Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A132 F1 I1 R1
|
21 |
265.3 |
16744490 |
95.4% |
15974243 |
76.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
REL606 |
4,164,603 |
T→C |
S1250P (TCT→CCT) |
rpoB → |
DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | REL606 | 4,164,603 | 0 | T | C | 99.6%
| 1156.9
/ ‑4.9
| 276 | S1250P (TCT→CCT) | rpoB | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (168/107); total (169/107) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.92e-01 |
Only 100 of 293 total aligned reads displayed.
AACCGTTGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGG > REL606/4164530‑4164675
|
aaCCGTTGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCt > 2:6434209/1‑76 (MQ=255)
aCCGTTGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCtt > 2:4853997/1‑76 (MQ=255)
ccGTTGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTa > 2:3212015/1‑76 (MQ=255)
ccGTTGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTa < 1:3519550/76‑1 (MQ=255)
gTTGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACa > 1:7764216/1‑76 (MQ=255)
ttGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAg > 2:3877271/1‑76 (MQ=255)
tGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGc > 1:6474593/1‑76 (MQ=255)
gTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCt < 2:5702367/76‑1 (MQ=255)
ttACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTg > 2:1073430/1‑76 (MQ=255)
ttACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTg > 2:3571100/1‑76 (MQ=255)
ttACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTg > 2:8238767/1‑76 (MQ=255)
acatgtacatgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGt > 1:2002272/1‑76 (MQ=255)
catgtacatgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGtt < 2:4211088/76‑1 (MQ=255)
atgtacatgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCTCCGGTCCTTACAGCCTGGTTa < 2:4118494/76‑1 (MQ=255)
atgtacatgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTa < 1:1003043/76‑1 (MQ=255)
atgtacatgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTa > 1:6745865/1‑76 (MQ=255)
atgtacatgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTa < 2:2158238/76‑1 (MQ=255)
tgtacatgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTAc > 1:6765015/1‑76 (MQ=255)
tgtacatgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTAc < 1:4104651/76‑1 (MQ=255)
gtacatgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACt > 2:4316105/1‑76 (MQ=255)
gtacatgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACt > 1:5926821/1‑76 (MQ=255)
catgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTcag > 2:8065476/1‑76 (MQ=255)
catgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTcag < 2:7048502/76‑1 (MQ=255)
catgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTcag < 1:444811/76‑1 (MQ=255)
catgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTcag < 1:6314974/76‑1 (MQ=255)
catgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTcag > 1:50978/1‑76 (MQ=255)
atgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTcagc > 1:957071/1‑76 (MQ=255)
tgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTcagca > 2:2816013/1‑76 (MQ=255)
tgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTcagca < 1:3799600/76‑1 (MQ=255)
tgCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTcagca < 1:896971/76‑1 (MQ=255)
gCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTcagcag > 2:7889329/1‑76 (MQ=255)
gCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTcagcag > 2:7406797/1‑76 (MQ=255)
tGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCTACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGcc > 2:1353362/1‑76 (MQ=255)
tGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGcc > 1:3351697/1‑76 (MQ=255)
tGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGcc < 1:1355487/76‑1 (MQ=255)
tGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGcc > 1:5211393/1‑76 (MQ=255)
tGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGcc > 1:8104136/1‑76 (MQ=255)
tGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGAACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGcc > 2:1894371/1‑76 (MQ=255)
gAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCg > 2:8328298/1‑76 (MQ=255)
gAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCg < 1:6862806/76‑1 (MQ=255)
gAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCg > 1:849419/1‑76 (MQ=255)
cTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTgg > 2:3370265/1‑76 (MQ=255)
cTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTgg < 1:1938997/76‑1 (MQ=255)
cTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTgg > 2:5301016/1‑76 (MQ=255)
aaCCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGggtg < 2:2428382/76‑1 (MQ=255)
aaCCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGggtg > 2:2291755/1‑76 (MQ=255)
accaccTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGggtgg > 2:1767466/1‑76 (MQ=255)
cccccTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGggtggt < 1:4974330/73‑1 (MQ=255)
cccccTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGggtggt < 1:2307506/73‑1 (MQ=255)
ccaccTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGggtggt < 1:3706118/76‑1 (MQ=255)
caccTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTa > 1:2758825/1‑76 (MQ=255)
accTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTaa < 1:1787316/76‑1 (MQ=255)
ccTGTTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAg < 2:5798858/76‑1 (MQ=255)
ccTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCTTTCCCCCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAg < 2:7201393/76‑1 (MQ=255)
ccTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCTTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAg < 2:5840567/76‑1 (MQ=255)
ccTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAg < 2:3506025/76‑1 (MQ=255)
ccTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAg > 1:7853445/1‑76 (MQ=255)
ccTGGTCGACGACAAGAGGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGTTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAg < 2:917540/76‑1 (MQ=255)
cTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAgg > 2:1541460/1‑76 (MQ=255)
tGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGc < 1:5623260/76‑1 (MQ=255)
ggTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGca > 1:2415813/1‑76 (MQ=255)
ggTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGca > 1:7608569/1‑76 (MQ=255)
gTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGcac > 2:610895/1‑76 (MQ=255)
tCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGcaca < 1:4875588/76‑1 (MQ=255)
tCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGcaca > 2:3243919/1‑76 (MQ=255)
tCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGcaca < 1:8189453/76‑1 (MQ=255)
tCGACGACAAGATGCACGCGCGTCCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGcaca < 1:4823436/76‑1 (MQ=255)
cgccgaaAAGATGCCCGCGCTTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAg < 2:6617292/73‑1 (MQ=255)
gacgacAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGt > 1:4368019/1‑76 (MQ=255)
gacgacAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGt > 2:5934516/1‑76 (MQ=255)
acgacAAGATGCCCGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGtt < 2:6828132/76‑1 (MQ=255)
acgacAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCCCAGtt > 1:7151632/1‑76 (MQ=255)
acgacAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGtt < 1:2661897/76‑1 (MQ=255)
cgacAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACCGTTc > 2:7743985/1‑76 (MQ=255)
cgacAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTc < 1:3057991/76‑1 (MQ=255)
cgacAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTc < 2:3722679/76‑1 (MQ=255)
gacAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCg > 2:8150390/1‑76 (MQ=255)
acAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCgg < 1:3975980/76‑1 (MQ=255)
cAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCggt > 2:4012287/1‑76 (MQ=255)
aaGATGCCCGCGCGTCCCCCCGGTCCTGACAGCCTGGTTCCTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCggtg < 1:3578739/76‑1 (MQ=255)
gATGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCggtggt < 1:2940847/76‑1 (MQ=255)
gtGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTc < 2:4614524/75‑1 (MQ=255)
tGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCa < 2:2385455/76‑1 (MQ=255)
tGCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGGCa > 2:5025526/1‑76 (MQ=255)
gCACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCAg > 1:1676099/1‑76 (MQ=255)
cACGCGCGTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCAGc > 2:2940187/1‑76 (MQ=255)
cgcgcgTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCAGCGt > 1:2572283/1‑76 (MQ=255)
cgcgTTCCCCCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCAGCGttt < 1:4654817/76‑1 (MQ=255)
cgcgTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCAGCGttt > 2:5478123/1‑76 (MQ=255)
cgcgTTCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCAGCGttt > 2:753674/1‑76 (MQ=255)
ttCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCggg > 1:516138/1‑76 (MQ=255)
tCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCgggg > 2:1284491/1‑76 (MQ=255)
tCCACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCgggg > 1:4487250/1‑76 (MQ=255)
ccACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGga < 1:1153287/76‑1 (MQ=255)
ccccGGTCCTTCCAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGgag < 2:1154585/74‑1 (MQ=255)
cACCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCgggggg > 2:6327228/1‑74 (MQ=255)
aCCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGggga > 1:549592/1‑76 (MQ=255)
aCCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGgaga > 2:1721720/1‑76 (MQ=255)
aCCGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGgaga > 2:1214454/1‑76 (MQ=255)
cGGTCCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATg < 2:3693081/76‑1 (MQ=255)
|
AACCGTTGGTTACATGTACATGCTGAAACTGAACCACCTGGTCGACGACAAGATGCACGCGCGTTCCACCGGTTCTTACAGCCTGGTTACTCAGCAGCCGCTGGGTGGTAAGGCACAGTTCGGTGGTCAGCGTTTCGGGGAGATGG > REL606/4164530‑4164675
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
