Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A31 F1 I1 R1
|
21 |
37.9 |
2424921 |
96.5% |
2340048 |
76.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
REL606 |
2,446,999 |
C→T |
intergenic (‑68/‑268) |
mntH ← / → nupC |
manganese transport protein MntH/nucleoside (except guanosine) transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | REL606 | 2,446,999 | 0 | C | T | 97.4%
| 140.7
/ ‑3.7
| 38 | intergenic (‑68/‑268) | mntH/nupC | manganese transport protein MntH/nucleoside (except guanosine) transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (21/16); total (22/16) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 |
CATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAAT > REL606/2446929‑2447069
|
cATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCCATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTNTCAAAtttattta > 2:1101759/1‑76 (MQ=255)
aTCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTaa > 2:284812/1‑76 (MQ=255)
ttGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATg > 1:312901/1‑76 (MQ=255)
tgtgCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATgg > 1:218650/1‑76 (MQ=255)
tatgCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATgg > 1:218672/3‑76 (MQ=255)
tgCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGt > 2:858355/1‑76 (MQ=255)
gCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGtt < 2:825918/76‑1 (MQ=255)
gCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGtt > 2:64921/1‑76 (MQ=255)
gCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGtt < 2:1081724/76‑1 (MQ=255)
ccTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTNCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTtg > 1:1205990/1‑76 (MQ=255)
tctAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTtgtg < 2:1123166/76‑1 (MQ=255)
aaaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTgtggtg > 2:915597/1‑76 (MQ=255)
aaaCATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGa < 1:751477/76‑1 (MQ=255)
cATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGAttt > 1:714190/1‑76 (MQ=255)
cANAGCATTTGATATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTATATGGGTTGTGGTGAttt < 2:1145326/76‑1 (MQ=255)
gCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCttt < 1:646520/76‑1 (MQ=255)
ccTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTg < 1:389432/76‑1 (MQ=255)
cTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGa < 2:863060/76‑1 (MQ=255)
tttGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGAt < 1:163866/76‑1 (MQ=255)
tttGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGAt > 2:750301/1‑76 (MQ=255)
tATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGATAGAcc > 2:963367/1‑76 (MQ=255)
tATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGATAGAcc > 2:567887/1‑76 (MQ=255)
tGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGATAGACCAGGATTATg > 1:307330/1‑76 (MQ=255)
gCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGATAGACCAGGATTATGa > 1:133547/1‑76 (MQ=255)
aTGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGATAGACCAGGATTATGACTa > 2:83916/1‑76 (MQ=255)
ccAAACGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGATAGACCAGGATTATGACTACGa > 1:168505/1‑76 (MQ=255)
aaaCGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGATAGACCAGGATTATGACTACGaaa > 1:723315/1‑76 (MQ=255)
aCGAGAATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAg > 1:511427/1‑76 (MQ=255)
agaATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGAtt < 2:901442/76‑1 (MQ=255)
agaATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGATAGACCAGGATTACGACTACGAAAAGAtt > 2:680231/1‑76 (MQ=255)
agaATGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGATAGACCAGGATTACGACTACGAAAAGAtt > 2:680238/1‑76 (MQ=255)
tactGATTATCAANTTTATTTAAACGGGTTGTGGTGATTTCTTTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATtg < 1:161923/73‑1 (MQ=255)
aaTGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATtga < 2:313758/76‑1 (MQ=255)
aaTGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATtga < 2:313750/76‑1 (MQ=255)
aTGATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATtgat < 1:169391/76‑1 (MQ=255)
gATTATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATtgatga < 1:106/76‑1 (MQ=255)
ttATCAAATTCATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACt > 2:339074/1‑76 (MQ=255)
tATCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACtt > 2:488033/1‑76 (MQ=255)
aTCAAATTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTg < 1:458578/76‑1 (MQ=255)
aaaTTTATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAAt < 2:935349/76‑1 (MQ=255)
|
CATCTTGTGCCTCTAAAACATAGCCTTTGCTATGTTTCATGCTATGCCAAACGAGAATGATTATCAAATTCATTTAAATGGGTTGTGGTGATTTCTTTGATAGACCAGGATTATGACTACGAAAAGATTGATGACTTGAAT > REL606/2446929‑2447069
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
