Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A132 F1 I1 R1
|
21 |
265.3 |
16744490 |
95.4% |
15974243 |
76.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
REL606 |
3,500,852 |
A→G |
I641T (ATT→ACT) |
glgX ← |
glycogen debranching enzyme |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | REL606 | 3,500,852 | 0 | A | G | 99.0%
| 1231.1
/ ‑0.7
| 292 | I641T (ATT→ACT) | glgX | glycogen debranching enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/2); new base G (170/119); total (171/121) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.72e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 |
Only 100 of 302 total aligned reads displayed.
CCATGACTAACTCCTTTTTTATCATCTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAATCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCACTCCCCAGCAGGTAAAACAATCTCTGTTAC > REL606/3500779‑3500925
|
ccATGACTAACTCCTTTTTTATCATCTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTc < 2:4829203/76‑1 (MQ=255)
cATGACTAACTCCTTTTTTATCATCTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCa > 2:7105691/1‑76 (MQ=255)
aTGACTAACTCCTTTTTTATCATCTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCAc > 2:2706986/1‑76 (MQ=255)
aTGACTAACTCCTTTTTTATCATCTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCAc > 2:6506724/1‑76 (MQ=255)
aTGACTAACTCCTTTTTTATCATCTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCAc > 1:3054265/1‑76 (MQ=255)
gACTACCTCCTTTTTTATCATCTCTGAAACCCCCACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTg < 2:6649828/76‑1 (MQ=255)
aCTAACTCCTTTTTTAT‑‑TCTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGCCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGt < 2:1337756/76‑1 (MQ=255)
cTAACTCCTTTTTTATCATCTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTggg > 2:1841354/1‑76 (MQ=255)
tAACTCCTTTTTTATCATCTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGt > 1:3559429/1‑76 (MQ=255)
tAACTCCTTTTTTATCATCTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGt > 1:8124055/1‑76 (MQ=255)
aaCTCCTTTTTTATCATCTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGtt > 2:6052035/1‑76 (MQ=255)
cTCCTTTTTTATCATCTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTAt > 1:7026622/1‑76 (MQ=255)
tCCTTTTTTATCATCTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATc < 1:4829552/76‑1 (MQ=255)
tCCTTTTTTATCATCTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATc > 1:6229513/1‑76 (MQ=255)
tCCTTTTTTATCATCTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATc > 1:5998352/1‑76 (MQ=255)
ttttttATCATCTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCctc < 1:1944548/76‑1 (MQ=255)
tttttATCATCTCTGGAACACACACAACCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCctct < 2:4423328/76‑1 (MQ=255)
ttttATCATCTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCtctc > 2:4646426/1‑76 (MQ=255)
ttttATCATCTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCtctc > 1:5688757/1‑76 (MQ=255)
ttttATCATCTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCtctc > 2:6120725/1‑76 (MQ=255)
tttATCATCTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTcc > 2:6827367/1‑76 (MQ=255)
tttATCATCTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTcc < 2:7991599/76‑1 (MQ=255)
tttATCATCTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTcc > 2:95024/1‑76 (MQ=255)
tttATCATCTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTGATGCTCTcc > 2:4957190/1‑76 (MQ=255)
ttATCCTCTCTGGAACACACACAATCCGGGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCa < 1:243105/76‑1 (MQ=255)
ttATCATCTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCa > 2:3490817/1‑76 (MQ=255)
ttATCATCTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCa > 1:369322/1‑76 (MQ=255)
ttATCATCTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCa > 1:4172890/1‑76 (MQ=255)
ttATCATCTCTGGAACACACACAACCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCa < 1:1188221/76‑1 (MQ=255)
tATCATCTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAg > 2:7269132/1‑76 (MQ=255)
atcatcTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGc > 1:803878/1‑76 (MQ=255)
atcatcTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGc > 1:3471821/1‑76 (MQ=255)
atcatcTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGc > 2:7443722/1‑76 (MQ=255)
atcatcTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGc > 1:2624600/1‑76 (MQ=255)
atcatcTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGc > 2:2950762/1‑76 (MQ=255)
catcTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGa > 1:7605403/1‑76 (MQ=255)
catcTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGa > 1:5057308/1‑76 (MQ=255)
catcTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGa > 1:4673348/1‑76 (MQ=255)
atcTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGaa > 2:2834045/1‑76 (MQ=255)
tctcTGAAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAAt < 1:2162768/76‑1 (MQ=255)
ctctGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATg > 2:2235104/1‑76 (MQ=255)
tctGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATgg > 1:58158/1‑76 (MQ=255)
tctGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATgg > 1:1363658/1‑76 (MQ=255)
tctGAAACACACACAACCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATgg < 1:6397583/76‑1 (MQ=255)
ctGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATggg > 2:3253418/1‑76 (MQ=255)
ctGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATggg > 1:1002088/1‑76 (MQ=255)
ctGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATggg > 2:751618/1‑76 (MQ=255)
tGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATgggg > 1:1557337/1‑76 (MQ=255)
ggAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATggggg > 2:2161638/1‑76 (MQ=255)
ggAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATggggg > 2:1623333/1‑76 (MQ=255)
gaccacacacaACCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGa < 1:6577410/73‑1 (MQ=255)
gAACACACACAACCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGa < 1:8093607/76‑1 (MQ=255)
aaCACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGaa > 2:596979/1‑76 (MQ=255)
acccacacaACCCGTGTGCAGTTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAAt < 1:5223793/73‑1 (MQ=255)
acacacacAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAAt > 1:4910001/1‑76 (MQ=255)
acacacacAACCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAAt < 1:2310112/76‑1 (MQ=255)
cacacacaATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATg < 2:3941388/76‑1 (MQ=255)
cacacacaATCCGTGTACAGGTCCCTGCC‑AGCCAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATg < 2:7675606/76‑1 (MQ=255)
acacacaATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATgg > 1:7222510/1‑76 (MQ=255)
acacaATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCg > 2:5777564/1‑76 (MQ=255)
acaATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTg > 1:2718340/1‑76 (MQ=255)
acaACCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTg < 1:3797044/76‑1 (MQ=255)
aaTCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGcc > 2:5179434/1‑76 (MQ=255)
tCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCAc < 1:5326080/76‑1 (MQ=255)
tCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCAc < 1:6806535/76‑1 (MQ=255)
cGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCACTc > 2:8170326/1‑76 (MQ=255)
cGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCACTc > 1:5818842/1‑76 (MQ=255)
cGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCACTc > 2:4043067/1‑76 (MQ=255)
gtgCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCACTcccc < 2:4132238/76‑1 (MQ=255)
tgCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCCATCCCca > 2:5510120/1‑76 (MQ=255)
tgCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCACTCCCca > 1:7365421/1‑76 (MQ=255)
gCAGGCCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCACTCCCcag < 2:5867456/76‑1 (MQ=255)
cAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCACTCCCcagc > 2:3058582/1‑76 (MQ=255)
cAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCACTCCCcagc < 2:6286997/76‑1 (MQ=255)
gccccTGCC‑AGCCAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCACTCTCCAGCAgg < 1:3323433/74‑1 (MQ=255)
gTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCACTCCCCAGCAgg > 2:77808/1‑76 (MQ=255)
ccccTCCC‑GGCCAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCACTCCCCAGCAGGt < 2:203958/75‑1 (MQ=255)
ccccGGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCACTCCCCAGCAGGt < 1:3958541/75‑1 (MQ=255)
cccTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGATTGGCGTGCCACTCCCCAGCAggga > 2:3597641/1‑74 (MQ=255)
cccTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCACTCCCCAGCAGGTa > 2:1572046/1‑76 (MQ=255)
ccTGCCAAGCCAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCACTCCCCAGCAGGTa < 2:7482437/76‑1 (MQ=255)
ccTGCC‑AGCCAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCACCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCACCCCCCAGCAGGTaa < 2:6948933/76‑1 (MQ=255)
ccTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCACTCCCCAGCAGGTaa < 1:3265876/76‑1 (MQ=255)
ccTGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCACTCCCCAGCAGGTaa < 2:1883384/76‑1 (MQ=255)
ccTCCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCACTCCCCAGCAGGTaa < 1:5771972/76‑1 (MQ=255)
cggcc‑agccaGCCGTAGTCACTGGTTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCACTCCCCAGCAGGTaaa < 1:431540/74‑1 (MQ=255)
cTGCC‑AGCCAGCCTTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCACTCCCCAGCAGGTaaa < 1:7711773/76‑1 (MQ=255)
tGCC‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCACTCCCCAGCAGGTaaaa > 2:8254073/1‑76 (MQ=255)
tGCA‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCACTCCCCAGCAGGTaaaa < 2:2536169/76‑1 (MQ=255)
gcc‑agccaGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCACTCCCCAGCAGGTAAAAc < 1:4594728/76‑1 (MQ=255)
cc‑AGACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTACCACTCCCCAGCAGGTAAAACa > 2:1053563/1‑76 (MQ=255)
gccAGCCTTATTCCCTGGTTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCACTCCCCAGCAGGTAAAACAAtc < 2:1235772/74‑1 (MQ=255)
gACAGCCGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCACTCCCCAGCAGGTAAAACAAtc < 1:3897517/76‑1 (MQ=255)
cGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCACTCCCCAGCAGGTAAAACAATCTCTGtt < 1:6054190/76‑1 (MQ=255)
cGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCACTCCCCAGCAGGTAAAACAATCTCTGtt > 2:2354876/1‑76 (MQ=255)
cGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCACTCCCCAGCAGGTAAAACAATCTCTGtt > 1:1690912/1‑76 (MQ=255)
cGTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCACTCCCCAGCAGGTAAAACAATCTCTGtt < 1:864884/76‑1 (MQ=255)
cGTAATCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCACTCCCCAGCAGGTAAAACAATCTCTGtt > 2:3420794/1‑76 (MQ=255)
gTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCACTCCCCAGCAGGTAAAACAATCTCTGTTa < 1:1820296/76‑1 (MQ=255)
gTAGTCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCACTCCCCAGCAGGTAAAACAATCTCTGTTa < 2:640008/76‑1 (MQ=255)
|
CCATGACTAACTCCTTTTTTATCATCTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCC‑AGACAGCCGTAATCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCACTCCCCAGCAGGTAAAACAATCTCTGTTAC > REL606/3500779‑3500925
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
