Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A120 F1 I1 R1
|
20 |
248.8 |
16334864 |
93.0% |
15191423 |
76.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| JC JC |
REL606 |
2,448,488 |
IS4 (+) +14 bp |
intergenic (+19/+18) |
nupC → / ← yfeA |
nucleoside (except guanosine) transporter/predicted diguanylate cyclase |
|
| |
seq id |
position |
reads (cov) |
reads (cov) |
score |
skew |
freq |
annotation |
gene |
product |
| * |
? |
REL606 |
2448488 = | 5 (0.030) | 308 (1.270) |
119/148 |
0.0 |
98.1% |
intergenic (+19/+31) |
nupC/yfeA |
nucleoside (except guanosine) transporter/predicted diguanylate cyclase |
| ? | REL606 |
4483982 = |
NA (NA) | noncoding (1426/1426 nt) |
IS4 |
repeat region |
| * |
? |
REL606 |
= 2448501 | 5 (0.030) | 271 (1.110) |
112/150 |
0.1 |
97.8% |
intergenic (+32/+18) |
nupC/yfeA |
nucleoside (except guanosine) transporter/predicted diguanylate cyclase |
| ? | REL606 |
= 4485407 |
NA (NA) | noncoding (1/1426 nt) |
IS4 |
repeat region |
Only 100 of 333 total aligned reads displayed.
CTGCAAGGGTATTTGATTGGTCGCCCGCAGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/2448563‑2448488
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGGGCCTCTCCTTTACCA > REL606/4483982‑4484056
GCAAGGGTATTTGATTGGTCGCCCGCAGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTA < 1:4856792/76‑1
GCAAGGGTATTTGATTGGTCGCCCGCAGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTA > 2:7314903/1‑76
agGGGTATTTGATTGGCCGCCCGCAGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAAT < 1:71942/74‑1
GTATTTGATTGGTCGCCCGCAGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCA > 2:8064348/1‑76
TATTTGATTGGTCGCCCGCAGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAG < 1:7431228/76‑1
ATTTGATTGGTCGCCCGCAGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTCAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCCGT > 1:3071027/1‑76
ATTTGATTGGTCGCCCGCAGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGT > 2:4886865/1‑76
tgtATTGGCCGCCCCCAGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCA < 2:3440059/73‑1
TTGATTGGTCGCCCGCAGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCA > 2:1867654/1‑76
TTGATTGGTCGCCCGCAGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCA > 1:8108506/1‑76
TGATTGGTCGCCCGCAGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAG > 1:3183455/1‑76
TGATTGGTCGCCCGCAGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAG < 2:1652257/76‑1
TGATTGGTCGCCCGCAGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAG > 2:5424405/1‑76
TGATGGGTCCCCCGCAGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAG < 2:775411/76‑1
TTGGTCGCCCGCAGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTA > 1:6548918/1‑76
TTGGTCGCCCGCAGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTA < 2:3958863/76‑1
TTGGTCCCCCCCAGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTA < 2:2969672/76‑1
TGGTCGCCCGCAGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAA > 2:8103915/1‑76
TGGTCGCCCGCAGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAA > 2:799209/1‑76
GGTCGCCCGCAGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAG < 1:2316958/76‑1
TCGCCCGCAGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCA > 2:3844570/1‑76
GCCCGCAGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAAC > 2:1491606/1‑76
GCCCGCAGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAAC > 2:7438647/1‑76
GCCCGCAGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAAC > 2:1759320/1‑76
CCCGCAGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACT < 2:467480/76‑1
CGCAGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGA < 1:1704338/76‑1
GCAGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCCACTGAC > 1:3111103/1‑76
AGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTG > 2:5267545/1‑76
GCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGG < 2:5853765/76‑1
CCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGC > 1:5209374/1‑76
ATTAGCTGATTAACAGGCGT‑AAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCT < 2:6584482/76‑1
TAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTT > 2:7145027/1‑76
AGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTT < 2:701382/76‑1
AGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTT > 2:1141858/1‑76
AGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCACTTT > 1:1277825/1‑76
CTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTT < 2:2106326/76‑1
TGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTC < 1:3507591/76‑1
TGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTC < 2:6481084/76‑1
ATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGG < 1:4573561/76‑1
ATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGATCTTTTTCGG > 2:2702452/1‑76
TTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGG > 2:2006802/1‑76
TAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGG > 1:5702104/1‑76
AACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGTGGC > 2:4403654/1‑76
ACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCT < 2:3681913/76‑1
ACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGGCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCT < 2:2862556/76‑1
AGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTTGGGGCTGT > 1:4161003/1‑76
GCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGG < 2:2395807/76‑1
CGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGG > 2:6056355/1‑76
GTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGG > 1:296836/1‑76
TAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGT < 2:5617683/76‑1
TAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGT > 1:1588839/1‑76
TAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAAATGACTGGCTCTTTTTCTGGGCTGGGGGGg > 1:6344485/1‑75
AAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGga > 1:3004608/1‑74
AAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTA < 2:6409992/76‑1
AAAAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTA > 2:1030412/1‑76
AAAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATT < 2:2409016/76‑1
AAAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTAACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTT > 2:4109528/1‑76
AAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTC > 2:8142840/1‑76
AAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTC > 1:819001/1‑76
AAACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGCTTGGGGGGTATTTC > 2:7528981/1‑76
AACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCC < 1:4669810/76‑1
AACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCC < 2:2226625/76‑1
ACCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCA < 1:1541868/76‑1
CCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAG < 1:7054897/76‑1
CCGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAG > 1:3314400/1‑76
CGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGG < 1:5983365/76‑1
CGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGG < 2:5818104/76‑1
CGGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGG < 2:6766642/76‑1
GGGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGGG < 2:2354452/76‑1
GGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGGGC > 1:7707609/1‑76
GGGAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGGATTTCCAGGGC > 1:1011505/1‑76
GAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGGGCCT < 2:7948128/76‑1
GAATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGGGCCT > 2:7661584/1‑76
AATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGGGCCTC > 2:4958794/1‑76
AATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGGGCCTC < 2:6325959/76‑1
AATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGGATTTCCAGGGCCTC > 2:6851378/1‑76
ATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGGGCCTCT > 2:849731/1‑76
ATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGGGCCTCT < 2:5329571/76‑1
ATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGGGCCTCT > 1:3885024/1‑76
ATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGGGCCTCT < 1:5837698/76‑1
ATTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTCAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGGGCCTCT > 2:7579113/1‑76
TTATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGGGCCTCTC > 1:1206636/1‑76
ttTCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGAGGCTGTGGGGTATTTCCAGGGCATCTCC > 2:3199366/3‑76
TATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGGATTTCCAGGGCCTCTCC > 2:4274236/1‑76
TATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGCATTTCCAGGGCCTCTCC > 2:6261009/1‑76
ATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGGGCCTCTCCT > 2:1367311/1‑76
ATCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGGGCCTCTCCT > 2:1284565/1‑76
TCCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGGGCCTCTCCTT > 1:776631/1‑76
CCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGGGCCTCTCCTTT < 2:3372445/76‑1
CCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGGGCCTCTCCTTT > 2:1890065/1‑76
CCCCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGGGCCTCTCCTTT > 1:3762659/1‑76
CCGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGGGCCTCTCCTTTAC < 2:7232209/76‑1
CGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGGGCCTCTCCTTTAgc > 2:5008173/1‑74
CGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGGGCCTCTCCTTTACC < 1:208188/76‑1
CGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGGGCCTCTCCTTTACC > 1:2673075/1‑76
CGTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGGGCCTCTCCTTTACC > 2:5110868/1‑76
GTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGGGCCTCTCCTTTACCA > 2:4588621/1‑76
GTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGGGCCTCTCCTTTACCA > 1:7616921/1‑76
GTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGGGCCTCTCCTTTACCA < 1:8015709/76‑1
GTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGGGCCTCTCCTTTACCA > 2:6834972/1‑76
CTGCAAGGGTATTTGATTGGTCGCCCGCAGCCATTAGCTGATTAACAGGCGTAAAAAAACCGGGGAATTATCCCCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < REL606/2448563‑2448488
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gTAATGCCAGTCAGTTAAGCAACTGACTGGCTCTTTTTCGGGGCTGTGGGGTATTTCCAGGGCCTCTCCTTTACCA > REL606/4483982‑4484056
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
|---|
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |
GATK/CNVnator alignment
N/A
