGGGTGCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGTCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCaaa < 2:3153966/76‑1 (MQ=255)
ggattggatgTTGTTCTACAAATATTTTTGGGTGTAATGTCATCAGACGCTGATTAAGAACGAGGGCCTCGGCaaa < 2:716274/76‑1 (MQ=255)
attggattggGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAAt < 2:2412927/76‑1 (MQ=255)
attggattggGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAAt > 2:4707082/1‑76 (MQ=255)
ttggattggGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATg < 2:1401487/76‑1 (MQ=255)
ttggattggGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATg < 1:853466/76‑1 (MQ=255)
tggattggGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGc > 1:665512/1‑76 (MQ=255)
tggattggGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGc > 1:154815/1‑76 (MQ=255)
tggattggGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGc > 1:2182361/1‑76 (MQ=255)
gattggGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGccc > 2:4317694/1‑76 (MQ=255)
attggGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCt < 1:2717372/76‑1 (MQ=255)
attggGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCt < 1:1221471/76‑1 (MQ=255)
attggGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCt < 1:4319046/76‑1 (MQ=255)
attggGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCt < 1:3322805/76‑1 (MQ=255)
ttggGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCtt > 2:1636871/1‑76 (MQ=255)
ttggGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCtt > 1:1864865/1‑76 (MQ=255)
tggGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTc > 1:232598/1‑76 (MQ=255)
gggTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTct < 2:915672/76‑1 (MQ=255)
gggTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTct > 1:1713958/1‑76 (MQ=255)
ggTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTctg > 1:1137537/1‑76 (MQ=255)
tCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTctgctg > 1:989174/1‑76 (MQ=255)
gACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGcc < 2:2049132/76‑1 (MQ=255)
cAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAg < 2:1221361/76‑1 (MQ=255)
cAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAg > 1:5162732/1‑76 (MQ=255)
aaaTAGTTTGTTGTTTAATGCCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATCCCCTTCTGCTGCCAGt < 2:3170637/76‑1 (MQ=255)
aaTAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGtt < 2:1698153/76‑1 (MQ=255)
aaTAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGtt > 2:3780888/1‑76 (MQ=255)
tAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTg < 2:5172011/76‑1 (MQ=255)
aGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGc > 1:2677096/1‑76 (MQ=255)
tttgttttgtAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGcac > 1:841574/1‑76 (MQ=255)
tttGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGtac < 1:4452319/76‑1 (MQ=255)
tgttgtGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACAt > 2:342685/1‑76 (MQ=255)
tgttgtGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACAt > 2:3484798/1‑76 (MQ=255)
tgttgtGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACAt > 1:1373763/1‑76 (MQ=255)
gttgtGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATc > 1:1409467/1‑76 (MQ=255)
gtggtgtAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATc < 1:1558044/73‑1 (MQ=255)
ttgtGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCt < 2:4244977/76‑1 (MQ=255)
tgtgTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTg > 2:3400481/1‑76 (MQ=255)
tgtgTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTg > 1:4150350/1‑76 (MQ=255)
gtAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGc < 1:3143358/76‑1 (MQ=255)
gtAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGc > 2:2792502/1‑76 (MQ=255)
tAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGcc > 1:1680358/1‑76 (MQ=255)
tAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGcc < 1:4317694/76‑1 (MQ=255)
tAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGcc > 1:3202998/1‑76 (MQ=255)
tAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGcc < 2:2134266/76‑1 (MQ=255)
aaTGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGCCa > 1:1241314/1‑76 (MQ=255)
aaTGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGCCa > 1:2483961/1‑76 (MQ=255)
aTGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGCCat < 1:3194324/76‑1 (MQ=255)
tGGCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGCCata < 1:1925377/76‑1 (MQ=255)
ggCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGCCatat < 2:2090021/76‑1 (MQ=255)
gCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGCCATATc < 1:2978453/76‑1 (MQ=255)
gCATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGCCATATc < 2:5174713/76‑1 (MQ=255)
cATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGCCATATCa < 2:4643290/76‑1 (MQ=255)
cATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGCCATATCa > 1:3782971/1‑76 (MQ=255)
cATCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGCCATATCa > 2:3642457/1‑76 (MQ=255)
aTCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGCCATATCAc > 1:3685077/1‑76 (MQ=255)
aTCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGCCATATCAc > 1:1018644/1‑76 (MQ=255)
aTCAGACGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGCCATATCAc > 1:5075673/1‑76 (MQ=255)
tCAGACCCTGATTAATACCGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGCCATATCAcg < 2:264167/76‑1 (MQ=255)
aCGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGCCATATCACGCGCt > 1:2771063/1‑76 (MQ=255)
cGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGCCATATCACGCGCTg > 2:3877363/1‑76 (MQ=255)
cGCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGCCATATCACGCGCTg < 1:1035386/76‑1 (MQ=255)
gCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGCCATATCACGCGCTGc > 2:3320816/1‑76 (MQ=255)
gCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGCCATATCACGCGCTGc > 2:5181103/1‑76 (MQ=255)
gCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGCCATATCACGCGCTGc > 2:2287382/1‑76 (MQ=255)
gCTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGCCATATCACGCGCTGc > 2:3103562/1‑76 (MQ=255)
cTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGCCATATCACGCGCTGCg > 2:3883802/1‑76 (MQ=255)
cTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGCCATATCACGCGCTGCg < 2:1836668/76‑1 (MQ=255)
cTGATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGCCATATCACGCGCTGCg < 1:4417930/76‑1 (MQ=255)
gATTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGCCATATCACGCGCTGCGAc > 2:5059856/1‑76 (MQ=255)
aTTAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGCCATATCACGCGCTGCGACg > 1:1430869/1‑76 (MQ=255)
ttAATAACGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGCCATATCACGCGCTGCGACGt > 2:1958957/1‑76 (MQ=255)
taataaCGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGCCATATCACGCGCTGCGACGtt > 2:3729750/1‑76 (MQ=255)
taataaCGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGCCATATCACGCGCTGCGACGtt > 2:3580283/1‑76 (MQ=255)
taataaCGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGCCATATCACGCGCTGCGACGtt > 2:211589/1‑76 (MQ=255)
taataaCGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGCCATATCACGCGCTGCGACGtt > 1:3535897/1‑76 (MQ=255)
aataaCGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGCCATATCACGCGCTGCGACGTTa > 2:2975923/1‑76 (MQ=255)
aataaCGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGCCATATCACGCGCTGCGACGTTa > 1:2425903/1‑76 (MQ=255)
ataaCGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGCCATATCACGCGCTGCGACGTTAg > 1:2909272/1‑76 (MQ=255)
ataaCGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGCCATATCACGCGCTGCGACGTTAg < 1:21111/76‑1 (MQ=255)
ataaCGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGCCATATCACGCGCTGCGACGTTAg < 2:3232429/76‑1 (MQ=255)
taaCGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGCCATATCACGCGCTGCGACGTTAGc > 1:4739093/1‑76 (MQ=255)
aaCGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGCCATATCACGCGCTGCGACGTTATcc > 2:3888132/1‑76 (MQ=255)
aaCGAGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGCCATATCACGAGCTGCGACGTTAGcc > 1:973032/1‑76 (MQ=255)
aaCGAGTCCCTCGGCAAAAGTCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCGCATCTGGTCCGTATCACGCGCTGCGACGTTAGcc < 2:129396/76‑1 (MQ=255)
|
CCATTTCACCGGGATTGGATTGGGTTCGACAAATAGTTTGTTGTGTAATGGCATCAGACGCTGATTAATAACGCGTGCCTCGGCAAAATGCCCTTCTGCTGCCAGTTTGCACATCTGGGCCATATCACGCGCTGCGACGTTAGCC > REL606/2519827‑2519971
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
