Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A11 F1 I1 R1
|
21 |
62.2 |
4089897 |
94.3% |
3856772 |
75.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
REL606 |
4,164,589 |
C→T |
A1245V (GCG→GTG) |
rpoB → |
DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | REL606 | 4,164,589 | 0 | C | T | 98.6%
| 245.3
/ NA
| 72 | A1245V (GCG→GTG) | rpoB | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (38/33); minor base A (0/1); total (38/34) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.72e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TCGAGCGTCCGGTAACCGTTGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCA > REL606/4164517‑4164658
|
tCGAGCGTCCGGTAACCGTTGGTTACATGTACATGCTGAAGCAGAACCACCAGGTCGACGACAGGATNCAcgtgcg > 2:338206/1‑76 (MQ=255)
cGTCCGGTAACCGTTGGTTACATGTACATGCTGAAACCGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCa > 1:1701187/1‑76 (MQ=255)
gTCCGGTAACCGTTNGTTACATGTGCATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCAc > 1:2041/1‑76 (MQ=255)
gTCCGGTAACCGTTGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCAc > 2:267208/1‑76 (MQ=255)
cGGTAACCGTTGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCgg > 1:1246992/1‑76 (MQ=255)
tAACCGTTGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTc < 2:98285/76‑1 (MQ=255)
aaCCGTTGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACGACCTGGNCGACGACAAGATGCACGTNCGNTCCACCGGTTCt > 1:1670847/1‑76 (MQ=255)
cGTTGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTAc < 2:1333552/76‑1 (MQ=255)
cGTTGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTAc > 1:601650/1‑76 (MQ=255)
cGTTGGTTACATGTACAGGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTAc > 1:2023000/1‑76 (MQ=255)
gTTGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACa < 1:1820202/76‑1 (MQ=255)
tGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGc > 1:1055735/1‑76 (MQ=255)
tGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGc > 2:568245/1‑76 (MQ=255)
ttACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTg > 1:1094687/1‑76 (MQ=255)
ttACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTg < 1:937096/76‑1 (MQ=255)
tacatgtacatgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTgg > 1:1337674/1‑76 (MQ=255)
tacatgtacatgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTgg > 1:1200333/1‑76 (MQ=255)
acatgtacatgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGt > 2:1003179/1‑76 (MQ=255)
acatgtacatgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGt > 2:1862558/1‑76 (MQ=255)
catgtacatgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGtt < 2:1593110/76‑1 (MQ=255)
catgtacatgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGtt > 2:774947/1‑76 (MQ=255)
catgtacatgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCAACGGTTCTTACAGCCTGGtt < 1:1722234/76‑1 (MQ=255)
atgtacatgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTa > 2:1214741/1‑76 (MQ=255)
tgtacatgCTTAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTAc > 1:1921321/1‑76 (MQ=255)
gtacatgCTGAAACTGAACCACCTGGTNGACGACAAAATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACt > 1:1785554/1‑76 (MQ=255)
tacatgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTc < 2:1908998/76‑1 (MQ=255)
acatgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTca < 2:1283594/76‑1 (MQ=255)
acatgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGAGCGTTCCACCGGTTCTTACAGACTGGATACCca < 1:1863322/76‑1 (MQ=255)
atgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTcagc < 2:155590/76‑1 (MQ=255)
atgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTcagc < 2:503810/76‑1 (MQ=255)
atgCTGAAACTGAACCACCTCGTCGACGACAAGATTCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTcagc < 2:1615872/76‑1 (MQ=255)
tgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTcagca > 2:1274701/1‑76 (MQ=255)
tgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTcagca > 1:908907/1‑76 (MQ=255)
cTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCagcagc < 1:204874/76‑1 (MQ=255)
gAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACATCCTGGTTACTCAGCAGCCg < 1:1739258/76‑1 (MQ=255)
gAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCg > 2:950640/1‑76 (MQ=255)
gAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTAGTTACTCAGCAGCCg > 1:1678479/1‑76 (MQ=255)
gAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGAGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTAAGCAGCCg > 2:577104/1‑76 (MQ=255)
aaCTGAACCCCCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCt < 2:965017/76‑1 (MQ=255)
aCTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTg < 2:1171811/76‑1 (MQ=255)
cTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTgg > 2:728916/1‑76 (MQ=255)
tGAACCACNTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACACCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTggg > 1:1966337/1‑76 (MQ=255)
tGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTggg > 1:1537353/1‑76 (MQ=255)
tGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTggg > 2:1804364/1‑76 (MQ=255)
gAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTgggg > 2:1542613/1‑75 (MQ=255)
gAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGggt > 1:211876/1‑76 (MQ=255)
accaccTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGggtgg < 2:875994/76‑1 (MQ=255)
ccaccTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGggtggt < 1:933404/76‑1 (MQ=255)
acnTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGANaa < 2:1660396/76‑1 (MQ=255)
ncTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGGGGTAAg > 1:344897/2‑76 (MQ=255)
cTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCATCCGCTGGGCGGAAAgg > 1:43194/1‑76 (MQ=255)
cTGGTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAgg < 1:582799/76‑1 (MQ=255)
ggTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGca > 1:1559355/1‑76 (MQ=255)
gTCGCCGACAAGAGGCACTTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGcac < 2:362912/76‑1 (MQ=255)
gTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGcac < 2:362931/76‑1 (MQ=255)
gTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGcac < 2:1587490/76‑1 (MQ=255)
gTCGACGACAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGcac < 1:338207/76‑1 (MQ=255)
gcgacgaCAAGATGCCCGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGcaca < 1:579940/75‑1 (MQ=255)
cgacgaCAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAg < 1:1103299/76‑1 (MQ=255)
gacgacAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGt > 1:400159/1‑76 (MQ=255)
acgacAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGtt < 2:1715149/76‑1 (MQ=255)
acgacAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGtt > 1:1503662/1‑76 (MQ=255)
cggcAAGCTGCACGGGCGGTCCACCGGTTCTTACAGCATGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTc < 2:24272/73‑1 (MQ=255)
cgacAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTc > 1:520379/1‑76 (MQ=255)
cgacAAGATGCACCTGCGTTNCACCGGTTCGTACAGNCTGGTTACTCAGCTGACGCTGCGTGGTAAGGCACAGTTc < 2:2017221/76‑1 (MQ=255)
acAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCgg > 2:1358636/1‑76 (MQ=255)
acAAGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCgg > 1:1460217/1‑76 (MQ=255)
aaGATGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCggtg < 1:231424/76‑1 (MQ=255)
gATGCACGTGCGTTNCACCGGTTCATACAGCCTGGTACCTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCggtgtc > 1:4257/1‑74 (MQ=255)
aTGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTc < 2:1778858/76‑1 (MQ=255)
aTGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTc < 2:555117/76‑1 (MQ=255)
tGCACGTGGGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCa < 2:368705/76‑1 (MQ=255)
tGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCa < 1:1358637/76‑1 (MQ=255)
tGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCa < 2:1151448/76‑1 (MQ=255)
tGCACGTGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCa < 1:1544908/76‑1 (MQ=255)
|
TCGAGCGTCCGGTAACCGTTGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCA > REL606/4164517‑4164658
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
